Своевременно сообщив восточным патриархам о своем вступлении на патриаршую кафедру, Фотий почему-то медлил уведомить об этом Рим. Это очень характерно. Рим узнал из писем Фотия и императора об иерархических переменах только чрез три года (857-860 г.). Следует обратить внимание и на то, что обращение Фотия в Рим последовало не ранее, как патриарх Игнатий апеллировал к папе. Потом, его послание отнюдь не имело характера обычной энтронистики. В своем письме папе, Фотий представлял свой символ веры, указывал на то, что он поставлен на кафедру против воли, когда его «предшественник» сложил свое достоинство и жаловался на трудность своего положения. Явно Фотий желает от папы уладить возникший конфликт. Папа Николай I и ранее мог слышать о константинопольских событиях; ближе познакомившись с делом, он созвал Собор (в сентябре 860 г.), на котором было постановлено отправить в Константинополь двух легатов — епископов Родольфа и Захарию, которые должны были изучить дело Игнатия и доставить папе на разрешение; с Фотием указано было обращаться, как с светским человеком и посвящение его не признавать.
Отнюдь не отрицая канонического первенства за Римским папою, однако, нужно признать постановления Собора имеющими повышенный тон и начальственный характер. На это могли повлиять лжеисидоровы декреталии, появившиеся в половине IХ-го века и впервые использованные именно папою Николаем I. Папские послы были торжественно встречены, водворены в столице и окружены лишь приверженцами Фотия. Если верить латинским сообщениям, они просто были, в конце концов, подкуплены. Вот почему на Константинопольском Соборе 861 г. они приняли сторону Фотия и, превышая свои права, признали правильным его постановление, а Игнатия лишенным кафедры. Фотий, понятно, имел большой интерес, чтобы папа согласился с постановлениями этого Собора и одобрил деяния своих легатов; тем более, что между составленными Собором канонами (17) некоторые соответствовали папским желаниям, например, канон, чтобы прямо в патриархи не ставить светских лиц (послед. 17 правило). Насильственно низложенный на Соборе патриарх Игнатий послал свою апелляцию папе, чрез архимандрита Феогноста. Император и Фотий также писали папе. Это послание Фотия замечательно своим либерально-философским взглядом на обряды. «Что утверждено определением Вселенских Соборов, то все должны сохранять. Но что какой-нибудь из отцов постановил частным образом, или, что узаконил Местный Собор, то хотя и не доказывает суеверия соблюдающих это постановление, но зато и не соблюдающие его не подвергаются за несоблюдение опасности… Так у нас, постящихся, лишь один субботний день, поститься в прочие субботы подлежит осуждению; Другие постятся более, чем в одну субботу, и тамошнее предание, в силу обычая возобладавшее над каноном, считается свободным от порицания. В Риме ни один священник не может жить в законном браке: а мы научены лишь единобрачных возводить в сан священника» (Mansi, t. XVI). Вот что, между прочим, писал папе Фотий.
Получив донесение о Соборе, папа Николай I в начале 862 г. созвал свое духовенство и, в присутствии Византийского императорского посла с письмами от императора и Фотия, объявил, что он не давал своими легатам полномочия решать дело и что он не соглашается на низложение Игнатия и возведение Фотия. Это было изложено в особом послании от 18 марта 862 г. «Ad omnes fideles», прежде всего направленном к восточным патриархам. Арх. Феогност мог доставить папе апелляционную записку патриарха Игнатия лишь позже, в конце 863 г. Ознакомившись с делом по такому важному источнику, папа, в апреле 863 г. на Соборе Италийских епископов, осудил Фотия и низложил его; напротив, высказался за законность патриарха Игнатия. О своем постановлении папа сообщил императору, Фотию и всем верующим. Фотий папского низложения не признал, а император, конечно, под влиянием Фотия, написал папе резкое, обидное письмо. На это письмо папа ответил императору сдержанно, однако защищаясь от нанесенных оскорблений.
Вскоре, одно событие дало Фотию случай возбудить в Византийских христианах враждебное чувство к папе Николаю I. В 865 г. были крещены болгары духовными лицами, присланными из Константинопольской патриархии. Новопросвещенным патриарх Фотий написал один довольно обширный догматико-этический трактат, адресовав его болгарскому князю Борису; недостаток этого трактата в его отвлеченном, ученом характере, мало понятном только что вступившим в лоно Христианской Церкви. Вскоре, конечно, по политическим соображениям, Борис пожелал вступить в союз с Римской кафедрой — просил папу прислать духовных лиц и послал несколько вопросов, запросов (106) относительно христианской веры и жизни. Папа ответил ему просто и обстоятельно, отправив свои ответы с епископом Павлом и Формозою. Последний очень понравился Болгарскому князю, и он просил папу оставить его в Болгарии. Однако папа судил за лучшее послать ему других епископов — Доминика и Гримоальда.
