Следующая версия плана готовилась в значительно изменившейся ситуации летом 1940 года, при Тимошенко, который сменил Ворошилова на посту наркома обороны. План состоял из 1938 документов и был в чём-то подобен предыдущему. Однако версия 1940 года предсказывала нападение немцев на севере из Восточной Пруссии (после захвата Польши непосредственно соединившейся с основной Германией) на Литву, Латвию и западную Белоруссию (новую часть Советского Союза). Поэтому основная масса сил советской армии должна была сосредоточиться на севере, гласил план, для того, чтобы остановить и уничтожить главные силы врага.
Эта очередная версия военного плана была также разработана штабными офицерами Шапошникова. Однако, летом 1940 года начальник Генерального штаба заболел. Его сменил генерал Мерецков. Была проведена дополнительная работа над планом. Новый вариант подготовили к 18 сентября. Сентябрьский план повторял идею о немецкой атаке на севере, но не исключал возможности концентрации их главных сил на юге, что привело к необходимости иметь два варианта плана советского стратегического ответа. Если немцы концентрируются на юге, Красная Армия также будет сконцентрирована там, и контратака будет направлена на Люблин, и Краков в оккупированной немцами Польше, и затем на Бреслау в южной Германии, с целью отрезать Гитлера от балканских союзников, и от критически важных экономических ресурсов этого региона. Если немцы направят своё движение на север, Красная Армия будет вторгаться в Восточную Пруссию. Снова основной целью является обнаружение и уничтожение главных немецких сил.
Сентябрьский план был представлен Сталину и Совету вождей для обсуждения. Эти консультации закончились в конце октября с критическими замечаниями: главные ударные силы Красной Армии должны концентрироваться на юге, с задачей продвигаться на Люблин, Краков и Бреслау. Основные причины этого изменения не уточняются в меморандуме, который Тимошенко и Мерецков представили Сталину. Наиболее достоверное объяснение — расчёт был на то, что главная концентрация немецких сил будет на юге. Несомненно, в следующей версии военного плана, подготовленного в мае 1941 года, юг был обозначен, как наиболее подходящее место для сосредоточения немецких сил, хотя концентрация на севере и нападение из Восточной Пруссии не отбрасывались. С весны 1941 года доклады советской разведки подчёркивали, что Германия атакует главным образом на юге. Эта вводящая в заблуждение оценка отражает эффективность немецкой дезинформационной кампании, целью которой было прикрытие их реальных намерений: сконцентрировать своё вторжение на севере, на направлении Минск — Смоленск — Москва.
Решение сконцентрировать Красную Армию было смертельно опасным — это Жуков и другие «проницательные» объяснили в своих мемуарах. По их версии решение было принято Сталиным, который считал, что Гитлер стремится овладеть экономическими и природными ресурсами Украины, и юга России, включая нефть Кавказа. Действительно, борьба за сырьевые ресурсы должна была стать решающей в наступающей войне, да и «последнее слово» всегда оставалось за Сталиным. Габриэль Городецкий привёл другое объяснение: когда составлялся военный план 1940 года, советский вождь был одержим Балканами и сфокусировался на изоляции Гитлера от балканских союзников. Из этого следует, что решение о концентрации на юге могло быть принято скорее по политическим, чем по военным соображениям. Этот совет мог быть также подан маршалом Матвеем Захаровым, работавшим в то время в совете генерального штаба: то есть в принятии решения возможно сыграли решающую роль персональное влияние и бюрократические факторы. Основные ресурсы были направлены в Киевский военный округ. Мерецков и Тимошенко, в своё время, оба были командующими в Киевском военном округе, и Жуков занимал этот пост перед назначением начальником Генерального штаба в январе 1941 года. Часть офицеров Генерального штаба, привлечённых к составлению военного плана, также служили затем на Юго-Западном фронте. Несомненно Киевский военный округ стал очень активным поборником идеи о том, что немцы сосредоточатся для удара на юго-востоке, и активно проталкивал мысль об увеличении сил, которые необходимо противопоставить этому сосредоточению. Существует ещё последний вариант, наиболее радикальный и спорный, что Сталин, и его генералы выбрали концентрацию сил на юге потому, что Красная Армия якобы планировала предупредительный удар против Германии, и намечаемое в южной Польше наступление было провести легче, чем вторжение по маршруту, проходящему через реки, озёра, болота и леса Восточной Пруссии.
