Военный совет приостановил действие гражданского права и до 10 (20) августа ввел законы военного времени, о чем было немедленно объявлено. Морган настоял на возведении новых батарей между фортами Чарлз и Руперт. Было построено укрепление, ставшее известным как форт Морган или Морган-Лайн, в котором установили 16 пушек; их доставили моряки с корабля «Хантер». Как писал его капитан, «[я отправил] 30 наших людей на берег, дабы затащить большие пушки на новый форт Морган».
В августе, сентябре и октябре военный совет Ямайки несколько раз продлевал осадное положение, «так как опасность от французов не исчезла, а фортификации не были завершены». Морган по-прежнему большую часть своего времени посвящал организации работ по укреплению оборонительных рубежей как в самом Порт-Ройяле, так и в других частях южного побережья. Кроме того, он рассылал письма знакомым флибустьерам, продолжавшим грабить испанцев под прикрытием французских каперских грамот, обещая всем, кто вернется на Ямайку, не только прощение, но и земельные участки.
15 (25) сентября граф Карлайл подготовил очередной отчет для госсекретаря Ковентри, в котором, в частности, отметил: «С 30 августа я провел в Пойнте три дня, а в пятницу утром отправился с сэром Генри Морганом в Три-Риверс, что примерно в двенадцати милях от Пойнта, и вокруг Грейт-Харбор — к Скалам (Rocks), откуда мы осмотрели наиболее удобные проходы, чтобы обезопасить как Пойнт, так и Лигуаней в случае нападения на них со стороны суши. Еще сотню негров добавили к рабам в Пойнте, чтобы возводить там укрепления».
Далее граф поделился печальным известием, что в понедельник 1 (10) сентября умер сэр Томас Модифорд. Бывшего губернатора отпевали в церкви Святой Екатерины в Спаниш-Тауне. Морган был среди тех, кто проводил своего бывшего покровителя и компаньона в последний путь. На могиле сэра Томаса позже написали, что он был «душой и жизнью всей Ямайки… первым сделал ее такой, какая она есть… самым лучшим и дольше всех управлявшим губернатором, самым крупным плантатором, самым способным и справедливым судьей этого острова из всех, каких он когда-либо имел».
В период губернаторства графа Карлайла — явно при попустительстве сэра Генри — флибустьерство на Ямайке вновь переживало «золотые денечки». Так, когда власти узнали о пиратских похождениях капитанов Джона Коксона, Бартоломью Шарпа и Ричарда Сокинса в Гондурасе, губернатор и Морган закрыли глаза на эти «шалости». Получив от флибустьеров взятку, они разрешили им через подставных лиц доставить добычу в ямайские гавани и, уплатив пошлины, сбыть ее.
8 (18) октября люди капитана Эдмунда Кука привели в Порт-Ройял «барк с какао и шкурами, который они захватили у одного испанца на Арубе». Пираты беспрепятственно высадились на берег, перед этим «публично уплатив пошлины».
В феврале 1680 года Морган возбудил дело против капитана Фрэнсиса Мингема, обвинив последнего в клевете и потребовав взыскать с него две тысячи фунтов стерлингов. Мингем еще в марте 1679 года был задержан за попытку обмануть таможню, а его пинк «Фрэнсис» по решению адмиралтейского суда (председателем которого был Морган) должны были продать с торгов. Но в дело вмешался губернатор, не одобривший решение суда. Мингем, внеся залог, отправился в Англию. Там в октябре он подал петицию в Тайный совет, умоляя отменить решение адмиралтейского суда Ямайки, а также встретился с сэром Чарлзом Модифордом, которого попросил выступить посредником в переговорах с Морганом. Когда в конце года они вернулись на Ямайку, сэр Чарлз нанес визит сэру Генри и попытался уладить его конфликт с Мингемом. Морган пообещал, что если Мингем оплатит ему все расходы, связанные с этим делом, и отдаст его жене карету и лошадей, то он полностью оправдает капитана и простит ему две тысячи фунтов стерлингов, которые суд обязал его уплатить в качестве компенсации за нанесенный моральный ущерб. Мингем отказался от предложения Моргана и был снова втянут в судебный процесс. 23 февраля (4 марта) граф Карлайл писал министрам торговли и плантаций:
«Перед Рождеством некий капитан Фрэнсис Мингем прибыл сюда из Англии с приказом Ваших светлостей, дабы показать его сэру Генри Моргану и г-ну Томасу Мартину, генеральному сборщику таможенных пошлин, — приказом в связи со скандальной петицией, поданной против них Вашим светлостям… Этот Мингем — весьма дурной человек. Он решил… прислужиться мне, как он уже прислужился сэру Генри Моргану и мистеру Мартину, словно я был обеспокоен тем, что он так ложно и злонамеренно обвинил их. Его корабль был осужден в адмиралтейском суде и продан всего за 300 ф. ст., тогда как в петиции говорится о 800 ф. ст., которые якобы были поделены между ними [Морганом и Мартином], хотя я не сомневаюсь, что они не взяли себе ни пенни. Сэр Генри как судья адмиралтейского суда не получил даже положенное ему вознаграждение, а мистер Мартин отдал свою часть на строительство биржи в Порт-Ройяле ради поощрения торговли. Они теперь участвуют в судебном процессе с Мингемом в Верховном суде, о результатах которого я сообщу так быстро, как только смогу».
Карлайл добавил, что адвокат Мингема просил его «отговорить сэра Генри Моргана от продолжения суда, обещая письменное подтверждение Мингема, что его петиция была ложной и скандальной. Сэр Генри, однако, решил оставить решение на усмотрение суда присяжных, и жюри постановило выплатить ему 2000 ф. ст. за причиненный его репутации ущерб».
На следующий день свой отчет министрам торговли и плантаций написал Морган:
«Во исполнение приказа Ваших светлостей от 10 октября [1679 года] передаю заверенную копию всего судебного процесса, которая вместе с иными документами и свидетельскими показаниями, без сомнения, докажет Вашим светлостям, что петиция Фрэнсиса Мингема является ложной и скандальной — за исключением того факта, что его корабль был осужден в суде. Петиция утверждает, что он был осужден за две бочки бренди; но в действительности там было две большие корабельные бочки бренди и двадцать бочек черной вишневой наливки, которые явно находились на борту втайне от таможни. Прочие заявления такие же ложные.
Совершенно очевидно, что Мингем бессовестным образом дал ложную клятву, ибо он представил Верховному суду юстиции билль, уверяя под присягой, что никогда не подавал петицию и не передавал мне копию приказа Ваших светлостей, а чуть позже — другой билль, частично подтверждающий этот. С моей стороны и со стороны мистера Мартина во время судебного процесса в адмиралтейском суде не было никакой злобы, о которой ложно утверждает Мингем, или корыстных мотивов… Должность адмиралтейского судьи была дана мне не потому, что я знаю дело лучше других, а также не из-за ее доходности, поскольку я оставил школу слишком рано, чтобы слыть знатоком тех или иных законов, и гораздо больше упражнялся с пикой, чем с книгой; что касается выгоды, то здесь, в этом городе, не сыщется ни одного носильщика, который не заработал бы больше денег, чем я получаю в этом суде. Но я искренне стараюсь поддерживать честь суда ради служения Его Величеству».
