В основе вероучения Мюнцера лежало понимание мира как частного, которое относится к Богу как к общему и целому. Космический порядок виделся ему в том, что все частности должны признавать полное преобладание и господство общего начала. Именно таков идеальный Небесный мир, где царит божественная гармония совершенства. В отличие от него наш земной и плотский мир является миром творений, потерявших свое единство с Богом и потому пребывающих в изолированном состоянии. Грехопадение Адама в том и состояло, что он увлекся частными интересами во вред целому. С тех пор люди находятся во власти творений, то есть своих плотских, частных интересов, и задача христианства заключается в том, чтобы помочь им вернуться к Богу. Исходя из этого фундаментального положения, Мюнцер представлял развитие мира, как постепенное торжество нравственной идеи подчинения частных интересов общему.
Другая важная сторона вероучения Мюнцера состояла в мистическом понимании сути божественного откровения. Он не мог и не желал мириться с усиленно насаждаемым в период Реформации представлением о Священном Писании, как о единственном источнике божественной истины. Ему казалось странным и нелепым разделяемое многими положение, что Господь, сотворивший человека, устранился потом от прямого руководства им, оставив вместо Себя во многом путанную и неясную Библию.
Нет, говорил Мюнцер, Бог продолжает находиться в прямом и непрерывном общении с людьми и изрекает Свое слово прямо во внутренность их душ. Но, разумеется, не каждому дано слышать Бога. Для того чтобы Слово Божие вошло в душу, она должна воздерживаться от всякой похоти и пребывать в состоянии глубочайшей скорби, печали или сокрушения. Лишь тогда к ней приближается Бог. Именно поэтому грешники не слышат Его. «Если человек желает достичь божественных откровений, — писал Мюнцер, — он должен удалиться от всех утех и иметь мужество познать истину».
В состоянии «слияния с Богом» человек мыслит и действует в соответствии с божественной волей и потому вправе оспаривать авторитет любых церковных интерпретаций Библии. Мюнцер учил, что «пергаментная Библия» — это только внешняя Библия, которая должна постоянно получать подтверждение в настоящем Священном Писании, начертанным в человеческих сердцах «живым перстом Божьим». «Если ты даже пожрешь Библию, — говорил он, — это тебе не поможет; ты должен взять острый плуг, которым Бог вырывает плевелы из твоего сердца». Сам Мюнцер не испытывал по отношению к букве Священного Писания никакого трепета — на свой лад толковал любые тексты, перекраивал в проповедях учение пророков, часто вкладывая в их уста фразы, которых не было в Библии. Вместе с тем он безразлично относился к церковной обрядности и внешней стороне религии вообще. Значение духовенства и церкви Мюнцер никогда не ставил высоко и потому не отводил им какой-либо мистической роли в «обожествлении человека». Церковь может помогать этому, но может и мешать. Точно так же в таинствах он ценил только их духовное содержание (то, что помогает усвоению религиозной идеи), а не внешний акт, и считал, что каждый может совершать их так, как ему угодно.
Главную цель Реформации, в отличие от Лютера, Мюнцер видел не в преобразовании церкви, а в полной перестройке жизненного уклада по христианским законам.
Разразившуюся затем Крестьянскую войну он воспринял как начало времен Апокалипсиса, как всеобщее устранение злодеев и нечестивцев, которое Бог осуществляет руками народа. Устоявшееся представление о том, что в конце света, во время Страшного суда Бог Сам «отделит зерна от плевел», вызывало у него только горькую усмешку. Нет, говорил он, мировой переворот должен начаться в рамках земного мира и произойти благодаря насильственным действиям верных ревнителей дел Божьих. Антихрист будет сокрушен руками людей, которыми овладеет Дух Божий. Эта идея была центральной во всем учении Мюнцера. Освобождение мира от власти зла или его «оправдание», учил он, находится в самом мире. «Ясно как день, — писал Мюнцер, — что Бог поручает избранным совершать насилие над Его противниками…» Не Бог, а сам человек должен утвердить в мире божественный закон, который, как уже говорилось выше, заключается в господстве общего начала, обязательного для всех частей. Поскольку удовлетворение частных наклонностей в ущерб общественным есть зло противное Богу, исходной нормой человеческого поведения должно сделаться преобладание общего принципа и общей выгоды. Ибо в «общем» воплощено само божественное начало. Равным образом должны быть подавлены все те политические и социальные учреждения, которые охраняют частные привилегии и интересы в ущерб общественным. Под грядущим Царством Божьим Мюнцер понимал такой общественный порядок, в котором не будет ни классовых различий, ни частной собственности, ни обособленной, противостоящей членам общества государственной власти. То есть такой строй, когда все помыслы и имущества станут общими и установится равенство. Только тогда, писал Мюнцер, «народ сделается свободным, и один только Бог будет его господином». Вследствие этого он был решительным противником частной собственности и частных интересов. Он говорил: «Согласно требованиям христианской любви никто не должен возвышаться над другим, каждый человек должен быть свободным».
