Тем не менее, морское министерство решилось объявить набор кадетов. До осени в учебный комитет министерства поступило 184 прошения, из которых 60 было отклонено. Среди зачисленных оказались ученики сухопутных корпусов (33), реальных училищ (28), гимназий (55) и других учебных заведений (8). По социальному положению 27 кадетов были потомственными дворянами, 45 – детьми военных, в том числе семеро – сыновьями адмиралов и генералов. Была сформирована одна младшая рота. Кадетов разместили в новых флигелях, и в сентябре 1916 года начались классные занятия.
После Февральской буржуазно-демократической революции 1917 года, Временное Правительство, по инициативе и проекту «бумажного стратега» флота – генерал-лейтенанта Кладо, одного из главных виновников гибели Русского флота в Цусимском бою 14 мая 1905 года, дважды обращалось к вопросу о судьбе Севастопольского Морского Кадетского Корпуса в бухте Голландия, намереваясь продлить сроки и уменьшить расходы на его строительство. В конце концов, решили прекратить существование Морского Кадетского Корпуса и Морского Училища, а вместо них создать в Севастополе в зданиях Морского Корпуса Гардемаринские классы на демократических началах. Поэтому в 1917 году приема в Морской Кадетский Корпус уже не было, и рота кадет Корпуса была переведена в Морское Училище в Петроград, и с ней должно было прекратиться в будущем и само существование Училища.
Большевистский переворот разогнал Временное Правительство, и этот проект остался только проектом. Приказом по флоту и морскому ведомству Севастопольский Морской Кадетский Корпус с 1 сентября 1917 года объявлялся переведенным в Петроград. Кадеты были распущены на каникулы на неопределенный срок. Строительство корпуса прекратилось. К этому времени было полностью закончено строительство северной и соединительной частей и в значительной степени – центральной части здания. В других частях здания все ограничивалось закладкой фундаментов, возведением стен одного – двух этажей и укладкой перекрытий. Весь этот комплекс недостроенных учебных зданий распоряжением морского министра временного правительства законсервировали. Его комендантом назначили капитана II ранга В.В.Берга, под руководством которого до прихода Добровольческой армии в Крым охранялись помещения и имущество Морского Корпуса от неоднократных попыток новых властей Крыма перепрофилировать здания корпуса для иных целей и задач.
Октябрьский переворот 1917 года кардинально изменил все вокруг. Приказом наркома П.Дыбенко Севастопольский Морской Кадетский Корпус был упразднен. Все постройки, материалы, имущество передавались ликвидационной комиссии, а кадровый состав переводился в другие места или увольнялся.
Военно-Морские силы армии Юга России остро нуждались в офицерских кадрах. Требовалась срочная организация специализированного морского учебного заведения на территории, занятой вооруженными силами Добровольческой Армии. Летом 1919 года вооруженные силы Юга России овладели полуостровом Крым и установили свою власть в Севастополе. Все прекрасно понимали, что создать в самый разгар войны такое сложное специальное учебное заведение, как Морской Корпус, дело нереальное, но радикально настроенная часть офицеров Императорского флота, не желавших мириться с ликвидацией Севастопольского Морского Кадетского Корпуса, предпринимает отчаянную попытку его реанимации. Посещение старшим лейтенантом, командиром вспомогательного крейсера «Цесаревич Георгий» Н.Н.Машуковым, назначенным председателем комиссии по поиску свободных зданий и сооружений под боевое снаряжение и тыловые службы армий, действующих на Юге России, недостроенных корпусов Севастопольского Морского Кадетского Корпуса утвердило его в решении претворить в жизнь идею подготовки морских офицеров в Севастополе. В этом его горячо поддержал преподаватель и воспитатель Морского Корпуса капитан II ранга В.В.Берг.
В комиссию поступил запрос о передаче зданий бывшего Морского Корпуса под службы Красного Креста. Комиссия в составе старшего лейтенанта Машукова, генерал-майора Ставицкого и английского полковника Юнга прибыла на катере в бухту Голландия.
Их взорам предстала печальная картина: высокие белые колонны и галереи в недоконченной постройке, а ниже, у берега моря, уже готовые белые флигеля для офицеров. Вдоль главного здания – высокие штабеля кирпичей, белых глыб инкерманского камня, бута, железных балок, белые ямы негашеной извести, горы бревен, брусьев, досок, сколоченных в рамы, чтобы их не растащили. В одном из крыльев высокого здания громоздились штабеля дубового паркета, кафеля для печей, изразцы для пола и черепица для крыши.
