Выполнив программу испытаний, «Трешер» возвратился в Портсмут для прохождения ремонта. В ходе ремонтных работ в прочном корпусе лодки пришлось вырезать много горловин для подъема механизмов и монтажа новых трубопроводов, электропроводов и другого оборудования. Всего было выполнено 875 ремонтных операций. Проверка показала, что все эти операции, за исключением пяти несущественных, были выполнены вполне удовлетворительно. После монтажа поднятых механизмов горловины в корпусе лодки были заделаны, а качество сварки тщательно проверено рентгеном. Ремонтные работы продолжались девять месяцев. В январе 1963 года на «Трешер» прибыл его новый командир капитан-лейтенант Джон Харвей.
В 07.30 9 апреля 1963 года «Трешер» вышел из Портсмута. На лодке было 129 человек: 108 человек — экипаж и 21 — офицеры штаба подводных сил и представители заводов и фирм. Поскольку корпус «Трешера» рассчитан главным образом на плавание на большой скорости в подводном положении, в надводном положении его сильно раскачивало даже на сравнительно невысокой волне. В море «Трешер» провел серию испытаний в надводном положении с целью проверки работы навигационных приборов и средств связи. В 09.45 восточнее Бостона «Трешер» встретился со спасательным судном «Скайларк», которое должно было обеспечивать подводную лодку во время проведения ею глубоководных погружений. В задачу «Скайларка» входило поддерживать связь с берегом и в случае необходимости оказать «Трешеру» посильную помощь. Однако командир «Скайларка» не знал ни программы испытаний «Трешера», ни его основных тактико-технических данных: скорости хода, глубины погружения и дальности плавания. Единственное, что было известно командиру «Скайларка», — это возможности аппаратуры своего корабля по поддержанию гидроакустической телефонной связи с лодкой, находящейся в подводном положении. Первые пробные погружения на небольшую глубину «Трешер» совершил для проверки корпуса на течь и испытаний различного оборудования. Во время этих погружений между «Трешером» и «Скайларком» поддерживалась непрерывная телефонная связь. Известно, что качество и надежность этого вида связи зависит от температуры и плотности воды и расстояния между кораблями. С изменением этих величин часто наблюдаются отклонения и искажения звуковых волн.
Следующую серию испытаний на глубоководное погружение намечалось провести в районе, расположенном в 200 милях восточнее мыса Код. Глубина моря в этом районе доходила до 2560 метров. В 06.35 утра 10 апреля «Трешер» пришел в район испытаний, сюда прибыло и спасательное судно «Скайларк».
В 07.47 с «Трешера» сообщили на «Скайларк», что он готовится к погружению на предельную глубину. В данном случае термин «предельная глубина» не давал ясного представления о действительной глубине, на которую намеревался погрузиться «Трешер». Предельная глубина погружения для атомной подводной лодки — это та максимальная глубина, на которой она будет действовать в боевой обстановке. Еще до капитального ремонта в 1962 году «Трешер» совершил около сорока погружений на такую глубину. Командиры подводных лодок имеют строгий приказ никогда не погружаться ниже предельной глубины, за исключением крайних случаев в боевой обстановке. Выполняя программу испытаний в условиях глубоководных погружений, «Трешер» должен был поддерживать телефонную связь со спасательным судном «Скайларк». На «Скайларк» должны были сообщать обо всех изменениях курса, скорости и глубины погружения; наличие связи предписывалось проверять каждые 15 минут, а содержание переговоров — фиксировать в вахтенных журналах обоих кораблей.
В 07.47 «Трешер» сообщил на «Скайларк», что он начинает погружение на предельную глубину. В 07.52 с «Трешера» сообщили, что лодка находится на глубине 120 метров и производится проверка корпуса на течь.
В 07.54 «Трешер» сообщил на «Скайларк», что все последующие данные о глубине погружения будут передаваться в кодированном виде, без указания действительных величин, так как считалось, что переговоры по телефону могут быть перехвачены любым кораблем, случайно или намеренно оказавшимся в районе испытаний.
В 08.09 «Трешер» сообщил, что находится на половине предельной глубины. В 08.35 на «Скайларк» поступило сообщение, что подводная лодка находится на глубине «минус 90 метров». В 08.53 «Трешер» сообщил, что идет на предельную глубину.
