Чтоб оправдать свой поступок, южнорусские епископы отправили к Фотию послание, в котором вообще упрекают его в каких-то неправильных поступках, замеченных ими в самом начале его управления, потом упоминают о какой-то важной вине, признать которую предоставляют собственной совести Фотия, сами же объявить ее не хотят, не желая опозорить его. В соборной грамоте об избрании и посвящении Григория, написанной от имени 8 епископов, говорится, что епископы, видя церковь киевскую в пренебрежении от митрополита, который, собирая доходы с нее, относит их в другое место, где живет, по совету великого князя, всех других князей, бояр, вельмож, архимандритов, игуменов, иноков и священников поставили в митрополиты Григория, руководствуясь уставом апостольским, прежним примером русских епископов, которые при великом князе Изяславе сами поставили митрополита Клима; потом примером единоплеменных болгар и сербов. «Этим поступком,говорят епископы, — мы не отделяемся от восточной церкви, продолжаем почитать патриархов восточных, митрополитов и епископов отцами и братиями, согласно с ними держим исповедание веры, хотим избежать только насилий и вмешательства мирского человека, симонии и всех беспорядков, которые происходили недавно, когда Киприан, Пимен и Дионисий спорили о митрополии». Епископы хотят избежать симонии, в которой упрекают константинопольский двор; но в 1398 году луцкий епископ Иоанн обязался дать королю Ягайлу двести гривен и тридцать коней, если тот поможет ему получить Галицкую митрополию. Витовт с своей стороны выдал окружную грамоту о поставлении Григория, в которой выставляет те же самые причины события и, описавши подробно ход дела, заключает: «Пишем вам, чтоб вы знали и ведали, как дело было. Кто хочет по старине держаться под властию митрополита киевского — хорошо, а кто не хочет, то как хочет, знайте одно: мы не вашей веры, и если б мы хотели, чтоб в наших владениях вера ваша истреблялась и церкви ваши стояли без устройства, то мы бы ни о ком и не хлопотали; но когда митрополита нет или епископ который умрет, то мы бы наместника своего держали, а доход церковный, митрополичий и епископский себе бы брали. Но мы, желая, чтоб ваша вера не истреблялась и церквам вашим было бы строение, поставили собором митрополита на киевскую митрополию, чтоб русская честь вся стояла на своей земле». Фотий с своей стороны издал также окружное послание к православному южнорусскому народонаселению. Не упоминая о Витовте, митрополит в очень сильных выражениях порицает поступок Григория Цамблака и епископов, его поставивших. Из послания узнаем, что Григорий ездил сперва в Константинополь на поставление, но был там лишен священнического сана патриархом Евфимием и едва спасся бегством от казни. Этот случай Фотий приводит в доказательство бескорыстия константинопольского двора, ибо как сам Григорий, так и прежде его Феодосий полоцкий обещали много золота и серебра за свое поставление, но не получили желаемого. Фотий требует от православных, чтоб они не сообщались с епископами, замыслившими разделение митрополии.
Цамблак, славившийся между современниками красноречием, остался верен правилу, выраженному в послании поставивших его епископов, т.е. остался верен православию. В наших летописях сохранилось известие, будто бы он задал вопрос Витовту: зачем тот не в православии? И будто бы Витовт отвечал, что если Григорий поедет в Рим и оспорит там папу и всех мудрецов его, то он со всеми своими подданными обратится в православие. Это известие может указывать только на побуждения, которые заставили Григория отправиться вместе с посольством Витовтовым на Констанцский собор. Литовское посольство прибыло в Констанц уже к концу заседания собора, на который оно явилось 18 февраля 1418 года вместе с послами греческого императора Мануила, имевшими поручение начать переговоры с папою о соединении церквей. Посольство греческое и литовское были приняты торжественно, получили право отправлять богослужение по своему обряду, но уехали ни с чем, потому что собор разошелся, не начавши совещания о соединении церквей.
Григорий жил недолго по возвращении из Констанца; он умер в 1419 году. В это время вражда к Москве остыла в Витовте, и все внимание его было поглощено отношениями польскими; вот почему по смерти Цамблака он не старался об избрании особого митрополита для Киева, и Фотий снова получил в управление церковь южнорусскую. Извещая об этом событии православных, он пишет: «Христос, устрояющий всю вселенную, снова древним благолепием и миром свою церковь украсил и смирение мое в церковь свою ввел, советованием благородного, славного, великого князя Александра (Витовта)». В 1421 году мы видим Фотия на юго-западе: во Львове, Владимире, Вильне; а в 1430 году он был в Троках и в Вильне у Витовта вместе с московским великим князем Василием Васильевичем, причем литовский князь оказал большую честь митрополиту; такую же честь оказал ему и преемник Витовта, Свидригайло.
