Начальники оперпунктов и часть уполномоченных ГПУ работали в совершенно недостаточном взаимодействии с войсковыми штабами, часто неверно понимали (и не хотели правильно понять) оперативную задачу, препятствовали частям в опросе пленных, вместо того, чтобы своевременно информировать войска, стремились, прежде всего, дать информацию «по начальству», как бы боясь, что их могут обогнать. Агентурная работа по выяснению контрреволюционных элементов и пособнического аппарата, а также работа по разложению банд удавалась работникам ГПУ неизмеримо лучше, и заслуги их в этой работе чрезвычайно велики… В ходе операции многие недочеты были выправлены. Необходимый контакт и взаимное понимание в значительной мере наладились… Однако имевшиеся недочеты и трения приводили части к неудовлетворенности работой ГПУ и к самовольному созданию своей сети агентов, зачастую приносивших частям действительно большую пользу. Все старые командиры-туркестанцы организовывали, как правило, свою агентурную сеть (всячески скрывая ее от командования). Это, в свою очередь вызывало сильное недовольство со стороны местных работников ГПУ… По результатам операции штаб округа сделал вывод, что «…успешная работа войсковых частей без развертывания войсковой агентуры представляется крайне затруднительной».
Работа в военной разведке того периода осложнялась тем, что, начиная с середины 20-х годов, ее структуры подвергались периодическим реорганизациям и чисткам. В апреле 1921 года вместо Региструпра и разведывательной части оперативного управления Штаба РККА было создано Разведывательное управление (Разведупр) Штаба РККА со штатом в 275 человек и утверждено Положение этого органа. Тогда руководителем Разведупра был назначен Арвид Янович Зейбот. В августе 1925 года в Москве, по поручению Коллегии НКИД СССР, создатель советской военной разведки С. Аралов и представитель Коминтерна Антонов-Овсеенко провели совещание представителей Разведупра, ИНО ОГПУ, НКИДа и Коминтерна (основанием для совещания послужили частые провалы военных разведчиков, отсутствие согласования своей деятельности советского разведсообщества и интриги субъектов разведки СССР друг против друга).
В мае 1934 года Артур Христианович Артузов, после шестичасовой беседы в Кремле, на которой присутствовали Сталин, Ворошилов и Ягода, был с понижением в должности переведен на работу в Разведупр РККА. Сталин дал согласие на то, что Артузов возьмет с собой группу сотрудников ИНО, добавив при этом: «Еще при Ленине в нашей партии завелся порядок, в силу которого коммунист не должен отказываться работать на том посту, который ему предлагается».
Тогда же Сталин поручил Политбюро вновь рассмотреть работу военной разведки. Предварительно, по поручению Политбюро, Особый отдел ОГПУ разбирался в причинах провалов советской разведки, приведших к разгрому крупнейших резидентур. В отчетном документе было указано, что провалы являются следствием: засоренности предателями; подбора зарубежных кадров из элементов, сомнительных по своему прошлому и связям; несоблюдения правил конспирации; недостаточного руководства зарубежной работой со стороны 4-го Управления Штаба РККА, что, несомненно, способствовало проникновению большого количества дезориентирующих руководство материалов. Решение стало началом заката карьеры Яна Карловича Берзина, начальника Разведупра РККА.
Дело в том, что через месяц переведенный в Разведупр Артузов представил Сталину и Ворошилову подробный доклад об агентурной работе Разведупра, с анализом ошибок и провалов. В докладе отмечалось, что нелегальная агентурная разведка Разведупра практически перестала существовать в Румынии, Латвии, Франции, Финляндии, Эстонии, Италии и сохранилась лишь в Германии, Польше, Китае и Маньчжурии; отмечалось также, что за рубежом «не следует использовать на разведывательной работе коммунистов».
Концу карьеры Берзина в военной разведке содействовал очередной провал, когда 15 февраля 1935 года в Дании, на конспиративной квартире, местной контрразведкой были захвачены четыре ответственных работника центрального аппарата советской военной разведки. Находясь проездом через Данию, они зашли на конспиративную квартиру навестить там своих друзей. Это «совещание резидентов» в Дании и стало завершением карьеры Берзина, которого направили в почетную ссылку на Дальний Восток, после чего на должность начальника Разведупра РККА был назначен комкор Семен Петрович Урицкий, — племянник председателя Петрочека Моисея Соломоновича Урицкого. Его первым заместителем был назначен корпусной комиссар Артур Христофорович Артузов.
Но уже в январе 1937 года, по предложению наркома обороны Ворошилова, Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение об освобождении Артузова и Штейнбрюка от работы в Разведупре и направлении их в распоряжение НКВД. Однако во внешнюю разведку Артузова не пустили, и он был назначен на скромную должность начальника Особого бюро НКВД — архивный отдел. После этого бывший заместитель начальника военной разведки СССР Артузов направил руководителю НКВД Ежову записку, в которой доложил о возможном троцкистском заговоре в Красной Армии. К записке Артузов приложил «Список бывших сотрудников Разведупра, принимавших активное участие в троцкизме», в котором перечислялись имена 34 человек. В мае 1937 года на совещании в Разведупре выступил Сталин, который заявил, что «разведуправление со своим аппаратом попало в руки немцев», и дал установку на роспуск агентурной сети. Уже в июне 1937 года Берзин принял дела у отстраненного от работы Урицкого и вновь занял кабинет начальника Разведупра РККА.
События развивались с калейдоскопической скоростью, и 19 августа 1937 г. в Москве состоялся партактив, который был проинформирован о том, что «пятнадцать дней назад начальник Разведуправления Берзин был отстранен от работы в связи с имевшими место арестами врагов народа Никонова, Волина, Стельмаха». В декабре 1937 года на партбюро Разведупра РККА был оглашен очередной список арестованных органами НКВД «врагов народа» (в списке значились имена 22 человек, в том числе Я. К. Берзин, O.A. Стигга и К. К. Звонарев (Звайгзне). Исполняющим обязанности начальника Разведупра был назначен помощник начальника 4-го Управления Александр Матвеевич Никонов.
Бывший начальник Разведуправления РККА и Главный военный советник в Испании Ян Карлович Берзин, создавший перед войной настолько мощную разведывательную сеть в Европе, был расстрелян в Москве 29 июля 1939 года как враг народа. Но помешать эффективной работе созданной им агентурной сети не смогли ни репрессии, ни глупость военачальников. Ян Карлович был реабилитирован посмертно.
