Ломоносов, которому приписывают особую нелюбовь к немцу Миллеру, полностью поддержал его в конфликте с русским П.Н. Крекшиным, когда тот, получив отрицательный отзыв Миллера на свое сочинение по генеалогии, где выводил Романовых от Рюриковичей, обвинил его в «государственном преступлении». К разрешению этого довольно непростого и связанного с высочайшей фамилией дела были привлечены Штрубе де Пирмонт, Тредиаковский и Ломоносов. И в чью пользу он был решен и прежде всего благодаря кому, видно из жалобы Крекшина в Сенат в декабре 1747 года. По его словам, Миллер, «не знав истины, заблудил и высочайшую фамилию неправо простою дворянскою дерзнул писать, и профессоры Ломоносов, Тредиаковский и Штрубе в неведении же сию лжу за истину признавали», и требовал привлечь их к делу. Ломоносов, решительно встав на защиту правоты немца Миллера и выступив против фальсификации русского Крекшина, проявил при этом, как справедливо заметил СЛ. Пештич, «большое гражданское мужество». По словам А.И. Андреева и В.Р. Свирской, его позиция в данном споре говорит «о защите им исторической правды и принципа научности от чуждых науке влияний», независимо от того, надо подчеркнуть, от кого они исходили - от русского или немца. Хотя для А.Б. Каменского этот случай -лишь пример корпоративной солидарности, вызванной «необходимостью защиты авторитета Академии», довольно странный в свете разглагольствований автора о крайне пристрастном отношении Ломоносова к Миллеру, да к тому же заручавшегося в том поддержкой своих высоких покровителей.
Всю свою жизнь Ломоносов следовал принципу, который он изложил в заметках по физике в начале 40-х гг.: «Я не признаю никакого измышления и никакой гипотезы, какой бы вероятной она ни казалась, без точных доказательств, подчиняясь правилам, руководящим рассуждениями». Имелся еще один принцип, которым он также всегда руководствовался: «За общую пользу, а особливо за утверждение наук в отечестве и против отца своего родного восстать за грех не ставлю... Что ж до меня надлежит, то я к сему себя посвятил, чтобы до гроба моего с неприятелями наук российских бороться, как уже борюсь двадцать лет; стоял за них смолода, на старость не покину». И речь здесь идет не о борьбе с иностранным засильем в науке, а за торжество в ней правды и справедливости, о чем полно говорят случай с Крекшиным или неоднократные столкновения Ломоносова с одним из самых влиятельных лиц в Академии наук Тепловым, в котором он видел гонителя наук российских. Ломоносов, конечно, не был «ксенофобом, жизненная задача которого заключалась в борьбе с иноземцами». Это слова произнес недавно Э.П. Карпеев, правда, все сведя лишь к «идейным позициям» тех, кто стремился использовать его имя в своих целях. Но подобное представление о русском гении создали и культивируют до сих пор именно норманисты.
Отношения между Ломоносовым и Миллером были очень непростыми, и в них много всего было, но на них нельзя смотреть только с позиций последнего, якобы «гонимого и оскорбленного». За себя он всегда умел постоять, отличался, констатирует Шлецер, «необыкновенной вспыльчивостью», по причине чего часто бывал инициатором громких скандалов в Академии. Как вспоминал Ломоносов о событиях 1744 г.: «Какие были тогда распри или лучше позорище между Шумахером, Делилем и Миллером! Целый год почти прошел, что в Конференции кроме шумов ничего не происходило». Весной 1763 г. усугубился давний конфликт между Миллером и его соплеменником, профессором юриспруденции Г.Ф.Федоровичем, и «Миллер не токмо ругал Федоровича бесчестными словами, но и взашей выбил из Конференции. Федорович просил о сатисфакции и оправдан профессорскими свидетельствами». Профессор И.А. Браун, очевидец ссоры, показывал, что ее «зачинщиком» и «обидящим» был Миллер. Свой характер проявил он и при обсуждении диссертации. «Каких же не было шумов, браней и почти драк! — с некоторой долей иронии говорил Ломоносов, — Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался в собрании палкою и бил ею по столу конференцекому. И наконец у президента в доме поступил весьма грубо, а пуще всего асессора Теплова в глаза бесчестил».
