В 1919 году Соколов бежал за границу, в Европу. Однако результаты его расследования были опубликованы лишь в 1924 году. Довольно длительный срок, особенно если учесть огромное количество эмигрантов, интересовавшихся семьей Романовых. По мнению Соколова, в роковую ночь были убиты все члены царской семьи. Правда, он был не первым, кто предположил, что императрице с детьми не удалось спастись. Еще в 1921 году эту версию опубликовал председатель Екатеринбургского Совета Павел Быков. Казалось бы, можно было забыть о надеждах на то, что кто-то из Романовых выжил. Однако и в Европе, и в России постоянно появлялись многочисленные самозванцы и самозванки, объявлявшие себя детьми Николая. Значит, сомнения все-таки были?
Первым аргументом сторонников пересмотра версии о гибели всей царской семьи было объявление большевиков о казни бывшего императора, сделанное 19 июля. В нем говорилось, что казнен только царь, а Александра Федоровна с детьми отправлена в безопасное место. Вторым — то, что большевикам в тот момент было выгоднее обменять Александру Федоровну на политзаключенных, содержавшихся в плену в Германии. Слухи о переговорах на эту тему ходили. В Екатеринбурге вскоре после смерти императора побывал сэр Чарлз Элиот, британский консул в Сибири. Он встречался с первым следователем по делу Романовых, после чего сообщил своему начальству, что, по его мнению, бывшая царица и ее дети уехали из Екатеринбурга поездом 17 июля. Почти в то же время великий герцог Эрнст Людвиг Гессенский, брат Александры, будто бы сообщил второй своей сестре, маркизе Милфорд-Хэвен, что Александра в безопасности. Конечно, он мог просто утешать сестру, до которой не могли не дойти слухи о расправе над царской фамилией. Если бы Александру с детьми действительно обменяли на политзаключенных (Германия охотно пошла бы на этот шаг, чтобы спасти свою принцессу), об этом трубили бы все газеты и Старого, и Нового Света. Это означало бы, что династия, связанная кровными узами со многими старейшими монархиями Европы, не прервалась. Но никаких статей не последовало, поэтому версия о том, что вся семья Николая была убита, была признана официальной.
В начале 1970-х годов английские журналисты Энтони Саммерс и Том Меншльд ознакомились с официальными документами расследования Соколова. И обнаружили в них множество неточностей и недочетов, ставивших под сомнение эту версию. Во-первых, шифрованная телеграмма об убийстве всей семьи Романовых, отправленная в Москву 17 июля, появилась в деле лишь в январе 1919 года, после отстранения первого следователя. Во-вторых, тела все еще не были найдены. А судить о смерти императрицы по единственному фрагменту тела — отрубленному пальцу — было не вполне корректно.
В 1988 году, казалось бы, появилось неопровержимое доказательство гибели Николая, его жены и детей. Бывший следователь МВД сценарист Гелий Рябов получил от сына Якова Юровского (одного из главных участников расстрела) секретный отчет. В нем содержались подробные сведения о том, куда спрятали останки членов императорской семьи. Рябов приступил к поискам. Ему удалось найти зеленовато-черные кости со следами ожогов, оставленных кислотой. В 1988 году он опубликовал отчет о своей находке. В июле 1991 года на место, где были обнаружены останки, предположительно принадлежавшие царской семье, приехали российские археологи-профессионалы. Из земли извлекли 9 скелетов. Четыре из них принадлежали слугам Николая и их семейному врачу. Еще пять — императору, его жене и детям. Установить принадлежность останков было непросто. Вначале черепа сравнили с сохранившимися фотографиями членов семьи Романовых. Один из них был опознан как череп Николая II. Позже провели сравнительный анализ отпечатков ДНК. Для этого понадобилась кровь человека, состоявшего в родстве с покойными. Пробу крови предоставил британский принц Филипп. Его родная бабушка по материнской линии была сестрой бабушки императрицы. Результаты анализа показали полное совпадение ДНК у четырех скелетов, что дало основание официально признать в них останки Александры и трех ее дочерей. Тел цесаревича и Анастасии не нашли. По этому поводу выдвинули две гипотезы: либо двум потомкам рода Романовых все-таки удалось остаться в живых, либо их тела были сожжены. Похоже, Соколов все-таки был прав, и его отчет оказался не провокацией, а реальным освещением фактов… В 1998 году останки царской семьи с почестями были перевезены в Санкт-Петербург и похоронены в Петропавловском соборе. Правда, немедленно нашлись скептики, которые