С усилением Халифата и большим размахом завоеваний падало значение Медины как столицы государства, так как она находилась на его окраинах. В Халифате стали образовываться новые центры, по численности населения, уровню жизни населения и благоустройству значительно превосходящие столицу.
Умар запретил сподвижникам Пророка покидать Медину и расселяться в других городах. Он оставил их всех при себе для того, чтобы они помогали ему. Сподвижники были людьми, которым он доверял и поручал все важные дела. Умар ставил их в пример новообращенным мусульманам и опасался того, что в других областях Халифата они начнут новую жизнь, полную материального достатка, и растворятся в общей массе. При Усмане же положение изменилось, и он разрешил им покидать Медину. Воспользовавшись этим, некоторые сподвижники уехали в другие города и приобщились к достатку и роскоши. Их образ жизни менялся, и они все больше предавались мирским делам. В этом процессе были и положительные стороны, поскольку благодаря расселению сподвижников люди в разных областях Халифата получили возможность лично познакомиться с ними и получить знания о жизни Пророка Мухаммада из первых рук.
Таким образом, политическое, экономическое и социальное положение в Халифате претерпело значительные изменения. Перечисленные выше факторы привели к тому, что анархисты и смутьяны стали распространять недобрые слухи о халифе Усмане. По сообщениям многих историков, одним из таких людей был иудей по имени Абдулла ибн Саба (он также был известен под именем Ибн ас-Сауда) из Саны, который, по сообщениям мусульманских историков, во времена Усмана притворился мусульманином и начал вести пропаганду среди новообращенных мусульман, разъезжая по разным областям Халифата. В первую очередь, он прибыл в Хиджаз. Не найдя там благоприятной почвы для воплощения в жизнь своих замыслов, он отправился в Басру и Куфу. Оттуда он поехал в Сирию, однако там его отвергли и изгнали. Наконец, он приехал в Египет, где ему удалось найти сторонников и последователей. Он начал свою деятельность с пропаганды идеи о том, что Пророк Мухаммад, а не Иса является Мессией, пришествие которого ожидается перед наступлением Конца света. Свои порочные идеи он распространял среди новообращенных мусульман, не окрепших в вере.
В качестве объекта своих симпатий Абдулла ибн Саба избрал Али ибн Абу Талиба, который был самым влиятельным и авторитетным человеком в мусульманском обществе после халифа. Кроме того, Али был грамотным человеком, преданным идеалам Ислама, был ближайшим сподвижником и родственником Пророка Мухаммада, мужем его дочери Фатимы и отцом его внуков аль-Хасана и аль-Хусайна. Абдулла ибн Саба говорил о своей любви к Али и вел активную пропаганду в его пользу с целью внесения раскола среди мусульман. Он заявлял, что Али был единственным законным наследником Пророка. Однако, по сообщениям мусульманских историков, после прихода к власти Али этот же человек начал выражать недовольство его действиями и назначенными им наместниками. Начало противостоянию и гражданской войне в Халифате было положено в Куфе, жители которой стали возводить навет на наместника этой провинции Саида ибн аль-Аса. Эти события вошли в мусульманскую историю под названием «фитна», что означает «смута». В Куфе слухи против халифа Усмана постепенно переросли в мятеж. Эти события, произошедшие на десятый год правления халифа Усмана, положили начало дестабилизации политической обстановки в государстве.
В 34 году хиджры группа мятежных куфийцев выступила из Куфы в сторону Дамаска. Однако вскоре они вернулись, а затем отправились в Аль-Джазиру. Там против них принял жесткие меры наместник провинции Абдуррахман ибн Халид ибн аль-Валид. Один из куфийских повстанцев Малик ибн Харис аль-Аштар ан-Нахи был отправлен в Медину. Халиф Усман принял его и позволил ему поселиться там, где тот захочет. Аль-Аштар предпочел снова вернуться в Аль-Джазиру к Абдуррахману ибн Халиду ибн аль-Валиду. В то же время люди Абдуллы ибн Сабы вели активную подрывную деятельность.
В том же году, в сезон хаджа, халиф Усман собрал наместников на совет. Среди прибывших были Муавия ибн Абу Суфьян, Амр ибн аль-Ас, Абдулла ибн Саад ибн Абу Сарх, Саид ибн аль-Ас и Абдулла ибн Амир. Халиф обменялся с ними мнениями по поводу этой проблемы. Некоторые наместники предложили ему послать мятежников на фронт и избавиться от их непосредственного присутствия. Другие предложили дать им материальное вознаграждение и решить этот вопрос таким образом. Третьи предложили применить к ним самые жесткие меры, однако Усман не принял эти предложения.
