Отступление от центра города до пригородного села Игнатовка проходило целые сутки, под самым носом у красных частей, которые имели все возможности полностью перекрыть отход республиканцев. Отступление прикрывали: у Купеческого собрания и Крещатика — гайдамаки Петлюры и вольные казаки, у Мариинского дворца — офицерский отряд Болбочана. 26 января, пятница стала последним днем боев в Киеве. С раннего утра большевики заняли опустевший «Арсенал» и теснили офицерский отряд, который был вынужден отступить от Мариинского дворца к Купеческому собранию, где была последняя линия обороны, удерживаемая частями Петлюры. С 11 утра этот узел обороны сдерживал атаки красных, численность которых в 5–6 раз превышала число оборонявшихся как с Подола, так и с Печерска. Петлюровцы даже отважились на последнюю контратаку (в 15 часов), чтобы, отогнав противника, используя его временную передышку, начать отходить через Великую Владимирскую улицу и Галицкую площадь на Брест-Литовское шоссе. В районе вокзала к небольшому отряду под руководством Петлюры и Болбочана присоединились несколько сот солдат с нейтральных украинских полков, против которых красные начали военные действия. Далее к арьергарду присоединились остатки полка имени Полуботка. В восемь часов вечера этим последним республиканцам удалось выскочить из города, после чего путь на запад был полностью перерезан.
Красные войска, которых в Киеве на 25 января было до шести тысяч штыков и сабель, могли перерезать отступление трех тысяч деморализованных солдат УНР и полностью окружить Киев. Войска Егорова в этот день не только ворвались в центр города, но и взяли вокзал, находившийся в 400 метрах от Брест-Литовского шоссе. Практически отход республиканских войск проходил под самым носом у красных. Полк красного казачества Примакова был направлен в тыл республиканцам через предместье Сырец, и его заданием было как раз перерезать все пути из Киева, ведущие на. запад. Однако, хотя этот полк и был утром 25 января в 200 метрах от Брест-Литовского шоссе, он его почему-то не перекрыл, несмотря на то что тогда на шоссе не было вовсе украинских войск. Более того, большевики продолжали ненужный обстрел центра города тяжелой артиллерией, хотя город уже находился в их руках, что усиливало неразбериху. Вместо того чтобы гнаться за отступающими республиканцами, красные начали разоружать полностью безобидные нейтральные полки и обстреливать их из пушек. Это привело к совершенно ненужным боям с нейтральными частями, которые поначалу и не думали оказывать красным никакого сопротивления. Убедившись уже вечером 26 января, что город покинули республиканские войска, что они отошли по Брест-Литовскому шоссе, Муравьев не сделал никаких попыток догнать отступающих.
В боях с войсками Муравьева потери республиканцев составили до 500 человек убитыми, ранеными, расстрелянными… Отдельные очаги сопротивления красным в Киеве держались еще целый день. Это стихийное сопротивление 27 января небольших отрядов вольных казаков, не успевших уйти из города, полностью запутало Муравьева, и он так и не выслал войска, чтобы догнать на Брест-Литовском шоссе главную колонну отступающих. Надо отметить, что Муравьев не проявил особых военных талантов в боях за Киев. Его армия смогла захватить столицу Украины благодаря тому, что имела численный перевес в силах и получила поддержку восставших рабочих «Арсенала», которые нанесли удар в спину бойцам армии УНР.
В рапорте Антонову-Овсеенко Муравьев докладывал, что окончательно захватил Киев, но упустил из города правительство УНР и большую часть украинской армии. Муравьев рапортовал и Ленину: «Сообщаю, дорогой Владимир Ильич, что порядок в Киеве восстановлен, революционная власть в лице Народного секретариата, прибывшего из Харькова Совета рабочих и крестьянских депутатов и Военно-революционного комитета работает энергично. Разоруженный город приходит понемногу в нормальное состояние, как до бомбардировки… У меня были представители держав Англии, Франции, Чехии, Сербии, которые все заявили мне как представителю советской власти полную лояльность…» (державы Чехия на февраль 1918 года просто не существовало. — Авт.).
В своем докладе Муравьев так описал штурм Киева: «Я приказал артиллерии бить по высотным и богатым дворцам, по церквям и попам… Я сжег большой дом Грушевского, и он на протяжении трех суток пылал ярким пламенем». Позднее Муравьев хвастался своими подвигами: «Мы идем огнем и мечом устанавливать советскую власть. Я занял город, бил по дворцам и церквям… бил, никому не давая пощады! 28 января Дума (Киева) просила перемирия. В ответ я приказал душить их газами. Сотни генералов, а может и тысячи, были безжалостно убиты… Так мы мстили. Мы могли остановить гнев мести, однако мы не делали этого, потому что наш лозунг — быть беспощадными!» Муравьев первым в Гражданской войне использовал отравляющие газы (причем сам в этом признался), запрещенные всеми международными соглашениями как изуверское оружие. Газы помогли его армии захватить мосты через Днепр и преодолеть оборонительные укрепления украинских войск на днепровских кручах.
