В период с 24 по 27 апреля комиссия провела несколько закрытых заседаний, на которых заслушала показания, касавшиеся вопросов проектирования строительства и ремонта «Трешера». Были опрошены конструкторы Люис и Дюрэм. Первый сообщил, что подобранные в районе поиска предметы «могли принадлежать «Трешеру». Показания второго, присутствовавшего на испытаниях влияния подводных взрывов на прочный корпус «Трешера», проводившихся в свое время в Ки-Весте, не были оглашены. Но представитель командования ВМС сообщил, что гибель «Трешера» «никоим образом не связана с этими испытаниями». Возможность пожара на лодке исключалась. Выступивший в комиссии капитан 1 ранга Хинчи, под руководством которого устанавливался на лодке ядерный реактор, сообщил, что он провел различные испытания над куском желтой пластмассы, найденным в районе гибели лодки, и установил, что образовавшаяся на нем чернота — не что иное, как «высокая концентрация графита или углерода, а не результат воздействия пламени, как это предполагали раньше». Он пояснил, что чернота могла образоваться от смазки в дрели, использовавшейся во время монтажа для сверления в пластмассе отверстий.
На одном из заседаний комиссии выступил вице-адмирал Риковер. Он дал высокую оценку подготовленности экипажа «Трешера». Адмирал указал, что ядерные реакторы, установленные на подводных лодках и надводных кораблях ВМС США, имеют такую конструкцию, которая сводит до минимума какую бы то ни было опасность. Он заявил, что «взрыв ядерного реактора наподобие взрыва бомбы физически невозможен». Кроме того, добавил адмирал, ядерный реактор надежно защищен от коррозии в морской воде, а его «топливные элементы останутся нетронутыми, и ни один из них не будет высвобожден». Опасность появления радиоактивности, заявил Риковер, могла бы возникнуть только в том случае, если бы «топливные элементы расплавились или же была бы разрушена защита реактора». Риковер подчеркнул, что «нет никакого основания считать, что гибель «Трешера» может повлечь за собой появление радиоактивности». Отсутствие радиоактивности подтверждается, заявил адмирал, анализом проб грунта, взятых со дна океана в районе гибели «Трешера».
После ряда открытых и закрытых заседаний комиссии были проведены испытания, которые должны были показать характер воздействия напора струи воды на макет пульта управления лодкой. Напор струи должен был быть таким же, как и при прорыве в подводную лодку забортной воды при ее нахождении на большой глубине. При первом действии струи, продолжавшемся 3,5 секунды, пульт получил вмятины, вверх поднялась струйка дыма. Затем время увеличили до 7 секунд. Результаты испытаний обсуждались на закрытом заседании.
7 мая на пресс-конференции выступил капитан 1 ранга Гюри из производственного отдела верфи, который отрицал ранее высказанные утверждения о неправильном монтаже клапанов на «Трешере». Он заявил, что все системы корабля были своевременно проверены. Гюри доложил, что для проведения некоторых испытаний клапаны иногда намеренно устанавливаются отлично от нормального положения, но это делается главным образом при нахождении подводной лодки на базе.
Начальник главного управления кораблестроения контр-адмирал Броккит заявил в комиссии, что конструкция «Трешера» в своей основе не имеет никаких изъянов. Но, указал адмирал, из случившегося «следует извлечь определенные уроки». Его предшественник на этом посту контр-адмирал Джеймс сообщил комиссии, что по просьбе министра ВМС он созвал совет из восьми экспертов для рассмотрения в деталях проекта, по которому строился «Трешер». Возглавил совет известный конструктор подводных лодок контр-адмирал в отставке Макки. Джеймс заявил, что «Трешер» представлял собой значительное достижение в строительстве подводных лодок. Он обладал минимальной шумностью и мог погружаться на большую, чем все остальные лодки, глубину. «Трешер», заявил адмирал, по своим тактико-техническим данным был самым совершенным подводным кораблем, и строительство лодок такого типа будет продолжаться.
13 мая вновь выступил Хеккер. Он указал, что до обнаружения на поверхности моря масляного пятна он не думал, что с «Трешером» могло что-нибудь случиться.
