12 марта 1938 г., когда они еще находились в своем временном убежище, немецкие войска с триумфом вступили в Австрию и Берлин объявил аннексию, Австрия стала частью немецкого рейха. Макс с Эрнстом пытались укрыться на территории отеля «Империал», но с приходом нацистов в город управляющий отелем попросил их немедленно уйти. Затем они пытались найти убежище на квартире капитана Вуда, стараясь скрыться под вымышленными именами. Но спустя всего четыре дня настойчивый стук в дверь прервал семейный ужин. Это было гестапо с ордером на арест Эрнста. Его антинацистская деятельность сделала его врагом государства, но его также ложно обвиняли и в смерти четырех шахтеров, работавших в окрестностях Айзенэрца, которые погибли по собственной неосторожности. На самом деле шахтеры не были его рабочими, но нацисты считали, что и самого обвинения будет достаточно для представления Эрнста преступником. Его арест в ту ночь поверг в состояние шока всю семью. Несколько дней спустя один друг Макса предупредил его, что гестапо придет и за ним, так как он выступал за возвращение Габсбургов на трон. Если бы Макс сбежал, его брата могли убить, и 18 марта он сам сдался немецким оккупационным властям. Два брата снова встретились уже в тюремной камере и подверглись жестоким допросам. Им не приходилось рассчитывать на суд, так как они считались врагами Третьего рейха. В ночь с 25 на 26 марта их вывели из тюремной камеры и затолкали в грузовик, который помчал их в неизвестном направлении по ночным улицам Вены.
Их привезли в концентрационный лагерь Дахау, расположенный в окрестностях Мюнхена. Максу было уже тридцать шесть лет, а Эрнсту почти тридцать четыре. Когда они попали в ад Дахау, они оба были высокого роста, с усами, и сложенные, как и их отец. Они всегда отказывались вспоминать о пережитом в концлагере кошмаре, даже со своими ближайшими родственниками. Но их молчание не могло скрыть тех травмирующих переживаний, что довелось им вынести.
После того как они прошли через Jourhaus Tor с их печально известным девизом «Arbeit Macht Frei» (нем. «Труд делает свободным». — Прим. пер.), Макса и Эрнста сфотографировали, забрали их немногочисленные пожитки и заставили молча стоять, пока их волосы грубо состригались. Затем их загнали голыми в общую душевую, а на выходе одели в полосатые робы. На тюремной одежде Макса был пришит зеленый треугольник, что означало, что он политический заключенный, Эрнст не носил никаких знаков отличия, что означало, что он обычный преступник. Гитлер лично распорядился о том, чтобы «Гогенбергские мальчики» не получали никаких поблажек. Он отправил рейхмаршала Германа Геринга к начальнику лагеря оберфюреру СС Гансу Лорицу с поручением передать его распоряжение, чтобы обоим братьям оказывалось «специальное внимание» в особо «жестких условиях».
Каждое утро в половине шестого Макс и Эрнст вместе с другими заключенными выходили из бараков и шли на Appellplatz, где СС под прицелом пулеметов проводили перекличку и разбивали их на группы. Лагерь ограждали высокие стены с колючей проволокой под электрическим током. Солдаты конвоировали заключенных на различные работы. Макс и Эрнст работали в главном здании лагеря, всегда находясь под пристальным наблюдением. В соответствии с инструкциями Гитлера они должны были заниматься самыми унизительными и тяжелыми работами. Им доставалась уборка отхожих мест. Макса и Эрнста, запряженных, как волов, в деревянные телеги, с оскорблениями и ударами гоняли от барака к бараку. Они были вынуждены черпаками вычищать огромные зловонные выгребные ямы; пока они работали, эсэсовцы всячески издевались над ними, называя братьев «императорскими Высочествами», бросали в ямы камни, так что брызги летели на братьев. Им постоянно перепадали удары руками и ногами, на которые они не смели ответить. К ночи, когда их пустые желудки сводило от скудных пайков, вместе с другими заключенными они возвращались в свои бараки и дрожали до утра от холода на нарах, которые заменяли им кровати.
Истощение, недоедание и болезни косили ряды заключенных. Те, кто не пал жертвой суровых условий содержания, постоянно пребывали в страхе перед пытками и казнью. Избиения, марш-броски, жуткие расстрелы и повешения постоянно отмечали дни узников. Но Макс и Эрнст сохраняли спокойствие и выдержку на протяжении всех своих злоключений. Перенесенные до прибытия в Дахау трагедии и неопределенность лишь укрепили их непоколебимую религиозную веру. Один заключенный рассказывал, что их «непоколебимость и неустрашимость являлись вдохновляющим примером для всех остальных. Даже в своей грязной и оборванной тюремной одежде они оставались настоящими джентльменами и благородными людьми. Во время кратких минут отдыха они лежали вместе с нами в пыли и делились кусочками сахара, которые им удалось где-то раздобыть. Среди всех узников лагеря не было ни одного человека, который не относился бы к Гогенбергам с большим уважением; они являли собой пример для новоприбывших, как не сломаться и выжить».
Макс и Эрнст спасли жизни многих заключенных. Однажды Макс увидел, как эсэсовец гнался за заключенным цыганом; Макс спрятал бежавшего в песочнице, пока его не перестали искать. Среди тех, кого они поддержали и спасли, был и Леопольд Фигль, который впоследствии стал канцлером Австрии. Фигль, вспоминая свою первую встречу с братьями, рассказывал, что, когда он прибыл в Дахау, он увидел их стоящими на лютом морозе и издевающихся над ними эсэсовцев. Братья делились со своими товарищами по несчастью всем тем немногим, что у них было, сигаретами и скудной едой, зарабатывая их неизменное уважение. Дрожащие от холода в своих жалких лохмотьях, истощенные, эти двое сыновей бывшего наследника австрийского престола поражали всех своими «невидимым благородством» и «спокойным достоинством», даже когда они «переживали самые страшные унижения». Как рассказывал Фигль, заключенные «пошли бы ради них в огонь и воду».
Зная о судьбе братьев, европейские аристократы и члены королевских семей неоднократно пытались добиться их освобождения. Среди них были папа Пий XII, король Швеции, принц Феликс Люксембургский и королева Мария; их просьбы и обращения из британского дипломатического ведомства привлекли внимание Берлина и, возможно, способствовали смягчению условий их содержания. Но основная заслуга в их освобождении, несомненно, принадлежала жене Макса Елизавете. Она использовала все свое влияние как члена старой аристократии Германии и пошла к Герингу, умоляя за своего мужа. Геринг уступил не сразу, настаивая на том, что братья находились в заключении вполне заслуженно, за совершенные ими преступления против германского рейха. Но рейхмаршал был и большим снобом, имевшим слабость к титулам и королевскому расположению; игнорируя приказ Гитлера, он тайно согласился предоставить Максу условно-досрочное освобождение.
