В конце января 1918 года отгремела битва Дунайской советской флотилии против Румынской дунайской флотилии в устье Дуная. Румынам удалось не допустить Дунайскую флотилию к Измаилу. 26 января — 15 февраля 1918 года проходила героическая оборона Вилкова от румынских захватчиков. Из Одессы и Севастополя на Дунай были направлены несколько военных судов с десантом революционных матросов и красногвардейцев (одна тысяча штыков). С 30 января обороной Вилкова руководил легендарный матрос-анархист Железняк — Анатолий Железняков (командующий флотом, действующим против Румынии, председатель Революционного штаба Дунайской флотилии). Но малочисленные полуанархические отряды Железняка были не в силах бороться против регулярной армии. В середине февраля 1918 года, после отхода советских войск из Вилкова, сопротивление румынским войскам продолжилось двухдневной обороной местечка Татарбунары и села Кубея.
В начале февраля 1918 года утвердившиеся в Аккермане большевики поставили под свое влияние Революционный штаб 6-й армии. Разваливающиеся части этой армии частично поддержали большевиков, частично Центральную Раду. Конфликт между частями привел к вооруженным столкновениям. Части, верные УНР, стремились овладеть Аккерманом. В то же время к Аккерману рвались и румынские войска.
В ответ на интервенцию Советская Россия и Советская Украина прервали с Румынией дипломатические отношения и в январе 1918 года оказались в состоянии войны с ней. Центральная Рада отправила правительству Румынии ноту протеста и также начала военные действия против агрессора на Хотинщине.
С начала марта 1918 года разгорелись бои на подступах к Аккерману. Оборону города возглавил большевик — комиссар Н. Шишман. В уезде была проведена мобилизация и созданы 1-й Бессарабский полк и Аккерманский фронт (в 30 км от города), державший оборону против румынской армии до 9 марта 1918 года, силами в 2 тысячи штыков.
Как уже упоминалось, 14 февраля 1918 года Муравьев был назначен командующим фронтом, действовавшим против наступавших румынских войск в Бессарабии и Приднестровье. Перед ним была поставлена задача не только не допустить румынские войска в Приднестровье, к Одессе, но и захватить всю Бессарабию, вернуть ее под власть Советской России. Ленин телеграфирует Муравьеву: «Действуйте как можно энергичнее на Румынском фронте». Он предлагал объединить силы Муравьева с частями идущей за большевиками 8-й армии, которая должна была наступать в Бессарабию из района Подолии.
За сутки Муравьев перевез в эшелонах свою трехтысячную армию из-под Киева к Днестру, где румынские войска вышли к городу Бендеры. Армия Муравьева объединилась с Особой Одесской армией, или, как ее еще называли, 3-й революционной армией (еще одно название — Особая революционная армия Одесского округа, командир — левый эсер Петр Лазарев), которая была спешно создана в январе 1918 года для борьбы с наступавшими румынскими войсками. Позиции этой армии располагались по левому берегу Днестра от Овидиополя до Рыбницы, штаб находился в Тирасполе. Армия состояла из малодисциплинированных отрядов численностью около 4–5 тысяч человек. В составе армии находились отдельные революционные дружины одесситов, преимущественно большевиков, левых эсеров и анархистов, а также небольшие части старой армии, прорвавшиеся с Румынского фронта к Днестру. Особая армия в начале февраля 1918 года успела разгромить румынские части, которые попытались переправиться через Днестр, после чего румынское командование пошло на перемирие, предложенное Румчеродом.
Однако румынское командование избрало тактику затягивания переговоров. Большевиками была создана Верховная коллегия российско-румынских дел (еще одно название — Верховная коллегия по борьбе с румынской и бессарабской контрреволюцией) во главе с Христианом Раковским.[18] Первым шагом коллегии было прекращение переговоров о перемирии и предъявление Румынии ультиматума о немедленном очищении Бессарабии. Румыны отказались выполнить ультиматум, и 16 февраля, после четырех дней перемирия, военные действия возобновились.
С 18 февраля Особая армия передавалась в состав группы войск Муравьева, действующих против Румынии. Приехав в Одессу (место дислокации его штаба), Муравьев телеграфирует Ленину: «Положение чрезвычайно серьезное. Войска бывшего фронта дезорганизованы, в действительности фронта нет, остались только штабы, место нахождения которых не выяснено. Надежда только на подкрепления извне. Одесский пролетариат дезорганизован и политически неграмотный. Не обращая внимания на то, что враг приближается к Одессе, они не думают волноваться. Отношение к делу очень холодное — специфически одесское».
