При Василии II процветает ересь стригольников, хотя до XV в. еретические движения на Руси были малоизвестны. Еретики были возмущены церковной коррупцией (симонией), распространившейся в восточнорусских епархиях особенно после провозглашения автокефалии, и не желали иметь с епископами и священниками-мздоимцами общения в таинствах, а потому вообще переставали ходить в храмы. Разумные монахи и миряне, отвергая ересь, тоже были недовольны порядками в Церкви. Они ясно видели, как в умах многих русских людей православие начинает из богообщения превращаться в обрядоверие, имеющее с христианством не много общего, и старались продолжать традицию преп. Сергия на возрождение в первую очередь духовной жизни, а не внешнего благочиния. Монахи, чтобы чувствовать себя свободней и не соблазнять мирян богатствами, отказывались от излишних имуществ, от опеки со стороны княжеской власти, бескорыстно учили мирян «умному деланью», рекомендовали читать Священное Писание и творения отцов Церкви, продолжали переводить с греческого духовные книги.
Духовным центром Руси в середине XV века становится Кирилло-Белозерский монастырь и расположенные вокруг монастырьки и скиты, в которых жили подвижники, получившие название «заволжских старцев». Наиболее известным из них был знаменитый ученый монах Нил (Майков) (1433–1508), игумен скитов на речке Соре, многие годы проведший в Греции на горе Афон. В заволжские скиты со всех концов Руси и даже из Греции и Балкан шли люди в поисках чистой христианской веры, многие состояли с ними в переписке. Здесь, в Ферапонтовом монастыре, великий русский иконописец Дионисий в 1500 г. великолепно расписал Рождественский собор. «Заволжские старцы», подобно Пафнутию Боровскому, осуждали самовольную автокефалию Русской Церкви, указывали на её духовную опасность и призывали восстановить общение со вселенским православием. Их слышали в народе, на Афоне, в Константинополе, но не всегда – при княжеском дворе.
Иван III (1462–1505) успешно смог осуществить то, что не удавалось его отцу Василию II Тёмному. Орда все более слабела из-за внутренних распрей. С ней теперь соперничали независимые татарские ханства – Казанское и Крымское, которые фактически стали вассалами Москвы, в то время как ханы Золотой Орды находились в антимосковской коалиции с Литвой. Хотя большинство населения и значительная часть князей Литвы оставались православными, Великое княжество все более приобретало, сближаясь с Польшей, вид католического государства. Ведущие государственные посты теперь могли занимать только католики. Православные этим были недовольны, и несколько русских княжеств Чернигово-Северской земли перешли от Литвы к Москве.
В Литве в XV в. окончательно устанавливается сеймовая система – все существенные вопросы великие князья решают в согласии с князьями, боярами, дворянами (шляхтой) и городами. Сеймы действуют и в отдельных княжествах и землях Литвы, в том числе и в западнорусских. С 1413 г. Великий князь Литовский является не наследственным государем, но избираемым на Сейме. С конца XIV века Литва вводит Магдебургское городское право, по которому города приобретают независимость от местных князей и самоуправление. Киев, Минск, Луцк, Кременец, Владимир-Волынский, Полоцк, Брест, Новогрудок становятся самоуправляющимися. Литва в XV столетии превращается в государство аристократическое. Крестьянство к 1447 г. оказывается в суровой крепостной зависимости от князей и шляхты, городские вече заменяются советом старшин купеческих гильдий и цехов. Литовско-русская знать, равно католическая и православная, строит удобное государство не для народа, а для себя, и в этом тоже мало гражданской солидарности.
В Северо-Восточной Руси простой народ в это время пользовался гражданскими правами значительно шире, чем в Литве. Крепостного права здесь не было, вече еще собиралось, хотя повсюду, кроме Новгорода и Пскова, не регулярно, большей частью в чрезвычайных обстоятельствах. Русское боярство предпочитало литовский уклад московскому. Простой же народ видел в Московском Великом князе защитника от боярского произвола и гаранта своих прав и свобод и поэтому доверял ему – устав от бесконечной княжеской распри, татарских набегов и ордынских поборов, он решительно склонялся к единению с Москвой. Князья и бояре, даже и московские, были намного осторожней. Они видели, что Иван III «собирает Русь» вовсе не на литовский манер, как федерацию княжеств и земель, а на манер ордынский – как централизованное монархическое государство, и опасались деспотического произвола «православного хана».
Сам же московский князь, имея честолюбивые планы утвердить свое самодержавие, совсем не желая походить на литовского Великого князя, подконтрольного Сейму, готовил народ Восточной Руси к принятию новых для русских людей принципов, предлагая льстящую национальному самолюбию сумму идей.
