Следующая постановка мин в Ирбенском проливе, в которой участвовал «Стойкий», была произведена в ночь с 26 на 27 июня. Вечером 26 июня «Стойкий», приняв 64 мины в составе дивизиона, под флагом В.П. Дрозда вышел на минную постановку в Ирбенский пролив. В 23.32 между мысом Колкасрагс и островом Рухну сигнальщик шедшего головным «Стойкого» обнаружил перископ подводной лодки. Корабли повернули на лодку и в строе пеленга открыли огонь ныряющими снарядами, а затем произвели раздельное бомбометание, после чего, построившись в строй кильватера, продолжили движение.
27 июня в 221 при подходе отряда к месту постановки в районе мели Михайловской с юго–запада появилась группа торпедных катеров противника, атаковавших эсминцы. Торпедой был поврежден «Сторожевой» (у него оторвало носовую оконечность).
Оставив поврежденный корабль под охраной малых охотников, командир отряда легких сил решил продолжать минную постановку. Во время постановки мин эсминцы вновь были атакованы торпедными катерами противника, действовавшими под прикрытием дымовых завес. Атака была отражена артиллерийским огнем. «Стойкий», увеличив скорость и изменив курс, уклонился от двух торпед, одна из них прошла под кораблем в районе мостика, другая за кормой. После атаки торпедные катера противника скрылись за дымовой завесой в южном направлении. После отражения атаки торпедных катеров корабли отряда продолжали постановку мин. Всего эсминцы поставили 210 мин и 40 минных защитников.
Уже 27 июня части вермахта вышли к Западной Двине, началась эвакуация Риги. В тот же день командующий КБФ дал указание об эвакуации Прибалтийской военно–морской базы. В 18.00 отряд легких сил — «Киров» и пять эсминцев, в том числе и «Стойкий», в сопровождении четырех торпедных катеров вышел из Усть–Двинска и в 1.07 28 июня встал на рейде Куйвасте.
Противник минировал Ирбенский пролив и устье Финского залива, для траления фарватеров не хватало тральщиков. Свободным от мин оставался пролив Муху–Вяйн (Моонзунд), соединяющий Рижский и Финский заливы. Однако глубина его была меньше осадки крейсера. Для углубления фарватера прибыли землечерпалки. Трое суток, пока они работали, «Стойкий» находился в дозоре у входа в пролив из Рижского залива.
30 июня в 23.03 «Киров» снялся с якоря и, ведомый буксирами, двинулся по фарватеру. За ним шли эсминцы, подводные лодки, транспорты и другие суда. В 13.45 1 июля крейсер отдал буксиры и пошел 14–уз. ходом (скорость отряда ограничивалась скоростью тральщиков, идущих с тралами). Сопровождавшие крейсер эсминцы «Стойкий», «Сметливый» и «Грозящий» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. Вечером 1 июля отряд прибыл в Таллин.
Большие потери немцев, вызванные активной обороной наших войск, резко снизили темпы наступления фашистских армий. Уже в начале июля немцы начали испытывать острый недостаток в войсках и технике, пополнение которыми сухопутным путем было затруднено. В этих условиях морские сообщения между портами Германии и Рижским заливом приобретали для противника важное значение. Через порты Рижского залива немецкое командование намеревалось осуществить снабжение своей Северной группы войск, действовавшей против Ленинграда. Для обеспечения успешной обороны советских войск на северо–западном направлении КБФ была поставлена важная задача — нарушать морские сообщения противника, ведущие в порты Рижского залива, и тем самым воспрепятствовать усилению немецких войск под Ленинградом и в Прибалтике.
Командующий флотом решил главный удар по конвоям противника наносить надводными кораблями, авиацией и береговой артиллерией в Ирбенском проливе, где движение и маневр кораблей и транспортов противника очень стеснены минными заграждениями. Основными корабельными силами, привлеченными для решения этой задачи, являлись эскадренные миноносцы отряда легких сил и торпедные катера.
Утром 12 июля «Стойкий» и «Сильный» вышли из Таллина и направились в Моонзунд, где уже находились пять эсминцев. «Стойкий» в Моонзундском проливе правым винтом коснулся грунта, повредил лопасти и расстроил линию вала, но продолжил выполнение задачи.
В тот же день — 12 июля — противник предпринял первую попытку провести большой конвой в Рижский залив. Истребители, вылетевшие на разведку в Ирбенский пролив, обнаружили большой конвой противника из 50 кораблей в составе транспортов и мелких судов. Конвой шел в охранении восьми миноносцев, трех сторожевых кораблей и большого количества сторожевых и торпедных катеров. Штаб флота получил донесение об обнаружении конвоя противника в 1720. К этому времени конвой уже прошел Ирбенский пролив и находился у мыса Колкасрагс. В узкой части Ирбенского пролива конвой был обстрелян батареей № 315, затем на его поиск вылетели бомбардировщики и вышли торпедные катера.
