С тех пор Марина смело уже могла заявлять о правах своего сына. Заруцкий и Трубецкой провозгласили этого младенца наследником престола, присягнули ему, требовали от русских людей ему верности и именем его бились с поляками. Они со своим полчищем стояли под Москвою; Марину поместили в Коломне. Казацкие шайки свирепствовали по русской земле. Между тем в Астрахани убийца Тушинского вора Урусов подставил какого-то еще Димитрия, а в Иван-городе провозгласил себя Димитрием вор Сидорка, бывший московский дьякон, был признан во Пскове и утвердился в этом городе. Казаки под Москвою, услышавши о псковском Димитрии, провозгласили его царем. Заруцкий тотчас пристал к ним; и князь Трубецкой, из угождения казакам, также признал псковского самозванца, желая сохранить влияние на дела.
Но в Нижнем, осенью, начало составляться новое земское ополчение с целью освобождения Москвы как от поляков, так равно и казаков, воевавших с поляками. Предводителем избран князь Димитрий Михайлович Пожарский. Всю зиму составлялось это ополчение, а раннею весною двинулось медленно, присоединяя к себе город за городом, и в апреле остановилось в Ярославле. Марина и Заруцкий чувствовали, что на них идет гроза. В грамотах, которые рассылал Пожарский, выразительно было заявлено, чтобы отнюдь не признавать ни Маринкина сына, ни того вора, который проявился во Пскове. Марина отправила посла в Персию, чтобы заключить союз и вооружить Персию против русских, но этот посол попался в руки Пожарского. В мае псковичи, недовольные своим вором за насилие и распутство, посадили его в тюрьму, а в июле отправили в кандалах в Москву: по одним известиям, его убили дорогой казаки, а по другим — его казнили под Москвою. Князь Трубецкой открыто отступил от Заруцкого и Марины и звал Пожарского в Москву. Заруцкий с Мариною прибегли к последнему средству, подкупили убийц извести Пожарского, но казак Стенька, взявший на себя это поручение, вместо того, чтобы зарезать в толпе Пожарского, промахнулся, обрезал ногу казаку Роману, своему товарищу, был схвачен и сознался. Пожарский не казнил убийц, а приказал везти их к Москве для обличения Заруцкого. Земское ополчение по частям прибывало к Москве. В казацком таборе господствовало несогласие. Не дожидаясь прибытия Пожарского, Заруцкий с отрядом верных ему казаков 17 июня убежал в Коломну, где жила Марина. Остальные казаки перешли под начальство Трубецкого.
Когда земское ополчение приближалось к Москве и в Коломне казалось небезопасным, Заруцкий с Мариною ограбили город, убежали в Михайлов и там оставались несколько месяцев.
В октябре 1612 года Москва была освобождена от поляков. В феврале 1613 года съехавшиеся в Москву для избрания царя выборные люди прежде всего заявили единодушно, чтобы отнюдь не выбирать законопреступного сына Марины. На престол был избран Михаил Федорович Романов: Заруцкий и Марина между тем рассылали грамоты, требуя присяги малолетнему сыну Марины, Ивану Димитриевичу. Великорусские казаки в большинстве обращались к новоизбранному землею Михаилу; но но московской земле бродило тогда много черкас (малорусских казаков): они были чужды Московскому государству и готовились терзать его. Они теперь составили силу Заруцкого.
Еще с дороги, едучи из Костромы в Москву, новый царь назначил против Заруцкого главным воеводою князя Ивана Никитича Одоевского и приказал сходиться к нему из разных городов воеводам с их силами. Заруцкий с Мариною перешли из Михайлова в Лебедянь. Одоевский двинулся против него с войском. Заруцкий со своею неизменною спутницею бежали в Воронеж, Одоевский погнался за ними. Под Воронежем, в конце 1613 года, произошла кровопролитная битва, продолжавшаяся два дня. Воровское полчище было разбито, потеряло весь свой обоз и знамена. Заруцкий с Мариною убежали за Дон. Одоевский не преследовал их и сделал тем большую ошибку.
Заруцкий с Мариною убежали в Астрахань; там нашли они последний притон. Они убили астраханского воеводу Хворостинина, склонили на свою сторону нагайских татар и затевали широкое дело: вооружить против Руси персидского шаха Аббаса, втянуть в войну и Турцию, поднять волжских казаков, возбудить всех удальцов на Руси, привыкших к смутам и потому недовольных восстановлявшимся порядком. С этой целью они разослали так называемые «прелестные письма» к волжским и донским казакам. Но донские казаки решительно не поддались их увещаниям. Из волжских пришли к ним только два атамана, для которых, по их собственным словам, было все равно куда ни идти, лишь бы зипуны наживать. Другие выманивали у них деньги, давали обещания, но не думали исполнять обещаний. Всю зиму Заруцкий готовил лошадей и запасы, намереваясь весною идти вверх по Волге. Марина жила в каменном городе (кремле) в постоянном страхе: она не приказывала звонить рано к заутрени, под предлогом, чтобы ее сын не пугался звона, а на самом деле боялась набата.
