После этого на соборе началось перечисление прав Бориса Годунова на престол: „Царь Иван Васильевич женил сына своего, царевича Федора, на Ирине Федоровне Годуновой, и взяли ее, государыню, в свои царские палаты семи лет, и воспитывалась она в царских палатах до брака. Борис Федорович также при светлых царских очах был безотступно еще с несовершеннолетнего возраста, и от премудрого царского разума царственным чинам и достоянию навык. По смерти царевича Ивана Ивановича великий государь Борису Федоровичу говорил: божиими судьбами, а по моему греху, царевича не стало, и я в своей кручине не чаю себе долгого живота; так полагаю сына своего царевича Феодора и богом данную мне дочь царицу Ирину на бога, пречистую богородицу, великих чудотворцев и на тебя, Бориса. Ты бы об их здоровье радел и ими промышлял. Какова мне дочь царица Ирина, таков мне ты, Борис, в нашей милости ты все равно, как сын. На смертном одре царь Иван Васильевич, представляя в свидетельство духовника своего, архимандрита Феодосия, говорил Борису Федоровичу: тебе приказываю сына своего Феодора и дочь Ирину, соблюди их от всяких зол. Когда царь Федор Иванович принял державу Российского царства, тогда Борис Федорович, помня приказ царя Ивана Васильевича, государское здоровье хранил, как зеницу ока, о царе Феодоре и царице Ирине попечение великое имел, государство их отовсюду оберегал с великим радением и попечением многих, своим премудрым разумом и бодро-опасным содержательством учинил их царскому имени во всем великую честь и похвалу, а великим их государствам многое пространство и расширение, окрестных прегордых царей послушными сотворил, победил прегордого царя крымского и непослушника короля шведского под государеву высокую десницу привел, города, которые были за Шведским королевством, взял. К нему, царскому шурину, цесарь христианский, салтан турецкий, шах персидский и короли из многих государств послов своих присылали со многою честию. Все Российское царство он в тишине устроил, воинский чин в призрении и во многой милости, в строении учинил, все православное христианство в покое и тишине, бедных вдов и сирот в крепком заступлении, всем повинным пощада и неоскудные реки милосердия изливались, святая наша вера сияет во вселенной выше всех, как под небесем пресветлое солнце, и славно было государево и государынино имя от моря и до моря, от рек и до конец вселенной“.
В субботу, 18 февраля 1598 года, и в воскресенье, 19-го, в Успенском соборе в Кремле торжественно служили молебны, чтобы Бог даровал православному христианству по его прошению государя царя Бориса Федоровича.
20 февраля, в понедельник, после молебна патриарх с духовенством, боярами и множеством народа отправились в Новодевичий монастырь, где находились Борис и Ирина (инокиня Александра). Они со слезами молили Бориса принять престол, но получили отказ. Годунов отвечал: „Как прежде я говорил, так и теперь говорю: не думайте, чтоб я помыслил на превысочайшую царскую степень такого великого и праведного царя“.
Патриарх Иов опять призвал всех православных христиан на следующий день, во вторник, устроить празднество пречистой Богородице в Успенском соборе, а также по всем церквям и монастырям, после чего с иконами и крестами идти в Новодевичий монастырь. Иов призвал всех идти с женами и грудными младенцами и бить челом государыне Александре Федоровне и ее брату, Борису Федоровичу, чтоб они оказали милость. Тут же Иов тайно договорился с духовенством о том, что если царица благословит брата своего на царство и Борис будет царем, то простить его и забыть, что он клялся в нежелании своем быть государем. Если же опять царица и Борис откажут, то отлучить Бориса от церкви и самим снять с себя святительские саны, сложить панагии, одеться в простые монашеские рясы и запретить службу по всем церквям.
21 февраля крестный ход двинулся к Новодевичьему монастырю. Навстречу ему, под звон колоколов, вынесли икону Смоленской Богоматери, за иконой вышел Борис Годунов. Он подошел к иконе Богоматери и сказал громко со слезами: „О милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая Богородица, помолись о мне и помилуй меня!“ Борис долго лежал возле иконы и плакал, потом приложился к другим иконам, подошел к патриарху и сказал ему: „Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?“ Иов отвечал ему: „Не я этот подвиг сотворил, то пречистая Богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия ее, повинись воле божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева господня“. В ответ Годунов только плакал.