Когда наместники вернулись в провинции, халиф Усман начал получать еще большие жалобы в адрес наместника Куфы Саида ибн аль-Аса. Куфийцы потребовали сместить Саида с занимаемой должности и послать к ним вместо него Абу Мусу аль-Ашари. Усман удовлетворил их просьбу, и Абу Муса стал наместником Куфы. Однако заговорщиков это не остановило, и они продолжили претворять в жизнь свой замысел. Для ознакомления с положением дел на местах, халиф Усман отправил в провинции доверенных сподвижников. Мухаммад ибн Маслама отправился в Куфу, Усама ибн Зайд — в Басру, Абдулла ибн Умар — в Сирию, а Аммар ибн Йасир — в Египет. Все они приехали с обнадеживающими вестями о том, что положение в провинциях стабильное. Только Аммар, вернувшийся последним, сообщил, что в Египте ходят опасные слухи.
В 35 году из Египта в Хиджаз прибыла группа людей, выехавших под предлогом малого паломничества. В действительности же, они прибыли с намерением предъявить халифу политические требования. Они намеревались войти в Медину и дестабилизировать там обстановку. Прибыв в столицу, они добились аудиенции у халифа, которому они донесли свои жалобы. Усман обратился к ним с речью и воспользовался помощью Али ибн Абу Талиба и Мухаммада ибн Масламы. В ходе переговоров стороны пришли к согласию, и людям было обещано, что халиф займется их проблемами и удовлетворит их требования. Египтяне отправились обратно в свою провинцию, и казалось, что инцидент был исчерпан. Однако мятежники продолжили вести пропаганду среди населения, призывая людей отправиться в Медину с жалобами на своих правителей, чтобы ввергнуть столицу в хаос.
В результате собралось около 600-1000 египтян, к которым должны были примкнуть анархисты из Куфы и Басры. Они отправились в Хиджаз и разделились на четыре группы. Египетских мятежников возглавлял аль-Гафики ибн Харб аль-Кааки. С ними находился и Абдулла ибн Саба. На словах они заявляли о своих симпатиях к Али ибн Абу Талибу и выдавали себя за его сторонников. Куфийских анархистов возглавлял Амр ибн аль-Асам. С ними находился и Зайд ибн Савхан аль-Абди. Басрийских анархистов возглавлял Харкус ибн Зухейр аль-Сади. Вместе с ними был Хаким ибн Джаба аль-Абди.
Мятежники притворились паломниками, чтобы не вызывать подозрений у местных властей. Никому и в голову не могло прийти, что они намерены совершить покушение на халифа Усмана.
Наконец, группы вооруженных мятежников проникли в Медину с трех направлений. Население города выразило недовольство проникновением в город вооруженных группировок. Халиф Усман обратился за помощью к Али ибн Абу Талибу, Тальхе ибн Убейдулле, аз-Зубайру ибн аль-Авваму, Мухаммаду ибн Масламе и другим своим соратникам. Они поддержали его и вместе с ним отправились к мятежникам. Али обратился к ним с требованием вернуться обратно. Казалось, что анархисты согласились с ним и даже решили вернуться. Однако, когда Али и другие представители халифа ушли, они продолжили свое продвижение и окружили дом Усмана. Али срочно прибыл туда и спросил у них о причинах их возвращения. Мятежники ответили, что им стало известно, что Усман отправил послание наместнику Египта, в котором приказал ему казнить всех участников этого восстания. Сын Абу Бакра Мухаммад представил Али письмо Усмана наместнику Египта в качестве доказательства правдивости их слов. Али сказал, что если это дело касается египтян, то почему в осаде дома халифа участвуют и басрийцы и куфийцы? Мятежники ответили, что поклялись быть вместе со своими товарищами. Стало ясно, что эти события были не случайностью, а результатом тщательно спланированной акции.
Вначале осада дома Усмана носила формальный характер. Он мог свободно перемещаться, и к нему свободно могли приходить и другие люди. Однако затем мятежники запретили это делать. Усман вызвал на помощь войска из Дамаска, Египта и Басры под командованием Хабиба ибн Масламы, Муавии ибн Худейджа и Кааки ибн Амра. Во время пятничной молитвы Усман выступил с обращением к восставшим, однако они постоянно перебивали его и мешали ему говорить. Разгневанные сторонники Усмана, собравшиеся в мечети, выступили в защиту халифа, и между сторонами произошел первый конфликт. Противоборствующие стороны забросали друг друга камнями. Сторонники халифа решили вооружиться и дать вооруженный отпор мятежникам, однако Усман запретил им делать это. Затем халиф посетил дома Али, Тальхи и аз-Зубайра. Это был его последний выход из дома, поскольку после этого мятежники не давали ему такой возможности. Даже молитвой стал руководить один из повстанцев аль-Гафики ибн Харб аль-Кааки. Только в присутствии Али или Тальхи он уступал им это место.
