"Зачистка" — миссия, в который Караул Смерти сталкивается с известным врагом, возможно, тем, за которым раньше наблюдала разведывательная группа. Её цель — очистить данную область, планету или всю систему от присутствия чужаков. Потому что Империум решил упрочить свое присутствие в области, которая должна быть безопасной от угроз, или потому что в ней планируется масштабная колонизация. В целом, Караул Смерти вовлекается в такие миссии, против таких врагов, с которыми у Имперской Гвардии и обычных сил Космического Десанта мало опыта сражений, что в случае Адептус Астартес указывает на действительно серьёзную угрозу. У Караула Смерти могут быть специальные навыки или обширный опыт сражений против подобных угроз, которого может недоставать другим доступным силам. Миссии по зачистке довольно различны по своим масштабам: от простой атаки на территорию, удерживаемую ксеносами, до изнурительной кампании против целого вида чужаков. Порой Империум терпит присутствие ксеносов на своей территории, пока те не угрожают ему, но некоторые расы чужих настолько мерзкие, что их присутствия нельзя допустить в принципе.
Особенно опасный тип миссии — ликвидация определенной цели. Задача подобной миссии состоит в том, чтобы убить определенного чужака, тем самым подорвав действия его подчиненных, так что другим Имперским силам достаточно внезапно появиться. Это одни из самых опасных миссий, которые выполняет Караул Смерти, и балансируют между риском потери чрезвычайно опытных и ценных воинов Караула Смерти и отказом от миссии. Несмотря на потенциальный риск, есть много чужих рас, против которых эта миссия может оказаться чрезвычайно эффективной. Например, тираниды, как известно, являют собой наиболее иерархизированную структуру из всех, какие только наблюдались — прогрессивные и высшие формы жизни управляют низшими. Кажется, что даже самые высшие формы не приказывают, а скорее направляют волю коллектива, поэтому убийство такого существа может оказать разрушительное действие на меньших существ. Несколько таких миссий были успешно проведены во время войны против флота-улья Бегемот, в котором небольшие элитные истребительные группы Караула Смерти высаживались на биокорабли тиранидов, с боем прорывались не по коридорам, а по артериям, и убивали организмы, управляющие целыми флотами. Подобный эффект наблюдался и в битвах с Тау. После убийства одного из касты эфирных, обычно хорошо скоординированные силы Тау были повергнуты в полный хаос и превратились в идеальная мишень для атаки.
Не такие распространенные, но потенциально жизненно важные миссии — поиск и восстановление ксеноартефактов. Разумные расы распространены в галактике — вымершие и ныне живущие, и артефакты, созданные их нечеловеческими руками, обнаруживаются повсюду. Большая их часть полностью безопасны и не очень ценны, и могут даже быть утилитарными или декоративными вещами на некоторых мирах. Другие, более редкие, созданы очень качественно или сделаны из драгоценных материалов, и они часто находят свое пристанище в частных коллекциях богатых аристократов. На многих мирах любой обмен "чужим" — вне закона, поэтому их совершают в тайне. Незаконность и сопутствующий риск делает их все более ценными для скучающих и избалованных людей из правящих классов. Однако некоторые ксеноартефакты совсем не безопасны. Это артефакты огромной мощи, иногда оружие, и часто наделены властью управлять слабовольными. Эта так называемая "холодная торговля" процветает по всему Империуму, в которой смелые, часто безрассудные авантюристы достают такие реликвии, чтобы продать их частным коллекционерам за огромные суммы. Караул Смерти может быть призван, чтобы остановить подобную деятельность или вернуть все эти артефакты прежде чем преступники поймут, как их использовать. После возвращения артефакты передаются Инквизиции для изучения и использования, хранения или уничтожения, в зависимости от решения инквизитора и природы объекта. Никто не может даже предположить сколько потенциально разрушительного оружия было обнаружено и спрятано, некоторые из них хранятся в хранилищах крепостей Караула до того времени, когда у человечества не будет иного выбора кроме как использовать их ужасную мощь.
Одна из самых тягостных обязанностей, иногда выполняемых Караулом Смерти — "чистка" человеческих войск, подвергшихся ксенозаражению. Некоторые чужаки настолько вероломны в своем влиянии, что просто вдыхания одного с ними воздуха достаточно для потери души, в то время как другие, например, поработители одарены такими ужасными психическими способностями, что целые армии могут моментально отвернутся от света Императора и подчинится ксеносам. Даже если Империум победит, а ксеносы будут повержены, возможно, множество человеческих сил будет подвергнуто опасности. Семя чужого влияния может быть посеяно, и тогда Инквизиция с помощью Караула Смерти должна будет обернутся против своих союзников в миг победы. Поступить иначе означает оставить победу неполной, и навлечь на себя поражение. В основном это — местное ополчение, которое нуждается в чистке, хотя иногда это и отряды Имперской Гвардии, которые оказались без необходимой защиты: химической, биологической или психической. Благодаря своему генетическому превосходству, силы Космического Десанта очень редко подвергаются такой угрозе, хотя, как известно, это случилось с одной ротой из ордена Покорителей во время кампании на Технециевом поясе. Способы "чистки" дружественных сил весьма различны. Кто-то сбрасывает на них вирусные бомбы с кораблей Караула Смерти находящихся на орбите. Других, возможно, придется тут же атаковать. Иногда это действие может привлечь внимание ранее скрывающихся ксеносов, заставляя их жертв повернуться против бывших товарищей с той же яростью, или сбежать к любому тайному, находящегося под контролем чужаков укрытию, которое они смогут найти.
"Адептус Астартес отправляют только на действительно важные задания, что особенно верно в случае Караула Смерти. Есть многое, что могут сделать только ликвидационные команды…"
— Квист.
Хотя подавляющее большинство миссий Караула Смерти выполняются в одиночку и без свидетелей, иногда они являются частью большого стратегического плана. Например, массивный прорыв Имперской Гвардии может стать возможным только потому, что истребительная группа Караула Смерти повредила структуру высшей командной цепочки врага, повергнув в хаос всю армию чужаков. По всей вероятности, действия истребительных групп не афишируются, поскольку Караул Смерти — военная палата Ордо Ксенос — должен оставаться в тени, чтобы мириады врагов человечества не прознали об их действиях.
