В конце 1992 года Новодворская и часть членов ДС создали организацию Демократический союз России (ДСР). В сентябре 1993 года после издания антиконституционного указа президента Бориса Ельцина о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета РФ была одной из первых, кто поддержал этот указ. Организовывала митинги в поддержку президента. После штурма здания Верховного Совета войсками, верными Ельцину, Новодворская угощала на улице прохожих шампанским в честь победы Ельцина над Съездом и парламентом.
В октябре 1993 года участвовала в учредительном съезде блока «Выбор России». Собиралась баллотироваться в Иваново, но не смогла собрать необходимое число подписей.
19 марта 1994 года Краснопресненская прокуратура начала проверку деятельности Валерии Новодворской по статьям 71 и 74 УК РФ (пропаганда гражданской войны и разжигание межнациональной розни) из-за ряда статей, опубликованных в газете «Новый Взгляд». 27 января 1995 года из-за них Генеральной прокуратурой РФ было возбуждено уголовное дело. 8 августа 1995 года прокуратурой Центрального округа Москвы дело было прекращено за отсутствием в ее действиях состава преступления.
В июне 1994 года участвовала в учредительном съезде партии «Демократический выбор России».
14 августа 1995 года Московская городская прокуратура возбудила очередное уголовное дело против Новодворской. Поводом послужила листовка, написанная Новодворской к пикету ДСР 8 апреля. Дело было передано в Останкинскую прокуратуру, которая не нашла в листовке состава преступления.
В декабре 1995 года на выборах в Госдуму 2-го созыва Новодворская вошла в избирательный список Партии экономической свободы. Кроме этого, Новодворская зарегистрировалась в одномандатном округе № 192 Москвы, но выборы проиграла и в Госдуме 2-го созыва (1995–1999) была помощником депутата Константина Борового.
11 марта 1996 года Московская городская прокуратура отменила решение прокуратуры Центрального округа Москвы от 8 августа 1995 года о прекращении дела (№ 229120) в отношении Новодворской. Дело было направлено для повторного расследования в прокуратуру Северо-Восточного округа Москвы.
10 апреля 1996 года Валерии Новодворской было предъявлено обвинение по статье 74-й, части 1-й (умышленные действия, направленные на разжигание национальной розни). Перед выборами Президента РФ поддерживала кандидатуру Григория Явлинского. После первого тура выборов, вместе с Демократическим союзом России, предложила лидеру «Яблока» «немедленно и без всяких условий отдать голоса своих сторонников Борису Ельцину».
22 октября 1996 года Московский городской суд отправил на доследование дело № 229120 в отношении Валерии Новодворской.
В конце августа 2008 года на время отлучена от эфира радиостанции «Эхо Москвы» за слова о Шамиле Басаеве, которые главный редактор радиостанции Алексей Венедиктов посчитал оправданием терроризма. Когда чуть позднее в своем блоге Валерия Новодворская назвала Басаева «нелюдью», проблема была исчерпана.
В марте 2010 года подписала обращение российской оппозиции «Путин должен уйти». В 2013 году совместно с Константином Боровым приступила к созданию партии «Западный выбор».
В последние полгода своей жизни Валерия Новодворская поддерживала Евромайдан, курс Украины на вступление в Европейский союз и свержение с поста Президента Украины Виктора Януковича и правящей «Партии регионов».
15 марта 2014 года приняла участие в Марше мира в Москве против вооруженного вмешательства российских властей во внутренние дела Украины. Новодворская вышла с плакатом «Банда Путина, геть в Нюрнберг». В марте 2014 года записала видеообращение к активистам украинского «Правого сектора», в котором призывала их активнее влиять на новое украинское правительство, чтобы противостоять России. По мнению следователя МВД РФ в отставке Павла Карпова, распространенное в Интернете обращение Новодворской к Дмитрию Ярошу является публичным призывом к осуществлению экстремистской деятельности, разжигает ненависть и вражду.
18 марта 2014 года в заявлении ЦКС «Демократический Союз» Новодворская подвергла резкой критике Россию за ее внешнюю политику по отношению к Украине, сказав что «Демократический Союз» не признает ни сам факт проведения референдума под дулами российских пушек и автоматов, ни его сфальсифицированные результаты. «Крымские татары не участвовали в этом референдуме. Но это не самая большая ложь, которую позволил себе штандартенфюрер России, г-н Путин. Он смеет заявлять о единодушной поддержке своего безумного решения о присоединении Крыма. Так вот, „Демократический Союз“ не признает этого аншлюса, не признает аннексии Крыма, считает Крым украинской территорией и не желает солидаризироваться с фашистским государством, которое идет, возглавляемое чекистами, по сталинско-гитлеровскому пути. Россия объявила Украине войну. В этой войне мы на стороне Украины». Также по мнению Новодворской: «Крым для порядочных людей закрыт — раз Украина его лишилась, значит, и мы не будем пользоваться. А непорядочные пусть съездят и отдохнут без воды, без света и без еды. Пусть Путин им дает сухой паек. Предавшие Украину крымчане, решившие прибарахлиться российской пенсией, пусть жарят ее на керогазе, потому что больше жарить скоро будет нечего».
В апреле 2014 года Новодворская заявила о принятии воинской присяги на верность Украине. В июне 2014 года на просьбу прокомментировать гибель российских журналистов на Украине Новодворская заявила следующее: «Их никто не старался специально убить. Стреляли не по журналистам, стреляли по врагам, по „колорадам“. Они стояли среди них, они не кричали: „Не стреляйте, мы журналисты!“ <…> Тот, кто ведет репортажи с фронта, должен быть готов к подобному финалу. Никто не пляшет на их могиле. <…> Никто не хотел их убивать. Я не буду делать вид, что проливаю о них слезы. Это были очень плохие люди. Но это не значит, что их надо было убивать. Жаль, что погибли».
12 июля 2014 года Валерия Новодворская была госпитализирована в реанимацию отделения гнойной хирургии московской ГКБ № 13, где, как сообщил ряд СМИ, скончалась от флегмоны левой стопы, осложненной сепсисом. Как рассказали близкие, травму на левой ноге она получила еще полгода назад и пыталась вылечить ее самостоятельно. По сообщениям, смерть наступила от инфекционно-токсического шока.
16 июля тысячи людей пришли проститься с Валерией Новодворской в Сахаровском центре Москвы. По просьбе собравшихся телеграмму Путина зачитывать не стали. Гроб с телом Новодворской провожали скандированием: «Герои не умирают», «Россия будет свободной». Затем состоялось отпевание в Николо-Архангельском крематории.
