София подъезжала к Москве, а здесь между тем шло совещание: думал князь великий с матерью, боярами и братьями, как сделать. Везде, где ни останавливалась до сих пор София, папский посол, кардинал Антоний, шел перед нею, а вперед несли крест латинский. Одни на совете говорили, что ничего, можно позволить это и в Москве; другие же возражали, что никогда этого не бывало в нашей земле, чтоб латинской вере почесть оказывали; сделал это один раз Исидор, но за то он и погиб. Великий князь послал спросить митрополита Филиппа, тот велел отвечать: «Нельзя послу не только войти в город с крестом, но и подъехать близко; если же ты позволишь ему это сделать, желая почтить его, то он в одни ворота в город, а я, отец твой, другими воротами из города; неприлично нам и слышать об этом, не только что видеть, потому что, кто возлюбит и похвалит веру чужую, тот своей поругался». Тогда великий князь послал боярина отобрать у легата крест и спрятать его в санях; Антоний сначала было воспротивился, но потом скоро уступил; больше противился московский посол, Иван Фрязин-денежник: хотелось ему оказать честь папе, послу его и всей земле их, потому что ему самому оказали там большую почесть; будучи в Риме, он исполнял все латинские обычаи, скрывши, что принял в Москве православную веру. 12 ноября 1472 года въехала София в Москву и в тот же день обвенчана была с Иоанном, а на другой день легат правил посольство и поднес дары от папы. Разумеется, кардинал должен был немедленно же обратиться к делу о соединении церквей; но скоро он испугался, говорит летописец, потому что митрополит выставил против него на спор книжника Никиту Поповича: иное, спросивши у Никиты, сам митрополит говорил легату, о другом заставлял спорить Никиту; кардинал не нашелся, что отвечать, и кончил спор, сказавши: «Нет книг со мною!» Так неудачно кончилась попытка римского двора восстановить Флорентийское соединение посредством брака князя московского на Софии Палеолог. Но брак этот имел другие важные следствия.
До сих пор главною заботою московских князей было собирание Русской земли, примыслы, прибытки; вместо вождей дружины, какими князья являлись на юге, мы видим на севере князей-собственников, хозяев. Мы видели, как все отношения — отношения духовенства, дружины, остального народонаселения — клонились к утверждению в Москве крепкого самодержавия; в половине XV века все уже было приготовлено к тому, чтоб новое государство приняло именно эту форму; но от старого порядка вещей оставались еще некоторые предания, обычаи, приемы, от которых нужно было освободиться. Великий князь московский на деле был сильнейшим из князей Северной Руси, которому никто не мог противиться; но он продолжал еще носить название великого князя, что означало только старшего в роде княжеском; он еще недавно кланялся в Орде не только хану, но и вельможам его; князья-родичи еще не переставали требовать родственного, равного обхождения; члены дружины еще сохраняли старое право отъезда, а это отсутствие прочности в служебных отношениях, хотя на деле и пришедшее к концу, давало им повод думать о старине, когда дружинник при первом неудовольствии отъезжал от одного князя к другому и считал себя вправе знать все думы княжеские; при дворе московском явилась толпа служилых князей, которые не забыли о своем происхождении от одного родоначальника с московским великим князем и выделялись из дружины московской, становясь выше ее, следовательно, имея еще более притязаний; церковь, содействуя московским князьям в утверждении единовластия, давно уже старалась дать им высшее значение относительно других князей; но для успешнейшего достижения цели нужна была помощь преданий Империи; эти-то предания и были принесены в Москву Софиею Палеолог. Современники заметили, что Иоанн после брака на племяннице императора византийского явился грозным государем на московском великокняжеском столе; он первый получил название Грозного, потому что явился для князей и дружины монархом, требующим беспрекословного повиновения и строго карающим за ослушание, возвысился до царственной недосягаемой высоты, перед которою боярин, князь, потомок Рюрика и Гедимина должны были благоговейно преклониться наравне с последним из подданных; по первому мановению Грозного Иоанна головы крамольных князей и бояр лежали на плахе. Современники и ближайшие потомки приписали эту перемену внушениям Софии, и мы не имеем никакого права отвергать их свидетельство. Князь Курбский, защитник старины, старых прав княжеских и боярских, говорит, что перемена в поведении князей московских произошла от внушения жен иноплеменных. Нет преступления, в котором бы ожесточенный потомок князей ярославских не обвинил Иоанна III и Софию. Какой дух принесли служебные князья ко двору московскому, какие чувства питали они к московским князьям, как смотрели на собирание земли, видно из следующих слов Курбского: «Обычай у московских князей издавна желать братий своих крови и губить их, убогих, ради окаянных отчин, несытства ради своего».
