В вершине бухты находится гора Маячная – гористый конусообразный выступ северного берега, ограниченный с запада одноименной балкой, а с востока – устьем Графской балки. Это название гора получила по построенному на ней в 1820 году Переднему маяку Инкерманского створа маяков.
Известно и другое ее название – Сахарная Головка. Эта гора находится на пересечении осей Севастопольской бухты и устьевой части Чернореченской долины, именуемой Инкерманской долиной. И не случайно это место было выбрано графом Потемкиным в качестве смотровой площадки для показа императрице Екатерине II и сопровождавшим ее иностранным послам достоинств Севастополя и мощи вновь созданной эскадры Черноморского флота. Здесь был возведен павильон, в котором дан обед в честь гостей Севастополя. Во время этого обеда, под звуки торжественной музыки, были открыты шторы, и гостям предстал вид Инкерманской долины и всей Большой (Севастопольской) бухты, в акватории которой разместился флот из 27 военных кораблей и 8 транспортных судов. Корабли приветствовали императрицу и ее гостей пушечной пальбой и маневрами, что произвело на всех неизгладимое впечатление.
Бухта Графская (Нефтяная гавань)
Расположена в самом центре города. Здесь в конце XVIII века находился хутор, принадлежавший командующему Севастопольской эскадрой Черноморского флота контр-адмиралу графу М.И.Войновичу. Его титулу и обязана своим названием эта бухта, а также Графская пристань. Графская бухта также имеет название Нефтегавань.
Килен – бухта
Лежит восточнее Южной, небольшая и узкая, но глубокая. В ноябре 1782 года для поддержки сухопутных войск в Крыму сюда из г. Херсона перевели два фрегата – «Храбрый» и «Осторожный».
Эти фрегаты были первыми русскими судами, оставшимися зимовать в Ахтиарской (Севастопольской) бухте. Зимой моряки сделали промер бухт, привели фрегаты в порядок. Удобную глубокую бухту они выбрали для килевания кораблей (очистки днища судов от ракушек и водорослей, для чего их наклоняли поочередно на каждый борт).
Позднее в бухте построили специальную пристань для килевания, для чего осушили болото в конце бухты. Отсюда и пошло название бухты. Килен-бухту называли также Авлита (по-гречески Тростниковая). Это название напоминает о небольшом средневековом городке Авлита, располагавшемся, как предполагают, в районе Килен-бухты. В XIV в. княжество Феодоро (Мангуп), стремясь к выходу в море, строит порт Авлита, а для его защиты в устье реки Черной – крепость Каламиту. Порт Авлита, вероятно, был разрушен турками в 1475 году, после захвата столицы княжества Феодоро.
Бухта Аполлонова
Находится на Корабельной стороне Севастополя, к востоку от Павловского мыса. К ней примыкает одноименная балка. Вероятно, название балки и бухты произошло от имени собственного. В конце 80-х – начале 90-х годов XVIII века в этой балке были построены «провиантский магазин» (продовольственный склад) сухопутного ведомства, небольшая батарея №-5, склад боеприпасов и караульный дом. Это хозяйство находилось в подчинении полковника Аполлона Гальберга (Гальберха). Нижним чинам и жителям Корабельной слободки было, видимо, гораздо проще запомнить не фамилию, а имя этого офицера. Отсюда и пошло название балки и бухты.
Бухта Корабельная
Небольшая, вдающаяся в восточный берег Южной бухты, у Павловского мыса. Имеет форму крючка, глубина бухты позволяет кораблям подходить к самому берегу, поэтому здесь построили пристани, позднее Адмиралтейство, пять сухих ДОКов. С тех пор бухта получила второе название – Доковая. Берега бухты
были окружены большими гранитными набережными, на которых располагались магазины, казармы, портовые учреждения, вдоль набережных устанавливались тумбы для швартовки судов. Южная и Корабельная бухты были военной гаванью Севастополя.
