Вооруженные силы Индонезии пополнялись кораблями Черноморского и Тихоокеанского флотов.
Из состава 6-ой эскадры подводных лодок для боевых действий в Индонезии были выделены подводные лодки 613 проекта 124-й и 126-й бригад. Из состава 19-й БИЛ были выделены подводные лодки С-290 и С-292. Кроме того, из состава камчатской 8-й БИЛ была выделена плавбаза «Аяхта», на борту которой отправлены торпеды, запасное имущество, офицеры и мичманы – инструкторы 6-ой эскадры подводных лодок.
Для предотвращения разрастания конфликта в войну между Голландией и Индонезией в районе острова Новая Гвинея (Западный Ириан) проведено демонстрационное учение с участием индонезийского флота и подводных лодок 54-й отдельной Бригады ИЛ.
В ходе учений отличились подводники 54-й отдельной БИЛ, подводная лодка С-290 произвела успешную торпедную атаку по крейсеру «Орджоникидзе». Торпеды прошли точно под крейсером, за стрельбой наблюдал МО СССР и руководство ВМС Индонезии. Подводные лодки через некоторое время после окончания учений были переданы в состав ВМС Индонезии.
В состав 19 Брпл из соединения подводных лодок Камчатской флотилии прибыли подводные лодки С-173, С-176, С-179, С-141, С-224, С-263, С-62, С-326. Из соединения убыли из подводные лодки С-290, С-292 – в Индонезию, С-262, С-286, С-288, С-173, С-176, С-224 – в 171-ю БИЛ (Магадан), С-332, С-333, С-334 – в 90-ю БПЛ (Советская Гавань), С-293 – в 4-ю БПЛ – (б. Золотой Рог). Подводные лодки проекта 665 С-61 («Комсомолец») и С-54 в составе экспедиции ЭОН-72 перешли по Северному морскому пути из бухты Сайда в бухту Конюшкова, вошли в состав 124-й Бригады подводных лодок.
Модернизированная подводная лодка проекта 613 С-224 впервые в истории соединения находилась в походе 45 суток. Подводная лодка имела контакт с АУГ ВМС США. Задачи похода решены скрытно, обнаружения С-224 силами ПЛО ВМС США не установлено. Главнокомандующим ВМФ всему личному составу подводной лодки объявлена благодарность.
Подводная лодка С-141 выполняла задачу по слежению за авианосной группой ВМС США «Kirsardg». Командир действовал активно, энергично, нестандартно. При встрече с Главнокомандующим ВМФ С.Горшковым командир оценил проведанную модернизацию подводной лодки категорично: «Автономность увеличена, а мореходные качества ухудшились». Смелая оценка командира повлияли на решение Главкома ВМФ о прекращении модернизации подводных лодок этого проекта.
Подводная лодка С-62 несла радиолокационный дозор в Японском море. В течении 1964 года подводная лодка выполнила шесть десятисуточных походов в боевой дозор. Примечательно, что С-62 – единственная подводная лодка соединения, сдающая все курсовые задачи только на «Отлично».
Подводные лодки С-141, С-179, С-293 участвовали в учении «Арктика» в Северо-западной части Тихого океана. Подводные лодки С-141 и С-224 участвовали в учении флота «Маяк» с выполнением торпедных стрельб торпедами 53–51 по отряду боевых кораблей. Подводные лодки С-293 и С-141 отрабатывали передачу топлива в подводном положении.
29 декабря 1963 года подводной лодке С-62 присвоено звание «Отличный корабль».
Подводная лодка С-332 выполнила два дальних автономных похода в Тихий океан. Подводная лодка С-62 сдала курсовые задачи Л-1, Л-2 с оценкой «Отлично».
Подводные лодки С-62, С-141, С-224, С-263, С-332 приняли участие в учении «Циклон», под руководством Главнокомандующего ВМФ.
Подводные лодки С-86, С-222, С-224 и плавбаза «Бахмут» с 12 января по 6 марта впервые решали задачи демонстрации Военно-Морского флага СССР в юго-восточных морях Тихого океана. Задачи боевой службы решались в Японском и Филиппинском море с форсированием пролива Луссон. Подводные лодки скрытно форсировали Корейский пролив. На 14-й день в Южно-Китайском море отряд подводных лодок впервые открыто встретился с авианосцем «Iorktayn» в сопровождении восьми эсминцев. Следом за ними шла группировка АУГ с авианосцем «Korall – SiKorall». Действия американских кораблей и авиации при встрече с советскими кораблями носили провокационный характер. После прибытия в район второго отряда советских кораблей в составе ракетного корабля «Упорный» и подводных лодок С-62, С-179, С-332 обстановка разрядилась. Советские подводные лодки продемонстрировали высокую морскую и боевую выучку, проводились учебные торпедные атаки по составу авианосной группы.
