Гроза разразилась в 1195 г. Абу-Юсуф повелел сжечь сочинения Ибн-Рушда, а самого философа сослал в местечко аль-Ясана, близ Кордовы. Распоряжение было отдано халифом в Кордове тогда, когда он возвращался с похода на кастильцев.
Средневековые арабские авторы комментируют это событие по-разному. Некоторые из них ищут мотивы, побудившие халифа подвергнуть Ибн-Рушда опале, в чрезмерной фамильярности последнего, выразившейся, в частности, в том, что он назвал повелителя правоверных в одной из своих книг просто королем берберов, как это было принято у ученых, без обычных пышных титулов и эпитетов. Предполагали также, что причиной немилости Абу-Юсуфа были его подозрения по поводу близких отношений между Ибн-Рушдом и братом халифа Абу-Яхьей, тогдашним губернатором Кордовы. Согласно еще одной версии, по Андалузии разнесся слух о приближающейся гибели рода людского от небывалого урагана, и губернатор Кордовы созвал по этому случаю наиболее мудрых и уважаемых людей города; Ибн-Рушд дерзнул дать упомянутому метеорологическому явлению естественнонаучное объяснение, а когда один из теологов спросил его, верит ли он в передаваемый Кораном рассказ о племени Ад, погибшем при аналогичных обстоятельствах, воскликнул: «Бог ты мой, само существование племени Ад нереально, так что же говорить о причине его гибели!» Говорили, наконец, что некие злопыхатели раздобыли комментарий, написанный собственноручно Ибн-Рушдом, где имелась фраза: «Ясно, что аз-Зухра (Венера) есть божество», показали эту фразу в отрыве от контекста халифу и, приписав ее самому философу, объявили его язычником.
Решение халифа подвергнуть Ибн-Рушда опале нельзя объяснить простым заговором царедворцев лично против одного из фаворитов Абу-Юсуфа. Во-первых, помимо Ибн-Рушда репрессиям подверглись и другие представители андалузской интеллигенции: ученые, врачи, судьи, поэты и даже некоторые богословы; во-вторых, халифский эдикт накладывал общий запрет на изучение философии, в связи с чем предусматривал изъятие и уничтожение всех подозрительных сочинений, кроме книг по медицине, астрономии и арифметике; наконец, в-третьих, опала Ибн-Рушда продолжалась относительно недолго: после успешного завершения похода, принесшего Абу-Юсуфу почетное прозвище аль-Мансур (Победитель), халиф вернулся в Марокко, куда пригласил Ибн-Рушда и других ученых. Речь здесь, следовательно, шла о другом — о стремлении халифа угомонить религиозных фанатиков, дать их агрессивным чувствам хотя бы временный выход и тем самым обеспечить спокойствие в своих владениях на Пиренейском полуострове.
Мытарства, выпавшие на долю Ибн-Рушда в дни опалы, не могли не отразиться на его здоровье — 10 декабря 1198 г. он скончался. Случилось это в Марокко. Через три месяца по просьбе родственников философа его останки были переправлены в Кордову.
Биографы отмечают высокие моральные качества Ибн-Рушда, его скромность и снисходительность к недругам. Нравственный облик его был столь чист, что вызывал положительный отклик даже у людей, не симпатизировавших ему как мыслителю. Так, в своих психологических набросках-портретах, посвященных мусульманским философам, Ибн-Сабин, весьма нелестно и даже язвительно отзываясь об интеллектуальных способностях Ибн-Рушда и, в частности, отмечая его рабскую зависимость от Аристотеля, добавляет: «Следует вместе с тем признать, что это был человек несамолюбивый, преисполненный справедливости и сознающий свои недостатки» (53, стр. 510).
И еще одна черта Ибн-Рушда изумляла его современников — трудолюбие. Говорили, что за всю его жизнь люди не знали вечера, когда бы он не писал или не читал. Лишь дважды Ибн-Рушд был вынужден нарушить свой обычай: в день собственной свадьбы и в день смерти отца.
Свидетельством исключительной трудоспособности и разносторонности научных интересов Ибн-Рушда служит и оставленное им творческое наследие. Оно включает в себя сочинения по философии, естественным наукам, медицине, юриспруденции и филологии. По форме его труды делятся на комментарии и самостоятельные работы. Комментарии философского (и частично естественнонаучного и медицинского) содержания были составлены им к произведениям Аристотеля, Платона («Государство»), Александра Афродизийского («О разуме»), Николая Дамаскина («Первая философия»), Фараби (трактаты по логике), Ибн-Сины («Урджуза о медицине») и Ибн-Баджи («Трактат о соединении человека с деятельным разумом»). Всего Ибн-Рушдом было написано 38 комментариев, из которых 28 сохранилось на арабском языке, 36 — в древнееврейском и 34 — в латинском переводе. Большинство сочинений этой категории представляет собой толкования к трудам Аристотеля, перечислять которые значило бы перебрать все работы Стагирита, кроме оставшейся недоступной для арабских философов, включая и Комментатора, «Политики».
Толкование аристотелевских произведений осуществлялось Ибн-Рушдом в форме малых, больших и средних комментариев. Малые комментарии, или парафразы (джами), представляют собой почти самостоятельные трактаты: изложение аристотелевского текста в них не отделено от глоссы, материал переставляется по усмотрению комментатора, а при необходимости уточнения смысла привлекаются и другие работы. Толкования подобной формы существовали и до Ибн-Рушда: мы встречаем их, например, у Фараби и Ибн-Сины. Способ толкования в больших комментариях (шарх или тафсир) характеризуется тем, что Ибн-Рушд сохраняет структуру комментируемого сочинения, но делит его на ряд законченных с точки зрения передачи определенной идеи фрагментов и перемежает их глоссами, обособляя от них аристотелевский текст словами: «Аристотель сказал…» До Ибн-Рушда аналогичным образом поступали при толковании Корана. В отличие от больших средние комментарии, или компендии (талхыс), приводят лишь начала разъясняемых фрагментов, остальная же их часть пересказывается без отделения слов Аристотеля от слов комментатора. Судя по некоторым замечаниям в тексте, большие комментарии создавались после средних и малых. Большинство сохранившихся до нас комментариев составляют парафразы. Большие комментарии в значительной части известны лишь в древнееврейском и латинском переводах. Так же мало дошло до нас на языке оригинала средних комментариев.
Уже одних этих толкований к необъятному философскому наследию Аристотеля было бы достаточно, чтобы обессмертить имя их создателя. Это был действительно научный подвиг — не владея греческим языком и исходя лишь из сравнительного анализа наличных переводов сочинений Стагирита и его комментаторов, проникнуть в тончайшие изгибы мысли великого античного философа и представить разработанные им учения в освобожденной от неоплатонистских примесей форме. Да и сами эти комментарии можно назвать таковыми только в ограниченном смысле, ибо кордовский мыслитель вполне самостоятельно трактовал в них (особенно в комментариях к «Метафизике» и к книге «О душе») вопросы, которые остались после Аристотеля нерешенными, но приобрели ко времени жизни Ибн-Рушда первостепенное, актуальное значение.
