В таких условиях администрация Клинтона выработала в 1994-95 гг. новую систему приоритетов в отношении России. 5 января 1995 г. министр обороны США Уильям Перри озвучил доктрину "взаимно-гарантированной безопасности" (mutually assured safety), которая увязывала американскую ядерную политику с продолжением в России демократических реформ. В случае их провала боезаряды, складированные по условиям СНВ-1 и СНВ-2, должны были быть возвращены на боевое дежурство. Это позволило бы быстро восстановить американские СЯС до более высоких количественных потолков, чем было предусмотрено Договором СНВ-1. Параллельно администрация Билла Клинтона поставила вопрос о переходе к новой системе стратегических отношений с Россией. В ее основе должно было лежать превосходство Соединенных Штатов в стратегической сфере. Закон о противоракетной обороне США 1991 г. свертывал программу СОИ и провозглашал приоритетом создание ПРО театра военных действий (ТВД). Но с 1995 г. Пентагон приступил к реализации программы "3+3": создание пограничных систем "заатмосферного перехвата" как компонентов стратегической ПРО. С начала 1999 г. Белый дом ставил перед Россией вопрос о трансформации Договора по ПРО (1972), угрожая в противном случае выйти из него.
Соединенные Штаты применяли и новые формы воздействия на Москву. Инициирование публичных коррупционных скандалов против российских бизнесменов и чиновников. Резкая критика военной операции в Чечне. Требование отказаться от поставок технологий "двойного назначения" в Иран и Индию. Периодическое появление информации об опасности утечки расщепляющихся материалов из российских научно-исследовательских центров. Эти шаги смягчались интеграцией России в "Группу семи", но доказывали, что в Вашингтоне не рассматривают Москву как стратегического партнера.
"Малая конфронтация" России и США конца 1990-х гг. стала закономерным результатом разочарования друг в друге. Соединенные Штаты поддержали Бориса Ельцина в его противостоянии с Верховным Советом (1993) и КПРФ (1996). Отказ Ельцина от дальнейших сокращений вооружений в Вашингтоне восприняли как нарушение условий "большой сделки" начала 1990-х годов. Россия же усматривала в действиях Вашингтона попытку произвести революцию в системе мирового управления: снизить роль ООН за счет возвышения НАТО. Под воздействием этих процессов в документах 1997-2000 гг. СЯС стали рассматриваться как гарантия безопасности России от потенциально враждебных действий со стороны Соединенных Штатов.
Поддержка Москвой антитеррористической операции США в Афганистане несколько смягчила позицию республиканской администрации Джорджа Буша младшего (2001-2009) в отношении сохранения системы контроля над вооружениями. На встрече в Кроуфорде (12 ноября 2001 г.) президенты Владимир Путин и Джордж Буш договорились модернизировать систему стратегической стабильности. Москва согласилась с выходом Соединенных Штатов из Договора по ПРО (2002) и запустила совместные с НАТО программы по развитию систем ПВО и ПРО ТВД. Вашингтон подписал с Россией 24 мая 2002 г. Договор о сокращении стратегических наступательных потенциалов и Московскую декларацию о стратегическом партнерстве, в соответствии с которой США обязались консультироваться с российской стороной по вопросам развертывания ПРО.
Но технический механизм взаимного ядерного сдерживания изменен не был. Обзор ядерной политики США (2002) провозгласил возможность проведения объединенных операций с использованием ядерных и неядерных сил. В Доктрине совместных операций с применением ядерного оружия (2005) постулировалась допустимость превентивного применения тактического ядерного оружия (ТЯО) в региональных конфликтах. Это побудило Москву принять ответные меры. В июне 2005 г. в Военную доктрину РФ была внесена поправка о праве российской стороны на упреждающие ядерные удары по изготовившемуся к агрессии противнику.
В середине 2000-х гг. эти противоречия дополнились новыми тенденциями.
Во-первых, осенью 2004 г. Вашингтон осудил действия России после событий в Беслане, в частности отмену прямых выборов губернаторов. Конгресс США принял серию рекомендательных резолюций с призывом исключить Москву из "Группы восьми".