Для успешной борьбы с румынами требовались большие деньги, и Муравьев обращается к Одесской городской думе и местной буржуазии с речью, в которой требует в трехдневный срок предоставить ему 10 миллионов рублей на оборону Одессы от румын: «Черноморский флот мною сосредоточен, и я вам говорю, что от ваших дворцов ничего не останется, если вы не придете мне на помощь! — взывал к буржуям Муравьев. — С камнем на шее я утоплю вас в воде и отдам семьи ваши на растерзание. Я знаю, что в ваших сундуках есть деньги. Я люблю начинать мирно… Дайте немного денег, будете с нами вместе… Я знаю этот город. Деньги есть. К сожалению, во многих городах находятся самозванцы-большевики, которые грабят, но я имею достаточно сил уничтожить их».
В середине февраля 1918 года румынские войска подошли к Бендерам, создавая реальную угрозу для Одессы. На отдельных участках румынские войска переправились на левый берег Днестра (на территорию Херсонской губернии — Одесской республики), пытались там укрепиться — создать плацдармы. 20 февраля 1918 года войска Муравьева начали наступление против румынских частей. Главный удар наносился в районе Бендер. Там был разгромлен румынский полк и захвачено три орудия. Одновременно Муравьев приказывает 8-й армии ударить по румынам в районе Бельцы — Рыбница. За шесть дней боев, к 2 марта 1918 года, войска Муравьева разгромили войска противника у Рыбницы и Слободзеи, сорвали попытки румын закрепиться в Приднестровье. У румынской армии было захвачено 15 орудий и большое количество стрелкового оружия, в плен попало 500 румынских солдат. Разгром у Рыбницы показал неспособность румынской армии к серьезным боевым действиям.
Муравьев предложил Москве начать наступление на Кишинев — Яссы силами своей армии, предлагая начать мировую революцию с Молдовы и Румынии. Муравьев также разрабатывает более скромные планы передислокации под Аккерман 2 тысяч солдат и наступления в сторону Измаила. Информаторы сообщали, что румынская армия «…разбросана по некоторым пунктам маленькими отрядами с незначительной артиллерией, и их силы в общем ничтожны. Эти отряды держатся крайне пассивно, и с их стороны намечаются лишь некоторые, весьма слабые попытки занять некоторые пункты у Днестра, где они могли бы закрепиться». С таким врагом армия Муравьева могла справиться… Но сил и времени опять же не хватало…
Под влиянием военных неудач румынское командование предложило перемирие, при содействии иностранного дипломатического корпуса в Яссах. Представители Антанты подталкивали Румынию к миру, до 3 марта 1918 года еще надеясь организовать союз Румынии и Советских республик против наступления австро-немецких войск. Верховная Коллегия российско-румынских дел также стремилась к скорейшему подписанию перемирия и решению вопроса о границах. Переговоры по этим вопросам с румынскими представителями возобновились в Одессе в начале марта 1918 года. Румынский премьер-министр Авереску, на которого произвели впечатление военные успехи Муравьева в Украине, решил пойти на подписание мира на условиях полного вывода румынских войск из Бессарабии в течение двух месяцев. Румынское командование обязывалось не вмешиваться во внутреннюю жизнь Бессарабии. 8–12 марта 1918 года, после переговоров в Одессе и Яссах, был подписан мирный договор — «Протокол ликвидации русско-румынского конфликта». 8 марта советские войска получили приказ прекратить военные действия против румынских» войск. Однако через несколько дней после переговоров с представителями Германии и Австро-Венгрии румынская сторона аннулировала мирный договор с Советской Россией.
С начала марта 1918 года Румыния выходит из союза с Антантой и попадает под германо-австрийское влияние.
Румынские власти понимают, что австро-германские войска, захватившие в начале марта 1918 года Киев и Винницу, со дня на день будут в Одессе и уничтожат или заставят отступить армию Муравьева. Этим и объясняется то, что уже 9 марта 1918 года, забыв о своих обязательствах по договору, Румыния захватывает Аккерман и соседнее село Шабо, завершив этим захват Южной Бессарабии.
В этой войне потери революционных войск на Дунайском, Аккерманском и Приднестровском фронтах не известны даже историкам, которые занимаются этим периодом. Но можно предположить, что непосредственно в боях с румынскими войсками в Буджаке и Приднестровье погибло от 1,5 до 2 тысяч бойцов.