Ключевым доказательством поборников гипотезы упреждающего удара является новая версия военного плана, подготовленная в середине мая 1941 года. Статус этого особого документа, который был объектом обширной контрверсии в России — неясен. Это был рукописный документ, подготовленный генералом Василевским, на тот момент заместителем начальника Ген. штаба по оперативным вопросам. Возле фамилий Жукова и Тимошенко подписей нет. Это не значит, что Сталин видел этот документ, или слышал о нём.
В мае 1941 документ был слабо проработанной версией раннего военного плана. Как посоветовала считать Синтия А. Робертс (Cynthia A. Roberts) — «слабый план, скорее рабочий документ для него». Согласно этому документу, Германия и её союзники (Финляндия, Венгрия и Румыния) могут развернуть 240 дивизий против СССР. Главные немецкие силы, около 100 дивизий, будут вероятно развёрнуты на юге для атаки в направлении на Ковель, Ровно и Киев. Документ вдобавок отмечает, что немецкие армии находятся в стадии мобилизации, и что «возможен предупредительный удар при развёртывании и, тем самым, избавление от внезапного удара».
212 Документ продолжается:
«В порядке предотвращения этого (и разгрома немецкой армии), я считаю нет необходимости отдавать инициативу немецкому командованию в этих обстоятельствах, предупредить противника в развёртывании и атаковать немецкую армию в этот момент, когда она находится в стадии развёртывания и не сможет организовать фронт, или скоординироваться с остальными частями армии. Предварительной стратегической целью Красной Армии будет разгром главных сил германской армии, расположенных к югу от Демблина… Главный удар сил Юго-Западного фронта должен быть направлен на Краков и Катовице, отрезая немцев от их южных союзников. Поддержать удар должен левый фланг Западного фронта в направлении на Седлец и Демблин, с целью сдерживания варшавских формирований и помощи Юго-Западному фронту разгромить люблинские формирования противника. Активные действия вести против Финляндии, Восточной Пруссии, Венгрии и Румынии, и произвести подготовку для освободительного удара против Румынии при благоприятных условиях».
Документ включает несколько просьб к Сталину дать разрешение для действий, включая одобрение предлагаемого плана развёртывания в случае войны с Германией и, наконец, секретной мобилизации всех резервов Верховного командования.
Если проанализировать по порядку все военные планы, то в майском документе не будет ничего удивительного. Это простое логическое развитие идеи: на начальном этапе войны атаковать основные силы немецкой армии во время её развёртывания, в южном секторе. Предложения из документа — упредить противника на финальной стадии мобилизации и развёртывания, отражают без сомнения беспокойство, спровоцированное потоком донесений о массовой концентрации вермахта вдоль советской границы весной 1941 года, и осознанием того, что война начнётся скорее раньше, чем позже. Предлагался упреждающий удар в форме вторжения в южную Польшу и то же, что и в предыдущих документах: секретное перемещение резервных армий, и текущие мероприятия скрытой мобилизации.
Проблема с документами двойная. Первое, глубокая двусмысленность в выборе времени советского упреждающего удара. Если цель — уничтожение немецких армий, то лучший момент сделать это будет тогда, когда они не отмобилизованны совершенно, не развёрнуты, не сконцентрированны и не скоординированны. Но кто может судить уверенно, когда это будет? Второе, невозможно, чтобы Сталин принял новый план в то время, как он полагал, что есть шанс на сохранение мира, пока он был не убеждён, что советская оборона рухнет, если немцы нанесут удар первыми — и было вовсе не очевидно, что такое может произойти и с советской военной машиной. Только после происшедшего, после катастрофы 22 июня 1941 года, после войны и после сталинской смерти, главные советские военачальники начали говорить, что огромное внимание нужно было уделить обороне и отражению потенциального уничтожающего внезапного немецкого удара.
Говорили, что появление майского плана было связано со сталинской речью перед 2000 выпускников академий Красной Армии 5 мая 1941 года. Но в это время было принято все публичные и полупубличные высказывания Сталина широко распространять в Советском Союзе. В этом случае, однако, текст не был опубликован, только короткое сообщение в «Правде» на следующий день под заголовком «Мы готовы к любым неожиданностям»:
