Получив от царя позволение взять секретарей и подьячих, которые хотя и у дел, но не в коллегиях, Синод взял к себе канцеляриста Корнышова, который находился при постройках на Котлине-острове. Но постройками заведовал Меншиков; не давши знать в Синод, он велел схватить Корнышова и привести на Котлин-остров, где избил его жестоко. «Такими неумеренными поступками, — писал Синод царю, — благорассудно уставленное от вашего величества духовное собрание, которое всем повелено почитать за важное и сильное правительство, уничтожено». На первых же порах Синод должен был жаловаться на астраханского губернатора Волынского, который взял насильно в астраханском Троицком монастыре каменные кельи, где жили старцы, и поместил в них канцелярии, велел взять шесть келий кладовых и положил в них свою кладь, приказал сломать монастырские каменные ворота, караульную каменную келью, деревянную конюшню и разбросать монастырские оградные заборы, наконец, отрезал монастырскую землю под площадь».
Деятельность новоучрежденного Синода высказывалась не в одних этих спорах: он разослал, указ, чтоб священники отвращали своих прихожан от богопротивного обычая обливать водою и купать в реках и прудах тех, которые не бывают у заутрени на св. неделе, причем иногда люди тонут, обливаемые спросонья и с похмелья, лишаются ума; наконец, тут же воспоминается мерзкий идол Купало. Мы видели, что во второй половине XVII века русская церковь перестала смотреть на католиков как на некрещеных, перестала требовать перекрещивания их при переходе в православие; при Петре с разрешения константинопольского патриарха перестали требовать перекрещивания от протестантов. После этого сделан был третий шаг: Синод издал послание к православным, в котором доказывал, что браки с иноверцами позволительны. Это послание вызвано донесением капитана Василия Татищева, отправленного в Сибирь для горного дела; он писал, что шведские пленники охотно приняли бы русское подданство, если бы им позволено было жениться на русских девицах без перемены веры; но так как многие из них поженились, но потом за разностию веры жен у них отняли и выдали за других, то они не хотят вступать в русскую службу, потому что своей веры женщин достать не могут, а русских за них не выдают. Для увеличения церковных доходов, которые могли бы быть употреблены для бедных, постановлено, чтоб продажа свечей производилась от церквей; на деньги, от этой продажи выручаемые, построить везде при церквах богадельни для больных нищих; для заведования церковными доходами учреждены были церковные старосты, избираемые прихожанами.
Надобно было приступить к учреждению в Петербурге специального духовного училища; Феофан Прокопович подал об этом свое мнение: «Мой совет — не принимать мальчиков свыше десяти лет, потому что в таком возрасте дети еще не очень обучились злонравию, и если обучились, то не окрепли обычаем, и таких не трудно отучить, также бунтовать и бежать прочь не могут еще. Академии великой и свободной делать еще не советую; когда бог благословит отроческий дом сей, тогда от числа наученных в нем явятся изрядные учители, которые возмогут и великую академию учить и управлять. Не каких-нибудь, но изрядных и свидетельствованных учителей надобно, которых призвать бы из академий иноземных со свидетельством знатных школьных и гражданских властей. Не надобно опасаться, что они детей наших совратят к своей богословии, потому что можно им артикулами определить, чему они должны учить, и надсматривать, не преподают ли чего, нашему исповеданию противного. Пусть преподают они только учения внешние, языки, философию, юриспруденцию, историю и проч., а не богословские догматы, которым ученики будут учиться у единоверных учителей. Если не опасаются господа русские посылать детей своих в академии иностранные, где учителя свободно свои мнения предлагают, то для чего бы опасаться у нас, где они артикулами и надсмотром связаны будут. Но к начатию учений можно будет приискать и между нашими людьми. Желаем и его величества милостивого соизволения просим, да прозван будет дом сей Сад Петров , или иноземским наречием Петер-Гартен ».
В то время, когда в Великой России повсюду шли коренные преобразования, Малая Россия разложением своего старого быта торопила дело приравнения своего к Великой России.
