Столь же радикальной была и докладная записка командующего эскадрой КБФ контр-адмирала Н.Н. Несвицкого от 10 июля 1940 г. в Главный морской штаб, в которой он, исходя из анализа неблагоприятной для СССР обстановки на Балтике, предлагал "в целях обеспечения как баз, так и коммуникаций, питающих их... решить вопрос самостоятельного существования Швеции и Финляндии в пользу СССР и сделать Балтийское море внутренним морем". Для обеспечения своих баз предлагалось создать ряд минных позиций в устье Ботнического и Финского заливов и в Ирбенском проливе, подготовиться к активному использованию ВВС и подводных лодок для обеспечения своих коммуникаций. В качестве наступательных операций КБФ должен был поддерживать фланги сухопутных войск на Ханко и на границе с Восточной Пруссией, захватить десантными операциями Готланд и Аландские острова, высадить десант на финском побережье Ботнического залива, "который обеспечит наступление наших сил на полуострове Ханко", в Котке и в Хельсинки, "обеспечивающий наступление со стороны Выборга". Также предлагалось осуществлять операции по нарушению коммуникаций и уничтожению флота Германии1355 .
Директивами наркома Военно-Морского Флота от 26 февраля 1941 г. были поставлены следующие задачи флотам на западных границах СССР.
Северный флот должен был уничтожить флот противника при появлении его в Баренцевом и Белом морях; совместно с 14-й армией оборонять побережье полуостровов Средний, Рыбачий и Кольский и не допустить высадки десантов противника; содействовать 14-й армии в захвате Петсамо; не допустить прохода судов противника в Белое море, побережье которого следовало оборонять совместно с Архангельским военным округом; вести крейсерские операции подводных лодок на морских сообщениях противника у западного побережья Норвегии и в Скагерраке.
Краснознаменный Балтийский флот должен был не допустить высадку морских десантов немцев на побережье Латвийской и Эстонской ССР, на острова Моонзундского архипелага; совместно с ВВС Красной Армии нанести поражение германскому флоту при его попытках пройти в Финский залив; не допустить корабли противника в Рижский залив; содействовать сухопутным войскам на побережье Финского залива и на полуострове Ханко, обеспечивая их фланги, а также в случае выступления против СССР Финляндии уничтожать береговую оборону финнов; уничтожать боевые флоты Финляндии и Швеции при их выступлении против СССР; обеспечить в первые же дни войны переброску одной стрелковой дивизии с северного побережья Эстонии на полуостров Ханко, а также быть готовым к высадке десанта на Аландские острова; прервать морские коммуникации неприятеля в Балтийском море и Ботническом заливе.
Черноморский флот получил задачу обеспечить господство на море; активными минными постановками и действиями подводных лодок не допустить прохода флотов враждебной коалиции в Черное море; не допустить подвоза по морю войск и боевого снаряжения противником в порты Румынии, Болгарии и Турции; не допустить высадки десантов противника; не допускать действий кораблей противника по советскому побережью; в случае вступления Румынии в войну уничтожить или захватить ее флот и прервать коммуникации, блокировать побережье Румынии, включая устье Дуная; быть готовым к высадке тактических десантов; содействовать левому флангу Красной Армии при форсировании реки Дунай и при дальнейшем продвижении вдоль побережья Черного моря; обеспечить ПВО Главной базы и Керченского сектора береговой обороны. Дунайская военная флотилия Черноморского флота должна была не допускать форсирования противником Дуная от устья р. Прут до устья Килийского гирла; не допустить прохода военных и других судов на участке Рени - устье Килийского гирла; оказать содействие сухопутным войскам в отражении возможного удара противника с направления Галац на Джурджулешть.
Пинская военная флотилия получила задачу содействовать войскам Красной Армии на реках Западный Буг, Висла и Неман при ведении наступательных операций; огнем кораблей, переправой и перевозкой войск, высадкой тактических десантов, прикрытием флангов войск, упирающихся в реку; бороться с речными силами и переправами противника; обеспечить свои водные коммуникации1356 .