В сентябре – октябре подводники участвовали в инспекторской проверке под руководством Маршала Советского Союза Москаленко. Подводные лодки С-263, С-293, С-352 были развернуты в Тихом Океане, подводная лодка С-62 – в район несения радиолокационного дозора в Японское море. Общая оценка 19 БрПЛ по результатам инспекции МО СССР – «Хорошо».
Подводная лодка К-70 проекта 651 совершила межфлотский переход по Северному морскому пути из бухты Ягельная в бухту Конюшкова, вошла в состав 124-й Бригады подводных лодок.
По итогам 1965 года 6-я эскадра подводных лодок объявлена лучшим объединением Военно-морского флота СССР.
Подводные лодки принимали участие в оперативно-тактическом учении «Вьюга». Подводная лодка С-141 выполняла атаку ОБК практической торпедой, подводная лодка С-62 находилась 10 суток в радиолокационном дозоре в Японском море.
В октябре шесть подводных лодок выполняли задачу боевого дежурства в бухте Витязь – первое боевое дежурство подводных лодок соединения вдали от пункта базирования, которое продолжалось шесть месяцев. В состав 19 Брил из 124 Брпл прибыли подводные лодки С-86, С-337, С-238, С-261. В бригаду начали поступать океанские подводные лодки: из 182 Брпл подводная лодка проекта 611 Б-63 (с 1970 года ПЛ получила новый тактический номер Б-863), Б-88, Б-66 (получила тактический номер Б-866) и подводные лодки проекта 641 Б-133 (получила тактический номер Б-833), Б-85. Подводная лодка Б-73 проекта 651 выполнила межфлотский переход по Северному морскому пути из губы Ягельная в бухту Конюшкова, вошла в состав 124-й Бригады подводных лодок. Подводная лодка Б-63 вошла в состав 124-1 Брпл с базированием в бухте Конюшкова, в октябре из-за навигационных ошибок произошла посадка подводной лодки на мель у острова Аскольд.
Подводные лодки соединения напряженно использовались на боевой службе в Японском и Восточно-Китайском морях: С-141, С-337, С-179, С-176, С-293 находились в море от 30-ти до 45-ти суток, а Б-88 в течении 75-ти суток несла боевую службу в Восточно-Китайское море. Подводная лодка проекта 611 Б-238 выполнила задачи боевой службы первой из подводных лодок нового поколения. Подводные лодки Б-63, Б-88, Б-85, С-261, С-238 несли боевое дежурство.
Командующий ТОФ адмирал Н.Н.Амелько вручил Переходящее Красное Знамя военного Совета ТОФ передовому экипажу подводной лодки Б-88.
10 августа 1969 года подводная лодка Б-133 вышла в боевой поход в Индийский океан. По инициативе Командующего ТОФ подводная лодка была укомплектована личным составом срочной службы одного года призыва под началом опытных офицеров и мичманов.
10 августа 1969 года Б-133 вышла из бухты Улисс. Основная нагрузка легла на плечи офицеров – механиков и их подчиненных, вынужденных нести вахту в моторных отсеках при температуре более 50-ти градусов. За время похода подводники – тихоокеанцы посетили порты Вишакхапатнам, Бомбей, Карачи, Аден, Могадишо, Момбаса, Дар-эс-Салам. По итогам похода подводная лодка стала «Отличной», экипажу вручено Переходящее Красное знамя Военного Совета ТОФ, 29 членов экипажа – матросов, старшин, офицеров награждены медалью «За воинскую доблесть».
В состав 19 БрПЛ вошли подводные лодки проекта 641 Б-101, Б-143 после решения задач боевой службы в Тихом океане. Подводные лодки вышли из Петропавловска-Камчатского в летние месяцы, в районе БС температура забортной воды была более 30-ти градусов. На неприспособленных к плаванию в таких климатических условиях подводных лодках личный состав решал задачи на грани человеческих возможностей. Многие матросы получили тепловые удары. После этих боевых служб силами судоремонтной мастерской на подводных лодках проектов 611 и 641 начали устанавливать на боевых постах кондиционеры воздуха.
В состав соединения вошли подводные лодки Б-164 и проекта 611 Б-62.
Подводная лодка Б-73 выполнила межфлотский переход по Северному морскому пути из губы Ягельная в бухту Конюшкова, вошла в состав 124-й Бригады подводных лодок.
Подводная лодка Б-866 с 326 экипажем совместно с танкером «Дунай» и теплоходом «М. Урицкий» с 10 ноября 1969 года по 15 мая 1970 года выполняла гравиметрическую съемку в районах Тихого и Индийского океанов. Подводные лодки Б-101, С-179, С-293 приняли участие в учение Военно-Морского флота СССР «Океан».
В состав 19 БрПЛ вошла подводная лодка проекта 611 Б-72.
По итогам года 126-я бригада подводных лодок за высокие показатели в боевой и политической подготовке Постановлением Президиума Верховного Совета СССР награждена «Ленинской юбилейной почетной медалью».
