Особо важные дела рассматривались в Канцелярии тайных розыскных дел, но и тут на допросы и пытки являлись представители Синода. Так, в декабре 1720 г. Тайная канцелярия вела следствие о раскольнике Якове Семенове. Присутствовавший при допросах архимандрит Александро - Невского монастыря Феодосий предложил Семёнова нещадно бить кнутом и, сослав в Соловецкий монастырь, держать в земляной тюрьме «до кончины жизни неисходно». Так и было сделано. В распоряжение Синода для борьбы с раскольниками предоставлялись воинские отряды. Кроме того, повсеместно рассылались синодские указы о выделении в распоряжение епархиальных властей воинских команд.
Для усиления борьбы с церковными противниками Синод издал в 1721 г. особые «Пункты для вразумления раскольников», составленные архимандритом Заиконоспасского монастыря Феофилактом Лопатинским и архимандритом Златоустовского монастыря Антонием. В этих «пунктах» вновь была сделана ссылка на постановления Кормчей книги об еретиках и на необходимость их наказания по «градским» законам. Синод ссылался также на постановления церковного собора 1666/67 г. и на Уложение 1649 г. Гражданской власти оставалось только выполнять решения Синода о наказании еретиков.
При Синоде была организована в 1723 г. особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716 по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений 111 тысяч28. Феофилакт составил особое руководство для церковников — «Обличение неправды раскольнической». В нём раскольники именовались «злокозненными и деревенскими мужиками».
В 1745 г. «Обличение» дополнил известный ростовский митрополит Арсений Мациевич. И он не жалел бранных слов по адресу раскольников, называя их «сатановерами», «хищными волками, душепогубительными бесами». Приводя примеры из Ветхого и Нового заветов, а также из церковной истории, Арсений доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «Учение Христа, — говорил он, — даёт к тому достаточно оснований»29. И сожжение раскольников как врагов церкви в этот период было далеко не редким явлением.
Раскольника старца Варлаама обвинили в том, что он произносил хулу на бога и на иконы. У него вырвали язык, а затем сожгли. Сожгли живым и Матвея Николаева за его «великий раскол». Раскольник Денис Лукьянов умер под пытками, а после смерти тело его было сожжено30. Крестьянин Павел Сахаров во время насильственного причастия выплюнул дары, которые принимаются при этом. Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, где дважды пытали, затем за богохульство приговорили к сожжению. К смертной казни сожжением приговорили в 1752 г. дворцового коменданта Якова Куприянова, обвинённого в богохульстве. Иностранец Берхгольц, оставивший интересный дневник о своём пребывании в России, подробно рассказывает, как сжигали людей за богохульство. По его словам, в 1718 г. в Петербурге сожгли заживо человека, который сказал, что почитание икон является идолопоклонством, и который во время совершения церковной службы выбил икону из рук епископа. «Осуждённого, — писал Берхгольц, — поставили на костёр, сложенный из разных горючих веществ, и железными цепями привязали к устроенному на нём столбу с поперечной на правой стороне планкой, к которой прикрепили толстой железной проволокой и потом плотно насмолённым холстом руку, служившую орудием преступления. Сперва зажгли одну эту правую руку и дали ей одной гореть до тех пор, пока огонь не стал захватывать далее, а князь кесарь вместе с прочими вельможами не приказал поджечь костёр. При таком страшном мучении преступник не испустил ни одного крика и оставался с совершенно спокойным лицом, хотя рука его горела минут семь или восемь, пока, наконец, не зажгли всего возвышения. Он неустрашимо смотрел все это время на пылавшую свою руку и только тогда отвернулся в другую сторону, когда дым уже очень стал есть ему глаза и у него начали гореть волосы»31. Рассказ очевидца — лучшее свидетельство беспощадного отношения к лицам, выступавшим против церкви и ее обрядов.
По инициативе духовных властей проводились также массовые процессы против участников антицерковных движений. Таково было, например, дело «о богопротивных сборищах и действиях», возникшее в 1733 г. и законченное лишь в 1739 г. Сторонники этого движения искали средства для избавления от гнёта и улучшения своего существования в мистическом движении.
