В ночь на 21 июня лагерь был снят и солдат развели по местам, откуда предполагалась атака. Войска Кубанского и Кавказского корпусов были разделены на четыре штурмовые колонны по 800 человек каждая, с двумя резервами по 600 солдат и одним общим резервом в две тысячи штыков. К последнему резерву было присоединено 16 полевых орудий. Для отражения атак горцев и защиты вагенбурга (укрепленного лагеря) генерал-аншеф Гудович назначил отряд генерал-майора Загряжского из четырех тысяч человек. Таким образом, из общего числа 12 170 человек для главного удара при штурме было определено 6400 человек, составлявших четыре штурмовые колонны.
В полночь Гудович отдал приказ открыть огонь из всех батарей, под прикрытием которого атакующие колонны двинулись на приступ. К часу ночи батарея русских прекратила стрельбу и войска отошли. Перестали стрелять и турки. Они уже праздновали победу, когда за полчаса до рассвета русские войска вновь начали бомбардировать крепость, а затем бросились на штурм. Четвертая колонна левого фланга, которой командовал полковник Самарин, несмотря на сильнейший картечный и ружейный огонь турок, первой поднялась на стену и закрепилась там. Командовавший третьей колонной полковник Келлер, хотя и был тяжело ранен, пробился со своими солдатами на крепостной вал.
Майор Веревкин, занявший место Келлера, был также тяжело ранен, но все-таки сумел удержаться со своими солдатами на валу. Благодаря этому вторая колонна под командой полковника Муханова захватила бастион. В то время как у стен крепости шла ожесточенная битва между русскими и турками, восьмитысячный отряд закубанцев спустился с гор и атаковал вагенбург российских войск. Атака закубанцев была с трудом остановлена гребенскими и семейными казаками, а затем отражена отрядом генерал-майора Загряжского, специально выделенным на такой случай.
Между тем русские войска продолжали подниматься на стены вокруг Анапы. Призывы имама Мансура встать на защиту ислама и даже его личное участие в отражении атак на стенах крепости уже не смогли внести перелома в ход сражения. Непрерывные атаки и большие потери сломили силы защитников. Турецкий гарнизон больше не желал сражаться, даже отчаянные янычары начали сдаваться целыми отрядами. Теперь оборону держали только горцы, пришедшие в город с Мансуром. Но силы были неравны.
22 июня 1791 года в восемь часов утра войска генерала Гудовича ворвались в Анапу. Русскими было захвачено 95 орудий, 130 знамен и значков. Турция потеряла в этом сражении около восьми тысяч убитыми. Почти столько же осажденных утонуло в море, пытаясь спастись из крепости вплавь. В плен было взято 13 532 турок и всего несколько десятков горцев — тех, кто из-за тяжелых ранений уже не мог сражаться. Среди пленных оказались начальник гарнизона крепости Мустафа-паша и его помощник, сын плененного ранее Батал-бея, большое число турецких офицеров и чиновников.
Один только имам Мансур не желал сдаваться. Рядом с ним уже не осталось ни одного мюрида, все они были убиты. Укрывшись в пороховом погребе, имам продолжал упорно отстреливаться. Солдаты не решались идти на штурм, поскольку имам держал зажженный факел и угрожал взорвать склад. К нему был выслан парламентер, знающий чеченский язык. Он прокричал, что генерал Гудович лично обещает шейху Мансуру в соответствии с его званием положение почетного пленника и достойное содержание в Петербурге, куда его должны отправить для представления императрице Екатерине II. Генерал обещал также предоставить ему свободу как военнопленному сразу после заключения мирного договора с Турцией. Однако мятежный имам, не веря в эти обещания, продолжал стрелять. Он был захвачен только после того, как у него кончились патроны. Склад он так и не взорвал — как известно, самоубийство запрещено Кораном, и только поэтому шейха удалось захватить живым.
Взятие Анапы стало поворотным пунктом в войне. После этой победы вся Кубань оказалась в руках русских и в декабре 1791 года по Ясскому миру официально стала владением империи. Пленение Мансура лишило энергии его последователей, и выступления горцев против российских властей временно прекратились.
Под усиленной охраной имам Мансур в числе других знатных пленников был доставлен из Анапы в Петербург. 4 июля возок с ним прибыл в российскую столицу. Было обеденное время, когда плененного имама привезли в резиденцию Екатерины II. От желающих увидеть знаменитого горца отбоя не было. Появился и сам светлейший князь Потемкин, и даже императрица объявила, что желает поговорить с пленником лично. Зная слабость Екатерины к красивым мужчинам, Потемкин решительно воспротивился такой встрече, назвав ее очень опасной. «Он вам, матушка, всю обедню испортит. Взгляните лучше на него из окна», — посоветовал светлейший. Обаяние этого загадочного человека было столь велико, что и другие придворные принялись отговаривать императрицу от личной встречи с мятежником — это подтверждает историк Г. Прозрителев в своей монографии «Материалы для истории Кавказской войны».
Тем не менее 6 июля Екатерина приказала доставить Мансура в Царское Село, где она находилась в то время, и «водить его после обеда близ дворцовой колоннады». Таким образом, императрица, оставаясь сама невидима, могла как следует рассмотреть «опаснейшего врага России». В кругах, близких к императрице и князю Потемкину, шейха Мансура именовали мятежником, который принес России большие потери и разорение, чем вся Османская империя. Следует признать, что такая оценка вполне соответствует истине. Мансур действительно оказался гораздо более последовательным и непримиримым противником Российской империи, чем Османская империя, которая за всю войну отважилась лишь на два похода в пределы Северного Кавказа, в то время как шейх не прекращал борьбы ни на один день.
Секретарь императрицы А. В. Храповицкий постоянно вел записи обо всем, что происходило при дворе. События того дня, когда чеченский имам появился в Санкт-Петербурге, он также внес в свой дневник: «6 июля 1791 года привезли в Царское село шейха Мансура, взятого в Анапе. С 17 лет он начал проказничать против России и сделал большую смуту. Нам он стоит 30 тысяч войска. После обеда водили его близ колоннады, и Государыня изволила его видеть». Похоже, высокий стройный горец с природным благородством осанки произвел впечатление на императрицу. Недаром после этого осмотра ею было дано тайное распоряжение — в случае, если горский вождь раскается в содеянном, ему следует вынести мягкий приговор и оставить на постоянное жительство в России. Семьдесят лет спустя именно такой приговор будет вынесен третьему имаму Дагестана и Чечни Шамилю.
