Тот факт, что советские командные структуры, как доказано, вновь и вновь отдавали приказы расстреливать военнопленных, отказывающихся дать показания, вовсе не противоречил одновременному стремлению воспрепятствовать самовольным расстрелам в частях, чтобы получить военнопленных, доставленных в целях допроса. Об этом имеется многообразный материал: так, командир 168-го кавалерийского полка 41-й Отдельной кавалерийской дивизии полковник Панкратов и комиссар полка старший политрук Кутузов в тяжелейший период зимы, 28 декабря 1941 г., выражали недовольство и тем самым признавали, что подчиненные командиры частей тотчас расстреливают «немецких пленных фашистов» вместо того, чтобы приводить их в штаб, что препятствует разведке положения врага. Начальник штаба неуказанной (видимо, 65-й стрелковой) дивизии майор Котик и комиссар штаба, батальонный комиссар Кица предостерегали от самосудов и от того, чтобы просто расстреливать плененных солдат и офицеров, как было до сих пор, «вообще их не выспросив». Поскольку такие случаи особенно часто встречались в 38-м стрелковом полку, командиру и комиссару полка теперь пригрозили в случае повторения строгим наказанием. Полковник Кашанский, начальник штаба 30-й стрелковой дивизии, уже в начале июля 1941 г. указал в приказе на безусловную необходимость направлять военнопленных, даже «в тяжелораненом состоянии», в дивизионный штаб с целью допроса. Начальник штаба 62-й армии генерал-майор Москвин, военный комиссар штаба, полковой комиссар Зайцев и начальник разведотдела полковник Герман запретили подчиненным соединениям (31-я, 87-я, 196-я, 131-я, 399-я, 112-я стрелковые дивизии, 33-я гвардейская стрелковая дивизия, 20-я мотострелковая бригада), пригрозив строгими наказаниями, «расстрел совершенно безразлично какого числа пленных на поле боя», но тем самым, похоже, оставили открытой возможность расстрела в дальнейшем. А начальник штаба армии (видимо, 14-й) на мурманском участке полковник Малицкий и комиссар штаба, батальонный комиссар Бурылин 8 сентября 1941 г. выразили в приказе недовольство, что подчиненные соединения, например, 88-я стрелковая дивизия, перешли к тому, чтобы попросту ликвидировать по дороге транспорты с пленными, не доставляя их в штаб, что, однако, критиковалось не как, скажем, нарушение принципов гуманизма и международного права, а просто как «недостаток в организации войсковой разведки».
О методах допросов в штабах один из тех, кто должен был об этом знать, пленный полковой комиссар, сообщил зимой 1941/42 гг., что уже в полковом штабе, наряду с простым, существовал и «тяжелый допрос», а в армейских штабах — своего рода «тяжелейший допрос», проводимый особым отделом НКВД. При «тяжелом допросе» в полковом штабе военнопленного, если он отказывался дать показания, в присутствии командира и комиссара полка «держали за голову и за ноги по одному из присутствовавших солдат, и он получал 5–10 ударов палкой по ягодицам и спине. Если пленный после этого еще не готов к показаниям, то удары продолжаются еще примерно 5–10 минут в усиленной форме. Тем временем его спрашивают еще несколько раз. Побои прекращаются только тогда, когда пленный теряет сознание или умирает». О «тяжелейшем допросе» в армейском штабе майор Киянченко из штаба 19-й, а затем 33-й армии сообщил, «что НКВД избивает раздетых догола пленных резиновыми дубинками и что при этом отбиваются и уши, поскольку удары следуют также в лицо. Кроме того, им там вырывают ногти на руках. Еще один метод — отбивать кончики пальцев рук острыми ножами. Чтобы повысить действенность, кончик пальца отрубается не одним ударом, а постепенно, несколькими ударами». При соответствующих допросах в дивизионном штабе в отношении также раздеваемых здесь военнопленных использовались плетеные кожаные ремни. Если военнопленный после «тяжелого допроса» давал лишь малозначимое показание, то его «затем расстреливали по приказу командира полка».
Вообще после того, как допрос, наконец, проводился, командные структуры больше не участвовали в дальнейшей судьбе пленного, а передавали его в особый отдел НКВД, «о котором известно, что он расстреливает всех пленных». Так, например, интендант 57-й танковой дивизии Розенцвейг, согласно показанию начальника оперативного отделения в штабе 1-й Пролетарской моторизованной дивизии подполковника Ляпина, 16 сентября 1941 г. после допроса, не долго думая, лично застрелил двух немецких офицеров. Один советский полковник сообщил 21 февраля 1942 г. о расстреле немецкого офицера-летчика даже в присутствии командующего 3-й армией генерал-лейтенанта Кузнецова и других высоких офицеров армейского штаба.