Бухта Южная
Длинная и глубокая бухта. Она – вторая по величине после Севастопольской, протяженность ее 2,4 километра. Впадает в Большую Севастопольскую бухту между мысами Николаевским и Павловским. Названа по своему местоположению относительно Севастопольской бухты, так как ориентирована точно на юг. Делит Южную сторону города на Корабельную и Центральную городскую части. Находится в стороне от моря, вода в ней всегда спокойная, крутые откосы позволяют большим судам подходить к самому берегу. Отсутствие морских и речных наносов, удобная береговая линия, незамерзающая вода создают благоприятные условия для базирования флота. Именно поэтому, при основании Севастополя она была избрана для стоянки судов, вмещая всю черноморскую эскадру. В Севастопольской и Южной бухтах в XIX веке находился весь Черноморский флот России. В 80-е годы XIX века Южная бухта была отведена под коммерческий порт, для чего в ней построили причалы, склады для товаров, в основном, зерна и соли, здание новой таможни. Существуют и другие названия Южной бухты: Чабан-Лиман, Чобан-Лиман, Карталы-Кош.
Бухта Артиллерийская
Небольшая бухта, пригодная только для малых судов. Расположена в самом центре города. Название бухты происходит от находившихся здесь складов для артиллерийских снарядов (позже артиллерийских мастерских), построенных при основании города и порта. В середине 1820 года в Артиллерийской бухте был открыт коммерческий порт, предназначенный для внутренней торговли.
Здесь швартовались купеческие суда, привозившие провиант для армейского интендантства, и парусники, доставлявшие в город лес и овощи. Тогда же началась интенсивная застройка жилыми домами восточного берега Артиллерийской бухты, где также соорудили в стиле классицизма складские и иные помещения Черноморского флота и севастопольского гарнизона.
Бухта Хрустальная
Является частью Севастопольской бухты и находится на южном берегу Севастопольской бухты между Артиллерийской и Александровской бухтами. Названа по мысу Хрустальный, образовывавшему ее восточный берег. В настоящее время вся бухта практически застроена бетонными сооружениями городского пляжа «Мыс Хрустальный».
Бухта Александровская
Отделена Александровским мысом от Мартыновой бухты и мысом Хрустальный – от Хрустальной бухты. Александровская бухта и следующий за ней Александровский мыс, замыкающий Севастопольскую бухту с юга, со стороны открытого моря, обязаны своим названием располагавшемуся здесь Александровскому форту (казематированной батарее). Этот форт был построен около 1845 года на месте земляной батареи. Александровская батарея, вооруженная пятьюдесятью орудиями, была частично каменная, частично – земляная. В день первой бомбардировки Севастополя, 5 октября 1854 года, на Александровский форт был направлен шквальный огонь французского флота, но форт успешно отвечал на него и вывел из строя несколько вражеских кораблей. Когда русские войска оставили Южную сторону Севастополя, французы взорвали Александровскую батарею. В начале XX века укрепление на Александровском мысу было восстановлено, но боевого значения не имело.
Мартынова бухта
Находится за Александровским мысом, на Южной стороне города. Эта бухта является примером того, как человеческая деятельность приводит к изменениям географических понятий: до 80-х годов XX века Мартынова бухта являлась самостоятельной бухтой, а после этого времени (после строительства защитных молов Севастопольской бухты) Мартынова бухта вошла в состав акватории Севастопольской бухты. Название Мартыновой бухты можно объяснить, основываясь на Толковом словаре В.Даля, где сказано: «Мартын – общее название водяных птиц; чайка». Вероятно, бухта названа так из-за обилия в ней чаек.
Лиман в устье реки Чёрной
Находится в месте впадения в Севастопольскую бухту реки Черной в Инкермане.
Бухта Карантинная
Длинная и извилистая бухта, которую продолжает одноименная балка. На восточном берегу сразу после основания Севастополя был устроен карантин, потому бухта и балка именовались Карантинной слободкой. Об этом месте упомянул в своих записках граф Сегюр – французский посланник, посетивший Севастополь в 1787 году в свите Екатерины II. Много лет строения карантина имели довольно неприглядный вид: только в 1838 году по приказанию М.П.Лазарева они были приведены в порядок. Во время осады Севастополя в 1854–1855 гг. место между городским кладбищем и Карантином служило для встреч парламентеров вражеских сторон. При обстреле французских траншей у старого городского кладбища, русские ядра попадали в Карантинную балку и скапливались в ней в огромном количестве, за что французы называли ее «Балкой ядер».