В патриаршем уделе господствовала монастырская власть и монастырский суд, подотчетные только Никону. Он проверял счета и руководил хозяйством, набирал иноков, посвящал в дьяконы, иеромонахи и архимандриты, ставил в церкви священников и весь причт, распределял налоги на крестьян, творил суд и расправу, распоряжался доходами. Также на всех землях патриаршей кафедры Никон взял в свои руки суд, отрицая право судить духовных лиц в Монастырском приказе [26]. И в делах епархиального управления его светские чиновники ставились над духовенством, всюду осуществляя волю архипастыря.
Не только в церковных владениях, по всей Руси был он тогда великим государем. Это сказка, будто царь Алексей Михайлович придумал имя Новый Иерусалим — монастырь и храм были задуманы патриархом. Так было и с титулом великого государя (а не господина) святейшего патриарха Московского и всея Руси — царь лишь спустя два года по утверждении Никона на престоле стал называть его так, как давно величали настоятели монастырей, архиереи и Земский собор. Приписывая царю свои замыслы, Никон все более сосредоточивал власть самодержца в своих руках. Без его совета царь не предпринимал ни одного важного шага. На Земском соборе 1653 г. патриарх настаивал на принятии Украины в подданство и объявлении войны Речи Посполитой. По его совету Алексей Михайлович сам возглавил армию, а затем вступил в войну со Швецией. Никон жертвовал на "свою" войну немалые суммы, собирал с монастырей и архиереев хлеб и подводы, организовал производство пищалей и бердышей, снаряжал воинов.
Патриарх советовал государю сосредоточить силы на минском и виленском направлениях, развивать наступление на Варшаву и Краков, направить войска на Стокгольм. Никон сам вел переписку с воеводами, слушавшимися его не меньше, чем царя. "Никон, Божиею милостию великий господин и государь", — писал он к иноземным владыкам и духовным лицам. Когда царь отлучался из Москвы в действующую армию, патриарх de facto заменял его на посту главы государства. Он требовал к докладу бояр и приказных дьяков, вникал в делопроизводство центральных учреждении и посылал в них указы, вершил суд и расправу. Никон был главным хранителем царской семьи, которую дважды спас от гибели во время эпидемий. Он прокладывал дороги в объезд зараженных местностей, устраивал заставы и карантины, организовывал дезинфекцию, делал все, чтобы остановить распространение моровой язвы.
Одержав обещанные Никоном победы, несказанно радуясь спасению семьи от эпидемии, уничтожившей значительную часть населения Москвы, Алексей Михайлович почитал Никона как ангела Божия, хранителя его дома, видел в патриархе как бы второе "я", второго великого государя, надежного соправителя. Никон с полным правом заявлял в предисловии к "Служебнику" 1655 г., что Бог даровал России два великих дара — царя и патриарха, которыми строится Церковь и государство. "Следует всем православным народам восхвалить и прославить Бога, яко избрал в начальство и помощь людям сию премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят, всем сущим под ними так же творить повелевая".
Жил царь в Москве или уезжал, оставляя боярина-наместника, наблюдателем над всеми делами был Никон. Решения Боярской думы не принимались иначе, как с его совета, после доклада приказного судьи или дьяка. После утреннего заседания в Думе, услышав звон колокола, возвещавшего об окончании патриаршей службы, сановники толпились у дверей нового каменного дворца Никона. Иноземные духовные лица проходили мимо думных людей, неторопливо беседовали с Никоном и выходили от него. Наконец служитель приглашал того или иного сановника к докладу. Думец входил, сняв шапку и сгибаясь в земном поклоне. Патриарх не оборачивался прежде, чем кончит читать про себя "Достойно есть", возведя очи к иконам, садился в кресло и благословлял пришедшего, который вновь кланялся до земли. Стоя перед патриархом, бояре, имевшие право сидеть с покрытой головой в присутствии царя, докладывали ему текущие дела и получали распоряжения. По окончании приема владыка вновь обращался к иконам и читал молитву, затем благословлял и отпускал посетителя. Никон видел, каких усилий стоит боярам, привыкшим свободно держаться с царем, это показное смирение, и намеренно унижал их, стремясь вытравить греховную гордыню. Он не забывал обид и не прощал малейшего неповиновения. Как было не трепетать перед человеком, который мог заявить, что "ему и царская помощь негодна и не надобна, я на нее плюю и сморкаю!". Не только Никона, но и посланников его страшились больше, чем царских. Величие патриарха казалось неоспоримым.
