Перед выборами Березовский придумал и навязал «семье» Ельцина, перепутанной отсутствием перспективы и очевидной силой губернаторов, объединявшихся вокруг Лужкова и Е. М. Примакова в блок «Отечество — Вся Россия», идею создания новой «партии власти» — не идеологизированного, объединяющего авторитетных в стране людей предвыборного блока «Мужики». Итоговое название «Единство» впоследствии трансформировалось в «Единую Россию».
«Семья» и реформаторы были тогда полностью деморализованы и готовы за малые обещания сдать власть Лужкову, но Березовский, страдавший от гепатита и практически находясь в бреду, переломил ситуацию.
Его пути вновь разошлись с Гусинским, поддержавшим через НТВ Лужкова и Е. М. Примакова, считая губернаторов единственной реальной силой. Березовский же видел разрозненность, а главное — глубочайшую, вплоть до психологической, зависимость «губернаторской вольницы» от федерального центра и ее готовность подчиниться любым, сколь угодно слабым, но демонстрирующим уверенность его представителям. Поэтому Березовский приложил много сил для формирования «Единства», а главное — превратил ОРТ в инструмент информационной войны против Лужкова и Е. М. Примакова. Фраза одного из его «телекиллеров» того времени «Казалось бы, при чем здесь Лужков?» обогатила русский язык, а Е. М. Примакова довели до того, он в прямом эфире позвонил, чтобы пожаловаться на информационный беспредел и выплеснуть свои чувства, в аналитическую программу поддерживающей его НТВ.
В августе 1999 года, когда банда Басаева вторглась в Дагестан, а в России начали взрывать жилые дома, взошла звезда директора ФСБ В. В. Путина. Рассмотрев всех мыслимых «политических тяжеловесов» того времени (на поверхности в этой роли побывали Аксененко со Степашиным), «семья» и обе враждующие олигархические группировки (Чубайса и Березовского), схватились за него, как за соломинку. Березовский, похоже, наравне с Чубайсом и «семьей» стал одной из главный движущих сил, продвигавших В. В. Путина в президенты (правда, его заявления о финансировании кампании В. В. Путина были ложью; насколько можно судить, этим занимался Абрамович).
Его отчаянные и бездоказательные обвинения последующих лет в том, что «ФСБ взрывает Россию», позволяют предположить, что он знал больше, чем говорил, — но не мог поделиться своим знанием. Его связи с боевиками не позволяют допустить, что он мог находиться в стороне от организации рейда Басаева и взрывов домов в Москве, а влияние на ФСБ могло быть использовано для отдачи приказов ее представителям. Тогдашние слухи, что именно Березовский дал Басаеву деньги «на войну», были подкреплены Ахматом Кадыровым, утверждавшим, что накануне вторжения в Дагестан Березовский дал Басаеву миллион долларов «для укрепления дружбы между народами».
А до того, по словам боевика Арсанова, «вице–президента Ичкерии» при Масхадове, Березовский передавал Басаеву 2 млн. долл, на «восстановление завода в Чири — Юрте»…
Консолидация общества вокруг власти в противодействии террору обеспечила победу «Единства» и отодвинула «Отечество — Всю Россию» на третий план. Но для подавления губернаторской вольницы «Единство» вступило в союз с КПРФ, — и, лишь по- с '[глотив с е помощью «Отечество», вернуло КПРФ в положение оппозиции.
Теракты объединили общество и сделали его символом и. о. премьера В. В. Путина, который политически выразил его стремление к самоуважению и порядку после долгих лет кромешного хаотического воровства.
Естественно, что их символ — Березовский — не мог прийтись «ко двору», хоть В. В. Путин и считал его «неординарным и творчески мыслящим человеком, с которым полезно периодически общаться».
Но это было впереди, а в октябре 1999 года Березовский пошел в Госдуму по одномандатному округу Карачаево — Черкесии. Встречаясь с избирателями, он «на голубом глазу» заявил: «Мой христианский долг — построить вам мечеть!» В ноябре с него были официально сняты обвинения по «делу «Аэрофлота»», и в декабре он стал депутатом.
В парламентские группы не входил, в декабре записался в комитет по международным делам, но влияния на принятие решений уже не имел: его власть ушла вместе с Т. Дьяченко, способной вертеть Ельциным.
После ухода Ельцина в отставку и официального назначения В. В. Путина преемником его избрание было предрешено. Чубайс осознал изменение соотношения сил и занял соответствующую новой ситуации безоговорочно подчиненную позицию. Березовский же пытался руководить им, навязывался ему, метался за ним по всей стране, прося встречи, а в середине марта в Воронеже и вовсе начал прохаживаться перед почетным караулом, дискредитируя собой В. В. Путина.
Это непонимание очевидного вызывало даже не раздражение, а недоумение, и на Березовского просто перестали обращать внимание. Худшего оскорбления этому влюбленному в себя гешефтмахеру нанести было нельзя, но остановиться он не мог.
Березовский попытался «размяться» на Карачаево — Черкесии, но неудачно: в апреле 2000 года ее совет старейшин обвинил его в попытке сменить главу республики Семенова на мэра Черкесска (и, по слухам, водочного «короля») Дерева и в отказе от своих предвыборных обещаний (по привычной для Березовского формуле «деньги были, деньги будут, но сейчас денег нет»),
В конце мая Березовский в открытом письме президенту В. В. Путину выразил протест против пакета законопроектов, нацеленных на создание «вертикали власти» (в частности, против создания 7 федеральных округов), назвав их антидемократичными и угрожающими федеративным основам России.
Протестуя против укрепления государства, Березовский выступил не только против В. В. Путина, объявив ему войну, но и против стремлений общества, разоблачив себя в его глазах как враг, желающий ввергнуть Россию обратно в кошмар олигархического беспредела. Факт публикации открытого письма демонстрировал отсутствие у Березовского влияния на власть и, по сути, его беззащитность.
И уже в июле ему пришлось призвать руководство России к финансовой амнистии, чтобы не дать преследовать олигархов за нарушение законов, которых они не могли соблюсти в прошлом. В его устах это было признанием в воровстве, — с не имеющим оснований и выглядящим наглостью требованием простить его.
В середине июля он, ощутив свою беспомощность в Госдуме, отторгавшей его как личность, сложил депутатские полномочия из–за нежелания «участвовать в развале России и установлении в ней авторитарного режима». За досрочное прекращение его полномочий высказалось 98 % голосовавших — 346 из 353.
Пытаясь вернуться в политику, он организовал в августе открытое письмо «Россия на перепутье. Обращение к обществу» с предложением создать новое демократическое движение для противостояния авторитарным тенденциям. Помимо самого Березовского, его подписали забытый организатор перестройки Яковлев, только что уволенный с должности первого заместителя руководителя администрации президента бывший гендиректор ОРТ Шабдурасулов, писатель Аксенов, забытый перестроечный публицист Лацис, режиссеры Любимов и Говорухин, актеры Меньшиков и Бодров–младший.
Поддержки в обществе эта суета не получила и последствий (кроме формирования из наименее уравновешенных или жадных до денег Березовского демократов изначально фейковой партии «Либеральная Россия») не имела.
В октябре 2000 года Березовский сообщил о передаче контролируемых им 49 % акций ОРТ отобранным им представителям интеллигенции, но через два месяца выяснилось, что это было всего лишь «предложение», которое он и отозвал.
В середине октября Березовский был допрошен по делу «Аэрофлота». В ноябре он торжественноотказался давать показания в знак протеста против «давления» на него и обвинил В. В. Путина в том, что его избирательная кампания финансировалась швейцарскими фирмами Березовского, работавшими с «Аэрофлотом», — то есть на краденые у «Аэрофлота» деньги.
В конце 2000 года он бежал в Лондон, успев учредить в Москве «Фонд гражданских свобод» и пообещав дать на «развитие гражданского общества» 25 млн. долл, за 5 лет. Вероятно, чтобы иметь возможность скрыться от правосудия, он продал Абрамовичу свои долю в «Сибнефти» и «Русском алюминии», а при его посредничестве — в ОРТ (половина его бизнеса принадлежала А. Ш. Патаркацишвили, и они получили от продажи примерно по 1 млрд. долл.).
Интересно, что Березовский оказался акционером компании, созданной братом президента США Буша.
В апреле 2001 года он опубликовал в «Коммерсанте» открытое письмо «Остановитесь!», протестующее против усмирения Гусинского, также вздумавшего применить против государства привычный по 90‑м информационный шантаж, что привело к потере им НТВ и (после кратковременного ареста) бегству из России. Это особенно забавно выглядело после того, как весной 2000 года Березовский поддержал его арест, заявив: «Разница между нами очень простая. Я государство укрепляю. А Гусинский — разрушает».