Из Цвиккау Мюнцер отправился в Чехию. Он надеялся, что на родине Яна Гуса, где еще свежи были воспоминания о гуситах, его проповедь будет иметь больший успех.
Действительно, поначалу его встретили в Праге с большим воодушевлением, так как видели в нем сторонника Лютера, имя которого было у всех на устах. Но, после того как Мюнцер выступил с несколькими проповедями, радикализм его идей показался членам магистрата опасным. Власти стали чинить Мюнцеру препятствия и весной 1523 г. выслали его из Чехии. Некоторое время Мюнцер прожил в Нордхаузене. Затем ему удалось получить; место проповедника в Альштедте — небольшом городке, который лежал во владениях саксонских князей. Поселившись здесь, Мюнцер много писал, проповедовал и приобрел большое влияние на своих прихожан. Одновременно с Лютером, или даже немного раньше, он отменил все католические обряды, ввел богослужение на немецком языке и распорядился читать народу не только тексты апостольских посланий, но и всю Библию.
Тогда же Мюнцер женился на бывшей монахине Оттилии, ушедшей из монастыря. На Пасху 1524 г. она родила ему сына.
Вскоре Альштедт стал главным центром Реформации во всей Тюрингии. В своих проповедях Мюнцер призывал относиться к католическими храмам, как к идольским капищам. Вдохновленная им толпа в марте 1524 г. сожгла в Маллербахе часовню, знаменитую своей чудодейственной иконой. Дело это наделало много шума и обратило на Мюнцера общее внимание.
В июле того же года в Альштедт, чтобы послушать здешнего проповедника, прибыли саксонские курфюрсты Иоанн и Фридрих Мудрый. Мюнцер мог выбрать для проповеди нейтральную тему, но не пожелал смягчать обычный резкий тон своих речей. Он выступил перед князьями с толкованием второй главы из книги пророка Даниила, придав ее содержанию апокалиптический смысл. Современный мир, говорил он, погрязший в пороках, близок к своему концу. Развратных правителей и безбожных попов ждет кара. Если князья не хотят быть сброшенными с престола, они должны помочь народу в его освобождении. «Оставьте пустую болтовню, будто сила Божия должна сделать это без помощи вашего меча, — говорил Мюнцер — Тех, кто противиться божественному откровению, следует убивать без всякого милосердия… ибо иначе христианская церковь не сможет вернуться к своим исконным началам. С наступлением жатвы следует вырвать плевелы из вертограда Божья. Господь сказал «Не жалейте безбожников, разбейте их алтари, разбейте и сожгите идолы их, чтобы гнев Мой не обрушился на вас». Курфюрсты были немало смущены дерзостью Мюнцера.
Однако дух времени был таков, что они покорно выслушали проповедь до конца и даже разрешили ее напечатать. Только книга Лютера «Послание саксонским князьям о мятежном духе» открыла им глаза. Лютер первый почувствовал, к чему клонятся выступления Мюнцера, и писал Фридриху: «Я обращаюсь к вам только потому, что понял из его писаний, что этот сатана не ограничится словами, а намерен пустить в ход кулаки, применить силу против властей и поднять настоящий бунт».
На Мюнцера начались гонения. Его типографию закрыли. Опасаясь ареста, он в начале августа ушел из Альштедта и переселился в свободный имперский город Мюльхаузен. Тут он написал свой ответ Лютеру — памфлет «Защитительная речь», полный резких личных выпадов и ругательств. Эта книга ознаменовала его открытый разрыв с «виттенбергским папой». Между тем выступления Мюнцера становились все более непримиримыми. В своих проповедях, обращенных к горожанам, он говорил, что мюльхаузенцы не обязаны подчиняться никакой власти, не должны платить кому-либо подати и что католическое духовенство должно быть изгнано. Он призывал ввести в городе власть общины и таким образом установить принцип справедливости и общей пользы, ликвидировав всякую возможность злоупотреблений. Семя его учения вскоре дало всходы в Мюльхаузене начались погромы монастырей и церквей: плебеи разбивали статуи, рвали священные покровы, швыряли в грязь иконы. Дальше больше — появились требования отмены всех налогов и поборов, изгнания попов и передачи власти общине, которая изберет Вечный совет и будет руководствоваться в свой политике божьим словом. При виде неистовой толпы бургомистры и члены совета поспешили скрыться. С немалым трудом магистрату удалось отстоять власть. Мюнцер был вынужден бежать.