Новый правитель Густав IV Адольф, достигнув в 1796 г. совершеннолетия, сосредоточил в своих руках все оставленные ему отцом полномочия. Казна была в хорошем состоянии, а внутренняя политика отличалась стабильностью, но в Европе все сильнее разгорался пожар социальных потрясений, имевших решающие последствия для политического развития Северной Европы. Альянс Швеции с Францией, насчитывавший почти два столетия, был в 1789 г. резко прерван событиями Французской революции. Густав Адольф успел заключить новый союз со становившимся все более могущественным Наполеоном Бонапартом, но вскоре антифранцузская коалиция выступила единым фронтом, и в 1805 г. Швеция, переметнувшись на другую сторону, присоединилась к альянсу, состоявшему из враждебных Наполеону России, Великобритании и Австрии.
Когда наполеоновские войска нанесли поражение русской армии в решающем сражении под Фрисландом летом 1807 г., карты держав большой политики вновь были перетасованы. В июле состоялась встреча Наполеона с Александром I в Тильзите. Результатом стал альянс Франции и России с Пруссией против Великобритании. По этому соглашению Россия обязывалась, в случае отказа англичан от приемлемого для Франции мира, вынудить Данию и Швецию присоединиться к торговой блокаде Британских островов. Датчане присоединились к блокаде добровольно, после того как англичане неожиданно подвергли бомбардировке Копенгаген. В отличие от датчан шведский король ни на йоту не отступал от своих позиций. Причиной была не только его сильная антипатия к Наполеону, из-за которой он отвергал все французские и российские предложения, убежденный в том, что «маленький корсиканец» не кто иной, как пресловутый зверь из Книги Откровений Иоанна Богослова. Дело в том, что англичане выплачивали Швеции крупные субсидии за неприсоединение к блокаде. Таким образом, Швеция оставалась страной транзита для британского экспорта в Европу.
Российскому императору претила мысль о нападении на своего бывшего союзника. Наконец, исчерпав все прочие средства воздействия, в феврале 1808 г. Александр начал медленное наступление на реке Кюммене в Юго-Восточной Финляндии. Численно превосходящие русские войска заставили шведов отступить на север, что сопровождалось непродолжительными локальными стычками. Пока шведы ждали подкрепления с запада, обширные области Южной Финляндии уже через месяц были захвачены русскими. Исключение составляли морские крепости Свартхольм и Свеаборг. Их задачей было удерживать позиции вплоть до наступления ледохода и прибытия своего флота на выручку. Эта стратегия основывалась на предположении, что угроза шведскому королевству исходит, прежде всего, от Германии и Дании, а также на уверенности в том, что Свеаборг выдержит любую осаду. Однако отступление основных финских сил на север настолько ослабило боевой дух солдат, что командование крепости, не веря в успех обороны, после непродолжительных колебаний капитулировало.
Одна лишь утрата Свеаборга не решила исхода войны, но сильно осложнила контрнаступление, начатое шведской армией летом 1808 г. при поддержке народного ополчения. Шведским и английским линейным кораблям удалось запереть российский военный флот в эстонской гавани Балтийский Порт (ныне Палдиски), в то время как шведский шхерный флот укрепился в шхерах города Або. Но на суше русские удерживали свои позиции без труда, тем самым вынудив шведские войска в конце осени 1808 г. отступить вновь — теперь уже окончательно — на другую сторону Ботнического залива. Когда же Густав IV Адольф отказался признать поражение, попытавшись организовать еще одно контрнаступление, тлеющее недовольство внутри страны переросло в государственный переворот (март 1809 г.). Королю пришлось отречься от престола в пользу своего дяди Карла XIII, которого вскоре сменил один из ближайших сподвижников Наполеона, маршал Жан Батист Бернадот, по восшествии на шведский престол принявший имя Карла XIV Юхана.