К 15 апреля 1941 г. флоты разработали оперативные планы и планы прикрытия, которые были утверждены наркомом ВМФ. Во второй половине июня 1941 г. при Балтийском морском пароходстве был создан Отряд особого назначения в составе 19 транспортов, 6 ледоколов, 5 катеров, 5 буксиров и 10 прочих гражданских судов, который был способен за один рейс поднять 14-15 тыс. человек, 300-350 автомашин и 3 тыс. лошадей, то есть одну дивизию для переброски на Ханко. На 23 июня на КБФ намечалось начало учений, поэтому с 19 июня флот перешел на готовность № 2. В это же время в северо-западной части Черного моря состоялись общефлотские учения Черноморского флота, которые обычно проводились в конце лета или осенью. Для их проведения 10 июня было мобилизовано в состав флота 6 гражданских судов. В ходе учений под видом противодесантных операций войска ОдВО, как ранее войска Северо-Кавказского и Закавказского военных округов, отрабатывали вопросы высадки десанта. Разработанное накануне войны штабом Черноморского флота "Временное наставление по огневому взаимодействию кораблей ЧФ с сухопутными войсками Одесского военного округа", которое было взято за основу и другими округами, не предусматривало совместных действий при отражении высадки десанта. Лишь в ходе войны были разработаны Указания по противодесантным действиям1357 .
Так как план стратегического развертывания и замысел первых стратегических операций были рассчитаны на полное отмобилизование Красной Армии, то они были тесно увязаны с мобилизационным планом. С апреля 1940 г. началась разработка нового мобилизационного плана, который был 12 февраля 1941 г. утвержден правительством. Мобилизационное развертывание Красной Армии по плану МП-41 (официальное название "Мобплан № 23") должно было привести к созданию армии военного времени. Всего намечалось развернуть 8 фронтовых и 29 армейских управлений, 62 управления стрелковых, 29 механизированных, 4 кавалерийских, 5 воздушно-десантных и 8 авиакорпусов, 177 стрелковых, 19 горнострелковых, 2 мотострелковые, 61 танковую, 31 моторизованную, 13 кавалерийских и 79 авиационных дивизий, 3 стрелковые, 10 противотанковых артиллерийских бригад и 72 артполка РГК, а также соответствующее количество тыловых частей. После мобилизации численность вооруженных сил СССР должна была составить 8,9 млн человек, войска должны были иметь 106,7 тыс. орудий и минометов, до 37 тыс. танков, 22,2 тыс. боевых самолетов, 10,7 тыс. бронеавтомобилей, около 91 тыс. тракторов и 595 тыс. автомашин.
Большая часть этих войск уже была сформирована или заканчивала формирование, поскольку по принятой летом 1939 г. системе мобилизационного развертывания количество частей и соединений доводилось до уровня военного времени, что упрощало процесс мобилизации, сокращало его сроки и должно было способствовать более высокой степени боеспособности отмобилизованных войск. Главная "особенность военного строительства в эти годы состояла в том, что проходило скрытое мобилизационное развертывание вооруженных сил"1358 . Только во второй половине 1940 - первой половине 1941 г. было сформировано 18 управлений армий, 16 управлений стрелковых корпусов, 29 управлений мехкорпусов, 5 управлений воздушно-десантных корпусов, 86 стрелковых, 61 танковая и 31 моторизованная дивизии, 2 стрелковые, 10 воздушно-десантных и 10 противотанковых артиллерийских бригад.
Согласно плану МП-41, отмобилизование Красной Армии предусматривалось произвести поэшелонно в течение месяца. В зависимости от обстановки мобилизацию планировалось проводить скрытно или открыто. Метод скрытого отмобилизования был разработан в деталях. Войска армий прикрытия планировалось отмобилизовывать в два эшелона. Первый эшелон, в который входили 114 дивизий, укрепрайоны на новой границе, 85% войск ПВО, воздушно-десантные войска, свыше 75% ВВС и 34 артполка РГК, должен был завершить отмобилизование в течение 2-6 часов с момента объявления мобилизации. Сокращение срока мобилизации достигалось за счет призыва личного состава и автотранспорта из близлежащих районов. Остальные войска приграничных округов заканчивали отмобилизование на 2-4-е сутки мобилизации, используя приписной состав со всей территории округов и из глубины страны.
Прочие войска завершали отмобилизование на 8-15-е сутки, а запасные части и стационарные госпитали - на 16-30-е сутки. Отмобилизование ВВС завершалось на 3-4-е сутки, причем боевые части и обслуживающие их тылы приводились в боевую готовность уже через 2-4 часа после начала мобилизации. Войска ПВО отмобилизовывались в два эшелона. Первый имел постоянную готовность до 2 часов, а второй развертывался на 1-2-е сутки мобилизации. Развертывание вновь формируемых частей предусматривалось завершить на 3-5-е сутки. Таким образом, из 303 дивизий Красной Армии 172 имели сроки полной готовности на 2-4-е сутки, 60 дивизий - на 4-5-е сутки, а остальные - на 6-10-е сутки мобилизации. Все остальные боевые части, фронтовые тылы и военно-учебные заведения отмобилизовывались на 8-15-е сутки. Полное отмобилизование вооруженных сил предусматривалось на 15-30-е сутки, основная же часть войск развертывалась примерно на 10-15-е сутки1359 .