После этого Иов пошел в церковь, Годунов — к сестре в келью, а бояре и весь народ пошли в монастырь, а кому не хватило места в монастыре, стояли возле ограды. После обедни патриарх и все духовенство, в священных одеждах, с крестом и иконами, пошли в келью к царице и долго со слезами били ей челом, стоя на коленях. С духовенством пришли и бояре, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя по всему монастырю и вокруг монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: „Благочестива царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Федоровича!“ Наконец царица заплакала и сказала: „Ради Бога, пречистой Богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутая чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царем“.
Годунов с тяжелым вздохом и со слезами сказал: „Это ли угодно твоему человеколюбию, владыко! И тебе, моей великой государыне, что такое великое бремя на меня возложили и предаешь меня на такой превысочайший царский престол, о котором и на разуме у меня не было? Бог свидетель и ты, великая государыня, что в мыслях у меня того никогда не было, я всегда при тебе хочу быть и святое, пресветлое, равноангельское лицо твое видеть“. Сестра отвечала ему: „Против воли божией кто может стоять? И ты бы безо всякого прекословия, повинуясь воле божие, был всему православному государству государем“. Тогда Борис сказал: „Буди святая твоя воля, господи“. Патриарх и все присутствующие пали на землю, благодаря Бога, после чего отправились в церковь, где Иов благословил Бориса на все великие государства Российского царствия».
Естественно, что в этой официальной версии много натяжек, но предложить и серьезно обосновать иную версию событий пока еще никто не смог.
26 февраля 1598 года Борис Годунов покинул Новодевичий монастырь и возвратился в Москву. Толпы народа вышли из города, чтобы встретить Бориса. Те, кто победнее, несли хлеб и соль, бояре и купцы — золотые кубки, соболей и другие дорогие подарки, подобающие «царскому величеству». Борис отказался принять дары, кроме хлеба с солью, и всех милостиво позвал к царскому столу.
В Кремле Иов проводил Бориса в Успенский собор и там еще раз благословил на царство. Отслушав обедню в Успенском соборе, Борис пошел в Архангельский, где, припадая к гробам великих князей Московских и царей, говорил со слезами: «Великие государи! Хотя телом от своих великих государств вы и отошли, но духом всегда пребываете неотступно и, предстоя перед Богом, молитву творите. Помолитесь и обо мне и помогите мне».
Из Архангельского собора Борис пошел в Благовещенский, оттуда — в царские палаты, а затем поехал обратно в Новодевичий монастырь к сестре. Потом Борис вернулся обратно в Кремль к патриарху Иову, долго разговаривал с ним наедине, после чего простился с ним и со знатным духовенством на время Великого поста и поехал жить в Новодевичий монастырь.
Великий пост и Пасху Борис провел с сестрой в монастыре, а 30 апреля, в Мироносицкое воскресенье, торжественно переехал в кремлевский дворец. Опять его встретили крестным ходом, в Успенском соборе патриарх надел на него крест митрополита Петра. Опять Борис обошел соборы, ведя за руку своих детей — сына Федора и дочь Ксению. Затем был дан большой обед для всех.
1 сентября 1598 года, на Новый год, Борис венчался на царство. В своей речи, произнесенной по этому случаю патриарху, Борис сказал, что покойный царь Федор приказал патриарху, духовенству, боярам и всему народу избрать, кого Бог благословит на царство, и что царица Ирина приказала то же самое, «и по божиим неизреченным судьбам и по великой его милости избрал ты, святой патриарх, и прочие, меня, Бориса».
Борис, принимая благословение от патриарха, громко сказал ему: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель, что не будет в моем царстве бедного человека!» — и, тряся ворот своей рубашки, продолжал: «И эту последнюю рубашку разделю со всеми!»