В мае 871 года Этельред умер, и Альфред с общего согласия был провозглашен королем. Месяц спустя он снова сразился с датчанами при Уилтоне и на этот раз проиграл. Королевство было так ослаблено, что Альфреду пришлось заключить мир на условии уплаты дани. Уэссекские короли откупались от захватчиков со времен Этельбальда, но эта тактика приносила мало успеха — у викингов не было единого командования, и одни пираты вовсе не собирались соблюдать договор, заключенный другими. К тому же у них была теперь иная цель — захватить всю Англию вместе с ее богатствами. В 872 году они вторглись в Мерсию и за два года разорили ее почти целиком, вынудив короля Бургреда отречься от трона и бежать в Рим. Новым королем стал этелинг Келвулф, который во всем подчинялся захватчикам и даже согласился ради них отречься от христианства.
Весной 876 года армада викингов высадилась на побережье Уэссекса и двинулась навстречу сухопутным силам, которые в это время грабили Уорхэм. Однако скандинавов ждал неприятный сюрприз — за время передышки Альфред успел выстроить довольно сильный флот, который прижал пиратские драккары к берегу. Викингам пришлось заключить мир, поклявшись на священном браслете, что они никогда не вернутся в Уэссекс. Перезимовав на юге Англии, многие завоеватели уплыли искать добычи в других местах; среди них был и «морской король» Роллон, позже основавший герцогство Нормандию. Тем не менее на следующий год новая ватага пиратов дотла сожгла Эксетер.
По данным источников трудно понять, почему в начале правления молодого энергичного короля Англия оказалась в еще более трудном положении, чем при его менее активных предшественниках. Возможную причину открывают сообщения хроник, где говорится, что Альфред «не удостаивал просителей приема и выслушивания их жалоб, не снисходил к слабым и почитал их за ничтожества». Образованный король, побывавший за границей, свысока относился к древним обычаям англосаксов и их учреждениям, включая «совет мудрых». Он мечтал об установлении единовластия по римскому образцу и придумывал нововведения, которые его подданные встречали с подозрением, видя в них покушение на свои исконные права. Такую версию выдвигали английские историки XIX века; возможно, она не вполне объективна, однако отчуждение между королем и народом в первые годы правления Альфреда имело место и стало главной причиной тяжелых поражений в борьбе с северными захватчиками.
В январе 878 года в уилтширском местечке Чиппенхэм на Темзе высадилось целое войско викингов во главе с тремя конунгами, старшим из которых был «морской король» Гутрум, или Гутторм. Численность захватчиков современные историки оценивают в 5–6 тысяч человек. Уилтшир, Хэмпшир и Сомерсет покорились почти без сопротивления; жители массово бежали в труднодоступные местности, оставляя на разорение свои дома и все имущество. Альфреду тоже пришлось покинуть столицу и укрыться в местечке Этельни среди сомерсетских болот. Там он несколько недель жил в хижине пастуха, от жены которого однажды получил нагоняй за подгоревшие лепешки — рассказ об этом увековечен хронистами. Историк сокрушенно пишет о своем герое: «Он не имел ничего за исключением того, что он захватывал в частых набегах у язычников или получал от христиан, которые подчинились языческой власти». Однако не следует преувеличивать бедственное положение короля: с ним были десятки слуг и дружинников и ополченцы, собранные сомерсетским элдорменом Этельнотом.
Постепенно в Этельни собирались и другие разрозненные отряды англосаксов. Дух сопротивления окреп после удара, нанесенного англичанами по датчанам, которые в феврале высадились в Девоншире. По сообщению «Англосаксонской хроники», был перебит почти весь отряд из 800 человек вместе с конунгами Ингваром и Хальфданом; англичане захватили штандарт с изображением ворона, который викинги всегда защищали до последнего человека. В середине мая король нанес захватчикам неожиданный удар, напав на их ставку в Этандуне (нынешний Эдингтон). По легенде перед сражением он лично отправился на разведку в лагерь врага, переодевшись бродячим певцом. Историк XII века Вильгельм Малмсберийский пишет: «Не было ни одного секрета, который он не разузнал бы во всех подробностях при помощи своих глаз и ушей».