Бернадота избрали королем в надежде на поддержку Франции в предполагаемом отвоевании Финляндии. Этим ожиданиям было суждено мало-помалу развеяться. Предприняв летом 1809 г. последнюю отчаянную попытку потеснить русские войска, продвинувшиеся уже до области Норланд, Швеция поспешила 17 сентября 1809 г. заключить во Фридрихсгаме с Россией мир. Летом 1808 г. российский император Александр I объявил об окончательном завоевании Финляндии. По условиям мирного договора новая граница Швеции с Россией прошла от реки Торнио на севере до Аландского моря на юге. Швеция вынуждена была отдать России шесть финских ленов, Аландские острова, а также часть лена Вестерботтен. Это были перемены огромного масштаба: шведское королевство лишилось трети своей территории и четверти населения.
Для России завоевание финских провинций не имело столь большого значения, хотя после установления постоянного контроля над Финляндией и крепостью Свеаборг безопасность Санкт-Петербурга укрепилась. Решение оставить Финляндию в своем составе созрело в России лишь в первые месяцы Финской войны, когда успехи Наполеона в Испании, а также поражения, которые России наносили турки, увеличили ее потребность в территориальном расширении на северо-западе. Однако ей было важнее всего заставить Швецию присоединиться к торговой блокаде Великобритании. В конце концов, это удалось — и стало отправной точкой для последующих альянсных отношений между Россией и Швецией.
Конкретным проявлением стремления русских завоевателей сохранить за собой Финляндию стал их отказ от систематического террора и бесчинств против гражданского населения. Во время Финской войны погибло свыше 20 тыс. шведских и финских солдат, но, как и в случае предыдущих войн, большинство из них умерло от болезней и плохих условий при расквартировании. Отношение финского населения к оккупации теперь определялось его растущим разочарованием в способности шведов защитить Финляндию. Правда, во многих частях страны крестьяне продолжали партизанскую войну — из-за своей верности королю, а также из страха стать крепостными. Среди представителей сословий пророссийские настроения распространялись значительно быстрее, особенно после обнародования подписанного императором в июне 1808 г. манифеста, в котором он обещал населению не только сохранить унаследованные от шведов законы, включая представительство сословий, но также оказать стране экономическую поддержку.
В конце осени 1808 г. к императору в Санкт-Петербург отправилась финская депутация. Депутаты просили созвать в стране сейм, в ходе работы которого сословия объявили бы императора новым правителем Финляндии, а он, в свою очередь, заверил бы их в своих добрых намерениях. Это предложение вполне сочеталось с планами Александра завершить Финскую войну, чтобы обеспечить интересы России в стратегической игре великих держав с Наполеоном. Александр приказал созвать сейм, одновременно назначив бывшего шведского офицера, а впоследствии российского генерала Г. М. Спренгтпортена первым генерал-губернатором Финляндии. Изменив политические убеждения еще в 80-х годах XVIII в., Спренгтпортен активно проповедовал присоединение Финляндии к России в качестве автономного великого княжества, по образцам североамериканских и голландских федераций. Сказано — сделано. Двадцать девятого марта 1809 г. император открыл Боргоский сейм и дал в своей речи определение Финляндии, вошедшее в историю как момент рождения новой нации.
Переход от шведской власти к российской, безусловно, сопровождался массой коренных изменений в стране. Важнейшими из них стали новое положение Финляндии как российского военного форпоста на Северо-Западе и создание в стране собственного центрального управления, которое было перенесено в новую столицу — Гельсингфорс. Однако все это следует рассматривать в контексте продолжавшихся Наполеоновских войн, вызывавших смену режимов и политические реформы повсеместно в Европе и даже в Южной Америке. В этом смысле новые порядки в Финляндии отражали общую тенденцию. Скандинавия играла второстепенную роль в политике великих держав, изменилась и политическая география всего региона. Швеция окончательно потеряла Финляндию, однако взамен смогла, после ряда дипломатических трюков и небольших военных стычек, заключить в 1814 г. унию с Норвегией.
В Финляндии преобразования на местах шли значительно медленнее. Общественные реформы и национальное движение во многом основывались на культурных традициях, сложившихся в эпоху шведского владычества. Тем временем российская администрация зорко следила за общественностью Финляндии, немедленно вмешиваясь, если проявление национальных чувств принимало политическую окраску. Основанием считалось подозрение, что эти чувства коренились в сепаратизме и в ностальгическом стремлении вновь присоединиться к Швеции. По этим причинам после Боргоского сейма 1809 г. финляндский сословный сейм был вновь созван лишь в 1863 г.