При Иване III Литва начинает рассматриваться московской властью не как другое русское государство, но как иноверная страна, захватившая часть «отчин» потомка Рюрика – московского Великого князя – и держащая их «неправдою». С Литвой, несмотря на то, что ее Великий князь Александр женат на дочери Ивана III Елене, идет почти всё время вялотекущая война, в которой Москва постепенно осиливает Литву. Те русские земли, которые заключают союз с литовским князем, теперь объявляются «изменными», желающими податься в латинство и «под ляхов» (поляков). Это – неправда, но Москва использует её для упрочения и расширения власти над своим народом, особенно над боярством, которое продолжает считать Великого князя Московского только одним из тех государей, которым оно может служить: плохо на Москве – можно перейти в Литву или в Новгород, или в Тверь.
Чтобы изжить такие настроения боярства, Москва начинает утверждать себя как единственное в мире независимое православное царство. Константинополь и Балканы были под властью турок-мусульман, Литва превращалась в католическую страну. Другие русские княжества и земли к середине XV в. стали очевидно слабее всё более разрастающегося княжества Московского. При Иване III начинается поток сочинений, убеждающих в том, что Московское государство – единственный законный наследник Рима и Константинополя, Третий Рим, как наименует его чуть позднее Елеазаровский старец Филофей. Авторы сочинений не останавливаются порой в своих доводах перед прямыми подлогами и обманами. В этих сочинениях видно желание, с одной стороны, оправдать самовольную автокефалию московских митрополитов, а с другой – доказать законность единодержавия Московских Великих князей. «Внимай Господа, ради, яко вся христианская царства снидошася в твое царство, посем чаем царства, ему же несть конца». «Един Православный великий русский царь во всей поднебесной, яко же Ной в ковчезе, спасенный от потопа, правя и окормляя Христову Церковь и утверждая православную веру», – пишет старец Филофей Великому князю. Подобные послания и сказания, утверждающие величие и богоизбранность русского народа и московского князя, охотно переписывались и читались и монахами и мирянами.
При Иване III на Руси вводится та государственная идеология, которая в своем существе сохранялась всю последующую её историю. Русь объявляется осажденной крепостью истинной веры, а русский правитель – единственным хранителем святыни православия. Измена князю Московскому начинает рассматриваться как национальное предательство и святотатство (чего никогда ранее не было) и потому жестоко караться. Новая идеология льстила властолюбию правителя и давала ему в руки мощный рычаг управления обществом, если народ верил идеологическим принципам. Но жизнь самого народа новая идеология никак не улучшала. Напротив, за приятные самообольщения национальной уникальностью, величием, святостью надо было расплачиваться вполне реальными вещами – утратой гражданской свободы, бессилием перед произволом деспота, бесконечными войнами, всё повышающимися податями, культурной самоизоляцией и отставанием в развитии.
В 1472 г. претензия Ивана III на царственное преемство от Константинополя подтверждается династическим браком. При содействии пап Павла II и Сикста IV второй женой Ивана III становится племянница последнего Византийского императора Константина XI – Софья Палеолог. Византийские принцессы нередко бывали женами русских князей, но раньше такие браки не имели идеологических последствий. Теперь же Иван III помещает на государственной печати Московского княжества герб византийских императоров – двуглавого орла и начинает именовать себя Царем, как русские называли до того только императора да ордынского хана. Московская знать замечает, что Великий князь стал держать себя величественно, не как раньше, и все более отдаляется от других князей и бояр.
С самого своего вокняжения Иван III начинает присоединение других русских княжеств к своему, переводя их владетельных правителей в положение московских «служебных» князей. Первым было в 1463 г. присоединено княжество Ярославское. Узнав, что Новгород, боясь потерять свою независимость, ведет переговоры с Литвой о переходе под верховную власть её князя, Иван III предпринимает в 1471 г. первый, а в 1478 г. второй поход на Новгород, «как на поганых басурман», разбивает новгородские войска на реке Шелони и, в конце концов, не просто подчиняет Новгородскую землю своей власти, но полностью искореняет всякую ее независимость и самобытность. Он снимает в Новгороде вечевой колокол, казнит 150 лучших новгородских бояр, смещает новгородского архиепископа Феофила, переселяет 18 тысяч новгородских семей, в том числе всё купечество, в московские города и заселяет Новгород московскими людьми. Литва не оказала, да и не могла оказать в тогдашних обстоятельствах Новгороду существенной помощи. Но напуганная новгородским разорением, она еще ближе примыкает к Польше.