«Надежда» покинула Авачинскую губу 6 сентября, а уже 28 сентября показались берега Японии. Там корабль попал в страшный шторм «Ветер, постепенно усиливаясь, — вспоминал Крузенштерн, — достиг в один час пополудни до такой степени, что мы с великой трудностью и опасностью могли закрепить марсели и нижние паруса, у которых шкоты и брасы, хотя и по большей части новые, были вдруг прерваны. Бесстрашие наших матросов, презиравших все опасности, действовало в сие время столько, что буря не могла унести ни одного паруса. В 3 часа пополудни рассвирепела, наконец, оная до того, что изорвала все наши штормовые стаксели, под коими одними мы оставались. Ничто не могло противостоять жестокости шторма. Сколько я не слыхивал о тайфунах, случающихся у берегов китайских и японских, но подобного сему не мог себе представить. Надобно иметь дар стихотворства, чтобы живо описать ярость оного. Довольно здесь рассказать только о действии его на корабль наш. По изорвании штормовых стакселей мы желали поставить зарифленную штормовую бизань, но сего сделать совершенно было невозможно, и потому корабль оставался без парусов на произвол свирепых волн, которые, казалось, ежеминутно поглотить его угрожали. Каждое мгновение ожидали мы, что полетят мачты. Хорошая конструкция корабля и крепость вант спасла нас от сих бедствий» [3, с. 218].
Но ни штормы, ни необходимость спешить в Японию не заставили Крузенштерна прекратить гидрографические исследования. Он прокладывал курс корабля с таким расчетом, чтобы проверить карты Тихого океана, составленные иностранными путешественниками. Сомневаясь в точности атласа Лаперуза, в котором значилось, что в районе 37° слн. и 214°20′ за находится группа из четырех островов, а несколько южнее еще один остров, Крузенштерн проложил курс корабля так, чтобы «по означенному на картах положению островов придти к середине оных» [3, с 212]. И на этот раз Крузенштерн убедился, что таких островов не существует.
Он уточнил также данные французских карт о положении Ван-Дименова (теперь Осуми у южной оконечности о. Сикоку) пролива и определил точные координаты ряда островов и мысов японского побережья, дав последним названия в честь известных русских мореплавателей и знаменитых морских сражений — мыс Чирикова, мыс Нагаева, мыс Чесмы и другие (русские названия на современных картах не сохранились).
7 октября 1804 г. «Надежда» бросила якорь на рейде Нагасаки. Переговоры посла Резанова закончились безрезультатно из-за категорического нежелания японского правительства налаживать дипломатические отношения и торговлю с Россией. Японцы отказались даже принять подарки японскому императору, доставленные на корабле, ссылаясь на то, «что в сем случае должен был бы и японский император сделать российскому императору взаимные подарки, которые следовало бы отправить в С-Петербург с нарочным посольством Но сие невозможно потому, что государственные законы запрещают отлучаться японцу из своего отечества» [3, с 264].
Надо отметить, что во время более чем полугодичного пребывания «Надежды» в Нагасаки, когда посол Н. П. Резанов был фактически изолирован в доме на берегу, он не терял времени даром и стремился создать у японцев наилучшее представление о России и русских. Усердно занимаясь японским языком, он составил краткое русско-японское руководство и словарь, опубликованный затем в Петербурге, содержащий более 5 тыс слов.
Во время пребывания в Нагасаки Крузенштерн и его офицеры впервые составили карту Нагасакской бухты с подробным ее описанием «Для правильного составления оной измерено было более тысячи углов», — отметил Крузенштерн [15, с 311].
17 апреля 1805 г. «Надежда» покинула Нагасаки. Намерение Крузенштерна плыть обратно на Камчатку между Японией и Кореей явно не нравилось японскому правительству. Но он не изменил своего намерения. «Мне… хотелось употребить следующие три месяца на исследования тех мест, кои Лаперуз, доставивший первые сведения о сих странах, принужден был по краткости времени оставить неизведанными. Зная, что ни он и ни кто другой из европейских мореходцев не определил точного положения всего западного берега Японии (выключая мыс Номо, [обозначавший вход на Нагасакский рейд]), большей части берега Кореи, целого западного берега острова Иессо [о. Хоккайдо], юго-восточного и северо-западного берегов Сахалина, также и многих из островов Курильских, вознамеривался я изведать из сих стран те, кои удобнее при настоящем случае избрать возможно будет» [3, с. 272].
Крузенштерну удалось осуществить важную часть этого обширного плана исследований. Он произвел опись западного и северо-западного побережья Японии, исправил ряд ошибок, допущенных Лаперузом при описании этого района, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт — мысы Грейга, Россиян, Гамалея, Надежды, бухта Румянцевская и другие (русские названия на побережье Японии не сохранились). Описал он и ряд участков побережья Сахалина — нанесены были на карту мысы Сенявина, Муловского, Соймонова, залив Мордвинова и другие географические пункты.
Сложная ледовая обстановка не позволила продолжить плавание на север и закончить описание побережья Сахалина Корабль направился к Курильским островам, где были открыты четыре небольших каменных островка, почти не выступавших из воды. Сильное течение возле этих островков делало плавание в этом районе в условиях штормовой погоды и туманов весьма опасным Крузенштерн назвал эти острова Каменными Ловушками и нанес их на карту. Вскоре «Надежда» прибыла на Камчатку, где посол Резанов и сопровождавшие его лица сошли на берег и продолжили плавание к островам Русской Америки на других судах РАК.
Спустя две недели, приняв воду, продукты и дрова, «Надежда» вновь вышла в океан. Крузенштерн направился к Сахалину, чтобы продолжить исследования его побережья. Пройдя неизвестным до тех пор проливом в Курильской гряде, названным проливом Надежды, Крузенштерн подошел к сахалинскому мысу Терпения. Окончив описание восточного побережья Сахалина, он направился в южную часть Сахалинского залива, омывающего северо- западные берега Сахалина, северный вход в Амурский лиман и часть южного побережья материка в Охотском море.
Наблюдая за удельным весом и цветом морской воды в заливе, он пришел к мысли, что в самой южной части залива в него впадает большая река. В поисках устья реки Крузенштерн направил корабль к берегу, но глубина резко уменьшилась, и, боясь посадить корабль на мель, Крузенштерн повернул обратно в открытое море. На основании своих исследований Крузенштерн заключил, что Сахалин полуостров.
Только через 44 года Геннадий Иванович Невельской открыл устье Амура и точно установил, что Сахалин отделен от азиатского берега судоходным Татарским проливом.
