16 марта 1994 года в ходе очередной реорганизации Собчак учредил в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга, заместителем мэра по международным и внешнеэкономическим связям и председателем КВС был утвержден Путин. Было создано несколько позиций первых вице-премьеров. Первыми вице-премьерами кроме Путина стали будущий мэр Санкт-Петербурга Владимир Яковлев (председатель мэрии по городскому хозяйству) и будущий министр финансов в правительстве президента Путина Алексей Кудрин (председатель комитета по экономике и финансам). Вице-премьерами стали Валерий Малышев (руководитель аппарата правительства), Виталий Мутко (председатель Комитета мэрии по социальным вопросам), Михаил Маневич (председатель Комитета по управлению городским имуществом - КУГИ) и Олег Харченко (председатель Комитета градостроительства и архитектуры - КГА). В том же году, несколько позже, название должности Путина было еще раз видоизменено: первый заместитель мэра Санкт-Петербурга - председатель КВС правительства Санкт-Петербурга.
Фактически Санкт-Петербургом при Собчаке руководили два первых вице-мэра - Путин и Яковлев. Можно сказать, что они по-братски поделили между собой экономику города: Яковлеву досталось старое советское городское хозяйство, строительство, жилищнокоммунальный комплекс, транспорт, а Путину - новая капиталистическая экономика, приватизация, зарубежные инвестиции, совместные предприятия (СП). При этом Путин не стремился к видимой власти, предпочитая роль серого кардинала. Яковлев же с осторожностью (учитывая ревнивый характер Собчака), методично продвигал в городские народные массы собственный образ - делового «хозяйственника», «санкт-петербургского Юрия Лужкова», что и позволило Яковлеву весной 1996 года неожиданно (для Собчака) выдвинуть свою кандидатуру на пост губернатора и выиграть у Собчака выборы. Третьим фактическим соправителем Санкт-Петербурга (много меньшим по значению) был городской министр финансов Алексей Кудрин.
В марте 1994 г. Путин был назначен руководителем Координационной группы по подготовке проекта реконструкции и расширения аэропорта «Пулково». В апреле был включен в наблюдательный совет Санкт-Петербургского банка реконструкции и развития (в наблюдательный совет вошли также Собчак и Яковлев). В марте-апреле Путину было поручено курировать от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам городского Законодательного собрания (ЗС) и создание дружественного мэрии блока «Весь Петербург» во главе с бывшим руководителем КУГИ Сергеем Беляевым. Особого успеха блок «Весь Петербург» не имел, да и выборы в более чем половине округов 1994 г. не состоялись.
Осенью 1994 г. Путин курировал дополнительные выборы в Законодательное собрание, на которых около половины мандатов получили лояльные мэрии бизнесмены и политики центристской и умерено-демократической ориентации (так называемый «Единый демократический список», в котором объединились кандидаты «Всего Петербурга», «демократическое единство Петербурга» и некоторые независимые). Второе место на выборах заняли «Коммунисты Ленинграда» (4 мандата), третье - «Любимый город» (3 мандата). В числе избранных от независимых оказался ставленник семьи Молчановых Сергей Миронов. При поддержке группы независимых депутатов в Заксобрании города Путин добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером Собрания нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города»), а заместителями спикера независимых депутатов Сергея Миронова и Виктора Новоселова.
В конце апреля 1995 г. премьер-министр Виктор Черномырдин поручил Собчаку создание в Санкт-Петербурге регионального отделения Всероссийского общественнополитического движения «Наш дом - Россия» (НДР), проправительственной партии, создаваемой по указанию Ельцина. Было очевидно, что политической задачей партии будет поддержание кандидатуры Ельцина на президентских выборах 1996 года. Сколачивание петербургского филиала НДР Собчак перепоручил Путину, который возглавил организационный комитет. В числе 21 члена оргкомитета были президент совместного предприятия «Ленвест» депутат Владимир Коловой, президент концерна «Ленинец» Анатолий Турчак, президент строительно-финансовой компании «Двадцатый трест» депутат Сергей Никешин, генеральный директор петербургского отделения информационного агентства ИТАР-ТАСС Борис Петров, ректор Санкт-Петербургского государственного университета Людмила Вербицкая, президент телекомпании «Русское видео» Дмитрий Рождественский.