В марте снаряжено было большое войско, под начальством того же князя Одоевского, а в товарищи ему придан был окольничий Семен Головин, шурин и сподвижник Михаила Скопина-Шуйского. Но перед началом решительных действий царь отправил к Заруцкому грамоту, в которой исчислил преступления его и Марины, и в заключение говорил:
«Вспомни Бога и душу свою и нашу православную христианскую веру; сам видишь Божью милость на нас, великом государе, и на всем великом государстве и над врагами нашими победу и одоление, отстань от своих непригожих дел, не учиняй кровопролития в наших государствах, не губи души и тела своего, добей челом и принеси вину свою нам, великому государю, а мы, государь, по своему царскому милостивому нраву, тебя пожалуем, вины свои все тебе простим и покроем нашим царским милосердием; и вперед вины твои никогда помянуты не будут; а вот тебе и наша царская опасная грамота!» Такая же грамота послана была Заруцкому от собора, где подробнее исчислялись вины Заруцкого, а в заключение все духовенство ручалось за истину царского слова. Без сомнения, писавшие были уверены, что эти увещания ни к чему не послужат, а потому, в то же время, послали грамоты донским и волжским казакам и жителям Астрахани, с убеждением отстать от Заруцкого и Марины, которую называли «главною заводчицею» всего зла, нанесенного русской земле.
Но прежде чем снаряженному войску пришлось укрощать Заруцкого в Астрахани, на страстной неделе в 1614 году произошло междоусобие между волжскими казаками, пришедшими служить сыну Марины, и астраханцами. Астраханцы отступились от «воровства» и провозгласили царем Михаила Федоровича. Заруцкий с 800 человек заперся в каменном городе. Город Терск, приставший было также к Марине, отступил от нее, и тамошний воевода Головин отправил астраханцам на помощь стрельцов, под начальством Василия Хохлова. Заруцкий, сообразивши, что ему не сдобровать, перед прибытием Хохлова прорвался ночью, вместе с Мариною, из каменного города, сел на струги и поплыл из Астрахани вверх по Волге, потому что снизу плыл в Астрахань Хохлов. 13 мая, утром, Хохлов прибыл в Астрахань, и все жители, при звоне колоколов, целовали крест царю Михаилу. 14 мая, на заре, Заруцкий с Мариною думали проскользнуть по Волге мимо Астрахани и убежать в море; но Хохлов вместе с астраханцами и стрельцами ударил на них; бывшие с Заруцким воровские казаки разбежались по камышам: многие попались в плен; тогда взяли также польку Варвару Казановскую, подругу Марины, но Заруцкого и Марины не успели схватить; они воспользовались извилистым руслом Волги, и стрельцы не могли скоро сообразить, куда они скрылись.
29 мая один стрелец, бывший на рыбном учуге, известил, что видел Заруцкого с Мариною. По этому известию Хохлов отправил на указанное место погоню, но узнал, что беглецы, выплывши в море, повернули в Яик. 1 июня прибыл в Астрахань Одоевский и тотчас отправил самого Хохлова с вестью в Москву, а 7 июня выслал на Яик отряд под начальством стрелецких голов: Гордея Пальчикова и Севастьяна Онучина. Посланные, плывя вверх по Яику, нападали на след, где останавливались Заруцкий с Мариной, и 24 июня наткнулись на воровской табор: он стоял на Медвежьем острове, посреди лесистых берегов Яика. С Заруцким и Мариною было до 600 волжских казаков. Они сделали на острове острог. Всем заправлял атаман Треня Ус, ни в чем не давал никакой воли Заруцкому и Марине; он даже отнял у последней сына и держал при себе.
Стрельцы осадили воров. Казаки не ожидали гостей, не вступили в битву со стрельцами, на другой же день связали Заруцкого и Марину и выдали с сыном да с каким-то чернецом Николаем, а сами объявили, что целуют крест царю Михаилу Федоровичу. Треня Ус убежал и несколько времени после того разбойничал.
Пленников привезли в Астрахань, а 13 июля Одоевский отправил их поодиночке вверх по Волге. Марину с сыном вез стрелецкий голова Михайло Соловцов с 500 человек самарских стрельцов. Марину везли связанною. В наказе, данном Соловцову, приказано было убить ее вместе с сыном, если нападут на них воровские люди, с целью отбить преступницу. В таком виде прибыла Марина в Москву, куда восемь лет тому назад въезжала с таким великолепием в первый раз в жизни, надеясь там царствовать и принимать поклонение.