В 09.02 с «Трешера» попросили повторить отсчет курса. Как утверждает штурман «Скайларка», разговаривавший с «Трешером», слышимость в это время была хорошая. В 09.12 корабли произвели очередную проверку связи.
Затем, как показал штурман «Скайларка», примерно минутой позже «Трешер» сообщил: «Имею положительный дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны».[4] Другие лица, находившиеся на борту «Скайларка» и слышавшие это сообщение, излагают его иначе. Так, командир «Скайларка» утверждает, что он слышал следующее: «Испытываю незначительную трудность… Имею положительный дифферент… Пытаюсь продуть цистерны».[5] Младший рулевой показывает, что последнее сообщение «Трешера» было таким: «Испытываю незначительные трудности… Имею положительный дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны… Буду информировать вас».[6]
В вахтенном журнале «Скайларка» записано, что в 09.12 связь с «Трешером» была удовлетворительной. Дальше идет запись: «Имею положение дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны»,[7] но время не проставлено. Таким образом, можно предположить, что сразу же после 09.12 «Трешер» сообщил о том, что испытывает какое-то затруднение. Затем находившиеся на «Скайларке» услышали шум стравливаемого сжатого воздуха.
В 09.14 «Скайларк» передал на «Трешер», что он не слышит его, и попросил сообщить курс лодки и пеленг на себя. Ответа не последовало. Командир «Скайларка» несколько раз повторил в микрофон один и тот же вопрос: «У вас все в порядке?» Ответа не последовало.
В 09.17 командир «Скайларка», по его утверждению, услышал по телефону что-то нечленораздельное. Однако, по мнению штурмана, в последнем сообщении с «Трешера» он совершенно ясно разобрал слова «предельная глубина». Несколько секунд спустя штурман услышал «треск разламывающегося корабля».
Определив тщательно свое место в момент последнего сообщения с «Трешера», «Скайларк» начал патрулировать район, непрерывно вызывая лодку и внимательно слушая ее, в надежде получить ответ. В 10.58 «Скайларк» начал бросать в воду подрывные патроны, как это предусматривалось указаниями на случай потери связи. Почти одновременно командир «Скайларка» приказал передать радиограмму командованию в Нью-Лондоне. Радиограмма гласила: «Не могу установить связь с «Трешером» с 09.17. Вызываю по подводному телефону и радио каждую минуту. Даю сигналы подводным взрывом каждые 10 минут. Безуспешно. Последнее сообщение с лодки искажено, но указывает, что она погружалась на предельную глубину. Мое место 41 градус 43 минуты северной широты, 64 градуса 57 минут западной долготы. Продолжаю поиск».
Несмотря на срочность, для передачи радиограммы потребовалось один час пятьдесят восемь минут. Командир 2-й флотилии подводных лодок Шмидт получил радиограмму «Скайларка» только в 13.02. Позже он заявил, что радиограмма не показалась ему тревожной, поскольку сообщения о потере связи кораблями он получает в среднем по одной в неделю. Шмидт, однако, немедленно передал содержание радиограммы по прямому проводу командующему подводными силами Атлантического флота Гренфеллу в Норфолк. В 13.32 Гренфелл доложил радиограмму заместителю командующего Атлантическим флотом Биклею. Биклей приказал атомной подводной лодке «Сивулф», дизель-аккумуляторной лодке «Си Аул», спасательному судну «Санбёрд» и самолету направиться в район поиска «Трешера». Несколько позднее туда же направили спасательное судно «Рикавери» и еще один самолет. Через некоторое время в тот же район вышел фрегат «Норфолк», на борту которого находился командир 2-й группы опытовых подводных лодок Эндрюс, который должен был руководить действиями всех высланных кораблей.
В 15.40 сообщение о случившемся было доложено начальнику штаба ВМС адмиралу Андерсону, который немедленно доложил его министру ВМС Корту. Корт сообщил о случившемся военно-морскому адъютанту президента капитану 1 ранга Шепарду. Через пятнадцать минут Шепард доложил о происшедшем президенту Кеннеди.
Приблизительно в это же время направили просьбу командованию ВМС Канады в Галифаксе об оказании в случае необходимости помощи. В ответ на эту просьбу в Галифаксе привели в готовность к выходу одну из английских подводных лодок. Когда командир лодки приказал собрать экипаж, стал распространяться слух о том, что с американской подводной лодкой произошло несчастье. Таким образом, то, что, считалось секретом, очень быстро стало многим известно.