24 мая 1915 года именно в тот момент, когда османское правительство решило, что только с помощью переселения армян восточной Анатолии оно сможет подавить внутренние волнения, которые чрезвычайно затрудняли борьбу на внешних фронтах, союзники объявили о своем намерении преследовать «всех членов османского правительства и тех их доверенных лиц, которые причастны к массовым убийствам [армян]». 3 июля 1918 года умер султан Мехмед V Решад и до конца года новый султан Мехмед VI Вахдеддин санкционировал создание военных трибуналов для судебного преследования тех, кто нес ответственность за экономические преступления, а также за «депортацию и массовые убийства» армян. Опасения потерпевшего крах османского правительства состояли в том, что на нежелание наказывать военных преступников оккупационные силы союзников ответят жестким соблюдением условий перемирия. В январе 1919 года начались предварительные расследования, которые привели к первым в истории судебным процессам над военными преступниками, а отчеты о судебных разбирательствах время от времени появлялись в официальном печатном органе правительства, газете «Takvim-i vakäyi». 28 апреля 1919 года открылся судебный процесс над приблизительно 120 министрами кабинета военного времени и высшими функционерами КЕП. В основе официального обвинения лежали показания османских мусульман и документальные свидетельства. В обвинительном акте утверждалось, что это массовые убийства при пособничестве должностных лиц. Вдохновителем этих преступлений был назван Талат-паша. Было указано, что депортации и убийства осуществлялись функционерами КЕП в провинциях, в особенности членами тайной и противозаконной «Специальной организации». Именно так об этом сообщал тогда Ахмед Рефик. В обвинительном акте было отмечено, что всех чиновников, которые препятствовали выполнению этих распоряжений, увольняли, а простым мусульманам, которые укрывали армян, угрожали смертью. Через неделю суд проинформировали о том, что стало известно и о других преступлениях против армянского населения. Эти преступления, среди которых были изнасилования, пытки и массовые убийства, совершались как в Стамбуле, так и в провинциях. Суд пришел к заключению, что депортации были спланированы центральным комитетом КЕП, и в конце мая 1919 года 67 человек из тех, кто находился под стражей, перевезли на остров Мальта, который тогда был британской колонией. Это было сделано по причине опасений, что стамбульскую тюрьму, где их держали, могли взять штурмом и выпустить обвиняемых. В то время был освобожден еще 41 подозреваемый. В начале июля, в ходе заочного судебного разбирательства, Талат, Кемаль и Энвер были признаны виновными и приговорены к смертной казни. Последовало еще несколько судебных процессов по массовым убийствам в конкретных провинциях, таких как Трабзон, Харпут и Мосул. Однако к октябрю 1919 года активность военно-полевых судов пошла на убыль, а через год судебные разбирательства были полностью прекращены.
Постоянное присутствие союзных войск в Стамбуле и в непосредственной близости от него объяснялось как временная мера, введенная только на тот период, пока в Париже идет согласование условий мирного договора. Но судя по всему, уже тогда шел дележ того, что еще осталось от империи, и большинство турецкого населения могло лишиться тех территорий, которые им принадлежали. К маю 1919 года французы оккупировали провинцию Адана, британцы заняли провинции Килис, Урфа, Мараш и Газиантеп (все они в конце 1919 года перешли от британцев к французам), а итальянцы оккупировали Анталью. 15 мая войска находившиеся в материковой Греции высадились в Измире, главном городе Эгейской Анатолии, значительную часть населения которой составляли греки. Это было сделано при попустительстве британцев, целью которых было предотвратить дальнейшее продвижение итальянцев. Высадка греков лишила турок всякой надежды, так как помимо заверений в том, что никакой военной оккупации Стамбула не будет, адмирал Калторп сообщил османским переговорщикам в Мудросе, что их просьба не допускать высадки греческих войск в Стамбуле и Измире уже передана в Лондон. Высадка греческих войск встревожила всех участников споров о дальнейшей судьбе Айя Софии, поскольку она вызвала опасения, что подразделения турецкой армии, занимавшие этот храм-мечеть, скорее уничтожат его, чем отдадут грекам, если те войдут в Стамбул. Это поставило крест на предложении снова сделать эту мечеть церковью.