Но кроме Курбского до нас дошел еще другой боярский отзыв о новом порядке вещей, принесенном Софиею. Уже в княжение сына ее, Василия, опальный боярин Берсень так говорил Максиму Греку: «Как пришли сюда греки, так наша земля и замешалась; а до тех пор земля наша Русская жила в тишине и в миру. Как пришла сюда мать великого князя, великая княгиня София, с вашими греками, так наша земля и замешалась, и пришли нестроения великие, как и у вас в Цареграде при ваших царях». Максим заметил на это: «Господин! Мать великого князя, великая княгиня София, с обеих сторон была рода великого: по отце царского рода константинопольского, а по матери происходила от великого герцога феррарского Италийской страны». Берсень отвечал: «Господин, какова бы она ни была, да к нашему нестроению пришла. Которая земля переставляет обычаи свои, та земля недолго стоит, а здесь у нас старые обычаи великий князь переменил; так какого добра от нас ждать?» В чем же, по мнению Берсеня, состояла эта перестановка обычаев? «Лучше, — говорит он, — старых обычаев держаться и людей жаловать, и старых почитать; а теперь государь наш, запершись сам-третей у постели, всякие дела делает». Итак, перестановка обычаев состояла в том, что великий князь, отстранив прежнее влияние дружины, начал думать особо свою думу, с кем хотел, и теперь уже дружина не могла сказать ему по-прежнему: «Ты, князь, сам собою это замыслил, так не едем за тобой, мы об этом ничего не знали»; не смела она сказать теперь этого, потому что московские князья уничтожили отдельные волости и боярам некуда уже стало более отъехать. Но не одни недовольные князья и бояре оставили нам свидетельства о важном влиянии Софии на перестановку обычаев в Русской земле; есть свидетельства более беспристрастные: Герберштейн, бывший в Москве в княжение сына Софии, говорит об ней: «Это была женщина необыкновенно хитрая; по ее внушению великий князь сделал многое», Наконец, летописцы подтверждают это, говоря, например, что по внушениям Софии Иоанн окончательно разорвал с Ордою.
26 марта 1479 года родился у Софии первый сын Василий-Гавриил; в 1490 году старший сын Иоаннов, молодой великий князь Иоанн, разболелся ломотою в ногах («камчюгом»); в это время был в Москве лекарь, мистр Леон, жид, вызванный русскими послами из Венеции; Леон объявил отцу больного: «Я вылечу сына твоего; а не вылечу, вели меня казнить смертною казнью». Великий князь велел лечить; Леон стал давать больному лекарство внутрь, а к телу прикладывать стклянки с горячею водою; но от этого лечения Иоанну стало хуже, и он умер 32-х лет. Старый великий князь велел схватить лекаря, и, как минуло покойнику сорок дней, Леона казнили смертью. Эти подробности важны для нас потому, что, как мы видели, люди, недовольные Иоанном III и Софиею, упрекали их в отраве Иоанна Молодого. Но последний оставил малолетнего сына Димитрия от брака своего на Елене, дочери Стефана, господаря молдавского, и потому теперь рождался вопрос, кому наследовать великое княжение — сыну или внуку. Если бы Иоанн III захотел обратить внимание на старый обычай, если бы справился с летописями, то нашел бы, что внук не мог получить великого княжения не по отчине. Но мы видели, что отец Димитрия, Иоанн, был при жизни своего отца уже великим князем, равным отцу, и потому, даже по прежним родовым счетам, преждевременная смерть Иоанна Молодого не лишала сына его прав на старшинство; притом же московскому государю не было теперь нужды до старых родовых счетов; все предки его шли наперекор им, отдавая преимущество племяннику перед дядею; Иоанн III, верный преданию, должен был также отдать преимущество внуку Димитрию перед сыном Василием. Но последний имел за собою также важные преимущества: он был сын Софии Палеолог, от царского корня; ему, разумеется, а уже никак не Димитрию принадлежал герб Римской империи, и София была способна внушить мужу и сыну высокое мнение о своем происхождении, своих правах, была способна поддержать эти права. Начались происки, двор разделился на две стороны.