В подвалах и нижних этажа флигелей хранилось дорогое стекло для окон громадного здания и медная фурнитура.
Во второй приезд Н.Н.Машуков еще раз прошелся с В.В.Бергом по зданиям корпуса, по пути обсуждая размещение кадетов, штаты и откуда брать оборудование и книги, которые ликвидационная комиссия корпуса в 1918 году сдала во временное пользование училищам Севастополя. Через несколько тревожных дней и бессонных ночей, размышлений и расчетов, 11 июля 1919 года, находясь на рейде Новороссийска, командир вспомогательного крейсера (яхты) «Цесаревич Георгий» старший лейтенант Н.Машуков подал рапорт на имя Главного командира портов и судов Черного и Азовского морей контр-адмирала А.П.Саблина. В нем морской офицер изложил мотивы открытия в Севастополе Морского Корпуса в комплексе ранее возведенных для него зданий: «…Самый факт, что здания Морского Корпуса были включены в число тех сооружений, которые предполагались использовать не по своему прямому назначению, меня глубоко поразил. Даже держава Украинская за время своего недолговременного существования, отдавая должное флоту в судьбе государства, и та открыла Морское училище в городе Николаеве, куда собрались все бывшие воспитанники Морского Корпуса и Гардемаринских классов…». К рапорту он приложил необходимые расчеты и тщательно обоснованные сметные расходы на приведение учебных корпусов в полную готовность к приему воспитанников через два месяца – к началу учебного года. Командующий флотом согласился с доводами Н.Н.Машукова.
В июле 1919 года Н.Н.Машуков подал еще один рапорт с обоснованием предложения вновь открыть Морской Корпус, теперь уже правителю Юга России Главнокомандующему генералу А.И.Деникину. На приеме он, по совету контр-адмирала Саблина, показал Главкому великолепную фотографию Морского Корпуса в Севастополе: высокий, длинный, с белыми колоннами астрономическим куполом со шпилем дворец на высокой горе, сходящей сотнями ступеней прямо к берегу моря.
Начальник Морского управления Добровольческой Армии вице – адмирал А.М.Герасимов, поддержав предложения и расчеты старшего лейтенанта Н.Машукова, в тот же день назначил его исполняющим обязанности директора Морского Корпуса в Севастополе с оставлением в должности командира вспомогательного крейсера «Цесаревич Г еоргий».
В здании корпуса приступили к срочным ремонтным работам. Севастопольский Морской Корпус стал доступен абсолютно для всех юношей, желавших поступить в него. 6 сентября 1919 года о начале приема воспитанников широко объявили в приказе по флоту и трижды – во всех газетах, издававшихся на территории, занятой вооруженными силами Добровольческой армии Юга России.
Прием в корпус производился по конкурсу аттестатов без каких-либо сословных ограничений. 6 сентября 1919 года в Севастопольский Морской кадетский корпус зачислили 130 молодых людей со средним образованием в возрасте от 16 до 18 лет – в гардемаринскую роту и столько же, в возрасте от 12 до 14 лет, окончивших три класса гимназии или реального училища – в младшую кадетскую роту. При этом количество кадет и гардемарин разогнанного большевиками Морского училища в рядах воспитанников корпуса оказалось минимальным, поскольку большую их часть, принимавшую участие в Гражданской войне, уже произвели в офицеры в тех армиях и флотах, где они проходили службу.
14 октября 1919 года поступил приказ Главнокомандующего о производстве старшего лейтенанта Н.Н.Машукова, исполняющего обязанности директора Севастопольского Морского кадетского корпуса, в капитаны II ранга – «за громадные труды, положенные им на открытие Морского Корпуса». Директором Морского Корпуса назначили контр-адмирала С.Н.Ворожейкина.
17 октября 1919 года Севастопольский Морской Кадетский Корпус был открыт. Было сформировано две роты: рота гардемарин и рота кадетов. Выгодное расположение Морского Корпуса на берегу незамерзающего Черного моря позволяло прекрасно сочетать теоретический курс морского дела с регулярной практикой на боевых кораблях флота. После рождественских каникул, 7 января 1920 года, занятия в Морском Корпусе возобновились. Летом 1920 года гардемарины проходили корабельную практику на крейсере «Генерал Корнилов», участвовавшем в боевых операциях, линкорах «Генерал Алексеев», «Ростислав» и яхте «Забава».