Несмотря на постоянное присутствие при гетмане министра государева, доносы продолжали зреть на малороссийской почве, взрытой шатостию и недавними изменам. Не поладит гетман с каким-нибудь сотником, и сотник несет донос на гетмана киевскому губернатору князю Дм. Мих. Голицыну, о котором было известно, что живет несогласно с гетманом и смотрит на него подозрительно. Еще в 1710 году коропский сотник Логвиненко донес Голицыну, что запорожские колодники говорили провожавшему их есаулу Шепелю, будто гетман Скоропадский писал Орлику, чтоб тот с своими запорожцами держался как можно долее при противной стороне; Логвиненко приводил свидетелей рассказам Шепеля об этом; тот же Логвиненко доносил, что бывший дворецкий Орлика, бурмистр Гроевский, сказал в коропской ратуше: «Мы с сотником Безносым пили за здоровье Орлика, и Безносый говорил: Орлик в Бендерах гетманом, и надобно думать, что будет скоро опять у нас паном». Голицын дал знать об этом в Москву. Правительство, обеспеченное пребыванием в Глухове при гетмане министров государевых, не ждало или не боялось измены Скоропадского и при наступавшей войне с Турциею не хотело возбуждать неудовольствия гетмана и волнения на Украйне. Головкин ответил Голицыну, чтоб выслал в Москву Логвиненка со всеми людьми, прикосновенными к делу Гроевского и Безносого, но свидетелей рассказа Шепеля не высылал, потому что запорожцы, говорившие о переписке Скоропадского с Орликом, казнены, и потому производить следствие нельзя. Гетмана Головкин старался успокоить насчет нерасположения Голицына, писал: «Я писал к князю Голицыну, чтоб он ни из каких городов и мест регименту вашего никого не велел брать, не списавшись с вами и без согласия вашей вельможности, и ежели случится какое дело государственное, то делал бы согласно с вами; указов ему к вашей ясновельможности писать не велено. Как мы видим, что у вашей вельможности с воеводою киевским несогласно: однако ж царское величество на вашу верность есть благонадежен, и безосновательным никаким доносам поверено не будет, в чем изволите, вельможность ваша, быть надежен».
В Москве бурмистр Гроевский рассказал, как было у него дело с Безносым: «В прошлом 1710 году пришел ко мне в корчму бывший короповский сотник Кондрат Безнос, спросил меду, и мы пили мед вместе, только не были гораздо пьяны; и говорил мне Безнос, чтоб я был к нему ласков; я отвечал: теперь, когда ты, Безнос, уже не сотником, то желаешь моей ласки, а когда был сотником, то ходил надувшись и на меня не смотрел. Безнос мне сказал: когда и ты был у Орлика дворецким, то также был надут и мало на меня смотрел. Я ему сказал: если б Орлик не изменял, то добрый был пан, сколько я ему ни служил, лихого слова от него не слыхал. И Безнос мне сказал, что большое приятство от Орлика имел и сотничество чрез него получил. Говоря это, мы оба пили за Орликово здоровье и, выпивши, разошлись». Гроевский и Безнос были наказаны за свои непристойные слова и отпущены домой на Украйну.
Правительство отстранило донос Логвиненка на гетмана, сослало в Архангельск знатного козака Забелу, старавшегося выставить в подозрительном свете поведение Скоропадского; но доносы продолжались, и в мае 1713 года гетман писал Головкину, что объят размышлением: от начала гетманства своего имеет несносные скорби от злобных и безбожных клеветников, не только мирских, но и духовных. Канцлер по-прежнему уверял его, что царское величество о верности его довольно известен. Скоропадский по характеру своему был мало опасен, но могли быть опасны полковники. Фельдмаршал Шереметев в начале 1713 года писал о необходимости переменить четырех подозрительных полковников — стародубского, лубенского, нежинского и прилуцкого. Головкин отвечал ему: «Ваше сиятельство об них уже давно были сведомы, а в бытность свою здесь прошлого лета царскому величеству не доносили и после не писали, а теперь, при наступлении кампании, в ожидании неприятельского прихода переменить вдруг четырех полковников видится непристойно и небезопасно, к тому же не знаем заочно, кого на их место определить добрых и верных».
Кроме подозрительных полковников беспокоило правительство сильное неудовольствие в низшем слое малороссийского народонаселения. Изменничий гетман Орлик писал крымскому хану, что малороссийский народ, приведенный в отчаяние московским тиранством, ждет его. Орлика, как избавителя. Малороссийский народ действительно терпел много, только не от московского тиранства. Стольник Протасьев, остававшийся при гетмане в качестве министра государева, писал Головкину в 1714 году, что черный народ сильно отягощен своими полковниками и сотниками, крестьяне и козаки беспрестанно на них работают, мельницы строят, сено косят, домы в городах и на хуторах строят, да, кроме того, на ратушские расходы бывают беспрестанно денежные поборы. Протасьев писал также, что полтавскому полковнику Черняку нельзя долее оставаться на своем месте, потому что «кроме всякого своего непостоянства и легкомыслия» он непросыпный пьяница, а Полтавский полк ко всяким шатостям других полков склоннее; полтавская старшина просила гетмана, чтоб быть у них полковником Василию Кочубею; Протасьев с своей стороны писал, что надобно Кочубею дать это место: пусть, смотря на это, и другие служат царскому величеству так же верно, как отец Кочубея. Василий Кочубей хотя и молод, но человек изрядный и умный, а в Полтавском полку такой верный человек нужен. На Черняка донес полтавский житель Данила Кондак, которого полковник посылал в Запорожскую Сечь сказать кошевому Костке Гордеенку и прочим козакам: «Не кланяйтесь царю: еще виселицы московские не наполнились, и если поклонитесь, то, конечно, наполнятся вами». Отпуская Кондака в Сечь, Черняк говорил ему: «Видишь меня теперь паном, а вперед надеюсь быть чем-нибудь и больше».
