После взятия Мантуи Наполеон двинулся на север, в Тироль, угрожая непосредственно австрийским землям. В нескольких сражениях он разбил эрцгерцога Карла и отбросил его войска к Бреннерскому перевалу. Дорога на Вену была открыта, и там распространилась паника. Наполеон дошел до Земмеринга, стоявшего от столицы империи всего лишь в ста километрах. Австрийский двор понял опасность продолжения борьбы, и 10 апреля генерал Бонапарт получил официальное уведомление, что австрийский император Франц просит начать мирные переговоры. Сразу же после этого он поспешил назад в Италию и захватил Венецию. Заключив договор в Кампоформио, Франция обеспечила себе самый великий триумф в ее истории. Австрийцы уступили Бельгию и признали марионеточный режим французов в Северной Италии, известный под названием Цизальпинской республики, а также согласились на включение в состав Франции левого берега Рейна. Венеция, как и желал Бонапарт, послужила компенсацией Австрии за уступки на Рейне.
Наполеон вернулся во Францию 7 декабря 1797 года и был триумфально встречен всеми членами Директории в Люксембургском дворце. Он выиграл 18 кровопролитных сражений, захватил 170 вражеских знамен и сделал Францию более могущественной, чем во времена Людовика XIV. Нельзя забывать и о том, что он беспощадно эксплуатировал все итальянские земли, много миллионов золотом он отправил в Париж, а вслед за этим и сотни лучших творений искусства из итальянских музеев и картинных галерей. Улица, на которой он жил, была переименована в улицу Победы.
Во время своего пребывания в Милане 20 мая 1796 года Наполеон выпустил прокламацию: «Уважение к собственности и личной безопасности каждого, уважение к вероисповеданию жителей всех стран — вот те чувства, которые испытывает правительство Французской республики и французская армия в Италии. Победоносные французы рассматривают народы Ломбардии как своих братьев».
Его деяния виделись по-иному тем, кто не были французами. Возможно, Уильям Питт и был предубежденным человеком, но в речи, произнесенной им несколько позже (3 февраля 1800 года) в палате общин, содержался справедливый перечень «ужасов, содеянных в Италии в кампанию 1796-1797 годов». Он напомнил членам парламента: «В доказательство этого «братства» и в целях соблюдения клятвы об «уважении собственности» эта самая прокламация наложила на жителей Милана контрибуцию в размере двадцати миллионов ливров, что равняется приблизительно одному миллиону фунтов стерлингов. И в последующем каждое государство было обложено данью в общей сложности в 6 миллионов фунтов стерлингов. С такой же точностью соблюдались обещания уважать вероисповедания и обычаи завоеванных стран. Церкви подверглись варварскому разграблению. Все, что было достоянием общества, оказалось конфискованным. Италия стала страной, где царит хаос и насилие. Священники, представляющие собой объект уважения и почитания, подверглись неслыханным оскорблениям и унижениям со стороны французских войск...»
Премьер-министр продолжал: «Но из всех отвратительных и трагических сцен, которые имели место в Италии на протяжении описываемого мною периода, происходившие в Венеции, поражают своим откровенным цинизмом».
Он обвинил французов в том, что они нарочно спровоцировали население Венеции на восстание против них, в ходе которого было выпущено антифранцузское воззвание. Наполеон тут же по горячим следам вторгся в Венецию, установив там правление по французскому образцу. Питт сообщил далее, что, как только договор был подписан, французы напали на арсенал и на Дворец дожей и разграбили их. Вдобавок к этому они обложили их обитателей данью. Он добавил: «Прошло не более четырех месяцев после этого, и сама Венецианская республика, связанная союзническим договором с Францией, создание самого Бонапарта, от которого она получила в подарок свободу по-французски, была тем же Бонапартом передана по договору Кампоформио под тяжкое иго гордого Габсбургского дома». Директория начала испытывать сильные опасения по поводу генерала Бонапарта. Его популярность в народе росла и достигла необычайных размеров. Вдобавок к этому имелись тревожные доказательства его независимости в принятии решений. Он даже осмелился дважды игнорировать инструкции Директории: во-первых, он потребовал от австрийцев уступки Ломбардии, а во-вторых, объявил войну Венеции. Его штаб располагался в замке на окраине Милана, и там ему оказывались почти королевские почести: все время устраивались пышные званые обеды, и любой его выезд сопровождался эскортом в триста улан. Журналистам было щедро заплачено за соответствующую трактовку действий Наполеона, который сделал своей задачей создание нужного ему образа в народных массах и среди солдат. Существовала специальная газета «Курьер итальянской армии». Ее выпуски продавались даже в Париже и бесплатно раздавались солдатам. В ней всячески восхвалялись подвиги и личность «Первого Генерала Великой Нации». Наполеон субсидировал и другие газеты, дудевшие в ту же дуду. Все члены Директории прекрасно сознавали, куда дует ветер, но они слишком многим были обязаны Наполеону. Да и что они могли сделать, если их единственной опорой являлся все тот же Наполеон. Ведь именно он прислал в Париж войска под командованием Ожеро, которые провели массовую чистку обоих Советов 18 фрюктидора (4 сентября) 1797 года. Роялистов арестовывали сотнями и высылали в далекую Гвиану. В целом обстановка была неспокойной. Многие генералы подозревались, и не без основания, в симпатиях либо к роялистам, либо к якобинцам. В противоположность этому Наполеон после своего триумфального возвращения в Париж напустил на себя скромность и, желая подчеркнуть отсутствие каких-либо честолюбивых намерений, везде появлялся в неброской штатской одежде.