Много неприятностей Миллер принес лично Ломоносову, который отмечал, что тот «нигде не пропускает случая, чтобы какое-нибудь зло против меня вселять», «всегда из зависти препятствовать старается», что он «профессорами прозван бичом профессоров; он сущий Маккиавель и возмутитель мира в Академии». Так, в 1761 г. Миллер настраивал Г.Н. Теплова: «Верьте мне, сударь, Ломоносов - это бешеный человек с ножом в руке». Весной 1763 г., когда разнеслась весть об отставке Ломоносова, он тут же поспешил поделиться радостью с одним из своих заграничных корреспондентов: «Академия освобождена от г. Ломоносова». Вместе со Шлецером Миллер постарался после смерти русского ученого в самом негативном свете выставить его перед зарубежными историками. В Германии были опубликованы, указывают Т.А. Быкова и С.Л. Пештич, вероятно, «инспирированные самим Шлецером, недоброжелательные рецензии на труды Ломоносова», в которых явно видно стремление просто опорочить его имя. Так, в одной из них (1771) звучало, что покойный профессор химии Ломоносов «не сможет больше бесчестить свою страну и вредить русской истории». Сегодня Р.Б. Городинская, отмечая значительное количество откликов на исторические сочинения Ломоносова в немецких изданиях (среди которых всего одна положительная рецензия), подчеркивает, что в них «совершенно отчетливо прослеживается влияние, а быть может и авторство, А.Л.Шлецера и, вероятно, Г.Ф. Миллера». Исследовательница прямо говорит о враждебном отношении последних к Ломоносову, которое в значительной степени явилось, заключает она, отголоском дискуссии. Шлецер в своих воспоминаниях дополнительно постарался навязать просвещенной Европе отталкивающий образ Ломоносова, говоря, что он противился изданию ПВЛ и труда В.Н. Татищева, т. к. хотел напечатать свой «Краткий Российский летописец», что он был полон «варварской гордости», тщеславия, что он клеветник, кляузник, грубый невежда, горький пьяница, «хищный зверь», «дикарь», который стремился не только удалить Шлецера из Академии, но и к его «погибели, в серьезном значении» (в последнем Шлецер, кстати, обвинял и Миллера), и, вообще, не «ученый историк», по причине чего и выдавал «варягов за славян».
Второе из обстоятельств, определяющих расположение исследователей к Миллеру, это их убежденность лишь в патриотической подоплеке выступления русского Ломоносова против идей норманизма, только в силу политических причин (реакция на бироновщину, антишведские настроения) добившегося запрета диссертации немца, отстаивавшего истину. При этом в науке не принято акцентировать внимание на том, что нелестные отзывы на нее дали и нерусские ученые - профессор истории И.Э. Фишер (Шлецер высоко ставил его «классическую критику» и знание им «классических древностей») и Ф.Г. Штрубе де Пирмонт, которых сложно записать в патриоты, и которые, отмечает норманист В.А. Мошин, «в своих рецензиях возражали на каждую страницу доклада» Миллера. Более того, Штрубе, по оценке того же Мошина, «наиболее жестоко критиковавший доклад Миллера, в сущности расходился с ним лишь в частностях, признавая норманское происхождение руси». Уже один этот факт многое говорит о научной значимости рецензируемого ими труда, что подтверждают мнения крупнейших норманистов, немцев по происхождению. Так, А.Л. Шлецер увидел во многих положениях диссертации Миллера «глупости» и «глупые выдумки», А.А. Куник же в целом охарактеризовал ее «препустою». Тем самым они, не желая того, признали принципиальную правоту Ломоносова в ее оценке (кстати, прилагавшего к ней подобные эпитеты»: «дурная» и «вздорная»), и отмели домыслы об отсутствии в его критике каких-либо серьезных оснований, кроме, как только патриотических. Нельзя, наконец, забывать, что инициатором обсуждения речи Миллера, которую он охарактеризовал «галиматьей», был немец И.Д. Шумахер, а не русский Ломоносов.
И если ситуацию в науке середины XVIII в. воспринимать только как борьбу патриотов и непатриотов, т.е. антинорманистов и норманистов, то нельзя тогда понять, почему к этому времени были опубликованы все работы Г.З. Байера, в которых доказывалось норманство варягов, но никто из русских ученых не препятствовал их выходу в свет уже после смерти автора, когда эпоха бироновщины канула в Лету. Более того, русский перевод статьи Байера «О варягах» был включен бесспорным патриотом В.Н. Татищевым в первый том своей «Истории», а в 1767 г. К.А. Кондратович выпустил его отдельным изданием. С норманистских позиций в XVIII в. выступали иностранные ученые, жившие в России, и им никоим образом не возбранялось высказывать это мнение, в том числе и публично. Так, 6 сентября 1756 г. Ф.Г. Штрубе де Пирмонт на торжественном собрании Академии произнес речь «Слово о начале и переменах российских законов», где он, отметив, что от происхождения российской монархии, от «происхождения законов ее много зависит», доказывал норманское происхождение норм Русской Правды, утверждал, что россы «были народ германской, живущий вне пределов Германии», древние обычаи которых «сходны с обычаями всех народов германских» и законы которых «наиболее согласуются» с законами шведов. И это далеко «непатриотичная» речь, если говорить языком норманистов, прозвучала на торжествах, посвященных тезоименитству императрицы, и нисколько не была вменена в вину немцу, к тому же некогда служившему секретарем у ненавистного русскими Бирона. Тремя годами ранее ту же мысль он проводил в своей диссертации, подчеркивая, что руссы - это часть «готфских (т. е. германских) северных народов», принесшие законы восточным славянам, которые те не имели.