В петербургском отделении партии бывшего премьер-министра Егора Гайдара «Демократическое возрождение России» (ДВР) в это время существовало два крыла -«прагматическое» (в основном бизнесмены) и «правозащитное» (в основном бывшие диссиденты), и Путин привлек «прагматиков» из ДВР к созданию НДР. 5 мая 1995 г. торжественно прошла учредительная конференция Санкт-Петербургского «Наш дом -Россия» (НДР). На этой конференции Путин был избран председателем совета регионального отделения.
На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 г. в Москве Путин вошел в Политический совет НДР из 126 человек, а руководителем санкт-петербургского НДР оставался до лета 1997 г. 21 июня 1997 года 3-я конференция Санкт-Петербургского отделения НДР удовлетворила его просьбу об освобождении от должности в связи с переездом в Москву и назначением на пост руководителя Главного контрольного управления (ГКУ) администрации президента. Новым председателем регионального совета НДР стал президент ОАО «Ленинец» Анатолий Турчак; в 1999 г. его сменил президент ЗАО «Петербургская топливная компания» (ПТК) Андрей Степанов. С 2000 г. руководителем Санкт-Петербургского НДР был ректор Торной академии Владимир Литвиненко. И первый, и второй, и третий были ставленниками Путина. Членом политсовета НДР Путин формально оставался вплоть до избрания его президентом в 2000 г., хотя не присутствовал на съездах НДР, начиная с VII съезда 1999 г.
Летом-осенью 1995 г. Путин руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную думу второго созыва. Избирательная кампания НДР в 1995 г. была пышной и дорогостоящей. Путину во время этой избирательной кампании удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 млрд. 100 млн. неденоминированных рублей, предоставленных по большей части Санкт-Петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 млн. рублей). Особенно жителям Санкт-Петербурга запомнилась избыточная многочисленность цветных плакатов с изображением Черномырдина на дорогих рекламных стендах - до пяти одинаковых плакатов на одном стенде и по 10—15 плакатов на заборе (впрочем, то же самое было и в Москве). Сам Путин объяснил это тем, что рекламная продукция была ему в изобилии предоставлена федеральным руководством НДР, а «кашу маслом не испортишь» и «не пропадать же плакатам».
В марте 1996 г. Путин вошел в штаб Санкт-Петербургского отделения движения общественной поддержки президента, в котором объединились организации, выступавшие за переизбрание Ельцина на пост президента. По этому поводу, лидер петербургского «Яблока» и доверенное лицо кандидата Г. Явлинского Игорь Артемьев (ныне антимонопольный министр в правительстве президента Путина) направил заявление в городскую прокуратуру, утверждая, что участие Путина в работе отделения нарушает закон «Об основных гарантиях избирательных прав граждан», в частности, ограничение, направленное на «воспрепятствование использованию служебного положения отдельными должностными лицами в целях создания преимуществ для отдельных кандидатов». Прокуратура не дала ход этому заявлению, приняв к сведению официальное разъяснение Путина, что он вошел в Движение не как первый вице-мэр, а как руководитель региональной организации НДР.
Возглавляя весной 1996 г. региональный штаб Движения и НДР по выборам Ельцина, Путин одновременно занимался избирательной кампанией Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. Именно Путину Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы скомкать избирательную кампанию соперников, из которых наиболее опасным тогда представлялся Юрий Болдырев. Как рассказывает Вишневский, ранним утром 13 марта Путин привез в законодательное собрание президентский указ, разрешающий провести выборы 19 мая и проект решения Собрания о переносе выборов. На протяжении недели Путин буквально «выкручивал руки» городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным. Усилиями Путина 20 марта - в последний день, когда еще можно было легально перенести выборы - большинство депутатов проголосовало за 19 мая. При этом председательствовавший на заседании первый вице-спикер С. Миронов откровенно фальсифицировал кворум, которого на самом деле не было. [8 - «Известия», 12 августа 1999 г.]