По этому делу привлекли в качестве обвиняемых 303 человека. Хотя следствие велось в Тайной канцелярии, душой процесса были члены Синода: архиепископ Феофан Прокопович, епископы Питирим и Леонид Сарский. Феофан руководил допросом обвиняемых, читал и сличал их показания, сводил подсудимых на очные ставки. Допросы при помощи «пытки и огня» велись в его присутствии. Следствие над группой раскольников, привлечённых по этому делу и живших в Москве, вели архимандриты московских монастырей Кирилл и Евсевий. Непосредственное участие в следствии принимал также Синод. Ему представлялись подробные донесения о следствии, «экстракты» из расспросных речей. Синод оказывал давление на членов следственной комиссии, добиваясь осуждения всех привлечённых по этому делу лиц. Послушная следственная комиссия, где главенствовали церковные иерархи, осудила пятерых на смерть, 11 человек были наказаны кнутом, им вырвали языки и сослали на каторжную работу; 225 «виновных» били кнутом и сослали на каторгу; более 60 человек после наказания плетьми заточили в монастырь32.
В 1745 г. возникло новое дело, по которому было привлечено 446 обвиняемых. Следствие продолжалось 12 лет и закончилось лишь в 1757 г. Участники этого антицерковного движения в своих религиозных исканиях отразили глубокую ненависть к крепостному строю. Вместе с тем в нём выявилось и неумение крестьян найти средство борьбы с эксплуататорами. Проповедуемое участниками этого движения смирение и уход от жизни лишь уводили их в сторону от классовой борьбы. И на этот раз в следственной комиссии активную роль играли Синод и его представители: ректор Славяно-греко-латинской академии архимандрит Порфирий Крапский, священник московского Архангельского собора Иван Иванов, протопоп Петропавловского собора Михаил Слонимский и ключарь Василий Баранович. Следствие велось в московском Спасо-Андрониевом монастыре, где размещена была следственная комиссия, а заключённых держали в особом здании, вблизи монастыря.
Сенат мало вмешивался в дела следственной комиссии, зато Синод принимал в ней большое участие. Синод составлял вопросные пункты для ведения следствия, посылал своим представителям инструкции, направлял следствие в желательном для него духе, получал следственные материалы и «экстракты» из них. Следуя инструкциям Синода, духовные следователи допытывались, кто принимал участие в распространении этого антицерковного движения, и привлекали к следствию все новых и новых людей. В распоряжении следственной комиссии были заплечные мастера. Пытки, «встряски», битье кнутом не прекращались. Наконец следствие закончилось, и комиссия приступила к составлению приговора. Члены комиссии — представители Синода — добились суровой кары: пятерых приговорили к публичному сожжению26, — к другим видам смертной казни, остальных — к наказанию кнутом и плетьми, ссылке в каторжные работы и отдаче в солдаты. Приговор поступил на утверждение Сената, который заменил смертную казнь наказанием кнутом и ссылкой в каторжные работы. По отношению к остальным участникам этого антицерковного движения приговор был утверждён без всяких изменений.
В 1769 г. возникло новое дело об антицерковном движении в Тамбовской и Воронежской губерниях, по которому допрашивались 232 человека. Следствие велось так же, как и в предыдущих процессах, руководили им представители духовного ведомства. И опять многие участники движения были обречены на смерть. Сенат заменил смертную казнь ссылкой в каторжные работы и военную службу, остальных приговорили к разным наказаниям. Имущество приговорённых было конфисковано, а дети отданы в военные школы.
Массовые преследования раскольников и других противников церкви вели и местные духовные власти. В 1761 г. Тобольская духовная консистория арестовала и держала под крепким караулом 29 человек, обвиняя их в том, что они «православной церкви противники». Тобольская раскольническая контора грабила и разоряла работных людей и крестьян Исетского округа, сажала их в тюрьмы, что приводило даже к расстройству работы на казённых заводах. Сенат был вынужден смирить усердие духовных властей. Он указал консистории, что она ведёт себя «весьма неприлично». Учитывая тревожное время и массовые крестьянские волнения, Сенат советовал консистории и архиерею держать крестьян и работных людей «в покое и тишине»33.