были убеждены, что в соборе находятся останки совершенно других людей. В 2006 году был проведен еще один анализ ДНК. На этот раз сравнивали образцы обнаруженных на Урале скелетов с фрагментами мощей великой княгини Елизаветы Федоровны. Проведением серии исследований занимался доктор наук, сотрудник Института общей генетики РАН Л. Животовский. Ему помогали коллеги из США. Результаты этого анализа оказались полной неожиданностью: ДНК Елизаветы и предполагаемой императрицы не совпадали. Первая мысль, которая пришла в голову исследователям, — мощи, хранящиеся в соборе, на самом деле принадлежали не Елизавете, а кому-то другому. Но эту версию пришлось исключить: тело Елизаветы было обнаружено в шахте под Алапаевском осенью 1918 года, ее опознали люди, которые были с ней близко знакомы, в том числе исповедник великой княгини отец Серафим. Этот священник впоследствии сопровождал гроб с телом своей духовной дочери до Иерусалима и не допустил бы никакой подмены. Это означало, что, по крайней мере, одно тело не принадлежит членам царской семьи. Позже появились сомнения и в идентичности остальных останков. На черепе, который ранее был опознан как череп Николая II, отсутствовала костная мозоль, которая никак не могла исчезнуть даже через столько лет после смерти. Эта отметина появилась на черепе императора после покушения на него в Японии. В протоколе Юровского говорилось, что император был убит выстрелом в упор, причем палач выстрелил в голову. Даже если учесть несовершенство оружия, в черепе непременно должно было остаться, как минимум, одно отверстие от пули. Но на нем отсутствуют как входные, так и выходные отверстия.
Не исключено, что отчеты 1993 года были поддельными. Необходимо обнаружить останки царской семьи? Пожалуйста, вот они. Экспертизу провести, чтобы доказать их подлинность? Вот результаты экспертизы! В 90-х годах прошлого века для мифотворчества были все условия. Недаром так осторожничала Русская православная церковь, не желая признавать найденные кости и причислять к числу мучеников Николая и его семью…
Снова начались разговоры о том, что Романовых не убили, а спрятали, чтобы в будущем использовать в какой-то политической игре. Мог ли император проживать в СССР под чужим именем вместе с семьей? С одной стороны, такой вариант исключать нельзя. Страна огромная, в ней найдется немало уголков, в которых Николая никто не опознал бы. Царскую семью могли поселить и в каком-нибудь убежище, где они были бы полностью изолированы от контактов с окружающим миром, а значит, не опасны. С другой стороны, даже если останки, найденные под Екатеринбургом, — результат фальсификации, это вовсе не значит, что расстрела не было. Уничтожать тела погибших врагов и развеивать их прах умели еще в глубокой древности. Чтобы сжечь тело человека, необходимо 300–400 килограмм древесины — в Индии ежедневно тысячи мертвых хоронят именно методом сожжения. Так неужели убийцы, располагавшие неограниченным запасом дров и изрядным количеством кислоты, не сумели бы скрыть все следы? Совсем недавно, осенью 2010 года, во время работ в окрестностях Старой Коптяковской дороги в Свердловской области были обнаружены места, в которых убийцы прятали кувшины с кислотой. Если расстрела не было, откуда они взялись в уральской глуши?
Попытки восстановить события, предшествовавшие расстрелу, проводились неоднократно. Как известно, после отречения императорскую семью поселили в Александровском дворце, в августе перевезли в Тобольск, а позже — в Екатеринбург, в печально знаменитый Ипатьевский дом.
Авиаинженер Петр Дузь осенью 1941 года был направлен в Свердловск. Одной из его обязанностей в тылу стало издание учебников и пособий для снабжения военных вузов страны. Знакомясь с имуществом издательства, Дузь попал в Ипатьевский дом, в котором в то время проживало несколько монахинь и две пожилых женщины-архивариуса. Во время осмотра помещений Дузь в сопровождении одной из женщин спустился в подвал и обратил внимание на странные борозды на потолке, которые оканчивались глубокими углублениями… По работе Петр часто наведывался в Ипатьевсий дом. Видимо, пожилые сотрудницы почувствовали к нему доверие, потому что однажды вечером показали ему небольшую каморку, в которой прямо на стене, на ржавых гвоздях висела белая перчатка, дамский веер, колечко, несколько пуговиц разного размера… На стуле лежала маленькая Библия на французском языке и пара книг в старинных переплетах. По словам одной из женщин, все эти вещи некогда принадлежали членам императорской семьи.