По словам Курбского, Иоанна воспитывали великие и гордые бояре на свою и на детей своих беду, стараясь друг перед другом угождать ему во всяком наслаждении и сладострастии. Когда он начал приходить в возраст, был лет двенадцати, то стал прежде всего проливать кровь бессловесных, бросая их на землю с высоких теремов, а пестуны позволяли ему это и даже хвалили, уча отрока на свою беду. Когда начал приближаться к пятнадцатому году, то принялся и за людей: собрал около себя толпу знатной молодежи и начал с нею скакать верхом по улицам и площадям, бить, грабить встречавшихся мужчин и женщин, поистине в самых разбойнических делах упражнялся, а ласкатели все это хвалили, говоря: "О! Храбр будет этот царь и мужествен!"
Если признать верность показаний Курбского, признать, что Иоанн действительно с 12 лет начал обнаруживать дурные наклонности, от которых пестуны не удерживали его, то этот возраст совпадает с правлением Андрея Шуйского и товарищей его.
Прежде, когда Иоанн был еще очень мал, то Шуйскне считали ненужным обращать на него большое внимание: князь Иван в его присутствии клал ногу на постель его отца, Тучков пихал ногами вещи его матери, позабывши, что ребенок такие явления помнит лучше, чем взрослый; в это время многое делалось и не так, как хотел ребенок: и платье ему давали дурное и не давали долго есть. Но когда ребенок стал вырастать, то окружающие переменили обращение с ним; стали готовить в нем себе будущего милостивца, вдруг перестали видеть в нем ребенка, которого еще должно было воспитывать, и начали смотреть на него как на великого князя, которому должно было угождать. Воронцов счел для себя выгодным приобресть расположение тринадцатилетнего государя, и это расположение Шуйские и товарищи их сочли для себя опасным; по всем вероятностям, и сами Шуйские обходились теперь с Иоанном не так, как прежде их старшие: с их ведома пестуны Иоанновы позволяли себе те поблажки, о которых говорит Курбский. Новое положение Иоанна в тринадцатилетнем возрасте видно уже из того, что при описании свержения князя Бельского и митрополита Иоасафа об Иоанне сказано только, что он сильно испугался; при описании же происшествия с Воронцовым говорится, что Иоанн уже ходатайствовал у Шуйских за своего любимца. Поступок Шуйских с Воронцовым был последним боярским самовольством; неизвестно, как, вследствие особенно чьих внушений и ободрений, вследствие каких приготовлений тринадцатилетний Иоанн решился напасть на Шуйского - иначе нельзя выразить тогдашних отношений. Молодой великий князь должен был начать свою деятельность нападением на первого вельможу в государстве; понятно, что это нападение будет такое, к каким приучили его Шуйскне: 29 декабря 1543 года Иоанн велел схватить первосоветника боярского, князя Андрея Шуйского, и отдать его псарям; псари убили его, волоча к тюрьмам; советников его - князя Федора Шуйского, князя Юрия Темкина, Фому Головина, который позволил себе известный нам поступок с митрополитом, и других - разослали.
Нападение было удачное, враги застигнуты врасплох, напуганы; с тех пор, говорит летопись, начали бояре от государя страх иметь и послушание. Прошел год. Иоанну было уже четырнадцать лет, и опала постигла князя Ивана Кубенского: его сослали в Переяславль и посадили под стражу. Князь Иван Кубенский с братом Михайлом были главами заговора против Бельского и митрополита Иоасафа, в пользу Шуйского; Иван же Кубенский упоминается в числе бояр, бросившихся на Воронцова с Шуйскими. 16 декабря 1544 года был схвачен Кубенский, в мае 1545 был освобожден. 10 сентября Афанасию Бутурлину отрезали язык за невежливые слова; но в следующем месяце - опять опала на князя Ивана Кубенского, князя Петра Шуйского, князя Александра Горбатого, князя Димитрия Палецкого и на Федора Воронцова. Нам неудивительно, что не могли остаться в покое или не умели сдержать своего неудовольствия Шуйские и главные их советники, так много потерявшие при новом порядке вещей, - князь Петр Шуйский, сын прежнего правителя, князя Ивана, князь Кубенский, князь Палецкий, которого имя стоит рядом с именем Кубенского при описании заговора против Бельского и Воронцова; но поражает нас среди этих имен имя Федора Воронцова, подвергшегося опале вместе с заклятыми врагами своими. К счастию, на этот раз летописец объясняет нам дело, и совершенно удовлетворительно. После казни Андрея Шуйского первым делом великого князя было возвращение из ссылки Воронцова, который ничего не потерял из прежнего его расположения; возвратившись к двору с торжеством, блистательно отомщенный, Воронцов стал думать, как бы самому занять место Андрея Шуйского, одному управлять всем, одному раздавать все милости именем еще несовершеннолетнего государя: кого государь пожалует без Федорова ведома, и Федору досадно, говорит летописец; сам ли Иоанн заметил эти досады, или другие, которым было тесно с Воронцовым, например князья Михаил и Юрий Глинские, дядья государевы, указали ему в Воронцове другого Шуйского, только Воронцов подвергся опале вместе с прежними своими врагами. Но и на этот раз опала продолжалась не более двух месяцев: в декабре 1545 года для отца своего, Макария-митрополита, великий князь пожаловал бояр своих.
