К этому времени основные силы 8-й армии отошли к Риге. 30 июня основная часть войск 67-й дивизии вышла к Западной Двине и присоединилась к частям армии.
Следует отметить, что с 23 по 26 июня командир Либавской ВМБ получил от командования флота три взаимоисключающих приказа: 23 июня — в случае отхода Красной Армии — отходить; 25 июня — Либавы не сдавать; 26 июня — немедленно отходить.
Итак в первые дни войны КБФ потерял в Либаве эсминец, пять подводных лодок, около 15 тыс. т топлива, 146 торпед, 3532 мины и минных защитника, 51 трал, около 3000 глубинных бомб. Вот что значит не учитывать уроки истории.
Начало Великой Отечественной войны на Рижском рейде встретили корабли Отряда легких сил. На крейсере «Киров» держал флаг командир отряда контр-адмирал В.П. Дрозд. Днем 22 июня 1941 года корабли вступили в бой, отражая налет фашистской авиации на Ригу.
В первый же день войны из Усть-Двинска в Финский залив ушел отряд прикрытия в составе крейсера «Максим Горький» и 1-й дивизион эсминцев — половина ОЛСа. Оставшийся 2-й дивизион эсминцев произвел постановку минных заграждений в Ирбенском проливе.
Уже 27 июня части вермахта вышли к Западной Двине, началась эвакуация Риги. В тот же день командующий КБФ дал указание об эвакуации Прибалтийской военно-морской базы. Приказ об эвакуации базы был получен ее командиром в 3.00 27 июня, срок окончания эвакуации был установлен к исходу того же дня. В Риге началось восстание антисоветских элементов, связь со штабами ПрибОВО и 8-й армии прервалась. В 18.00 Отряд легких сил — «Киров» и пять эсминцев в сопровождении четырех торпедных катеров (на них возлагалась противолодочная оборона кораблей на переходе) — вышел из Усть-Двинска ив 1.07 28 июня прибыл на рейд Куйвасте. Кроме того, здесь уже находились несколько транспортов. Для обеспечения безопасности стоянки в дозор к южному входу в Моонзунд был выслан эсминец «Сердитый».
В 2 часа 28 июня из Риги в Моонзунд вышли 1-я бригада подводных лодок и несколько транспортов в обеспечении двух тральщиков и двух торпедных катеров. Транспорты уходили из Риги недогруженными.
В Усть-Двинске оставались несколько малых кораблей и два транспорта под командование командира Охраны рейдов. Личный состав Охраны рейдов должен был взорвать портовые объекты и затопить на фарватере в устье Западной Двины оба транспорта. К утру 28 июня транспорты были затоплены, но они полностью не загородили, а только стеснили вход в устье реки. Из-за поспешного отхода не было произведено минирование реки.
Противник не смог помешать выходу наших кораблей и транспортов из района Моонзундских островов. Прикрытие кораблей и отражение налетов вражеской авиации осуществляла перебазированная 27 июня на остров Сааремаа 12-я авиаэскадрилья.
Однако организация перехода кораблей и транспортов из Рижского залива в Моонзунд имела ряд существенных недостатков. Командир Прибалтийской ВМБ, не имея связи со штабом 8-й армии, не знал обстановки и хода боевых действий на фронте. Неправильно оценив обстановку, он форсировал отправку транспортов из Риги, вследствие чего часть ценных грузов базы была взорвана, а часть оказалась просто оставленной и досталась противнику.
Ввиду отсутствия централизованного руководства эвакуацией, переход кораблей был организован плохо. Особенно плохо было организовано охранение на переходе. Отряд легких сил имел в охранении четыре торпедных катера, а бригада подводных лодок — два тральщика и два торпедных катера. Не была организована служба оповещения. Так, например, в 2.15 29 июня дозорный эсминец «Сердитый» обнаружил на подходе к южному входу в пролив Муху-Вяйн подводную лодку. Не зная о движении наших подводных лодок, командир дозорного корабля запросил об этом по радио (УКВ) командира OЛCa, находившегося на крейсере «Киров». Но адмирал сам не знал обстановки и ничего не мог ответить на запрос командира эсминца. Поэтому с «Сердитого» был открыт огонь по подводной лодке. После двух выстрелов подводная лодка дала свои опознавательные — это была С-9. Огонь немедленно был прекращен, и лодка без повреждений пришла на рейд Куйвасту.