Комиссия по расследованию работала почти два месяца. В течение этого периода были заслушаны показания 120 свидетелей, как военных, так и гражданских, и рассмотрено большое число морских карт, чертежей, писем, фотографий, инструкций, а также предметов, подобранных на поверхности и поднятых со дна океана во время поиска лодки. 6 июня было объявлено об окончании расследования. Доклад, составленный на 1700 страницах, комиссия представила командованию. В настоящее время доклад изучается инженерами, конструкторами и опытными подводниками. 12 июня министерство обороны опубликовало выводы и рекомендации комиссии, содержание которых приводится ниже.
«Комиссия считает, что «наиболее вероятной» причиной гибели атомной подводной лодки «Трешер» со 129 человеками на борту, затонувшей 10 апреля 1963 года в 220 милях восточнее мыса Код, является авария в машинном отсеке, приведшая к его затоплению. По мнению комиссии, вероятнее всего, в машинном отсеке имела место авария трубопровода одной из водяных систем забортной воды.
Прорвавшись под огромным давлением в отсек, забортная вода быстро затопила его. Вероятно также, что заполнившая отсек вода вызвала короткое замыкание, приведшее к выходу из строя главных двигателей. В результате «Трешер» потерял ход и начал погружаться. Очень скоро подводная лодка оказалась ниже расчетной глубины погружения, заполнилась водой и затонула на глубине 2560 метров».
По мнению комиссии, в своей основе проект подводных лодок типа «Трешер» — хороший и построенный по нему «Трешер» обладал высокими тактико-техническими данными.
Комиссия настоятельно рекомендовала тщательно изучить проектные характеристики конструкции и способы проверки жизненно важных систем подводных лодок, таких, как водяная и воздушная системы, а также пересмотреть существующие технические возможности и организацию борьбы за живучесть с целью повышения их действенности в аварийных условиях, ведущих к частичному затоплению лодки.
В этой связи уже принят ряд мер. В частности, главное управление кораблестроения ВМС вводит новый способ проверки целостности трубопроводов систем высокого давления на всех кораблях ВМС. Этот способ, предусматривающий использование ультразвука, сначала будет испытан на атомных подводных лодках. Применение этого способа потребует технической и эксплуатационной подготовки личного состава подводных лодок, а значит, и пересмотра сроков постройки лодок и постановки их на ремонт.
Комиссия считает, что «нет никаких оснований полагать, что гибель 129 человек на «Трешере» могла произойти по злому умыслу, ошибке, небрежности или неопытности кого-либо из состава ВМС или лиц, связанных с ВМС». Комиссия считает также, что нет никаких указаний на то, что гибель «Трешера» является следствием саботажа или же прямых враждебных действий на море. Комиссия установила, что никакого повышения радиоактивности в районе поиска нет. Свободны от радиоактивности и принадлежащие «Трешеру» предметы, найденные на воде и поднятые со дна океана.
Комиссия заявила, что имевшиеся в ее распоряжении данные не позволили ей сделать более точных выводов о том, что в действительности произошло на «Трешере». По мнению комиссии, события развертывались следующим образом.
Утром 9 апреля 1963 года «Трешер» под командованием капитан-лейтенанта Харвея покинул Портсмут, где он находился на ремонте с 16 июня 1962 года, и направился в море для проведения программы испытаний. «Трешер» входил в состав 2-й группы опытовых подводных лодок, подчинявшейся командующему подводными силами Атлантического флота США. По долгу службы на борту лодки было 129 человек, в том числе 3 офицера и 13 гражданских специалистов с портсмутской судостроительной верфи, офицер штаба заместителя командующего подводными силами Атлантического флота, 4 представителя частных фирм и экипаж лодки — 12 офицеров и 96 старшин и рядовых.
Обеспечивать «Трешер» во время испытаний было поручено спасательному судну «Скайларк» под командованием капитан-лейтенанта Хеккера. «Скайларк» имел все необходимое для спасения экипажа затонувшей лодки: шесть якорей для постановки судна прямо над затонувшим кораблем, буи, водолазное снаряжение, оборудование для подачи воздуха для личного состава и продувания балластных цистерн, а также «спасательный колокол», с помощью которого можно проводить спасательные работы на глубине до 280 метров. Таким образом, если бы «Трешер» по каким-либо причинам затонул во время своих пробных погружений, где глубина океана была менее 200 метров, «Скайларк» смог бы спасти находившихся на лодке людей.