Начальник штаба 47-й армии, воевавшей на Кавказе, полковник Васильев, военный комиссар штаба, старший батальонный комиссар Маков и начальник разведотдела подполковник Баранов, сославшись на обычные убийства военнопленных в частях в 1942 г., привели пример расстрела двух летчиков 83-й Отдельной морской стрелковой бригадой. Командирам и комиссарам всех войсковых частей запретили тогда не расстреливать пленных в принципе, а лишь «расстреливать военнопленных без разрешения Военного совета армии». Впрочем, о том, как в этой армии поступали с экипажами немецких самолетов после допроса, сообщил офицер связи при оперативном штабе Туапсинского оборонительного района (ТОР) лейтенант Редко 26 ноября и 1 декабря 1942 г.: «В штабе 47-й армии 3-х немецких летчиков допрашивали три дня, им не давали есть, затем им пришлось снять униформу, вырыть самим себе могилу, и они были расстреляны». Уже в директиве начальника политотдела 9-й кавалерийской дивизии комиссарам всех частей от декабря 1941 г. говорится: «Разъясните бойцам и командирам, что враг нигде не найдет пощады, в смысле — и в высших штабах тоже… Мы всегда придем вовремя, чтобы разобраться с ними. Ни один захватчик не покинет нашу землю живым». «Служба Вермахта по расследованию нарушений международного права», изучив трофейные документы и сотни показаний пленных, выразила свое мнение в памятной записке от марта 1942 г.: причиной для запрета убийств пленных в частях «ни в малейшей мере не послужила, например, забота об обращении с военнопленными согласно международному праву, а исключительно заинтересованность в доставке военнопленных со стороны русских штабов, заботящихся о своей разведке».
И, тем не менее, в некоторых документах, наряду с соображениями чисто военной пользы, проскальзывает нечто вроде политического мотива. Так, командующий 5-й армией генерал-майор Потапов (член Военного совета дивизионный комиссар Инкишев [Никишев?], начальник отдела политической пропаганды бригадный комиссар Кольченко) в своем приказе № 025 от 30 июня 1941 г. хотя и охарактеризовал расстрелы немецких офицеров и солдат как «вполне правомерные», но одновременно запретил на будущее «самостоятельные» расстрелы, причем не только для того, чтобы получить возможность сначала допросить немецких солдат, но и по скорее политическому соображению содействия разложению немецкой армии. Начальник отдела политической пропаганды 31-го стрелкового корпуса бригадный комиссар Иванченко, похоже, все еще ошибочно исполненный классовых идей, в своем приказе № 020 политорганам 193-й стрелковой дивизии от 14 июля 1941 г. сетовал не только на то, «что пленных душат и закалывают», но и на «позорные случаи… грабежа», то есть насильственного отнятия даже «часов, карманных ножей и бритв». Бригадный комиссар, очевидно, несколько оторванный от жизни, указывал на политическую вредность этого «недостойного Красной Армии обращения с пленными» и разъяснял подчиненным политическим органам, «что немецкий солдат — рабочий и крестьянин — воюет не по своей воле, что немецкий солдат, если он сдается в плен, перестает быть врагом», что, следовательно, нужно «принять все меры для пленения солдат и особенно офицеров». И, совершенно не понимая политической линии и реальной ситуации, он добавил: «Помните, что пленным разрешено сохранять все личные вещи, носить униформу и даже свои ордена».
Аналогично начальник штаба 21-й армии, репрессированный позднее генерал-майор Гордов и комиссар штаба, бригадный комиссар Погодин в приказе от 8 августа 1941 г., доведенном также до сведения военного прокурора и начальника особого отдела НКВД 21-й армии, еще раз настойчиво внушали частям о мнимом «запрете правительства» «грубо обращаться с пленными и отнимать у них личное имущество», идет ли речь о «золотых часах» или о «носовых платках» — более чем наивное представление об обычной практике солдат Красной Армии. «Позорящие» Красную Армию мародерские бесчинства надлежало прекратить немедленно. Политический мотив звучал (возможно, уже менее отчетливо) и в других приказах — так, когда командир 6-го стрелкового корпуса генерал-майор Алексеев, военный комиссар, бригадный комиссар Шаликов и начальник штаба полковник Еремин 23 июля 1941 г. объявляли, что командные структуры не могут получить данных о положении врага, «поскольку многие части корпуса до сих пор расстреливали пленных». Начальнику отдела политической пропаганды 159-й стрелковой дивизии батальонному комиссару Севастьянову и начальнику особого отдела Рахуву за «возмутительный случай» самовольного расстрела как-никак был объявлен выговор. Одновременно командирам дивизий и других частей корпуса пригрозили, что ответственные за нарушение международных норм будут впредь «строжайшим образом» привлекаться к ответственности. И еще 2 декабря 1941 г. начальник штаба Приморской армии в Севастополе приказом № 0086 обратился против распространенной практики «уничтожения» военнопленных без предварительного допроса. Он тоже усматривал в «многократно практикуемом методе расстрела пленных уже при задержании отпугивающее средство для врага, которое затем удерживает его от сдачи».