В период опалы сэру Генри пришлось немало потрудиться, чтобы оградить себя от нападок политических противников, регулярно писавших на него жалобы двору и подававших против него иски в суды различных инстанций. А в 1685 году имя Моргана появилось на страницах английских газет в связи с громким судебным процессом, на котором он через своего адвоката потребовал возмещения морального ущерба за клевету от двух издателей книги Эксквемелина.
Как известно, первое издание упомянутого сочинения вышло на голландском языке в 1678 году в амстердамской типографии Яна тен Хорна под названием «De Americaenshe Zee-Roovers» («Американские морские разбойники»). В 1679 году книга Эксквемелина была издана в Германии на немецком языке. Спустя два года, в 1681 году, вышло ее испанское издание — под названием «Пираты Америки», а в 1684 году в лондонских издательствах Уильяма Крука и Томаса Мальтуса появились английские версии книги — под названиями «Буканьеры Америки» и «История буканьеров»; при этом издатели воспользовались переводами как с голландского, так и с испанского изданий. Естественно, книга привлекла внимание Моргана. Поскольку в ней он был назван кабальным слугой и изображен кровожадным пиратом, совершившим массу чудовищных преступлений, сэр Генри не мог не отреагировать на подобную дискредитацию его имени. Он поручил своему лондонскому поверенному в делах Джону Грину подать иск против Крука и Мальтуса, требуя от каждого по десять тысяч фунтов стерлингов возмещения за моральный ущерб.
В иске против Мальтуса, направленном в Суд Королевской Скамьи, сообщалось: «…несмотря на то, что семья Морганов всегда сохраняла верность и естественную привязанность к королю, добыла добрую славу как на море, так и на суше, с отвращением и омерзением относилась к преступным деяниям, пиратству и т. п.; что в Вест-Индии имеются такие воры и пираты, именуемые буканьерами, которые кормятся пиратством, хищничеством и всевозможными злодеяниями без разрешения законных властей; что Генри Морган всегда питал и до сих пор питает ненависть к этим людям, однако Томас Мальтус, незнакомый с этими фактами, умудрился нанести ущерб доброму имени и репутации Генри Моргана, печатая, распространяя и обнародуя заведомо фальшивый, вредный и известный пасквиль под названием “История буканьеров”».
Иск аналогичного содержания был подан также против Крука. Оба иска поступили в суд на Пасху 1685 года. О результатах разбирательства по делу Крука «Лондонская газета» сообщила 8 (18) июня:
«Вестминстер, 1 июня. Недавно были опубликованы две книги, одна — Уильямом Круком, другая — Томасом Мальтусом, под названием “История буканьеров”; обе книги содержат много лживых, скандальных и вредных размышлений о жизни и деяниях сэра Генри Моргана с Ямайки, рыцаря. Названный сэр Генри Морган через судебное разбирательство в Суде Королевской Скамьи получил возмещение за клевету в размере 200 ф. ст. И по смиренной просьбе и ходатайству Уильяма Крука милостиво прекратил судебное преследование названного Крука, приняв признание им вины и обнародование сего в печати».
Томас Мальтус должен был уплатить Моргану за моральный ущерб 210 фунтов стерлингов. Оба издателя поспешили напечатать свои извинения в виде пространных предисловий к новым изданиям книги. В этих предисловиях они изобразили сэра Генри «доблестным рыцарем без страха и упрека», а Эксквемелина упрекнули в предвзятом отношении к англичанам вообще и к Моргану в частности. Впрочем, как справедливо заметил Тим Северин, «большая часть сенсационных подробностей, приводимых Эксквемелином, никуда не делась, поскольку издатели не были глупцами и отлично понимали, отчего книга так хорошо продается».
После смерти короля Карла (он умер 6 февраля 1685 года по юлианскому календарю) на трон под именем Якова II Стюарта взошел его брат герцог Йоркский. Совету Ямайки об этом стало известно лишь через два месяца — 13 (23) апреля. Все ожидали смены правительства и значительных изменений как во внутренней, так и во внешней политике Великобритании.
Спустя несколько месяцев новым губернатором Ямайки был назначен сэр Филипп Хоуард. В инструкциях, которые он получил, ему запрещалось самовольно возвращать в Совет Ямайки сэра Генри Моргана и других лиц, ранее выведенных из его состава Линчем. Хоуард должен был внимательно изучить все обстоятельства, связанные с их увольнением, и подать рапорт об этом правительству, которое оставляло за собой право принятия окончательного решения по данному вопросу. Но неожиданная смерть Хоуарда привела к тому, что Хендер Моулзвёрт остался исполнять обязанности губернатора и в следующем году.
Весной 1686 года было объявлено о выборах в новую ассамблею Ямайки, которая должна была начать работу 2 (12) июня. Борьба за депутатские кресла была жаркой; при этом Морган и его сторонники выступили против политики губернатора, поощрявшего продажу африканских невольников в испанские колонии и сбивавшего цены на сахар. Моулзвёрт скрипел зубами и жаловался государственному секретарю на то, что сэр Генри пытается во что бы то ни стало «протолкнуть» в состав ассамблеи своих людей.
Усилия Моргана получили поддержку прежде всего в северных округах, где на новых сахарных плантациях потребность в рабском труде ощущалась особенно остро. В конце концов Роджер Эллетсон и Генри Арчболд были избраны в ассамблею от прихода Сент-Джордж, Томас Баллард и Эндрю Лэнгли победили на выборах в приходе Сент-Мэри, Уильям Брэгг — в приходе Сент-Энн, а бывший секретарь Моргана Джон Пик — в Кларендоне.
Пользуясь поддержкой большинства членов новой ассамблеи, Эллетсон инициировал принятие ряда законов в интересах плантаторов, однако губернатор отказался их одобрить. Началась привычная открытая и закулисная борьба между сторонниками губернатора и оппозицией. Моулзвёрт вынужден был лавировать. На заседании Совета Ямайки, которое состоялось 13 (23) октября, губернатор напомнил присутствующим, что на следующий день будет отмечаться день рождения короля. Вся ямайская элита, включая оппонентов, была приглашена на роскошный ужин и бал-маскарад, организованный усилиями жены губернатора. Играла музыка, на улицах горели праздничные костры, а в небе рассыпались огни фейерверков.
Между тем король Яков подыскал на пост губернатора Ямайки нового кандидата в лице сэра Кристофера Монка, второго герцога Альбемарля. Герцог, безусловно, симпатизировал Моргану, которому ранее покровительствовал его покойный отец, и по этой причине в октябре попросил короля позволить вернуть сэра Генри Моргана и Роберта Биндлосса в Совет Ямайки. Однако король отклонил эту просьбу, рекомендовав Альбемарлю сначала осмотреться на новом месте и вникнуть в дела.