Эскадренные миноносцы должны были найти и атаковать противника утром на подходе к порту выгрузки. Корабли (7 эсминцев и 2 сторожевых корабля) вышли на поиск конвоя только в 6 часов 13 июля. Отряд разделился на три группы. «Стойкий», «Гордый», «Грозящий» и «Сильный» шли центральной частью залива до видимости Даугавгрива. В 13 часов все корабли, не обнаружив конвоя, соединились у Рижского буя, обстреляли порт Даугавгрива и вернулись в Моонзунд. В.П. Дрозд приказал «Стойкому» идти в Таллин, сменить поврежденный винт. 14 июля эсминец встал на Таллинском рейде.
18 июля «Стойкий» под брейд–вымпелом командира дивизиона Г.С. Абашвили совместно с «Сильным» вышел в Кронштадт, эскортируя подводные лодки «С–101» и «С–102». Корабли шли за тральщиками.
В Кронштадте «Стойкий» встал к стенке Морского завода для ремонта, который продлился почти месяц. В доке правый гребной вал заменили другим, взятым со «Сторожевого». Попутно на эсминце смонтировали гидроакустическую станцию «Ультра–фон», два 37–мм автомата 70–К, установили два бомбомета «БМБ–1».
14 августа Д.Я. Самус предал командование «Стойким» бывшему старпому капитан–лейтенанту, затем капитану 3–го ранга Б.П. Левченко.
22 августа эсминец, взяв на борт 75 минных защитников, совместно с минным заградителем «Марти» и эсминцем «Сильный» вышел к острову Гогланд, однако из‑за разыгравшегося шторма выставить заграждение не удалось, и корабли на следующий день вернулись в базу.
С 25 по 27 августа «Стойкий» совместно с «Сильным» поддерживал наши войска на побережье Выборгского залива. Эсминец выпустил 490 130–мм снарядов по неприятельским позициям в районе Койвиста и Лиханиеми и еще 60 по транспортам в районе Транзунда. К сожалению, стрельба по берегу велась без корректировки, и ее эффективность оказалась низкой. Не подтвердилось и донесение о потоплении корабельной артиллерией вражеского транспорта. 28–30 августа «Стойкий» стоял в готовности к открытию огня у Койвисто, а 31 августа вернулся в Кронштадт.
3 сентября «Стойкий» с минзагом «Урал» и эсминцем «Сильный» вышел на минную постановку в район южнее Гогланда. Эсминец выставил 80 минных защитников. Во время постановки корабли были обстреляны батареей с острова Торсари. Корабли поставили дымовую завесу, и батарея прекратила огонь. В ночь на 14 сентября эсминец выставил 64 мины в районе банки Вигрунд.
Утром 15 сентября «Стойкий» был отправлен из Кронштадта в Ленинград в распоряжение штаба Морской обороны города. Эсминец занял позицию в Морском канале Ленинградского порта. С 16 сентября по 21 октября корабль принимал активное участие в обороне города. За это время он провел 54 стрельбы главным калибром, выпустив 576 фугасных снарядов. Неоднократно зенитчики «Стойкого» открывали огонь и по вражеским самолетам. 18 сентября на берег в морскую пехоту был отправлен взвод моряков эсминца.
Несколько раз эсминец, используя корректировочный пост, вел контрбатарейную стрельбу. 6 октября, во время одной из таких дуэлей, немецкий 210–мм снаряд, отрикошетив от стенки набережной («Стойкий» находился в Гутуевском ковше торгового порта), пробил насквозь оба борта корабля в районе 41–го шпангоута и разорвался в воде. Попадание было крайне опасным — снаряд прошел через 2–й и 4–й погреба 130–мм и 45–мм боезапаса. Во 2–м погребе он разбил стеллаж с 12,7–мм пулеметными патронами, которые загорелись, а затем взорвались, смяв переборку на 51–м шпангоуте и вспучив верхнюю палубу по всей ширине. К счастью, мгновенной детонации остальных боеприпасов не произошло, а хлынувшая через пробоину вода быстро затопила оба погреба. Вспыхнувший пожар в кубрике был быстро ликвидирован силами личного состава, потери экипажа составили 9 человек ранеными.
В течение 6 минут эсминец отдал швартовы и вышел из зоны обстрела (правда, в спешке навалился на пирс и повредил гребной винт). Боцманская команда пыталась завести пластырь на пробоину в борту. Корабельные средства не справлялись с откачкой воды, был уже затоплен центральный артиллерийский пост. Носовая часть погружалась в воду. Помог эсминцу стоявший неподалеку ледокол «Волынец», к борту которого «Стойкий» успел подойти своим ходом. С ледокола подали шланги, заработали мощные помпы, и после заводки пластыря поступление воды прекратилось. Ремонт корабля выполнил Балтийский завод.