Поскольку в условиях послевоенного кризиса османское правительство проявляло полную бездеятельность, а союзники оккупировали значительную часть Анатолии, родственник Вахдеддин а, великий визирь Дамад Ферит, поставил себе целью восстановить хотя бы порядок. В ноябре 1918 года офицер старшего командного состава и герой войны Мустафа Кемаль безуспешно пытался оказать влияние на политический процесс и воспрепятствовать оккупации. Действуя из-за кулис, он использовал свои связи в парламенте. Хотя в течение длительного времени Кемаль являлся членом КЕП, он не был причастен к неприглядной деятельности лидеров комитета во время войны и не имел никаких связей с его нелегальными организациями. Напротив, было известно, что он является противником Энвер-паши. Вместе со своими ближайшими союзниками, среди которых были Али Фуат, Рефет (Беле), Рауф (Орбей) и герой восточного фронта Казим Карабекир (все они, как и он, не были согласны с политикой правительства или чувствовали отсутствие таковой), он вынашивал планы военного выхода из кризисной ситуации.
Как и на побережье Эгейского моря, в восточной части черноморского побережья Анатолии проживало значительное количество греков, а после большевистской революции 1917 года сюда прибыли тысячи греков, бежавших из России, что сделало еще более напряженными отношения греческой общины с местным мусульманским населением. В марте 1919 года для восстановления порядка, туда прибыли британские войска, но их было слишком мало, к тому же им явно не хватало желания этим заниматься. Когда министр внутренних дел предложил направить туда Мустафу Кемаля и поручить ему провести расследование, кабинет министров согласился, и Кемаля назначили инспектором Девятой армии (штаб которой находился в Эрзуруме), в сущности, сделав его уполномоченным представителем правительства на всей территории Анатолии к востоку от Анкары. Шестнадцатого мая 1919 года Мустафа Кемаль сел на пароход в Стамбуле и через три дня прибыл в Самсун, расположенный на анатолийском побережье Черного моря.
На протяжении всей войны Анатолия вооружалась под руководством «Специальной организации», а после ноября 1918 года эту задачу взяла на себя ее преемница, такая же тайная организации «Караколь» («Сторожевой пост»), лидерами которой были видные члены КЕП. Помимо выполнения миссии по успокоению волнений на восточном побережье Черного моря, Мустафе Кемалю было поручено разоружить население региона, который находился под его покровительством, а также осуществлять надзор за разоружением войск Девятой армии, что было одним из условий перемирия, заключенного в Мудросе. Однако, как только Мустафа Кемаль отбыл в Самсун, британцы стали подозревать, что в его миссию входит не только выполнение официально поставленных задач, и по их настоянию османский кабинет министров принял решение его отозвать. В течение тех же самых недель греческие войска при попустительстве союзников продолжали свое наступление из мест высадки в Измире и на побережье Эгейского моря с целью захватить территории, которые, как они считали, по праву им принадлежат. Несмотря на все лишения, которые мусульманское население западной Малой Азии перенесло во время недавней войны, оно снова взяло в руки оружие, твердо решив не уступать ни дюйма своей земли.
Мустафа Кемаль не подчинился распоряжению кабинета. Его ближайшие единомышленники, Казим Карабекир и Рефет (Беле), которых передали ему в подчинение для выполнения задачи по разоружению, раньше его самого отправились на восток и остановились в Эрзуруме и Сивасе соответственно. Теперь все трое выбрали путь, который вел к окончательному разрыву между теми, кто был против оккупации, и центральным правительством. Важным элементом такого разрыва стало создание независимого движения сопротивления. С этой целью, Мустафа Кемаль и его единомышленники широко использовали телеграф, с помощью которого они поддерживали связь с офицерами, находившимися в различных частях Анатолии и Фракии, а те распространяли их послания. На их призывы откликнулись представители всех слоев населения, и в различных местах Анатолии были проведены съезды «националистов», как они сами себя называли. Наиболее важными оказались съезды, проведенные в Эрзуруме и Сивасе летом 1919 года. Были согласованы принципы, внесенные в программу будущих действий, в которой утверждалось то, что османские земли должны сохранить свою независимость и целостность в пределах границ, установленных перемирием; что не должно быть никаких привилегий для меньшинства и что следует противостоять территориальным притязаниям греков и армян; а также то, что иностранная помощь допустима, но только если она предоставляется безвозмездно. Планировалось, что народ будет по-прежнему хранить верность султану-халифу, но воля народа станет выше воли султана.