Решив убрать слишком уж самостоятельного полководца из Италии, Директория назначила его главнокомандующим армией, сформированной для ведения войны с Англией. Ему было поручено разработать план вторжения на Британские острова. К этому поручению генерал отнесся с должной серьезностью, однако после неоднократных личных рекогносцировок к 23 февраля он пришел к следующему выводу: высадка в Англии без завоевания господства над морем явится самой рискованной и трудной операцией, какие когда-либо предпринимались... Подходящий момент для этого предприятия упущен, и, может быть, навсегда.
Вместо этого им была предложена экспедиция в Египет. Она представлялась кое-кому полетом романтической фантазии, но в действительности все обстояло по-другому. За этим планом скрывался холодный и трезвый расчет, не только военный, но и политический. Главный замысел заключался в том, чтобы перерезать основную торговую коммуникацию Британии с Индией и создать базу, с которой можно было бы начать отвоевывать субконтинент, потерянный Францией почти полвека назад. Кроме того, эта экспедиция в случае успеха невероятно подняла бы и без того высокий престиж Бонапарта. Французов привлекали баснословные богатства Востока, они не забыли того, что государства крестоносцев были первыми французскими колониями в этом регионе. Существовала даже весьма популярная отрасль науки, называвшаяся египтологией. К тому же Египет находился далеко, и там дышалось гораздо легче в атмосфере, свободной от вечных происков и тайных козней, которыми была полна политика при Директории. И чтобы там ни утверждал впоследствии Наполеон, у него явно не было намерения «надеть тюрбан» и стать новым калифом. Причины, по которым он ввязался в египетскую авантюру, были чисто политическими, и в любом случае он собирался как можно скорее вернуться в Париж.
Вначале экспедиции сопутствовал триумфальный успех. По пути Наполеон захватил Мальту, важный стратегический узел восточного Средиземноморья, изгнав рыцарей Мальтийского ордена с острова, который был их домом на протяжении последних 250 лет. Земля фараонов была завоевана без: труда: феодальная армия мамлюков потерпела полное поражение в экзотичном сражении у подножия знаменитых пирамид. По подобию Французского института был основан Египетский институт. Производя археологические раскопки, французские ученые сделали ряд открытий, изумивших их коллег во всей Европе. Чего стоил, например, один камень Розетты, надпись на котором явилась ключом к прочтению египетских иероглифов. Ходили слухи, что по примеру Александра Великого Бонапарт начал помышлять о завоевании Персии и Индии. Однако в суровой реальности все выглядело иначе. Многочисленная турецкая армия и британский флот прочно блокировали Наполеона в Египте. В битве при Абу-Кире в августе 1798 года Нельсон фактически уничтожил французскую эскадру, и английские корабли стали безраздельно властвовать на всем Средиземноморье. Наполеон пошел в Сирию, но поход этот, был страшно тяжелым, не в последнюю очередь из-за Недостатка воды. Город Яффа был взят и разграблен. Четыре тысячи сдавшихся в плен турецких солдат по приказу Наполеона вывели на берег моря и расстреляли. В тылу у французов свирепствовала чума, и Бонапарт вынужден был спешить. Он осадил крепость Акр. Два Месяца длилась эта осада и закончилась неудачей, поскольку у французов не было нужной артиллерии, а с моря англичане снабжали осажденных всем необходимым. После этого французы пошли обратно в Египет. Наполеон почти попал в ловушку. Возвращаться во Францию морем было чрезвычайно рискованно. Захват его англичанами грозил английской тюрьмой до самого поражения Франции.