Захватив Киев, Муравьев на неделю стал его полным хозяином, организовав в городе классовый террор, который прошелся косой смерти по интеллигенции, офицерам, буржуазии. По разным подсчетам, только за неделю было уничтожено от двух до трех тысяч киевлян (среди них — около тысячи офицеров и генералов; в числе погибших генералы царской армии и армии УНР Б.Бобровский, А.Разгон, Я.Сафонов, Н.Иванов, Я.Танзюк…).
Советское правительство Украины, переехавшее из Харькова в Киев, с ужасом обнаружило полное разложение армии красных и тысячи трупов мирных жителей в парках Киева. Власти потребовали от Москвы немедленного удаления Муравьева из Украины. Киевляне видели в нем «вожака бандитов», не имевшего никакого отношения к Украине. Он везде выступал с лозунгом «единой, неделимой России», а украинцев считал австрийскими шпионами и предателями.
Серьезный конфликт произошел у Муравьева с Юрием Михайловичем Коцюбинским, бывшим прапорщиком российских войск, сыном классика украинской литературы. Ю.Коцюбинский в 1913 году стал большевиком, а уже в декабре 1917 года — исполняющим обязанности народного секретаря по военным делам правительства Советской Украины. С 19 января 1918 года правительством Советской Украины Коцюбинский был назначен главнокомандующим войск Советской Украины, а фактически войск Советской России на территории Украины. Однако Коцюбинский только прикрывал своим громким именем действия российских войск, придавая им характер украинских советских войск. Его пост был чисто формальным, а наступлением против Центральной Рады командовал Муравьев. К тому же Муравьев отказался подчиняться Коцюбинскому, чем вызвал праведный гнев всего Народного секретариата Советской Украины. Против Муравьева выступил и Виталий Примаков — командир красного казачества, жена которого Оксана была родной сестрой Юрия Коцюбинского.
Ленинский кабинет, ведя сложную игру «в украинский суверенитет», переложил ответственность за действия войск Муравьева — Антонова-Овсеенко на большевистское правительство Украины, хотя войска и не думали подчиняться «украинским товарищам». После взятия Киева революционные солдаты посчитали, что война уже выиграна, и потребовали немедленной демобилизации. Они были неуправляемы, и никакие суровые приказы Муравьева не могли заставить их оставаться в частях. Так, 2-й гвардейский корпус самодемобилизовался, не оставив советским красным командирам ни одного бойца. Армия Муравьева оказалась непригодной к ведению дальнейших боевых действий и была фактически расформирована. В ней осталось только около трех тысяч штыков. Диктатор Муравьев раздражал как правительство Советской Украины, так и советские власти Киева. Вскоре Муравьев и его поредевшее «воинство» приказом Ленина было выведено с киевского района и брошено в Приднестровье, под город Тирасполь, который силились захватить войска Румынии. Ленин назначает Муравьева главнокомандующим «Особой революционной армии по борьбе с румынской олигархией».
В докладе Ленину Муравьев, считая себя главным красным маршалом, сообщал: «…думаю начать формирование Социалистической армии из рабочих для того, чтобы при первом зове восставших рабочих Германии, Австрии и других стран мы могли бы подать руку помощи нашим братьям рабочим. Всеми моими победами в Украине я обязан Красной гвардии, но не солдатам, которые принесли мне и наркому Антонову массу неприятностей и огорчений». Муравьев мечтал возглавить поход в Европу, грезил о всемирной революции.
В двадцатых числах января 2-й большевистский корпус красных фронтовиков, захватив Винницу, двинулся на Киев с запада. Он не встретил серьезного сопротивления по причине полного разложения сил УНР, прикрывавших Киев с запада. Части УНР в этом районе спешно демобилизовывались. Назначенный командующим 1-м украинским корпусом генерал Я. Ганзюк был вскоре заменен новым командующим — прапорщиком Биденко. Оборона Киева с запада была построена на удержании линии железной дороги Шепетовка — Бердичев — Фастов — Белая Церковь. С 30 января по 8 февраля 1918 года 1-й украинский корпус отбивал наступление на Фастов 2-го большевистского фронтового корпуса. Но когда стало ясно, что Киев пал, части 1-й дивизии 1-го украинского корпуса отошли на Житомир. Этим воспользовались отряды 2-го красного фронтового корпуса, разгромив штаб 1-го украинского корпуса в селе Мостите, расстреляв двух украинских генералов: бывшего командира корпуса Ганзюка и начальника штаба корпуса Сафронова.