Круто установил Никон свою власть среди архиереев Русской церкви. Воспитание в трепете перед патриаршим саном начиналось на крыльце его дворца, где митрополиты и архиепископы, архимандриты и игумены, невзирая на погоду, по два и три часа дожидались приема. Никон не считал нужным их выслушивать. Он, не стесняясь в выражениях, делал разносы и давал указания, обязательные для исполнения. И приезжие архиереи не могли считать себя в безопасности от гнева Никона. Он запретил Сербскому архиепископу Гавриилу по традиции именоваться патриархом и кричал на него, архиерей был даже избит патриаршими крестьянами. Русские архиереи поставлялись в сан не иначе, как обещав ни единого дела не решать без патриаршего ведома, под угрозой "лишения без всякого слова всего священного сана". "Отец отцов", "крайний святитель" вводил систему жесткого подчинения, не доверяя способностям и честности своих ставленников, которых среди высших иерархов было большинство. Российские архиереи, считал он, были виновны в тяжком положении Церкви, до вмешательства Никона прислуживавшей властям. Сколько ни бейся с ними — один стар и глуп, другой вообще не ведает, почему он человек. Лишь боясь патриарха, архиереи будут блюсти священное достоинство, не кланяясь и не ища чести у царя и князей.
До монахов и священников у Никона почти не доходили руки. Помня, как не имея денег умолял он принять его в Кожеозерскую пустынь, патриарх отменил вклады в подчиненных ему монастырях. Попы теперь не должны были платить пошлины за рукоположение, зато желающие занять приход были вынуждены приезжать в Москву, дожидаться рукоположения по 15 и 30 недель и давать взятки патриаршим приказчикам. Никон не допускал поблажек, как прежние патриархи, разрешавшие попам ночевать в хлебне и дожидаться приема в теплых сенях: служители безжалостно гнали их с крыльца и из патриаршего двора. Пришедшие в Москву за сотни и тысячи верст должны были трепетать перед величием архипастыря.
Нищие попы и протопопы, имевшие наглость, как, например, члены кружка ревнителей благочестия, претендовать на церковную истину, вызывали презрение Никона. Нет, решительно заявил патриарх, пастырские полномочия, дарованные Христом своим ученикам, целиком и полностью относятся к архиереям, и никоим образом к попам. Только поповское самочинство, вошедшее в дурную традицию, заставляет людей верить, будто простой священник может отпускать грехи и накладывать епитимию! Как Христос выше апостолов, так патриарх выше архиереев, и как апостол выше мирян, так архиерей превосходит простых попов и протопопов, считал Никон. Потому и заботиться о нуждах наполнявших Россию бедных священнослужителей он не считал необходимым.
Отрицая право суда над духовенством в Монастырском приказе, Никон сам никогда не выслушивал жалобы попов, но поручил прием челобитных и суд мирским служилым патриаршего дома. Он и при архиереях ставил "мирских казнителей церковных", чтобы судебные дела не докучали епископам. Но если ранее наместники назначались светской властью, то Никон прибрал их к рукам, сделал слугами и опорой патриаршего престола [27]. Защищая архиерейские владения и власть, его слуги творили злодейства по всей стране так же, как ссыльный Аввакум ужас что учинял с оказавшимися в его вере над ближними. Непокорные попы и протопопы сиживали на цепи, их били палками, морили холодом и голодом, ломали ноги и кнутами сдирали кожу, урезали языки и жгли в срубах. Сурово наказывал Никон попов-пьяниц, монахов- ленивцев, бесчинных игуменов и архимандритов-казнокрадов, учил дубьем погрязших в бесовских игрищах крестьян, сек распутных жен. Архимандриты, архиереи и царские сановники напрасно надеялись на заступников: патриарх не принимал ни за кого ходатайств. И в алтаре, бывало, клобук с виновного сдирал да своей рукой в ухо бил — эти еще легко отделывались.
Никон был убежден, что не царь Алексей Михайлович вручил ему власть, но благодать Святого Духа. "Да где есть закон и воля Божия, чтобы царю и вельможам его судить архиереев и прочий священный чин и владеть достоянием церковным?! Где есть закон такой и заповедь, чтобы царю владеть архиереями и прочим священным причтом?! Вельми возлюбил царь духовную свою мать — Церковь Божию, только не такой любовью, как Христос. Царь возлюбил Церковь так, как Давид Уриеву жену Вирсавию, и тешится харчем ее со всем своим домом… Все, что собрали прежние архиереи, движимое и недвижимое имущество патриархии, все без всякого страха Божия присвоил царь в потребу себе и сущим с собой, все через божественные законы и заповеди изнасиловал и поработил… Жалованные грамоты Церкви от предков своих упразднил, данные храмам Божиим и святым монастырям в вечное наследие вещи, слободы, села, озера, варницы соляные, леса многие отнял…"