преподобный собственноручно построил несколько келий. В 1354 году он был посвящен в иеромонаха и назначен игуменом созданной им обители. Слава преподобного Сергия росла день ото дня, среди его почитателей были князья, бояре, епископы и священники. Преподобный удостоился дара прозорливости и чудотворений, а также многочисленных видений.
Жизнь благоверного князя Димитрия Ивановича, святителя Алексия и преподобного Сергия протекала в разных условиях: один управлял государством, другой управлял Церковью, третий подвижничал в подмосковных лесах. Но когда наступил критический для Руси момент нашествия монгольского хана Мамая, государство и Церковь объединило сознание необходимости противостояния врагу. И князь Димитрий перед решающей битвой, собрав войско, пришел к преподобному Сергию за советом и благословением. Преподобный благословил князя, предсказал ему победу и дал в помощь двух иноков своей обители — схимонахов Андрея Ослябю и Александра Пересвета. Оба монаха вместе с великим князем и его войском героически сражались против войск Мамая, и 8 сентября 1380 года русское войско одержало победу в битве на Куликовом поле. Эта историческая битва положила начало освобождению Руси от татаро-монгольского ига.
Почитание преподобного Сергия началось еще при его жизни и продолжилось после его кончины. Его стали называть «игуменом земли Русской». Основанная им обитель быстро разрослась и превратилась в крупнейший духовный центр, имевший для Московской Руси такое же значение, как лавра преподобных Антония и Феодосия для Киевской Руси. До сего дня Троице-Сергиева лавра остается первым по значению монастырем Русской Церкви, куда в дни памяти преподобного (18 июля и 8 октября по новому стилю) съезжаются десятки архиереев, сотни клириков и тысячи мирян.
В эпоху преподобного Сергия Русская Церковь по-прежнему находилась в зависимости от Константинополя. В 1371 году патриарх Филофей по требованию польского короля Казимира III создал отдельную Галицкую митрополию, назначив на нее своего келейника болгарина Киприана. В 1375 году, теперь уже под давлением литовского князя Ольгерда, патриарх Филофей назначил Киприана митрополитом Киевским, Русским и Литовским, распространив его юрисдикцию на те территории, которые входили в Великое Княжество Литовское. При этом было подчеркнуто, что после смерти святителя Алексия Киприан должен стать его преемником и Русская митрополия должна быть вновь воссоединена. Однако великий князь Димитрий Донской, считая Киприана ставленником Литвы, начал готовить на митрополию своего кандидата — коломенского священника Митяя, постриженного в монахи с именем Михаил. Когда после кончины святителя Алексия в Москву прибыл Киприан, он был изгнан князем, а Михаил Митяй отправился в Константинополь для рукоположения. По дороге он умер. Вся эта история была впоследствии описана в красочном литературном произведении под названием «Повесть о Митяе», где претендент на митрополичью кафедру был изображен в сатирическом свете. Смута в Русской Церкви, вызванная нежеланием Димитрия Донского принимать в Москве Киприана, продолжалась десять лет и закончилась со смертью князя. В начале 1390 года святитель Киприан был принят в Москве великим князем Василием I Дмитриевичем и управлял Церковью до своей кончины, когда ему наследовал присланный из Константинополя грек, митрополит Фотий.
Новый период в жизни Русской Церкви начался при митрополите Ионе. Он был русским по происхождению и после смерти митрополита Фотия был наречен на митрополию. В соответствии со сложившейся канонической практикой Иона намеревался ехать за утверждением в Константинополь, однако этому препятствовали политические обстоятельства, и он несколько лет управлял Церковью в качестве нареченного митрополита. К осени 1435 года, когда у Ионы появилась возможность ехать в Константинополь, там уже был поставлен на русскую митрополию грек Исидор. Пробыв в Москве пять месяцев, Исидор в сентябре 1437 года отправился на Собор во Флоренцию, а по возвращении с Собора, как мы помним, был заточен и затем бежал в Рим.
В условиях, когда назначенный Константинополем митрополит всея Руси стал римским кардиналом, а патриарший престол в Константинополе занимал униат Григорий III Мамма, великий князь Василий II (1415–1462) решился на созыв Собора для поставления митрополита всея Руси без согласия Константинополя. Московский Собор 1448 года поставил Иону митрополитом, а Собор 1459 года узаконил поставление митрополита «по избранию Святаго Духа, и по святым правилом святых апостол и святых отец, и по повелению господина нашего великаго князя (имярек), русскаго самодержца». Решения этих Соборов знаменовали собой фактическое начало автокефалии Русской Церкви. Последующие русские митрополиты поставлялись уже без согласия Константинополя.
Потеряв власть над Москвой, Константинополь решил укрепить свои позиции в Киеве, для чего в 1458 году патриархом Григорием Маммой был поставлен отдельный митрополит для Киева — Григорий Болгарин. В 1467 году патриарх Дионисий I предпринял попытку сделать Григория также митрополитом Московским, однако в Москве посягательства Константинополя были отвергнуты. Фактически с середины XV века общерусская митрополия была разделена на две — Московскую и Киевскую. Разделение сохранялось вплоть до 1685 года, когда Киевская митрополия вошла в состав Московского Патриархата.
Период между серединой XV и концом XVI века был временем укрепления политического могущества Руси и ее сплочения вокруг Москвы. Одно за другим присоединяются к Москве древние княжества — Ярославское (1463), Ростовское (1474), Новгородское (1478), Тверское (1485), Псковское (1510), Рязанское (1521). В 1480 году в результате бескровной победы русских войск над войсками хана Ахмата было окончательно свергнуто татаро-монгольское иго.
Параллельно с собиранием исконно русских земель вокруг Москвы к Русскому государству присоединяются новые земли. В 1472 году великий князь Иван III Васильевич (1440–1505) вступает в брак с греческой царевной Софией Палеолог, что в глазах русских людей придает ему дополнительную легитимность в качестве православного самодержца, наследника византийских императоров. В начале XVI века разрабатывается теория Москвы — «третьего Рима», сформулированная, в частности, старцем псковского Спасо-Елеазарова монастыря иноком Филофеем: «Первый Рим пал от нечестия, второй (Константинополь) от засилия агарянского, третий Рим — Москва, а четвертому не бывать». Параллельно с укреплением власти великого князя Московского возрастает и значение Московского митрополита.
Начало XVI века ознаменовано спорами между «стяжателями» и «нестяжателями» — сторонниками и противниками монастырского землевладения. К этому времени на Руси существовало множество монастырей, которые подразделялись на общежительные и особножительные. В общежительных монастырях акцент делался на послушание, телесный подвиг, соборную молитву, благотворительность; в особножительных — на «умное делание» и удаление от мира. Уставы тех и других монастырей предписывали нестяжание, однако и общежительные, и особножительные монастыри могли иметь во владении земли, села, крестьян и получать доходы, которые распределялись между братией. Собственниками земли были также епархии и приходы. Монастырское и церковное землевладение нередко вызывало недовольство государственной власти, в результате чего периодически имели место попытки конфискации церковных земель. Одна такая попытка произошла при великом князе Иване III, который выступил с инициативой отторжения земель у митрополита, епископов и монастырей с одновременным переводом епископата и монастырей