Принятие папою под свое церковно-административное ведение Болгарии привело Фотия в крайнее негодование. В самом конце 866 г., или раннею весною 867 г., Фотий отправил окружное послание к восточным патриархам, которых он приглашал в столицу на Собор — судить папу. Он жаловался на то, что латинские миссионеры затоптали засеянную в Болгарии ниву, обещавшую обильную жатву Евангелию, что они как дикие вепри вторглись в виноградник Господень, чтобы болгарский народ, едва два года пред тем познавший истинную веру из Византии, вести на путь смерти. Именно, латинские миссионеры склонили болгар: 1) поститься в субботу, 2) отделив первую седмицу Четыредесятницы от остального поста, они увлекли их к едению молока, сыра и пресыщению подобными вещами, 3) расширяя им путь к отступлениям, они склонили болгар гнушаться живущих в законном браке священников, 4) миропомазанных пресвитерами они не убоялись помазать вторично, 5) не ограничившись указанными отступлениями, миссионеры достигли самой вершины нечестия: дерзнули исказить извращением смысла и привнесением слов св. символ, утверждая неслыханное, что Дух Святой исходил не только от Отца, но и от Сына. Пункт об исхождении Святого Духа подвергнут у Фотия подробному рассмотрению. Фотий выдвигает против Filioque доводы троякого рода, чисто логического характера reductio ad absurdum, и библейско-пророческого, ссылаясь на Св. Писание и Предание. Кроме перечисленных обрядовых, догматических заблуждений Римской Церкви, Фотий указывает и другие: стрижение бороды, возвышение диакона прямо во священники и далее, по его словам, располагает еще письмами из пределов Италии с жалобой на папу Николая I. Если сами архипастыри будут не в состоянии прибыть в Царьград, то пусть пришлют своих представителей. Таково было желание патриарха Фотия. Хотя, в данном воззвании, при перечислении заблуждений Римской Церкви, Фотий стоит в полном противоречии с самим собой, или со своим взглядом, приведенным в послании к папе, после Собора 861 г. и не прав относительно Filioque, введенного в Римской Церкви лишь в начале ХI-го в.; однако, он считается первым идеологом восточного православия, точно формулировавшим отступления Римской Церкви. Созываемый патриархом Фотием Собор должен был состояться летом 867 г., так как в сентябре того же года произошел уже дворцовый переворот. Михаил III смещен Василием I Македонянином. На этом Соборе был осужден и предан анафеме папа Николай I. Акты об этом были посланы в Рим, а к немецкому королю Людовику II было сделано обращение — привести в исполнение над папою приговор Собора.
Латиняне обвиняют этот Собор в страшных фальсификациях. До нас не дошло актов от этого Собора: один их экземпляр, посланный в Рим, был сожжен в Риме в 869 г., а другой, на Константинопольском Соборе 869 г.
В конце сентября 867 г. Михаил III был убит, и воцарился Василий Македонянин. Одним из первых его деяний, было низложение патриарха Фотия. 24-го сентября Василий провозгласил себя царем, а 25-го сентября лишил кафедры Фотия. Вероятно, император хотел сделать приятное народу, снова возводя на кафедру человека высоких моральных качеств, св. Игнатия.
Для полного упорядочения церковных дел, император и патриарх писали в Рим, где уже умер († 13 ноября 867 г.) папа Николай и вступил его преемник Адриан II, прося нового папу прислать легатов. В Константинополь были отправлены епископ Донат, Стефан и диакон Марин. Они были торжественно встречены в Константинополе. 5-го октября 869 г., в Константинополе открылся Собор по делу восстановления Игнатия. Желавшие участвовать в Соборе должны были подписывать libellus satisfactionis, документ, привезенный легатами от папы. Он заключал в себе изложение веры и проклятие всех еретиков, последними из которых были иконоборцы и фотиане. Этот порядок вызвал среди членов Собора значительные трения. 10-ое и последнее заседание Собора имело место 28 февраля 870 г., под председательством императора Василия I и его старшего сына Константина. На этом заседании было принято 27 канонов, по греческому счислению 14. Из них 17-ый канон (греческий 12) считает излишним присутствие на Соборе светских представителей, за исключением Вселенских Соборов. Наконец, вне заседаний, в марте 870 г., был разрешен болгарский вопрос на одной небольшой конференции, состоявшей из императора, патриарха, папских легатов, представителей патриарших кафедр и болгарских легатов.
