Федосей Скляев помогал Петру в разработке чертежей и росписи последнего спроектированного царем корабля – 100-пушечного „Петр I и II", который после закладки помогали строить царю корабельные подмастерья Пальчиков и Карлсбом. После смерти Петра у Скляева по поводу достройки этого „государева" корабля возник конфликт с Адмиралтейств-коллегией, первоначально поручившей руководство завершением строительства англичанину Броуну. Это вызвало энергичный протест всех выпестованных Петром отечественных кораблестроителей, которые считали, что достраивать корабль должны только русские люди. Как главный конструктор и.хранитель царских чертежей Скляев отказался выдать их Броуну и добился решения Екатерины I о достройке корабля под коллективным руководств 1вом отечественных корабельных мастеров во главе с ним самим. Стараниями Скляева, к 1727 г. „Петр I и It" был достроен. Это был исключительно добротный корабль и в последующие 25 лет сберегался как дорогая реликвия отечественного кораблестроения.
В год смерти Петра – осенью 1725 г. Скляев, выполняя последнее задание царя-кораблестроителя, заложил 54-пушечный корабль „Выборг", который после его кончины достроил и в 1729 г. ввел в строй корабельный мастер Ричард Броун.
В те годы по указу Петра в интересах стандартизации и соблюдения „доброй пропорции" постройку кораблей и иных судов в стране осуществляли корабельные мастера по типовым чертежам, разработанным Петром и Скляевым. Лишь таким видным корабельным мастерам как Козенц и Броун было сделано исключение: они могли строить корабли по собственным чертежам, но заранее откорректированным Скляевым как главным конструктором и утвержденным Адмиралтейств-коллегией.
Являясь главным конструктором Балтийского флота, познавшим секреты „доброй пропорции", соблюдение которой необходимо было для обеспечения кораблям оптимальных мореходных качеств, Скляев совместно с Петром и самостоятельно разрабатывал типовые проекты кораблей и иных судов, предназначавшихся для постройки их разными мастерами на верфях страны. Лично им были разраоотаны чертежи и составлены росписи 50-, 52-, 60- и 80-пушечных линейных кораблей.
Желая во что бы то ни стало форсировать создание Балтийского флота, Петр решил организовать постройку фрегатов и кораблей для него не только в Санкт-Петербурге, но и на верфи Соломбальского адмиралтейства Архангельского порта. С этой целью туда были направлены два опытных голландских корабельных мастера – Выбе Геренс и его сын Питер, но организаторами они оказались плохими. В Архангельск был командирован Федосей Скляев. Он привез голландским кораблестроителям разработанные им чертежи фрегата и 54-пушечного корабля. Выбе Геренс в его присутствии заложил на Соломбале первые два 32-пушечных фрегата для Балтийского моря. Через несколько лет там же были построены и семь 52-пушеч-ных кораблей для Балтийского флота, которые совершили переход вокруг Скандинавии в Ревель и Кронштадт. Эти корабли вошли в историю отечественного кораблестроения как „архангелогородские".
Таким образом, миссия Скляева была успешной: за несколько месяцев пребывания в Архангельске он многое сделал для развития местного центра военного кораблестроения. Скляев разработал чертеж оригинального бар-каза, каким по штату должен был снабжаться каждый строившийся Ге-ренсом фрегат. Оригинальность барказа состояла в том, что впервые обводы его кормы были выполнены круглыми. Вероятно, идея подобной конструкции возникла у Скляева в результате ознакомления с различными типами поморских промысловых судов, предназначавшихся для ледового плавания. Их строили с круглыми обводами, облегчавшими выжимание судов льдами, что предотвращало их раздавливание.
В Архангельске Скляев сам занимался вопросами обеспечения строившихся фрегатов шлюпками, что заставило его обратить внимание на постройку шлюпок. До той поры судовые шлюпки либо приобретали за границей, либо приглашали иностранных шлюпочных мастеров, которые строили шлюпки по подряду для будущих кораблей и иных судов. При Санкт-Петербургском Адмиралтействе по инициативе Скляева была организована первая отечественная шлюпочная мастерская, укомплектованная русскими мастерами. Он сам разработал типовые чертежи первых судовых шлюпок для этой мастерской.
Нередко Скляева привлекали как непременного эксперта для заключения по различным вопросам постройки и приобретения судов. Например, когда подрядчик предъявил к сдаче в казну лодки-соймы, заказанные в Финляндии для перевозки артиллерии и другой военной техники русских десантных войск, Скляев, осматривавший их, указал на слабость конструкции и возможность использования их только для перевозки провианта и иных легких грузов, но отнюдь не пушек.
Скляев разработал чертеж и СаМ Построил модель больших речных барж-романовок для снабжения Балтийского флота из внутренних районов страны. Такие баржи получили большое распространение, их применяли на реках страны в течение многих лет.
Федосей Скляев много внимания уделял судоподъему, в области которого он считался самым эрудированным отечественным специалистом. Постройка больших линейных кораблей в Санкт-Петербургском Адмиралтействе была сопряжена с известными трудностями из-за необходимости выводить их через мелководный бар дельты Невы в Финский залив. После спуска кораблей на воду их приходилось сразу же поднимать на своеобразные плавучие доки – камели и на них отбуксировывать галерами к Крон-шлоту. Там корабли получали рангоут и парусное вооружение, на их палубы устанавливали пушки и загружали всеми необходимыми предметами снабжения и припаеов. Руководил проводкой кораблей в Кроншлот Федосей Скляев, которому обычно помогал Пальчиков.
Скляев сконструировал несколько вариантов камелей, предназначавшихся для подъема судов различных классов и типов. Скляевские камели представляли собой два спаренных плоскодонных судна, каждое из которых имело выход для подводки его под корабль, подъема последнего и проводки через мелководье.
Особые хлопоты доставили Федосею Скляеву работы по проводке через бар первого построенного в Санкт-Петербургском Адмиралтействе „государева" корабля „Полтава". После того как этот корабль благополучно подняли на камели, оказалось, что его осадка уменьшилась недостаточно, чтобы свободно миновать бар. Тогда под судно дополнительно подвели особые лодки с наклоненным вперед носом, после чего „Полтава" благополучно прошла через бар.
Деятельность Федосея Скляева по судоподъему не ограничивалась только организацией проводки кораблей через бар. Он постоянно привлекался к руководству судоподъемными работами при оказании помощи потерпевшим аварию кораблям. Так, когда в Финском заливе на значительной глубине затонул корабль „Нарва", Петр поручил Скляеву выполнить спасательные работы. Тот привлек лишь отечественных водолазов, которые, не имея водолазного колокола, извлекли из-под воды не только все пушки „Нарвы", но достали и некоторые другие предметы оборудования корабля. Затем по указанию Скляева корпус затонувшего корабля подразделили на части, и каждую из них отдельно отбуксировали на мелководье. Там и сняли все узлы и детали, еще пригодные для использования на других строившихся судах.
По неизвестной причине, в 1719 г. на якорной стоянке неожиданно затонул другой „государев" корабль – „Лесное". Петра очень беспокоила эта авария, и он поручил все судоподъемные работы Скляеву. Он сразу же установил, что авария произошла вследствие столкновения корабля с собственным якорем, на который его нанесло: лапа якоря сделала пробоину и корабль затонул. С корабля выгрузили постоянный балласт и заделали подводную пробоину. Затем он был поднят,, отремонтирован и снова введен в строй Балтийского флота. В другой раз Скляеву довелось спасти корабль „Пернов", потерпевший серьезную аварию при следовании с Олонецкой верфи, где его строил Гаврила Меншиков.
Петр очень ценил деятельность Скляева по судоподъему, считая его и в этой области незаменимым специалистом. Он неоднократно направлял Скляева для руководства судоподъемными работами на Дон, в Воронеж и торопил с разработкой новой „машины,… чем суды возводят на порогах".
В ведении Скляева оказалось настолько обширное судоподъемное хозяйство, что для осмотра и ремонта камелей потребовалось оборудовать специальный эллинг, на который можно было бы их поднимать. По разработанному Скляевым чертежу машинный мастер Туволков оборудовал нужный эллинг на реке Фонтанке у Калинкина моста. Этот скляевский эллинг стал первым отечественным специализированным судоподъемным предприятием.
Федосей Скляев был первым хранителем чертежей и моделей „государевых" кораблей. По приказанию Петра еще в Воронеже при адмиралтейском дворе он оборудовал специальную модель-камору, которая позднее, в 1709 г. была перевезена в Санкт-Петербургское Адмиралтейство. Как указывалось, эта „камора" положила начало созданному позднее Морскому музею.