После победы Шереметев пошел разорять шведскую землю, разорил весь Юрьевский (Дерптский) уезд, но усталость лошадей и глубокие снега заставили фельдмаршала прекратить опустошительный поход. Шереметев считал большим счастием для себя, что неприятель не воспользовался глубокими снегами и не напал на лыжах из лесов. Было взято 140 языков; чухну разобрали по себе черкасы (малороссийские козаки); Шереметев доносил, что он не велел отнимать чухну у черкас, «чтоб охочее были».
Но черкасы не были довольны. Еще в начале года, несмотря на то что, по словам самого гетмана, вывели из Ливонии в Малороссию до 4000 пленных, они сильно жаловались.
3 марта Мазепа (Андреевский кавалер с 8 февраля 1700 г.) писал государю: «Возвратившись со службы вашей монаршеской, с границ ливонских, полковники с старшиною и товариществом стали на меня чинить великое между собою нарекание и роптание, хотя и за глаза, во-первых, за то, что понесли такие труды и в хозяйстве своем ущерб от дальнего похода; во-вторых, что за сено немало их товарищества побито и потоплено, оружие и кони на сенах отниманы, и, несмотря на их жалобы, управы им не дано в тех селах, где их грабили и убивали. Особенно же ропщут они за то, что во Пскове при отпуске взяли у них пушки полковые. Эти возвратившиеся войсковые люди поднимают на ропот остававшихся в Малороссии, все в один говор ропщут на меня, будто я за их права и вольности не стою и вам, великому государю, за них не бью челом, что такие новые дела над ними делаются. Не зная, за что взяты пушки, я не умею им отвечать и утолить их ропот. Покорственно бью челом о известительном и наставительном указе насчет пушек. Получив указ, я тотчас бы обослал по всем полкам универсалами, дабы утолить ропот. Особенно буду писать к запорожцам, у которых городовые козаки те же сплетни и плевелы посеяли, а там издавна и без всяких случаев не трудно быть переговорам и лишним словам».
Посланному к нему стольнику Лутавинову Мазепа говорил подробнее: козаки, стоя во Пскове, ездили покупать конский корм на чехи, но тамошние жители на чехи им не продавали, а у козаков, кроме чехов, других денег нет, и они ездили по уездам и брали конский корм, но тут у них коней и оружие поотнимали и самих человек с 40 в воду побросали, а иных до смерти побили. Били они челом об управе боярину Бор. Петр. Шереметеву, но он ничего не сделал. Козаки говорят, что гетман ездил в Москву и получил кавалерство, а об них и об нуждах их великому государю не доносит и не бьет челом, а они в этих службах вконец разорились. Говорят тайно между собою: если гетман о их обидах не будет бить челом великому государю, то они пойдут служить к королю польскому или шведскому. «Я, — говорил Мазепа, — и сам их боюсь, потому что надежные сердюки все разосланы во Псков, а при мне надежных людей моего регименту теперь малое число, а московских стрельцов только триста человек; прошу стрельцов прибавить и сделать тысячный полк для моего оберегания. Великий государь указал бы мне на свою службу идти: надобно мне выбрать войска доброго с 30000 или по крайней мере 20000 и идти Литвою, потому что этот путь близкий и кормный».
Вслед за тем гетман дал знать государю, что в январе он отпустил на службу во Псков низовое Войско Запорожское и что запорожцы, не имея в очах своих ни страху, ни стыда, так буйно и лениво шли, что едва на масленице вышли на смоленский рубеж, и сколько на походе своем причинили неправд, грабежей и обид людям малороссийским и великороссийским, того и пересказать нельзя, едва и неприятель может хуже поступить; за это, прибавлял Мазепа, надобно их поставить на таком месте, где бы лучше отслужили.
Петр велел сейчас же отдать пушки черкасам и нарядить следствие о том, как с ними поступали на сенах. Шереметев отвечал, что черкасы сами пушек не взяли, потому что везти не на чем; что, будучи во Пскове и во многих городах в походе, русские села и деревни они разоряли, людей побивали, топили и грабили. Мазепе дано было знать, что такое поведение служилых людей его регимента только для него презрено и прикрыто милостиво; но пусть вперед закажет им накрепко, чтоб вместо неприятеля над своими такого разорения не чинили.
Мазепа сам писал о буйстве запорожцев во время похода, но и от тех, которые оставались на Сечи, не было покоя. В начале 1701 года запорожцы прислали Мазепе жалобу, что селитреники, которые выделывают селитру около реки Самары, обещали им платить с котла по 100 золотых и обещания не исполняли. Донеся об этой жалобе государю, гетман писал: запорожцы кроме того, что берут по сту золотых с котла, притесняют селитреников всячески: и деньги, и напитки, и харчи берут с селитряных майданов беспрестанно, почему селитра дешево продаваться не может. Запорожцы упорно называют речку Самару от устья до верху и леса, по ее берегам растущие, и дальние буераки лесовые, и могилы, из которых селитра делается, своими; грозили майданы селитряные разорить, селитреников с работниками отогнать и не только на селитряное дело, ни на какую потребу лесов самарских никому не давать, как паствы скотине там не дают. И если при реке Самаре селитры не делать, то нигде более способных мест нет.