Этих колебаний, опал, налагаемых на одни и те же лица, прощений их в продолжение 13, 15 и 16 года Иоанновой жизни нельзя оставить без внимания: странно было бы предположить, что молодой Иоанн только по старой неприязни к родственникам и друзьям Шуйских, безо всякого повода бросался на них и потом прощал; трудно предположить, чтобы могущественная сторона Шуйских так была поражена казнию князя Андрея, что отказалась совершенно от борьбы; но кто боролся с нею именем Иоанна - летописи молчат. Можно указывать вначале на Воронцова, можно указывать на князей Глинских, которых могущество обнаруживается во всеобщей ненависти вельмож к ним. Но окончательно Кубенский и Воронцов были погублены не Глинскими; на это есть определенное свидетельство источников. В мае 1546 великий князь отправился с войском в Коломну по вестям, что крымский хан идет к этим местам. Однажды Иоанн, выехавши погулять за город, был остановлен новгородскими пищальниками, которые стали о чем-то бить ему челом; он не расположен был их слушать и велел отослать. Летописец не говорит, как посланные великим князем исполнили его приказание, говорит только, что пищальники начали бросать в них колпаками и грязью; видя это, Иоанн отправил отряд дворян своих для отсылки пищальников, но последние стали сопротивляться и дворянам; те вздумали употребить силу, тогда пищальники стали на бой, начали биться ослопами, из пищалей стрелять, а дворяне дрались из луков и саблями; с обеих сторон осталось на месте человек по пяти или по шести; великого князя не пропустили проехать прямо к его стану, он должен был пробираться окольною дорогою. Легко понять, какое впечатление должно было произвести это происшествие на Иоанна, напуганного в детстве подобными сценами и сохранившего на всю жизнь следствия этого испуга. Но он привык видеть врагов своих, дерзких ослушников своей власти, не в рядах простых ратных людей, и потому сейчас же им овладело подозрение: он велел проведать, по чьей науке пищальники осмелились так поступить, потому что без науки этого случиться не могло. Разузнать об этом он поручил не знатному человеку, но дьяку своему, Василию Захарову, который был у него в приближении; мы видим, следовательно, что Иоанн, подобно отцу, уже начал приближать к себе людей новых, без родовых преданий и притязаний, дьяков. Захаров донес, что пищальников подучили бояре, князь Кубенский и двое Воронцовых, Федор и Василий Михайловичи. Великий князь поверил дьяку и в великой ярости велел казнить Кубенского и двоих Воронцовых как вследствие нового обвинения, так и по прежним их преступлениям, за мздоимство во многих государских и земских делах; людей близких к ним разослали в ссылку. Летописцы говорят, что дьяк оклеветал бояр. Курбский относит к тем же временам и другие казни.
Так проводил Иоанн шестнадцатый год своего возраста; на семнадцатом, 13 декабря 1546 года, он позвал к себе митрополита и объявил, что хочет жениться; на другой день митрополит отслужил молебен в Успенском соборе, пригласил к себе всех бояр, даже и опальных, и со всеми отправился к великому князю, который сказал Макарию: "Милостию божиею и пречистой его матери, молитвами и милостию великих чудотворцев, Петра, Алексея, Ионы, Сергия и всех русских чудотворцев, положил я на них упование, а у тебя, отца своего, благословяся, помыслил жениться. Сперва думал я жениться в иностранных государствах у какого-нибудь короля или царя; но потом я эту мысль отложил, не хочу жениться в чужих государствах, потому что я после отца своего и матери остался мал; если я приведу себе жену из чужой земли и в нравах мы не сойдемся, то между нами дурное житье будет; поэтому я хочу жениться в своем государстве, у кого бог благословит, по твоему благословению". Митрополит и бояре, говорит летописец, заплакали от радости, видя, что государь так молод, а между тем ни с кем не советуется. Но молодой Иоанн тут же удивил их еще другою речью: "По твоему, отца своего митрополита, благословению и с вашего боярского совета хочу прежде своей женитьбы поискать прародительских чинов, как наши прародители, цари и великие князья, и сродник наш великий князь Владимир Всеволодович Мономах на царство, на великое княжение садились; и я также этот чин хочу исполнить и на царство, на великое княжение сесть". Бояре обрадовались, что государь в таком еще младенчестве, а прародительских чинов поискал. Но конечно, всего более удивились они (а некоторые, как увидим из писем Курбского, не очень обрадовались) тому, что шестнадцатилетний великий князь с этих пор внутри и вне государства принял титул, которого не решались принять ни отец, ни дед его, - титул царя. 16 января 1547 года совершено было царское венчание, подобное венчанию Димитрия-внука при Иоанне III. Между тем еще в декабре разосланы были по областям, к князьям и детям боярским грамоты: "Когда к вам эта наша грамота придет и у которых будут из вас дочери девки, то вы бы с ними сейчас же ехали в город к нашим наместникам на смотр, а дочерей девок у себя ни под каким видом не таили б. Кто же из вас дочь девку утаит и к наместникам нашим не повезет, тому от меня быть в великой опале и казни. Грамоту пересылайте между собою сами, не задерживая ни часу". Выбор пал на девушку из одного из самых знатных и древних московских боярских родов, который при наплыве родов княжеских успел удержать за собою близкое к престолу место, - выбор пал на Анастасию, дочь умершего окольничего Романа Юрьевича Захарьина-Кошкина, племянницу боярина Михаила Юрьевича, близкого, как мы видели, человека к великому князю Василию; быть может, и эти отношения не были без влияния на выбор; надобно заметить, что представитель рода по смерти боярина Михаила, другой дядя Анастасии, Григорий Юрьевич Захарьин, не принадлежал к стороне Шуйских, не упоминается ни в каких боярских смутах детства Иоаннова.