Когда в конце 80-х годов «железный занавес» пал, на территорию терпящего бедствие разваливавшегося на куски СССР смогли прийти католические благотворительные организации из-за рубежа.
В 1991 было открыто российское отделение благотворительной католической организации «Каритас», посредствам которой уже в 1992 году в Москве и Ленинграде было распространено около 100 тысяч посылок с гуманитарной помощью из Германии. С 1993 года в Москве открылся пункт приема беженцев и мигрантов, а так же создано медицинское братство, а в Питере в том же году была Мальтийской службой открыта благотворительная столовая. Тогда же сестрами Конгрегации Святого Семейства в Москве открывается детский центр. Католическая Церковь активно помогает так же и регионам России. В 1996 католиками в Новосибирске открыт приют для детей-сирот «Дом Св. Николая». С тех пор и по настоящее время приюты для сирот, а так же бесплатные столовые для малоимущих граждан не перестают то и дело открываться в различных регионах Российской Федерации.
В 1991 и 1998 годах на территории РФ были созданы четыре Апостольские администратуры для католиков латинского обряда, которые в 2002 году были преобразованы в полноценные католические епархии: 1) Архиепархия Матери Божией с центром в Москве; 2) Преображенская епархия с центром в Новосибирске; 3) Епархия св. Климента с центром в Саратове; 4) Епархия св. Иосифа с центром в Иркутске. Епископы, возглавляющие 4 епархии, находящиеся на территории России, в настоящее время объединены в Конференцию католических епископов России.
В 1991 году в Москве открылся Колледж католической теологии св. Фомы Аквинского – негосударственное образовательное учреждение высшего профессионального образования. Позже данный колледж был преобразован в Институт философии, теологии и истории святого Фомы. Студентов института св. Фомы готовят по специальности «религиоведение». С 2006 года, благодаря полученной лицензии от Министерства Образования и науки РФ, Институт Св. Фомы получил право выдавать своим выпускникам дипломы государственного образца.
В 1993 году в Москве была открыта Высшая духовная католическая семинария «Мария – Царица Апостолов». Архиепископ Тадеуш Кондрусевич писал: «Одна из основных сегодняшних проблем Католической Церкви в России – это катастрофический недостаток российских священников. Именно с целью их подготовки в 1993 г. была основана Высшая духовная семинария "Мария – Царица Апостолов" ‹…› В дореволюционной России было две семинарии – в Санкт-Петербурге и Саратове. В столице Империи была также и Духовная Академия. В семинарию по рекомендациям священников поступают взрослые, воцерковленные и имеющие опыт христианской жизни люди, чувствующие свое призвание и сознательно выбирающие свой путь» [428].
Декрет об основании семинарии был подписан лично архиепископом Тадеушем Кондрусевичем. Первоначально семинария располагалась в Москве, занятия проходили в помещениях реставрируемого католического храма Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии. Позднее учебное заведение было переведено в Санкт-Петербург.
Постепенно власти стали возвращать католикам отобранные у них в 1930-х годах храмы. Так, например, в Москве в середине 90-х годов был передан верующим Собор Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии на Малой Грузинской улице. Правда, прихожанам пришлось серьёзно побороться за возвращение своего храма, т.к. организации, занимавшие храм в советскую эпоху, не хотели уходить с насиженных мест. Но с Божией помощью ситуация благополучно разрешилась в пользу прихожан. Во второй половине 90-х храм был окончательно передан верующим и отреставрирован. Освящение же восстановленного Собора состоялось в 1999 году.
В возрождённых приходах возвращённых прихожанам католических храмов России, помимо проведения непосредственно Святых Месс, прочих богослужений и совершения таинств (крещение, брак и проч.), совершается так же активная работа по евангелизации всех желающих. Ведутся курсы катехизации, регулярно проходят занятия по изучению Священного Писания, проводятся различные молодёжные встречи. Иными словами, ведётся активная приходская жизнь. Так же католическими структурами создаются благотворительные организации [429], деятельность которых направлена на оказание помощи детям-сиротам, пенсионерам, инвалидам и обездоленным гражданам.
К работе в католических приходах и за их пределами широко привлекаются различные монашеские ордена. Например, в Москве при Кафедральном Соборе трудятся монахи и монахини Салезианского ордена, основной специализацией этого которого является работа с детьми. В храме Св. Екатерины Александрийской, что на Невском проспекте в Санкт-Петербурге, трудятся монахи Доминиканского ордена. В обеих столицах опекой над умирающими, умственно отсталыми детьми, а также одинокими стариками – занимаются Сёстры Матери Терезы – представительницы ещё одного монашеского ордена. Распространением Слова Божия занимаются представители общины «Verbum Dei». Наконец, в самих католических общинах, среди прихожан-мирян, начинают появляться молодые, энергичные, активные люди, способные стать впоследствии лидерами общин.
Возрождение Римско-католической Церкви в России не обошлось без деятельного участия архиепископа Архиепархии Божией Матери в Москве в 1991-2007 гг. – о. Тадеуша Кондрусевича. В 1991 году он был назначен архиепископом, апостольским администратором для католиков латинского обряда Европейской части России, а с 1999 г. – для католиков латинского обряда севера Европейской части России. С февраля 1999 года и до сентября 2007 года архиепископ Кондрусевич возглавлял новообразованную Конференцию католических епископов Российской Федерации.
С сентября 2007 года указом Папы Бенедикта XVI о. Тадеуш Кондрусевич переведен на Минско-Могилевскую кафедру (Белоруссия). А его преемником стал о. Павел Пецци. С сентября 2007 г. о. Павел назначен на кафедру Архиепархии Божией Матери в Москве с возведением в достоинство архиепископа-митрополита Российской Церковной митрополии.
Нельзя так же не отметить вклада в дело возрождения Католической Церкви в России итальянского священника о. Бернардо Антонини (1932-2002). Он прибыл в Москву в 1991 году по приглашению архиепископа Тадеуша Кондрусевича. В 1992 г. его назначают деканом Колледжа католической теологии им. св. Фомы Аквинского. О. Бернардо Антонини является так же основателем и первым ректором Высшей духовной семинарии «Мария Царица Апостолов» (1993-1999). Основывает католическую газету «Свет Евангелия». Является автором ряда богословских книг и научных публикаций. «Я благодарю Божественное Провидение и Любовь Непорочного Сердца Девы Марии за все дары: призвание к жизни, святое крещение, двенадцать лет учебы в семинарии, кульминацией которых стало рукоположение во священники, за изучение лингвистики, богословия, библеистики, преподавательскую и воспитательскую жизнь в семинарии, многочисленные пастырские и апостольские труды в епархии, за призвание к миссии в России…» [430],- писал о. Бернардо Антонини в своём «Завещании».