В апреле новое донесение от гетмана: Войско Запорожское низовое, собравшись в числе трех тысяч, приготовя четыре пушки, поставив себе полковников, хотело идти на Ногайскую орду на помощь крымскому хану. Гетман послал им выговор, как они смели самовольно сноситься с крымским ханом и идти на Ногайскую орду. Кошевой отвечал: «Трудно было нам посылать в Москву и дожидаться монаршеского указа или докладывать вашей вельможности, потому что хан позвал нас вдруг, уже вышедши на поле; он обещал нам своих коней и уступку всей добычи. Дело не сделалось по непостоянству зимы; некоторые из наших хотели идти на ханский призыв, а не всем кошем мы поднимались и не на православных каких хотели идти. Здесь исконная вольность: кто куда хочет пойдет и где хочет добычу берет, удерживать войско от корыстей невозможно. Да и о том докладываем, что теперь низовое войско час от часу стесняется людьми городовыми, зверя и рыбы казакам добыть негде, а монаршеским жалованьем целый год прожить нельзя, и потому поневоле принуждено наше товарищество идти в помощь хану на орду Ногайскую. Нам кажется, за это гневаться на нас не следовало, напротив, надобно было радоваться, что бусурманы, бранясь между собою, нас призывают. Мы о том промышляем, чтоб они не только низовое, но и городовое войско призывали себе на пагубу».
Гетман сам вызывался идти в ливонский поход и именно Литвою; желание его было исполнено, он получил указ выступать. Но в это же время Мазепа бьет челом, что от тяжких походов козаки и поселяне очень злобятся и переговаривают между собою, что им приходит пропадать до конца, скоро изгубят их москали частыми и трудными походами, у каждого мысль — уходить за Днепр. И для всякого опасения, чтоб над ним, гетманом, не сделали какого зла внезапно, указал бы государь быть при нем тысяче человек стрельцов, а жить им попеременно: 500 при гетмане, а другие 500 в Путивле; жен их и детей привесть к ним в Путивль, потому что теперь живут в Батурине стрельцы седьмой год без жен и, впавши в отчаяние, делают такие неистовства, что и выговорить стыдно; а в Батурине жить им с женами неприлично, потому что делаются от них батуринским жителям великие обиды, кражи беспрестанные. Но этого мало: в июле 1701 года Мазепа дал знать Головину о прелестях татарских. Ханский визирь, зазвавши к себе гетманского посланца, говорил ему: «Где ваш царь? На Воронеже корабли строит, понапрасну трудится! Для чего ваш царь пренебрегает ханом и всем государством Крымским? Для чего не хочет нам казны давать по-прежнему? Если надеется на силу, так и хан также силен: как сядет на коня, то будет с ним двести тысяч сабель. Если надеется на калмыков, то и та надежда даровая; это цыгане, только б им казну от царя брать, а с нами никогда по правде не будут биться. Скажи гетману, что если он словам моим не верит, то пусть созовет раду и мои слова объявит старшине и черни: увидит, что все возмутятся за нашу любовь, только пусть обнадежит всякого, что вольно все говорить. Знаем мы хорошо, что у вас на Украйне делается, знаем, что все козаки обнищали; а когда будут с нами по прежнему в братстве, то в несколько лет станут так же богаты, как при Хмельницком были; я говорю именем хана и всего Крымского государства; жаль нам вас, как людей воинских, скоро пропадете держась того народу московского».
После таких донесений от Мазепы понятно, почему он получил указ возвратиться назад в Батурин. Гетман обиделся или по крайней мере показал вид, что обиделся, и 20 июля 1701 года писал Головину: «Монаршеский его царского пресветлого величества имянной указ — дабы я возвратился в Батурин, послал на свое место с несколько надесять числом войска наказного гетмана, застал меня в литовских краях, в 12 милях от Могилева: и с какою моею жалостию и стыдом от тутошних жителей возвращаюся вспять, сам бог, испытуя сердца и утробы человеческие, лучше знает. Не так для поднятых трудов чрез толь долгую непотребную дорогу, как для того, что по должному моему намерению не сталося, когда ж так себя было выбрал в ту военную дорогу с сердечною охотою и немалым моим коштом, чтобы я то показал бы по себе не на словах, не на бумаге, но самым делом, пред всем светом в его монаршеских очах, что есть верный подданный». Мазепа отправил ко Пскову четырех полковников: миргородского, переяславского, полтавского и лубенского, да наказного нежинского с семнадцатью тысячами войска и наказным гетманом назначил полковника миргородского (Данилу Апостола).