Н. В. Склифосовского часто перебрасывали на те участки военных действий, где особенно важна была хорошая организация дела. Он работал на перевязочных пунктах в Зимнице при взятии Систова, в Трун-Магурели при взятии Никополя, в Гривице при втором штурме Плевны и других. После третьего плевненского боя был направлен в Габрово. Эта поездка едва не стоила ему жизни, так как пришлось ехать верхом под сильным обстрелом турок.
Н. В. Склифосовский пробыл на войне с первых до ее последних дней. Через его руки прошло более 10 000 раненых. Наибольшее число операций, как свидетельствует главный хирург Дунайской армии Н. М. Кадацкий, произведено лично им.
Строгий гигиенический режим, заведенный в клинике в Петербурге, Н. В. Склифосовский старался перенести в организацию госпитального дела на войне и предъявлял подчас невыполнимые требования. Правда, такая повышенная требовательность давала хорошие результаты: рожа, дизентерия, тиф и другие инфекции в его отделениях встречались в единичных случаях, в то время как в других этих заболеваний было много. Не удавалось избежать лишь гнойных осложнений ран. Тут не могли помочь ни строгий санитарный режим, ни новый антисептический метод. Причины нагноения зависели от характера огнестрельной травмы и от консервативного лечения ран. Активная хирургическая обработка ран вошла в практику сравнительно недавно. Основные положения ее наиболее полно разработаны только в период Великой Отечественной войны.
В отчете о деятельности военных госпиталей в 1877— 1878 годах Н. И. Пирогов писал: «Медицинский персонал, по предложению проф. Склифосовского, разделялся на три группы: а) сортировочную, б) операционную, в) гипсовую… Госпиталь довольно хорошо справлялся со своей медицинской работой, рассортировав в несколько дней до 9000 раненых. Главный врач его, Аменитский, с консультантом проф. Склифосовским, со всеми врачами… с примерной энергией и с необыкновенным напряжением сил несли тяжелые обязанности, заслуживают общей признательности… всех друзей человечества».
Анализируя отчет Н. В. Склифосовского о хирургической работе трех госпиталей при скоплении в них большого числа раненых, Н. И. Пирогов указывал на неблагоприятные условия для оказания хирургической помощи, что не могло не отразиться на результатах лечения. Отмечая общий высокий процент смертности после боя, он подчеркивал значительное снижение ее у Склифосовского: «Так, мы находим в следующем отчете, сообщенном одним из самых искусных наших хирургов — проф. Склифосовским, действовавшим в 3 госпиталях в первые дни после больших битв под Плевной и на Шипке, процент смертности от ампутаций и резекций, который нельзя не назвать невысоким».
После окончания русско–турецкой войны Н. В. Склифосовский выступил в печати — «Медицинском вестнике» и в «Военно–медицинском журнале» — с рядом интересных работ, освещающих организационную и хирургическую деятельность в это время. Наиболее ценные из них: «В госпиталях и на перевязочных пунктах во время Турецкой войны», «Наше госпитальное дело на войне», «Перевозка раненых и больных по железным дорогам», «Тарантасный станок в вагоне для перевозки раненых».
Н. В. Склифосовский вскрывал недостатки в организации медицинской службы и указывал пути их устранения, резко осуждал порядок, при котором главный врач госпиталя не имел, по существу, никаких прав: «Главный врач распоряжается нерешительно или совсем не распоряжается, опасаясь ответственности перед непосредственными своими начальниками». Лица, командовавшие госпиталями, подбирались случайно и были совершенно не подготовленными для выполнения такого рода деятельности. Особенно большие трудности возникали при неудачной дислокации госпиталя, а также при размещении его в неприспособленных помещениях. Например, в Галаце, по распоряжению инспектора особых поручений, госпиталь был развернут в старой, полуразрушенной казарме. В тяжелом положении оказался и госпиталь в Яссах, развернутый на пути эвакуации раненых.