Вернувшись, Альфред разослал гонцов по окрестным деревням, созывая ополчение к Эгбертову камню в назначенный час, когда датчане, уверенные в своей безопасности, должны были крепко спать. Несколько тысяч ополченцев из Западного Уэссекса собрались по зову короля, который лично повел их на штурм земляных валов Этандуна. Лагерь был взят, а уцелевшие скандинавы заперлись в городе. После двухнедельной осады они согласились на переговоры. По условиям мира конунг Гутрум обязался принять крещение, что и было сделано три недели спустя в местечке Уэдмор. Крестным отцом викинга, получившего новое имя Этельстан, стал сам король. По условиям мира скандинавы получали во владение половину Англии к востоку от условной линии от Лондона до Честера. С тех пор эта область получила название «Денло», или «Датского права».
Историки до сих пор ломают голову, зачем Альфреду было нужно поступаться победой и заключать столь невыгодный мир. При этом забывается, что в руках скандинавов и так находилась почти вся Англия, а Уэссекс понес тяжелый урон в результате датского вторжения. Еще одного удара королевство могло просто не выдержать, и Альфред всеми силами старался обеспечить мирную передышку. Он вполне обоснованно сделал ставку на раскол среди захватчиков, надеясь, что Гутрум станет защищать свои владения от других северных пиратов. Первое время так и произошло: весной 879 года бывший пленник отправился на восток, занял Восточную Англию и провозгласил себя ее королем. Мерсия была разделена между Альфредом и Гутрумом. С этого времени Уэссекс оставался единственным независимым англосаксонским королевством, и объединение Англии под его властью становилось только вопросом времени.
Испытания минувшей войны изменили характер короля. Сохранив свои убеждения, он начал терпимей относиться к древним англосаксонским обычаям, научился находить общий язык со своими подданными разных наций и сословий. Доставшуюся ему часть Мерсии он отдал под управление потомку прежней династии Этельреду, дав ему в жены свою дочь Этельфледу. После смерти мужа в 911 году Этельфледа унаследовала его титул. Другие части королевства по-прежнему управлялись этелингами, но Альфред попытался более прочно подчинить их короне. Средневековые историки приписывают ему введение разделения Англии на шайры (графства) и хундреды (сотни). Хотя документов на этот счет не сохранилось, вполне возможно, что такое деление было введено королем в его новых мерсийских владениях. В каждый шайр назначался королевский чиновник — шайр-герефа, или, на современном языке, шериф. Его функции заключались в сборе налогов для казны и доведении до населения королевских указов. Сотни, весьма приблизительно включавшие по сотне домов, общались с властью по принципу круговой поруки, отвечая за уплату налогов и соблюдение законов своими членами.
Альфред позаботился также об укреплении обороны. Он впервые создал нечто вроде постоянной армии, обязав местных танов посылать в укрепленные бурги отряды воинов, обеспеченных оружием и продовольствием. Была реорганизована и королевская дружина, в которую отныне набирали не выходцев из знатных родов, а молодых дворян, преданных королю. Другой важной мерой стало строительство флота — с помощью франкских и фризских мастеров были построены корабли, превосходившие драккары викингов по величине, хотя и уступавшие им в маневренности. К концу царствования Альфреда у англичан было около ста военных кораблей. Для поддержки флота на побережье строилась система бургов (крепостей), в память о которых в названиях многих английских городов осталось слово borough. Бурги отстояли друг от друга не дальше чем на 20 миль, и в случае опасности окрестное население могло укрыться за их укрепленными стенами.
Несколько лет королевство жило в мире, но в 884 году вражеские набеги возобновились. После Уэдморского мира часть армии викингов переправилась из Англии во французские земли, где продолжила грабежи. На обратном пути пираты высадились в Кенте и сожгли Рочестер. Альфред быстро снарядил армию, но враги уже сели на корабли и уплыли вместе с награбленным добром. Тогда король направил флот к берегам Восточной Англии, который в первом сражении захватил 13 вражеских кораблей. Однако на обратном пути викинги нагнали английский флот, который двигался медленно из-за обилия добычи, и пустили его на дно. В следующем году король сделал важный шаг на пути возрождения государства, заняв Лондон и восстановив городские укрепления. Бывшая столица Эссекса была отдана Этельреду Мерсийскому. Тогда же Альфред заключил договор о союзе с Эдвулфом, подчиненным скандинавам королем Нортумбрии. Возможно, он заключил мир с датскими правителями Йорка, которые не желали ссориться с могущественным государем. Несколько валлийских правителей также прислали к Альфреду своих послов, признавая его верховенство и соглашаясь платить ему дань.