Мы видели, каким важным шагом ознаменовал свою политическую деятельность Фотий на севере, в Москве, объявивши себя торжественно на стороне племянника против дяди; при жизни Фотия открытой вражды не было и Юрий признавал старшинство племянника, но тотчас по смерти митрополита князья снова заспорили и стали собираться в Орду. Усобицы между Василием и Юрием происходили, когда митрополита не было в Москве, и мы с уверенностию можем сказать, что присутствие митрополита дало бы иной характер событиям, ибо мы видели, как митрополит Иона сильно действовал в пользу Василия Темного; мы видели, как побежденные князья требуют у победителя, чтоб он не призывал их в Москву в то время, когда там не будет митрополита, который один мог дать им ручательство в безопасности.
Московские смуты долго мешали назначению нового митрополита; наконец был избран рязанский епископ Иона, первый митрополит не только русский, но рождением и происхождением из Северной Руси, именно из Солигалицкой области. Но, когда медлили в Москве, спешили в Литве, и, прежде чем Иона успел собраться ехать в Константинополь, оттуда уже явился митрополитом смоленский епископ Герасим, который остановился в Смоленске, пережидая здесь, пока в Москве прекратятся усобицы. Усобицы прекратились, но Москва не видала Герасима: поссорившись с литовским князем Свидригайлом, митрополит был схвачен им и сожжен. На этот раз Иона отправился в Константинополь, но опять был предупрежден: здесь уже поставили Исидора, последнего русского митрополита из греков и поставленного в Греции, потому что Флорентийский собор, смуты и падение Византии должны были повести необходимо к независимости русской митрополии от константинопольского патриарха.
Исидор, приехавши в Москву, стал собираться на собор, созванный в Италии для соединения церквей. Самое уже место собора в стране неправославной должно было возбуждать подозрение в Москве. Великому князю не хотелось, чтобы Исидор ехал в Италию; когда же он не смог отклонить митрополита от этого путешествия, то сказал ему: «Смотри же, приноси к нам древнее благочестие, какое мы приняли от прародителя нашего Владимира, а нового, чужого, не приноси, если же принесешь что-нибудь новое и чужое, то мы не примем». Исидор обещался крепко стоять в православии, но уже на дороге православные спутники стали замечать в нем наклонность к латинству: так, в Юрьеве Ливонском (Дерпте), когда русское народонаселение города вышло к нему навстречу с священниками и крестами и в то же время вышли навстречу немцы с своими крестами, то он подошел сначала к последним. На соборе Исидор принял соединение: между другими побуждениями Исидор мог иметь в виду и большие средства к поддержанию единства митрополии, большие удобства в положении русского митрополита, когда князья — московский и литовский — не будут разниться в вере. Но в Москве не хотели иметь в виду ничего, кроме поддержания древнего благочестия и когда Исидор, возвратясь в Москву, принес новое и чужое, когда начал называться легатом папиным и велел носить пред собою крыж латинский и три палицы серебряные, когда на литургии велел поминать папу вместо патриархов вселенских, а после литургии велел на амвоне читать грамоту о соединении церквей, когда услыхали, что дух св. исходит от отца и сына, что хлеб бесквасный и квасной может одинаково претворяться в тело Христово и прочие новизны, то великий князь назвал Исидора латинским ересным прелестником, волком, велел свести его с митрополичьего двора и посадить в Чудове монастыре под стражу, а сам созвал епископов, архимандритов, игуменов, монахов и велел им рассмотреть дело. Те нашли, что все это папино дело, несогласное с божественными правилами и преданиями; а между тем Исидор успел бежать из заключения. Великий князь не велел догонять его.
Флорентийский собор заставил наконец решиться на то, что хотел сделать Митяй на севере, что сделали потом на юге епископы, поставившие Цамблака. Великий князь отправил в Константинополь грамоту к патриарху. «Прошло уже с лишком 450 лет, — пишет Василий, — как Россия держит древнее благочестие, принятое от Византии при св. Владимире. По смерти митрополита Фотия мы понудили идти к вам епископа рязанского Иону, мужа духовного, от младенчества живущего в добродетельном житии; но не знаем, почему вы нашего прошения не приняли, грамотам и послу нашему не вняли и вместо Ионы прислали Исидора, за которым мы не посылали, которого не просили и не требовали; мольба императорского посла, благословение патриарха, сокрушение, покорение, челобитье самого Исидора едва-едва могли заставить нас принять его. Нам тогда и в мысль не приходило, что со временем от него станется! Он принес нам папские новизны, приехал легатом, с латински изваянным распятием и злочестиво двоеженствовал, называя себя учителем и настоятелем двух церквей, православной и латинской. Мы собрали наше православное духовенство, и всем Исидорово поведение показалось чуждым, странным и противозаконным. Вследствие всего этого просим твое святейшее владычество, пошли к нам честнейшую твою грамоту, чтоб наши епископы могли избирать и поставлять митрополита в Русь, потому что и прежде по нужде так бывало; а теперь у нас нашествие безбожных агарян, в окрестных странах неустройство и мятежи; притом же нам надобно сноситься с митрополитом о важных делах, и когда митрополит грек, то мы должны разговаривать с ним через переводчиков, людей незначительных, которые таким образом прежде других будут знать важные тайны».