Отход из Вентспилса начался также 27 июня. Транспорты были загружены боеприпасами и снаряжением и выведены в Кихельконну и Курессааре. Последним с южного берега Ирбенского пролива переправился на остров Сааремаа личный состав береговых батарей, взорвав орудия и маяк Михайловский. Таким образом, уже к 29 июня корабли КБФ оставили Прибалтийскую ВМБ (Ригу и Либаву) и сосредоточились в Моонзунде.
С 28 июня немецкая авиация усилила воздушную разведку района Рижского залива и Моонзунда. Обнаружив сосредоточение кораблей на рейде Куйвасту и транспортов в порту Пярну, противник начал наносить по ним систематические удары авиацией и ставить в Моонзунде мины. У северного выхода из пролива Муху-Вяйн была обнаружена немецкая подводная лодка. Не сумев помешать переходу наших кораблей из Риги в архипелаг, противник стремился уничтожить их в самом Моонзунде. Корабли OЛCa и 1-й БПЛ стояли на рейде Куйвасту в ожидании проводки через пролив до 30 июня.
Однако глубина его была меньше осадки крейсера, кроме того, еще в 1917 году на фарватере были затоплены линкор «Слава» и старые транспорты, чтобы преградить путь кайзеровскому флоту. Глубина пролива Муху-Вяйн — 6 м, а осадка Кирова — 6,91. Для углубления фарватера из Палдиски прибыл землечерпательный отряд. Трое суток непрерывно работали земснаряды, баржи и буксиры, углубляя канал до 7 м. В это же время моряки разгружали корабль, чтобы уменьшить осадку. На баржи выгрузили часть боезапаса, топлива, воды и другие грузы — всего 300 т, уменьшив осадку до 6,5 м.
30 июня БТЩ «Фугас» протралил северную часть канала пролива Муху-Вяйн, а утром 1 июля начал траление в проливе Хари-Курк, сюда же пришли из Таллина БТЩ «Шпиль», «Кнехт», БТЩ-216.
30 июня в 23.03 «Киров» (капитан 2 ранга М.Г. Сухоруков) снялся с якоря и, ведомый двумя буксирами с носа и с кормы, двинулся по фарватеру. В 13.40 1 июля крейсер подошел к поворотному бую, завершив проход через углубленный канал пролива Муху-Вяйн. В голову вступили БТЩ, шедшие в строю уступа. Крейсер отдал буксиры и пошел 14-уз. ходом (скорость отряда ограничивалась скоростью тральщиков, идущих с тралами).
Сопровождавшие крейсер эсминцы «Грозящий», «Стойкий», «Сметливый» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. За «Кировым» в кильватерной колонне шли плавбазы «Смольный», «Иртыш» и подводные лодки М-81, С-8, «Калев», «Лембит», М-77, М-79. Ни один из кораблей, не исключая и тральщиков, не был размагничен. В 16.36 шедшая в кильватер плавбазе «Иртыш» подводная лодка М-81 подорвалась на магнитной мине и спустя две минуты затонула. Так корабли КБФ впервые столкнулись с магнитными минами.
Оставление Либавы, Вентспилса, Риги и Усть-Двинска вынудило наши части 29 июня уйти с южного берега Ирбенского пролива и взорвать при этом недавно установленные береговые батареи, ирбенская минно-артиллерийская позиция потеряла свое значение.
В тот же день 29 июня Народный комиссар ВМФ приказал Военному совету флота острова Сааремаа и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВРа, объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив. Действия кораблей по обороне должны были поддерживать авиация и береговая артиллерия. Этим приказанием нарком ставил КБФ задачу оборонять вход в Рижский залив и в случае отхода наших войск из Риги. Для успешного выполнения этой задачи необходимо было организовать военно-морскую базу в Моонзундском архипелаге.
После ухода ОЛСа в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.
2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир — контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки — командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.
Таким образом, единый командир обороны всего намеченного района, вопреки указаниям наркома, так и не был определен. Это явилось одним из основных недостатков в обороне Рижского залива.
В состав ОВРа Моонзунда вошли четыре малых охотника за подводными лодками, дивизион катеров-тральщиков типа «Р» (шесть катеров), отряд сторожевых катеров типа «КМ» (шесть катеров), «ТЩ-297» («Вирсайтис»), два буксира, транспорт «Космос» и Охраны рейдов Рохукюля, Триги, Кярда и Куйвасту.
