Мирные отношения с Казанью вполне устраивали Ивана III, но, когда в 1485 г. недовольные Али-ханом казанцы выступили против него, великий князь поспешил использовать эту ситуацию и добиться провозглашения новым «царем» своего ставленника Мухаммед-Эмина. К Казани было отправлено русское войско под командованием князя Василия Ивановича Шихи Оболенского и Юрия Захарьича Кошкина. Они успешно выполнили свою задачу и казанским «царем» стал 17-летний Мухаммед-Эмин, почти всю свою сознательную жизнь проживший в Москве и вполне готовый признать верховную власть русского государя. Однако его подданные к этому готовы не были. Особое возмущение вызвало у них согласие нового хана выдать врагов Москвы присланным от великого князя воеводам Василию Ивановичу Оболенскому, Василию Семеновичу Тулупу Стародубскому и Тимофею Прозоровскому. Узнав об этом, «князи казанские воле ему не дали, хотели Магмедина самого убити». Зимой 1485/86 г. Мухаммед-Эмину и его младшему брату Абдул-Латифу пришлось бежать к великокняжеским воеводам и под их защитой отступить на русскую территорию.
Иван III радушно принял изгнанников. Мухаммед-Эмину был пожалован городом Каширой, щедрые пожалования получил его брат и другие знатные беглецы.
Воспользовавшись бегством Мухаммед-Эмина, на казанский престол при поддержке ногайцев вернулся Али-хан. Сохранилось интересное сообщение о его намерении расправиться со своими недругами (без сомнения теми знатными князьями и мурзами, которые передали престол Мухаммед-Эмину), но им также удалось уйти в русские пределы.
Весной 1486 г. московские полки сумели вернуть Мухаммед-Эмина на казанский престол, но, после их ухода, сторонники Али-хана вновь взяли верх и вынудили московского ставленника уйти на Русь.
Поддержка, оказанная Иваном III сопернику Али-хана несомненно испортила и без того сложные русско-казанские отношения. Косвенным подтверждением этому является начавшееся тогда возобновление укреплений городов, которые могли подвергнуться татарскому нападению. Новая война была неизбежна, и великий князь, учитывая опыт прошлых неудач, решил добиваться политического подчинения Казанского ханства своей власти. Лишенный престола, но сохранивший титул «царя» Мухаммед-Эмин вынужден был дать Ивану III вассальную присягу и назвать его своим «отцом».
В Москве начинаются масштабные военные приготовления, т. к. реализовать далеко идущие замыслы великого князя о подчинении Казани было невозможно без окончательной победы над Али-ханом и воцарения на казанском престоле Мухаммед-Эмина. 11 апреля 1487 г. в решающий поход на Среднюю Волгу выступило войско, которое вели лучшие московские воеводы князь Даниил Дмитриевич Холмский, князь Иосиф Андреевич Дорогобужский, князь Семен Иванович Хрипун Ряполовский, князь Александр Васильевич Оболенский и князь Семен Романович Ярославский. 24 апреля вслед за ними выехал и «царь» Мухаммед-Эмин.
Татары попробовали остановить продвижение московской рати, но были разбиты в сражении близ устья реки Свияги и отступили к Казани. 18 мая 1487 г. началась осада города. Казань была окружена валом и частоколом (острогом), отряд князя Али-Газы (Алгазы), пытавшийся препятствовать осадным работам русских, был разбит и отогнан за Каму. Осада продолжалась три недели. 9 июля 1487 г. Казань сдалась, и русское войско вступило в город. Али-хан, его жены, мать царица Фатима, братья Мелик-Тагир и Худай-Кул, а также сестра царевна Ковгар-Шад были уведены в плен. Свергнутый хан, вместе с женами, был заточен в Вологде, его близкие — на Белоозере в пригородной слободе Карголом, другие знатные татары — «розсажены по посельским» (по великокняжеским селам). Пленные, согласившиеся дать «роту» (присягу), что «им государю хотеть великому князю добра» были отпущены в Казань, где прочно воцарился Мухаммед-Эмин, а московским наместником при нем стал Дмитрий Васильевич Шеин.