Неблагоприятная санитарно–гигиеническая обстановка создавала угрозу для жизни раненых и требовала принятия решительных мер. И Склифосовский принял их. По его настойчивому требованию с интендантского склада были получены 50 госпитальных палаток, но использовать их оказалось не так просто. Главный врач не имел на это права. Кроме того, по его словам, «половина присланных палаток оказалась негодною: парусина и сукно и деревянные части были гнилые». Подобные факты были далеко не единичными. Воровство в армии принимало подчас угрожающие размеры. Высшее начальство и само нередко участвовало в различных сделках и махинациях.
Н. В. Склифосовский постоянно огорчался, что администрация отдавала предпочтение не палаткам, а старым неприспособленным зданиям. «Наши госпитальные палатки, — писал он, — нашли самое широкое применение в последние войны на западе Европы, их восхваляют, совершенствуют, а мы, забыв свое собственное изобретение, размещаем своих больных и раненых в старых больницах и зараженных казармах, в которых быстро развивается тиф».
Еще Н. И. Пирогов настойчиво рекомендовал применять на войне палатки для размещения раненых и больных. Об этом он неоднократно говорил в «Началах общей военно–полевой хирургии»: «Нам следовало бы их иметь в огромном запасе и заменить ими исключительно все прочие роды помещения больных в военное время… В гигиеническом отношении я отдаю преимущество в военное время госпитальным нашим палаткам не только перед большими зданиями (госпиталями, батареями, дворцами), но и перед частными домами и бараками… мы в этом отношении опередили Западную Европу».
Несмотря на большой опыт использования госпитальных палаток на войне и указания Н. И. Пирогова, они были заготовлены в ограниченном количестве и отличались низким качеством. Применялись редко и то по настойчивому требованию врачей.
Консерватизм, равнодушие, бездеятельность администрации приводили к тому, что одни госпитали переполнялись ранеными, другие так и оставались неразвернутыми. «Очевидно, что явление это стоит в прямой зависимости от несостоятельности администрации», — говорил Н. В. Склифосовский.
Существовавший параллелизм в руководстве госпиталями усложнял и без того тяжелое положение медицинской службы: рядом с госпиталями военного ведомства имелись лазареты Общества Красного Креста и организаций частной благотворительности. Уполномоченные Красного Креста, по своему усмотрению, перебрасывали госпитали и отряды медицинских работников, вели прием и эвакуацию раненых, организовывали питательные пункты.
Особенно странно было видеть, как при недостатке врачей и сестер в военных госпиталях медицинский персонал учреждений Красного Креста сидел без работы в ожидании раненых. «Не численный недостаток врачей, — подчеркивал Н. В. Склифосовский, —а нецелесообразное распределение их было причиной прискорбного явления, ради которого терпели раненые, не получая подчас своевременного пособия». Кроме того, Общество Красного Креста, располагая большими средствами, расходовало их нерационально (на приобретение предметов роскоши, изысканные блюда), стремясь к показному блеску, в то время как в ведомственных госпиталях раненые часто испытывали нужду.
Н. В. Склифосовский не мог примириться с такой порочной системой медицинской помощи. Он решительно возражал против нездоровой конкуренции и считал необходимым подчинить благотворительные общества и Красный Крест военному ведомству, направив всю их деятельность и средства исключительно на помощь военным госпиталям. «Если бы огромные средства Красного Креста, — отмечал он, — были переданы Военно–медицинскому управлению, они принесли бы гораздо большую помощь».
В то же время он рекомендовал предоставить Красному Кресту и другим обществам большую самостоятельность в тылу действующей армии, внутри страны. Здесь Красный Крест должен взять на себя организацию госпиталей и содержание их. Этим он снимет с военного ведомства часть забот по устройству госпиталей в тылу. Осуществить подобную реорганизацию в то время не удалось.
Н. В. Склифосовский высказал интересную мысль о создании подвижных санитарных команд, которые могли бы появляться там, где они необходимы. Подготовленные и обученные заранее, они должны были входить в состав санитарного персонала военно–временных госпитальных учреждений. Эта идея так называемых летучих отрядов для помощи раненым в местах наибольшего их скопления тоже не была реализована. Она получила развитие только в годы Советской власти, когда в армии были созданы отдельные роты медицинского усиления (ОРМУ) фронтового и армейского подчинения, направлявшиеся в период боевых операций в госпитали и медсанбаты для хирургической и специализированной помощи.