Жестокое время усилило стремление Никона к монашеским подвигам. Он омывал ноги двухсот или трехсот богомольцев в праздники, ел вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из рыб, коих сам ловил. Работал в овчине и грубой рясе цвета пепла, подпоясанный широким кожаным поясом, в церковь надевал мантию из черного сукна, посох носил из ветви. В посты уходил в пустынь, истязал плоть поклонами и молитвами.
Царь собирал на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы. Но не находили русские архиереи правила, чтобы законно лишить патриарха сана, а Никон стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит, придет назад.
Всего шесть лет правил Никон Церковью (1653 — 1658 гг.), а распря с государем длилась уже более восьми (1658 — 1666). Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Договорившись с искателями милостыни и взяв подписки с русских иерархов, государь организовал осуждение Никона церковным собором.
В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию. Перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали веление явиться на собор и дать ответ, почему он оставил престол. Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что патриархи не знают церковных правил. За оставившим епархию епископом полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких-то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право Константинопольский или Иерусалимский патриархи, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский, обитающий в Дамаске! В ответ раздались бесчинные вопли: "Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!" Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить духовные дела. Он взял с собой несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану, исповедался и причастился: "Я ныне готовлюсь к небесному Царю". У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками; несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали.
За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали. В Кремле ворота распахнулись, лишь когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина. Никона со свитой заперли на одиноком дворе, обоз с продуктами из Нового Иерусалима отогнали на Воскресенское подворье. Голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге не раз останавливая с требованием, чтобы шел без креста. Сани патриарха пробирались между толпами народа мимо Благовещенского собора: из врат доносилось пение, Никон хотел войти помолиться, но двери захлопнулись перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, кони их были увешаны соболями. Никон поставил рядом свою клячу и крестьянские сани.
Далее он пошел пешим, кланяясь каждой церкви, двери которых неизменно запирались. Захлопнулась на глазах у патриарха и дверь Столовой царской палаты, где собрались царь, бояре и архиереи. Там спорили: вставать или не вставать при его появлении. Решили не вставать. Никон вступил в палату, приказав нести впереди себя крест, и все встали. Царь сохранял вид судьи, стоя на высоком помосте перед троном. Слева от него были устроены сверкающие драгоценностями кресла патриархов. Алексей Михайлович, еле шевеля губами и показывая рукой, тихо просил Никона сесть справа от себя в углу на простую лавку. Патриарх оглянулся, как бы ища места, и громко ответил: "Благочестивый царь, не ведал я твоего намерения и потому места, на котором должен сидеть, с собой не принес, а мое место здесь занято. Но говори, чего ради призвал нас на собранное тобою здесь соборище?" К ужасу собравшихся царь спустился с помоста и стал на одном уровне с Никоном у стола, прося восточных патриархов рассудить его с покинувшим свой престол архипастырем.
В голове Никона мутилось от голода, он третий день не ел. Патриарх помнил, как Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский задавали ему вопросы через толмача, особенно интересуясь, зачем он писал о своих делах Константинопольскому патриарху Дионисию. Это рассматривалось чуть ли не как государственная измена. Царские клевреты митрополиты Сарский Павел, Рязанский Иларион и епископ Мстиславский Мефодий кричали на Никона так, что восточные патриархи пришли в замешательство и отложили заседание на другое утро. Отведенный на двор, Никон просил сообщить царю, что приехавшие с ним люди помирают голодной смертью, однако ответа не получил. Тогда патриарх стал кричать в окно на весь Кремль, как их морят голодом. Власти испугались, на двор привезли еду и питье с царского стола, но патриарх не принял: "Лучше есть яд, поданный с любовью, чем упитанного тельца, поданного с враждой"! Царь был оскорблен и жаловался восточным патриархам, но люди Никона смогли привезти с Воскресенского подворья свои продукты.
Утром 3 декабря на соборе стали читать грамоту Никона Константинопольскому патриарху, выбирая отмеченные места. Павел, Иларион и Мефодий сопровождали чтение выкриками, остальные светские и духовные стояли безмолвно. Царь беспокоился и, наконец, не выдержал: "Бояре, бояре! Что вы молчите и меня выдаете, или я вам не надобен?!" Некоторые сановники выступили вперед, но только князь Юрий Алексеевич Долгоруков [30] нашел несколько слев в защиту государя. "О царь! — заметил Никон. — Ты сих, предстоящих тебе и собранных на сию сонмицу, девять лет вразумлял, и учил, и к этому дню уготовлял, чтобы против нас говорили. Но все напрасно: не только сказать не могут, но и уст отверзнуть, тщетно учились! Однако я тебе, царь, совет даю: если повелишь им в нас бросать камни, то это они вскоре сотворят, а вот оговорить нас, хоть еще девять лет учи, не сумеют".
В ярости бросился царь на престол и, спрятав лицо, долго пребывал недвижим. Наконец встал и обратился к премудрому Лазарю Барановичу, архиепископу Черниговскому и Новгород-Северскому: "Лазарь, что ты молчишь и ничего не глаголешь, почто выдаешь меня в деле, в котором я на тебя надеялся?!" "О, благочестивый царь, — ответил Лазарь, выступив вперед и благоговейно приложив руки к груди, — как могу против рожна прать и как могу правду оговаривать или ей противиться?"
Алексей Михайлович задумался, положив руку на уста. Затем подошел к Никону и тихо сказал: "О, святейший патриарх, за что ты возложил позор и бесчестие на меня?" "Как?" — спросил Никон. "Когда ты поехал из обители своей сюда, то постился, исповедался и причастился, как бы готовясь к смерти и учиняя мне этим великий зазор". "Истинно, о царь, — отвечал Никон, — я все это сотворил, ожидая себе не только скорби и томления, но и саму смерть". "О, святче Божий, — стал уверять царь, — не только мне глаголемое тобой сотворить, но и мыслить нельзя за твои неисчетные благодеяния к дому моему, царице и чадам, когда во время мора ты великими трудами дом мой весь сохранил, как зеницу ока. За это ли твое благодеяние воздать тебе злом? Нет, не могу так даже помыслить!" "Благочестивый царь, — сказал Никон, удерживая его рукой, — не возлагай на себя таких клятв. Верь мне, что ты наведешь на меня все зло и беды, и скорби от тебя готовятся нам зело люты".
"А мне от тебя великий зазор, — сказал Алексей Михайлович, — что ты писал к Константинопольскому патриарху Дионисию, всячески укоряя нас". "Не я, о царь, — ответил Никон, — нанес вам зазор, но более ты сам себе нанес. Я писал брату своему Дионисию духовно и тайно, ты же все свои деяния обличил многим, собранным со всех концов земли". Самодержец продолжал говорить с патриархом мирно, выражая желание прекратить вражду. Никон слишком хорошо знал нрав Тишайшего, чтоб верить его минутному порыву: "Доброе дело выбрал ты, царь, если совершишь его, но знай, что не будет этого от тебя сделано, ибо гнев ярости твоей, поднявшийся на нас, хочет конец принять".
Главный грекофил отверг приводимые греками правила их "Кормчей книги", на основании которых его желали осудить. "Те правила не апостольские, не Вселенских и не Поместных соборов, — заявил Никон, — я тех правил не приемлю и им не внимаю!" "Те правила приняла святая апостольская Церковь!" — пытался возразить митрополит Павел. "Нет, — отвечал Никон, — тех правил в русской Кормчей книге нет, а греческие правила не прямые, те правила патриархи от себя самовольно учинили, а не из древних книг! Все, что написано после Вселенских соборов, — все враки, потому что печатали те правила еретики. Я же не отрекался от престола, клевещут греки на меня!"