Во-вторых, на саммите в Братиславе (24 февраля 2005 г.) президент Буш предложил включить в стратегический диалог вопрос об оказании помощи России в процессе повышения надежности систем сохранности запасов расщепляющихся материалов. Российская сторона восприняла это как отказ Вашингтона видеть в лице Москвы равноправного стратегического партнера.
В-третьих, Соединенные Штаты осудили российскую концепцию "энергетической сверхдержавы". 4 мая 2006 г. вице-президент Ричард Чейни заявил в вильнюсской речи, что "энергетическое оружие" стало новым ресурсом России. Критика звучала накануне саммита "Большой восьмерки" в Санкт-Петербурге (июль 2006 г.), повесткой которого были проблемы мировой энергетики. Вашингтон возложил на российскую сторону ответственность за газовые кризисы с Украиной (2006; 2009) и Белоруссией (2007).
В-четвертых, США стали проводить активную политику на постсоветском пространстве. Концепция "расширения демократии" 1993 г. предусматривала возможность включения бывших советских республик (кроме России) в НАТО. В 1990-е гг. эти проблемы носили дискуссионный характер. Ситуация изменилась после поддержки администрацией Буша "цветных революций" в Грузии (2003) и на Украине (2004). В 2007 г. Конгресс принял Закон о поддержке стремления Грузии и Украины в НАТО. Как следствие, Москва стала опасаться, что Вашингтон намерен уменьшить российское влияние на территории бывшего СССР.
С НАЧАЛА 2007 Г. в российско-американских отношениях нарастала военно-политическая эскалация. Москва пыталась удержать Соединенные Штаты в режиме стратегического диалога по ПРО/СНВ. Но в мюнхенской речи 10 февраля президент Владимир Путин впервые после 1985 г. заявил, что Россия может принять меры военного характера, если американские системы ПРО появятся в Восточной Европе.
13 июля Москва ввела мораторий на исполнение Договора об обычных вооруженных силах в Европе. 17 августа Россия возобновила полеты стратегической авиации. Весной 2008 г. Кремль выступил против предоставления Украине и Грузии индивидуальных Планов действий по членству в НАТО. Поэтому в Стратегии национальной обороны США 2008 г. Россия квалифицировалась как стратегический соперник Вашингтона.
"Пятидневная война" вокруг Южной Осетии (август 2008 г.) стала финалом второй "малой" конфронтации конца 2000-х годов. Фактическая вовлеченность в неё Соединенных Штатов была вызвана стремлением выяснить несколько моментов.
Во-первых, получить сведения о готовности России применить силу за пределами своих границ. Во-вторых, понять способность тандема "Путин—Медведев" действовать в условиях кризиса. В-третьих, выяснить степень прочности позиции России на Кавказе. В-четвертых, прозондировать уровень уязвимости российских ВВС для американских информационно-космических систем. В-пятых, создать прецедент для изменения правового режима черноморских проливов и обеспечения американского присутствия в Черном море. Возможность ограниченного военного столкновения между Россией и США перестала казаться "запредельным" сценарием.
Пришедшая к власти в январе 2009 г. демократическая администрация Барака Обамы попыталась скорректировать приоритеты в отношении России. В феврале 2009 г. вице-президент Джозеф Байден объявил о начале "перезагрузки".
25 марта стороны подписали соглашение о возможности транзита транспортных самолетов НАТО в Афганистан через воздушное пространство России. В сентябре администрация Обамы отказалась от развертывания "третьего позиционного района" ПРО на территории Польши и Чехии (хотя соответствующие соглашения США с этими странами денонсированы не были). 8 апреля 2010 г. президенты Дмитрий Медведев и Барак Обама подписали Пражский договор (СНВ-3), по условиям которого стороны договорились снизить к 2020 г. количество оперативно-развернутых СЯС до 1550 боезарядов у каждой из сторон.
Но официальные приоритеты Соединенных Штатов в отношении России почти не изменились. "СНБ-2010" объявила таковыми сокращение СЯС на 75% и снятие обеспокоенностей Москвы в сфере ПРО. При этом администрация Обамы разработала концепцию "минимального сдерживания" (minimal deterrence): сокращение СЯС и их перенацеливание на объекты экономической инфраструктуры. В условиях развития систем ПРО это может повысить соблазн у более сильной стороны пойти на силовое давление или даже развязывание ограниченного военного конфликта.