Победа, одержанная Москвой над Казанью, имела огромное значение. Окончательно покорить татарское государство в 1487 г. не удалось, но на долгие годы оно попало в тесную зависимость от русской политики. Впрочем, московское правительство не выдвигало тогда к Казани ни территориальных, ни особенных политических требований, ограничившись полученными от нового казанского «царя» обязательствами не воевать против России, не выбирать нового хана без согласия великого князя, гарантиями обеспечения безопасности русской торговли. Мухаммед-Эмин пользовался полным доверием и поддержкой русского правительства, вплоть до кризиса 1495–1496 гг., когда Казань была захвачена войсками сибирского царевича Мамука. Свергнутый казанский «царь» укрылся в России, а новым ханом, после отступления Мамука в 1496 г. был провозглашен младший брат Мухаммед-Эмина Абдул-Латиф, в отличие от старшего брата воспитанный не при московском дворе, а в Крыму. Укрепившись на престоле, Абдул-Латиф решил разорвать мир с Москвой, но в 1502 г. был выдан русскому послу князю Василию Ивановичу Ноздроватому Звенигородскому, а затем сослан на Бело-озеро. В Казань вернулся «московский татарин» Мухаммед-Эмин, поначалу соблюдавший верность Москве, но затем, под нажимом своих князей и уланов, занявший более независимую позицию и восстановивший полный суверенитет своего государства. Изменение характера русско-татарских отношений произошло накануне смерти Ивана III (27 октября 1505 г.). Воспользовавшись близостью кончины великого князя, Мухаммед-Эмин отказался возобновить договорные отношения, существовавшие между ним и Москвою. Позже, уже после смерти Ивана III, «царь» использовал в качестве объяснения своих враждебных действий «роту», которую он дал свергнутому Дмитрию-внуку, находившемуся в заточении у нового русского государя Василия III. В своем ответе на присланное из Москвы требование о новой присяге казанский хан сообщал: «Яз есми целовал роту за великого князя Дмитрея Ивановича, за внука великого князя, братство и любовь имети до дня живота нашего, и не хочю быти за великим князем Васильем Ивановичем. Великий князь Василей изменил братаничю своему великому князю Дмитрею, поимал его через крестное целованье, а яз, Магмед Аминь казанский царь, не рек ся быти за великим князем Васильем Ивановичем, ни роты есми пил, ни быти с ним не хощу».
Разрыв отношений между Москвой и Казанью был омрачен русским погромом, произошедшим за несколько месяцев до кончины Ивана III. 24 июня 1505 г. были перебиты и пленены находившиеся в Казани московские купцы и их люди (всего, по сообщению Ермолинской летописи, погибло «болши 15 тысящь, из многих городов»), арестованы великокняжеские послы — сокольничий Михаил Степанович Кляпик Еропкин и Иван Брюхо Верещагин. Тогда же был разбит какой-то московский отряд, численностью в 10 тыс. воинов — об этой победе год спустя вспоминал хан Мухаммед-Эмин в направленном в Литву послании. Воодушевленные успехом татарские и союзные им ногайские отряды, общей численностью до 60 тысяч человек, впервые, после многих мирных лет, напали на нижегородские волости. 30 августа 1505 г. вражеские войска перешли пограничную реку Суру, а в сентябре не только осадили Нижний Новгород, но и сожгли его посад[4]. Сам город, в котором почти не было служилых людей, устоял лишь благодаря заслугам выпущенных из тюрем 300 литовских пленников, присланных сюда после Ведрошской победы.
Русское правительство предприняло попытку вернуть Казанское ханство под свою власть и в апреле 1506 г. направило на Волгу большое карательное войско — «воевод множество и воиньство бесчислено». Командовал им младший брат Василия III удельный князь Дмитрий Иванович Углицкий («Жилка»). В походе принимали участие войска и другого удельного князя — Федора Борисовича Волоцкого, а также часть великокняжеской рати под командованием воеводы князя Федора Ивановича Бельского. Большая часть войска шла к Казани на кораблях, по берегу двигался лишь конный полк князя Александра Владимировича Ростовского. Русское командование попыталось также блокировать «перевоз» на Каме, направив туда рать князя Семена Федоровича Курбского. 22 мая 1506 г. судовая рать подошла к татарской столице и вступила в бой с противником, но, атакованная с тыла казанской конницей, потерпела поражение и была разбита у Поганого озера. Потеряв множество воинов убитыми и пленными русские полки отступили к своему укрепленному лагерю и укрылись в нем. В числе пленных был и третий воевода Большого полка Дмитрий Васильевич Шеин, месяц спустя, накануне второго сражения русских и татарских войск, казненный казанцами.
Получив известие о неудачном сражении, Василий III срочно направил из Мурома к Казани, новое войско под командованием князя Василия Даниловича Холмского, приказав брату не начинать активных действий до прибытия этой рати. Тем не менее, 22 июня 1506 г., после прихода конницы кн. А. В. Ростовского русское войско вновь стало готовиться к сражению, которое произошло через три дня. Московское войско было снова разбито и, потеряв все пушки, отступило. Князь Дмитрий Иванович с пехотными полками на кораблях ушел к Нижнему Новгороду. Другая часть разбитой армии под командованием касимовского царевича Джаная и воеводы Федора Михайловича Киселева ушла степью на Муром. В 40 верстах от русской границы отряд Джаная и Ф. М. Киселева был настигнуты татарами, но сумел отбиться, и ушел на свою сторону.
