Первыми о захоронениях польских офицеров в Катынском лесу Смоленской области узнали от местных жителей летом 1942 г. польские рабочие из команды «Тодт», занимавшиеся ремонтом железнодорожных путей. Они установили на этом месте два березовых креста. В феврале 1943 г. могилами заинтересовалась немецкая тайная полиция. 13 апреля 1943 г. радиостанции германского рейха передали в эфир сообщение об «обнаружении в окрестностях Смоленска могил польских офицеров, убитых ГПУ».
16 апреля 1943 г. Совинформбюро опубликовало опровержение. В нем сообщалось, что якобы польские военнопленные, которые находились на строительных работах западнее Смоленска, летом 1941 г. попали в руки к немцам и были ими расстреляны. Эта версия стала официальной, хотя время расстрела называлось по-разному.
17 апреля 1943 г. польское правительство в изгнании обратилось к Международному комитету Красного Креста с просьбой о посылке делегации под Смоленск для эксгумации трупов из захоронений. С аналогичным обращением выступило правительство Германии. МККК согласился содействовать в установлении истины при условии, что к нему обратятся все заинтересованные стороны, то есть и СССР. Однако сталинское руководство отказалось сделать это, обвинило Польшу в пособничестве фашистской Германии и расторгло дипломатические отношения с польским правительством.
В Катынском лесу с 29 марта по 7 июня 1943 г. (3 июня были засыпаны прежние могилы, 7 июня закончилось перезахоронение останков) велись работы по эксгумации трупов польских военнопленных, которые с 15 апреля практически осуществляла Техническая комиссия Польского Красного Креста под наблюдением немцев. Были вскрыты 7 могил полностью, восьмая — частично; доказано нахождение в могилах по немецким данным — 4.123 трупа, по польским — 4.243 трупа; большую часть из них (2.730) удалось идентифицировать. Они были снабжены согласно списка жетонами и уложены по порядку. Обширная коллекция вещественных доказательств была передана немцам по их требованию (однако две копии детальных протоколов и часть вещественных доказательств полякам удалось сохранить и они находятся в настоящее время в Кракове, сохранены также дневники и записки военнопленных, 20 из которых опубликованы).
В апреле 1943 г. для придания международного резонанса в Берлине была создана Международная комиссия по расследованию обстоятельств Катынского дела. В нее вошли эксперты из 12 европейских стран. 28—30 апреля комиссия провела работу по осмотру извлеченных из могил по выбору ее членов 9 трупов и подготовила судебно-медицинскую экспертизу, не беря на себя решение других вопросов, хотя ей была предоставлена возможность выслушать свидетелей и осмотреть вещественные доказательства. Венгерский профессор судебной медицины и криминологии Ф. Оршос выдвинул гипотезу, что расстрел имел место в 1940 г.
10 июня 1943 г. информбюро Германии опубликовало «Официальный материал по делу массового убийства в Катыни», в котором делался вывод о том, что в могилах обнаружены захоронения польских офицеров, расстрелянных в 1940 г. органами НКВД. Геббельсовская пропаганда широко использовала катынское злодеяние для «сохранения боевого духа» немецких солдат — и запугивания подобными перспективами в случае сдачи в плен.
В июне 1943 г. генеральный секретарь Польского Красного Креста К. Скаржиньский подготовил «Доклад из Катыни. Отчет для служебного пользования Польского Красного Креста. Отчет Технической комиссии Польского Красного Креста о ходе работ в Катыни», в котором виновный прямо не определялся, но приводились многочисленные документы и другие доказательства, предполагающие датировку расстрелов концом марта — началом мая 1940 г. В докладе определялись количество и локализация могил, число жертв (с указанием на то, что в не до конца обследованной восьмой могиле число трупов, судя по ее размерам, не должно превышать нескольких сотен). Подчеркивалась проведенная идентификация трупов. Факт использования немецкого оружия не был признан определяющим для установления вины той или иной стороны. ПКК не дал втянуть себя в орбиту гитлеровской пропаганды и решительно отказался сообщить немцам свое заключение о дате расстрела (документ был опубликован лишь в 1989 г.).
26 сентября 1943 г. Смоленск был освобожден от немцев.
В январе 1944 г. в связи с событиями на международной арене и развитием отношений с польским правительством в эмиграции Сталин был заинтересован еще раз подтвердить обвинения в его адрес путем возобновления разыгрывания «катынской карты».
После посещения Катыни заместителями наркома внутренних дел С.Н. Кругловым и В.Н. Меркуловым и инструктажа С.Н. Круглова (т. 3/55. Л.д. 91—110) 16—23 января 1944 г. в Катынском лесу работала государственная комиссия во главе с академиком Н.Н. Бурденко, по результатам деятельности которой было опубликовано «Сообщение Специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров».
Версия комиссии строилась на основе доклада С.Н. Круглова, который «информировал» о размещении штаба германского 517-го стройбата на даче НКВД, о расстрелах как специальной функции этого подразделения, характеризовал действия немцев и настроения населения, называл свидетелей и приводил содержание показаний, утверждал о доставке трупов из других мест, о расстрелах находившихся на строительных работах поляков в конце августа — сентябре 1941 г. и т.д.
Задачи комиссии Н.Н. Бурденко, однозначно вытекавшие из ее названия, определялись в письме возглавлявшего Чрезвычайную государственную комиссию по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников, председателя Президиума Верховного Совета Н.М. Шверника, посылавшего Н.Н. Бурденко для ознакомления немецкое заключение — «германскую фальшивку» — с рекомендацией открыто не полемизировать с нею (т. 3/55. Л.д. 1).
Обстоятельства и время создания комиссии, краткая продолжительность ее деятельности (С.Н. Круглов ориентировал на 4 дня — см.: там же. Л.д. 86, 91—105), определение задач, ход и методы работы говорят о чрезмерной спешке и предвзятости, невозможности получить убедительные результаты.
Работа велась в январе, когда проведение раскопок было чрезвычайно затруднено из-за морозов. Руководителями были четыре члена Минского комиссариата НКВД. Эксгумация проводилась до приезда комиссии. Экспертиза останков была повторной, но тщательное обследование, уточняющее предыдущие, было практически невозможно (оно исключалось и директивой Н.М. Шверника). Имевшаяся нумерация трупов (жетоны) была проигнорирована, идентификация личности погибших не проводилась. Комиссия не только не была международной, но даже не включала деятелей находившейся в СССР польской общественности (например, Союза польских патриотов) как представителей потерпевшей стороны.
Объем работ судебно-медицинских экспертов, руководимых директором НИИ судебной медицины, главным судебно-медицинским экспертом Министерства здравоохранения СССР В.И. Прозоровским был принципиально иным, чем в экспертизе первичного исследования в 1943 г.: производилось полное секционное исследование всех извлеченных трупов (вскрытие полостей головы, груди, живота). В акте экспертизы 1944 г. было указано, что обследовано 925 трупов, а в сообщении комиссии — 1380 трупов. Установка была дана на изобличение определенного способа расстрела, якобы характерного для немецких палачей, на поиск опровержения выводов немцев.
Комиссия стремилась показать, что немцы якобы не проводили экспертных исследований, ограничиваясь осмотром трупов. Поскольку для определения причины смерти при наличии явного огнестрельного повреждения головы и очевидного отсутствия других повреждений на одежде и теле большинства погибших достаточно одного осмотра головы, можно оценить работу в ходе эксгумации в 1943 г. как вполне позволяющую ответить на возникшие вопросы. С этой точки зрения как явно пропагандистское воспринимается утверждение наркома просвещения В.П. Потемкина и других членов Специальной комиссии о якобы некачественном исследовании трупов немцами (следовательно, и поляками).
Следует подчеркнуть, что в материалах настоящего дела отсутствуют полные протоколы судебно-медицинских исследований останков экспертами комиссии Н.Н. Бурденко, «соответствующий материал для последующих микроскопических и химических исследований в лабораторных условиях» (см. «Акт судебно-медицинской экспертизы» сообщения). Упомянутые материалы не удалось обнаружить в различных архивах и в ходе настоящего следствия. В то же время именно эти документы должны были лечь в основу, на которой базировала бы свои выводы комиссия судебно-медицинских экспертов (в рамках комиссии Н.Н. Бурденко). В свою очередь, ряд основополагающих выводов комиссии Н.Н. Бурденко строились на выводах акта судебно-медицинской экспертизы.
